genome.fa.s7905.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007905.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110299_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2946335

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
720806--720923	7	15.7	7	70	22	53	75	5	16	3	1.12
720817--720922	43	2.4	43	77	13	110	75	5	15	3	1.13
721949--722017	33	2.1	33	94	0	120	30	15	23	30	1.96
722101--722222	63	1.9	63	80	6	140	30	9	13	46	1.75
722314--722419	36	3.0	36	84	1	115	33	22	10	33	1.88
722647--722808	29	5.5	29	67	18	102	29	12	14	43	1.82
723900--724002	45	2.3	45	88	3	145	35	19	15	29	1.93
724595--724668	18	4.0	18	81	6	85	22	17	29	29	1.97
724596--724669	38	1.9	38	86	0	103	24	17	29	28	1.97
726009--726048	19	2.0	20	85	9	55	60	2	7	30	1.38
727371--727415	3	15.0	3	86	9	65	68	2	0	28	1.01
727375--727424	24	2.0	25	92	3	84	72	2	0	26	0.96
727372--727420	21	2.3	21	92	3	80	71	2	0	26	0.97
727647--727961	124	2.6	125	86	5	430	27	18	14	39	1.90
727647--728524	113	7.6	122	82	10	423	28	19	14	37	1.91
727888--728630	113	6.7	113	89	3	1017	29	18	13	37	1.90
727888--728658	225	3.5	223	87	3	1051	29	18	14	37	1.90
727763--728630	338	2.6	336	84	6	1044	29	19	14	37	1.90
728579--728632	16	3.3	16	72	12	56	20	24	9	46	1.79
729065--729119	22	2.5	22	84	0	74	36	12	14	36	1.84
729577--729632	23	2.3	26	81	9	73	55	0	3	41	1.17
731222--731283	3	20.7	3	81	18	76	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731488--731716	120	1.9	122	82	4	293	27	16	16	39	1.90
731675--732193	227	2.3	227	86	1	752	30	17	13	38	1.88
731675--732186	113	4.5	113	86	1	673	30	18	13	38	1.88
732893--733145	94	2.7	94	93	1	422	33	20	16	28	1.94
734143--734208	1	66.0	1	75	0	60	1	10	0	87	0.60
734151--734202	12	4.5	11	86	13	77	1	9	0	88	0.59
734146--734202	24	2.3	24	91	8	89	1	10	0	87	0.61
741536--741567	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
745344--745390	23	2.0	23	84	8	60	51	0	2	46	1.13
746990--747054	3	21.7	3	82	17	82	63	0	0	36	0.95
749503--750066	114	5.0	114	92	1	904	31	19	15	33	1.93
749503--750066	226	2.5	226	92	2	907	31	19	15	33	1.93
752200--752234	17	2.1	16	89	5	52	0	22	0	77	0.78
752203--752274	8	8.8	8	75	10	65	2	18	0	79	0.86
752199--752300	26	3.9	25	76	11	89	2	18	2	75	1.06
752212--752271	17	3.4	17	79	6	57	3	18	0	78	0.89
752205--752271	34	1.9	35	82	14	86	2	17	0	79	0.86
752204--752278	9	8.2	9	72	15	57	2	17	0	80	0.84
752263--752311	26	2.0	24	88	8	71	4	12	12	71	1.28
752344--752374	9	3.4	9	100	0	62	0	19	0	80	0.71
757299--757352	22	2.3	25	87	9	78	72	0	1	25	0.95
757300--757342	11	4.1	10	79	8	50	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
757487--757794	154	2.0	154	98	1	600	31	10	21	36	1.88
758000--758221	112	2.0	108	81	8	252	43	8	7	40	1.63
758223--758262	19	2.0	20	85	9	55	60	2	7	30	1.38
758390--758445	26	2.1	27	83	9	71	62	3	7	26	1.38
759714--759752	3	13.0	3	84	10	53	69	2	0	28	1.02
759714--759761	24	2.0	25	91	4	80	70	2	0	27	0.98
759715--759757	21	2.0	21	95	0	77	72	2	0	25	0.97
765255--765324	18	3.8	18	83	7	86	18	18	31	31	1.95
765256--765329	38	1.9	38	86	0	103	21	18	31	28	1.97
766230--766332	3	34.7	3	86	9	140	30	0	2	66	1.06
766907--766953	24	2.0	24	83	8	60	78	4	14	2	0.99
767762--767806	20	2.2	20	84	0	54	51	2	0	46	1.13
768497--768534	3	12.7	3	88	0	58	34	31	2	31	1.72
771083--771113	7	4.4	7	91	0	53	80	0	3	16	0.83
771104--771185	25	3.2	26	91	3	132	60	0	0	39	0.96
771134--771210	33	2.3	32	83	14	111	59	0	0	40	0.97
