genome.fa.s7905.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007905.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110299_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2946335

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1985919--1986052	45	3.0	45	83	7	173	32	29	4	34	1.77
1987269--1987299	14	2.2	14	94	0	53	58	22	16	3	1.52
1987277--1987338	24	2.6	24	97	0	115	53	20	17	8	1.69
1987331--1987404	23	3.2	23	75	7	69	59	16	10	13	1.61
1987385--1987423	10	3.9	10	86	0	60	58	10	12	17	1.61
1987386--1987423	20	1.9	20	94	0	67	57	10	13	18	1.63
1988912--1989065	31	5.0	31	92	0	245	25	26	12	34	1.93
1991020--1991079	29	2.1	29	81	6	68	35	6	25	33	1.82
1991466--1991498	11	3.1	11	91	4	50	69	0	0	30	0.88
1999477--1999949	231	2.0	231	87	2	689	28	30	7	34	1.84
2000867--2000903	2	18.5	2	88	0	56	48	5	0	45	1.25
2001042--2001129	29	3.0	29	91	0	131	26	19	6	47	1.74
2001103--2001417	81	3.9	81	90	1	472	30	22	11	34	1.90
2001118--2001417	161	1.9	161	90	1	476	30	23	12	34	1.91
2001370--2001597	68	3.4	68	88	1	332	32	23	14	30	1.94
2001899--2002059	59	2.7	59	84	2	198	36	19	11	32	1.88
2002350--2002573	95	2.4	95	84	6	292	27	24	15	32	1.95
2003123--2003150	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
2007702--2007963	140	1.9	141	83	4	350	38	14	14	32	1.86
2010610--2010656	21	2.2	21	84	0	58	27	10	27	34	1.90
2013953--2013996	20	2.2	20	80	4	54	45	4	2	47	1.35
2017260--2017288	12	2.3	13	94	5	51	37	0	3	58	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2017817--2017861	14	2.9	16	78	21	51	20	6	0	73	1.05
2018141--2018238	33	2.7	34	69	26	85	21	8	1	69	1.20
2019179--2019243	31	2.1	31	100	0	130	33	12	26	27	1.92
2019221--2019295	39	1.9	38	83	2	96	33	9	34	22	1.86
2026192--2026264	18	3.9	18	84	7	101	27	31	20	20	1.97
2026191--2026267	38	2.0	38	92	0	127	27	29	20	22	1.98
2026825--2026898	35	2.1	35	92	0	121	25	28	18	27	1.98
2026912--2027033	64	1.9	64	84	3	165	26	18	21	34	1.96
2028617--2028661	18	2.6	18	82	3	56	22	4	0	73	1.01
2028699--2028783	35	2.6	32	80	10	93	25	9	0	64	1.23
2028872--2028976	10	9.7	10	73	17	59	15	8	0	76	1.02
2028866--2028932	34	1.9	35	91	8	111	13	11	0	74	1.07
2028909--2028937	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
2033022--2033047	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
2033964--2034027	22	2.9	22	80	15	62	46	1	0	51	1.10
2033981--2034027	22	2.1	23	88	4	69	46	0	0	53	1.00
2033975--2034054	32	2.5	33	82	14	103	48	1	0	50	1.08
2041731--2041794	3	21.7	3	84	15	89	35	0	0	64	0.94
2042987--2043011	9	2.8	9	100	0	50	32	8	0	60	1.26
2048412--2048437	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2051027--2051364	114	3.0	114	93	0	568	33	15	20	31	1.93
2054021--2054075	22	2.5	22	90	0	92	34	12	14	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2054469--2055368	113	8.0	113	87	4	1250	37	14	19	28	1.91
2054506--2055368	225	3.8	225	94	0	1453	37	14	19	28	1.91
2055627--2055683	3	18.7	3	85	10	80	33	1	0	64	1.04
2055858--2055916	22	2.7	22	97	0	109	25	25	22	27	2.00
2056939--2056963	9	2.8	9	100	0	50	32	8	0	60	1.26
2056968--2056997	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
2065869--2065998	21	6.0	21	74	18	106	20	21	24	33	1.97
2065869--2065995	47	2.9	41	81	12	121	19	21	25	33	1.97
2065928--2065995	24	2.9	23	73	18	68	20	22	23	33	1.97
2066589--2066621	6	5.5	6	100	0	66	0	15	51	33	1.43
2066711--2067037	21	16.0	21	70	11	223	34	22	20	22	1.96
2066714--2067012	40	7.3	40	92	2	481	35	23	19	21	1.96
2067046--2067098	21	2.5	21	93	0	88	18	22	30	28	1.98
2067416--2067444	11	2.5	12	94	5	51	37	0	3	58	1.15