771083--771196	7	14.2	8	66	17	51	65	0	0	33	0.99
782610--782651	22	1.9	22	100	0	84	47	14	2	35	1.57
782612--782660	22	2.2	22	85	3	62	53	14	2	30	1.52
782600--783170	54	10.6	54	77	13	493	52	12	0	34	1.41
782734--782786	14	3.6	14	71	14	52	58	5	0	35	1.22
782600--783251	165	4.0	166	78	12	790	52	13	0	34	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
782775--782817	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
782777--782825	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
782744--783251	133	3.8	133	90	5	744	52	13	0	34	1.41
782831--782905	22	3.2	23	75	17	82	54	17	0	28	1.43
782909--782951	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
782911--782959	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
782914--783062	79	1.9	80	94	1	264	52	13	0	34	1.41
782966--783038	22	3.1	22	76	11	65	54	15	0	30	1.41
783042--783084	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
783044--783092	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
783098--783146	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
783195--783420	32	6.5	34	69	16	158	51	9	0	38	1.35
783231--783273	22	2.0	22	90	0	68	51	9	0	39	1.34
783185--783350	54	3.1	54	94	0	296	51	10	0	37	1.37
783285--783396	22	5.0	22	75	6	116	51	10	0	37	1.37
783330--783569	15	15.5	15	85	8	286	50	2	0	46	1.14
784132--784170	16	2.4	16	91	0	60	17	25	15	41	1.89
784418--784464	14	3.7	14	71	26	50	44	0	4	51	1.21
784417--784466	23	2.1	24	96	3	93	48	0	4	48	1.20
784969--785013	20	2.2	20	96	0	81	28	24	0	46	1.53
785086--785134	2	24.5	2	95	0	89	53	0	0	46	1.00
786130--786205	2	38.0	2	71	19	52	44	3	2	48	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786130--786205	9	8.2	9	70	20	50	44	3	2	48	1.35
786130--786205	15	5.0	15	75	9	64	44	3	2	48	1.35
786259--786390	13	10.3	13	72	16	91	42	3	5	48	1.43
786260--786339	28	2.9	26	82	10	97	42	6	6	45	1.54
786326--786384	18	3.4	17	88	4	82	42	0	5	52	1.23
787046--787085	16	2.5	16	87	0	53	37	22	20	20	1.94
789254--789329	33	2.5	32	79	12	88	43	0	0	56	0.99
789333--789371	20	2.0	20	90	10	62	25	0	7	66	1.18
791666--791753	34	2.7	34	84	5	110	51	4	4	39	1.43
791718--791796	19	4.3	19	77	18	69	45	7	5	41	1.54
791955--792079	63	2.0	63	93	0	214	34	22	1	41	1.63
792219--792829	138	4.5	137	87	2	845	35	20	20	23	1.96
792219--792829	274	2.2	273	88	3	897	35	20	20	23	1.96
796029--796101	26	2.9	26	80	8	71	47	0	1	50	1.09
796044--796087	22	2.0	22	86	8	63	45	0	0	54	0.99
796841--796881	17	2.4	17	95	4	73	56	0	12	31	1.36
797537--797618	37	2.2	37	100	0	164	50	6	31	12	1.64
800791--800892	15	7.1	15	72	15	56	44	1	1	51	1.23
800796--800870	20	3.7	20	82	5	87	45	2	1	50	1.24
800798--800892	3	32.3	3	69	4	50	43	2	2	52	1.25
804179--804224	12	3.8	12	82	0	65	21	21	6	50	1.71
804166--804223	24	2.4	24	88	5	82	20	17	8	53	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810609--810689	42	1.9	42	89	0	126	25	20	17	35	1.95
810486--810741	122	2.1	122	92	0	422	28	18	20	32	1.97
810730--810754	13	1.9	13	100	0	50	32	24	20	24	1.98
810750--810824	22	3.5	22	66	14	57	26	20	21	32	1.97
810742--810841	42	2.4	42	83	1	121	25	24	21	30	1.99
810827--811016	36	5.1	36	71	11	141	32	22	21	23	1.98
810783--811018	114	2.1	114	90	3	368	31	22	21	23	1.98
811337--811447	53	2.1	53	91	3	179	32	20	26	20	1.97
811348--811465	53	2.2	53	86	5	168	29	19	27	23	1.98
811613--811646	14	2.3	15	90	5	52	47	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14