2073938--2074072	72	1.9	72	95	0	243	38	8	12	40	1.73
2074359--2074424	30	2.2	30	86	8	89	30	7	12	50	1.67
2078583--2078612	15	1.9	15	93	6	51	60	0	0	40	0.97
2079549--2079617	23	3.0	23	78	0	84	33	23	24	18	1.97
2082382--2082455	14	5.5	13	85	9	87	43	4	0	52	1.20
2082382--2082447	2	35.0	2	82	11	86	43	3	0	53	1.16
2084021--2084071	2	26.0	2	96	4	95	50	0	0	49	1.00
2090194--2090947	377	2.0	376	93	5	1310	33	8	18	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2091017--2091057	18	2.3	18	100	0	82	14	9	24	51	1.72
2092269--2092425	53	3.0	53	89	1	235	27	17	18	36	1.93
2098594--2098637	23	2.0	23	86	4	63	27	4	9	59	1.48
2100030--2100179	53	2.8	53	92	2	248	27	15	18	38	1.91
2103062--2103112	18	2.7	19	81	6	68	23	13	39	23	1.91
2106350--2106382	15	2.2	15	100	0	66	42	12	6	39	1.67
2108872--2108897	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2109685--2109724	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
2109899--2109939	20	2.0	20	90	0	64	29	24	24	21	1.99
2110164--2110221	18	3.0	19	85	11	82	51	8	6	32	1.59
2110254--2110278	12	2.1	12	100	0	50	8	44	0	48	1.32
2112634--2112671	20	1.9	20	94	0	67	26	26	31	15	1.96
2112690--2112741	20	2.6	20	81	0	68	23	15	36	25	1.93
2113862--2113920	23	2.8	21	84	7	75	22	23	20	33	1.97
2114798--2114837	17	2.3	18	83	16	57	65	0	27	7	1.20
2124424--2124497	32	2.3	32	92	0	121	31	8	2	58	1.41
2128321--2128476	31	5.0	31	93	1	260	37	21	19	21	1.95
2128654--2128699	22	2.0	22	87	8	65	34	21	0	43	1.53
2129212--2129255	21	2.1	21	86	0	61	15	25	27	31	1.96
2132249--2132404	31	5.0	31	93	1	260	37	21	19	21	1.95
2132581--2132627	23	2.0	24	91	4	78	34	21	0	44	1.52
2133139--2133182	21	2.1	21	86	0	61	15	25	27	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2136284--2136321	10	3.5	11	79	13	51	34	7	0	57	1.28
2137412--2137635	66	3.4	65	86	6	290	29	20	12	37	1.90
2137690--2137775	39	2.2	39	87	4	120	32	15	15	37	1.88
2137777--2137968	53	3.6	53	82	1	233	30	10	17	41	1.84
2138153--2138668	144	3.6	144	86	0	703	26	25	15	31	1.95
2138669--2138744	20	3.7	20	74	6	80	23	22	23	30	1.99
2138684--2138786	22	4.9	22	67	18	76	25	19	21	33	1.97
2138668--2138810	42	3.5	41	80	8	173	25	20	22	31	1.98
2139898--2140096	102	2.0	101	87	1	290	39	15	21	23	1.91
2140025--2140385	132	2.7	134	83	4	424	37	17	19	24	1.93
2143419--2143464	15	2.9	16	81	12	51	30	2	0	67	1.03
2146725--2146770	21	2.2	21	92	0	74	15	21	39	23	1.92
2149306--2149353	2	23.0	2	85	4	51	45	2	6	45	1.40
2149312--2149364	24	2.2	24	93	0	88	47	3	7	41	1.50
2154361--2154452	24	3.7	24	84	11	130	46	0	1	52	1.07
2154362--2154477	24	4.4	25	81	13	128	43	0	1	54	1.10
2154362--2154477	52	2.2	52	96	1	214	43	0	1	54	1.10
2154473--2154534	19	3.3	19	78	15	58	37	1	0	61	1.06
2155836--2155919	43	2.0	43	92	0	141	17	14	16	51	1.77
2155931--2156049	45	2.7	44	75	6	125	29	12	26	31	1.93
2156012--2156100	44	2.1	42	91	4	142	40	8	20	30	1.83
2156506--2156568	30	2.2	30	83	8	78	22	22	25	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2159157--2159506	42	8.4	42	72	4	217	29	22	17	30	1.96
2162067--2162125	30	2.0	30	86	0	82	23	8	42	25	1.82
2162097--2162396	60	5.1	60	68	12	172	25	8	36	29	1.85
2162230--2163266	30	34.7	30	71	5	508	21	8	39	30	1.82
2162724--2163386	60	11.2	60	77	5	238	20	9	39	30	1.85
2162972--2163309	60	5.8	55	81	6	264	19	10	39	29	1.86
2168898--2169191	43	6.9	43	81	2	279	26	15	24	32	1.96
2169602--2169636	12	2.9	12	86	0	52	0	34	25	40	1.56
2169585--2169630	18	2.8	17	77	9	51	0	30	23	45	1.53
2176218--2176277	28	2.1	28	96	0	111	36	11	26	25	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14