genome.fa.s7905.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007905.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110299_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2946335

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2178508--2178901	189	2.1	189	86	4	544	31	16	16	35	1.91
2178602--2179187	318	1.8	318	88	1	897	33	17	15	33	1.92
2181356--2181398	20	2.1	20	83	12	52	46	0	2	51	1.13
2186396--2186465	36	1.9	36	91	0	113	28	10	20	41	1.84
2191496--2191542	16	3.1	16	77	20	55	21	4	0	74	0.99
2193513--2193611	13	7.6	13	84	0	126	30	18	17	34	1.94
2193513--2193611	39	2.5	39	91	0	153	30	18	17	34	1.94
2214768--2214816	21	2.3	22	82	10	66	34	30	8	26	1.86
2216049--2216118	8	8.8	8	83	0	86	67	0	31	1	1.00
2216049--2216118	12	5.8	12	96	0	131	67	0	31	1	1.00
2221578--2221704	23	5.9	23	75	18	105	29	23	22	25	1.99
2226060--2226104	21	2.1	22	83	4	56	51	6	17	24	1.70
2233196--2233275	30	2.7	30	92	1	135	38	7	12	41	1.71
2233340--2233389	19	2.6	19	87	0	73	42	8	10	40	1.68
2233507--2233548	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
2233576--2233617	21	1.9	23	85	9	61	40	35	9	14	1.78
2233833--2233902	34	2.1	32	89	5	104	31	15	31	21	1.95
2238314--2238350	18	2.0	20	84	10	51	35	5	5	54	1.47
2241323--2241360	20	2.0	20	90	10	62	44	0	2	52	1.14
2241411--2241459	25	1.9	25	83	4	62	53	8	4	34	1.50
2242065--2242128	5	12.8	5	96	0	101	35	4	0	59	1.18
2243375--2243401	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2243481--2243519	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2244209--2244243	16	2.2	16	94	0	61	20	25	25	28	1.99
2244390--2244449	2	31.5	2	79	15	65	50	0	3	46	1.18
2245223--2245427	57	3.6	57	81	7	199	24	12	22	40	1.89
2246208--2246262	19	3.0	19	85	15	64	5	20	0	74	1.01
2256651--2256688	17	2.2	18	90	4	60	76	5	7	10	1.15
2257899--2257938	16	2.5	16	87	0	62	17	22	35	25	1.95
2258083--2258133	2	27.0	2	77	18	56	50	0	1	47	1.12
2258077--2258129	26	2.0	27	85	10	74	50	0	3	45	1.19
2258083--2258132	22	2.3	23	83	13	70	52	0	2	46	1.12
2258578--2258632	25	2.2	25	100	0	110	36	20	7	36	1.80
2265644--2265732	22	4.0	22	92	0	142	24	22	24	28	2.00
2266031--2266063	18	1.9	17	88	11	50	51	9	18	21	1.73
2274350--2274385	12	3.0	12	95	0	63	25	11	25	38	1.88
2274350--2274381	16	2.0	16	93	0	55	25	9	25	40	1.85
2276014--2276047	17	2.1	17	88	5	52	61	23	0	14	1.33
2276959--2277393	37	11.4	35	73	18	142	41	9	3	45	1.55
2277080--2277355	37	7.4	36	80	9	236	41	9	4	44	1.56
2277074--2277398	73	4.4	72	79	10	305	41	9	4	44	1.56
2277083--2277393	37	8.3	38	78	12	148	41	9	4	44	1.57
2280457--2280531	18	4.2	18	81	3	89	24	30	18	26	1.98
2280448--2280531	36	2.4	36	82	9	93	27	29	17	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2282125--2282235	18	6.2	18	92	0	168	24	29	21	24	1.99
2284311--2284387	31	2.5	31	81	12	88	29	19	9	41	1.82
2291193--2291237	4	10.5	4	81	13	54	71	0	4	24	1.05
2291193--2291237	13	3.5	13	84	6	56	71	0	4	24	1.05
2291247--2291332	35	2.5	36	79	5	97	36	10	3	50	1.54
2291271--2291701	37	11.4	36	72	13	228	42	9	3	44	1.54
2291305--2291373	36	2.0	36	86	8	99	40	5	2	50	1.41
2291334--2291422	46	1.9	47	90	2	144	41	13	4	40	1.65
2291381--2291701	73	4.3	73	77	8	220	44	9	4	42	1.55
2292898--2292941	15	2.9	15	82	3	52	34	2	0	63	1.07
2295436--2295482	23	2.0	24	88	8	71	19	6	0	74	1.03
2295436--2295483	22	2.2	22	85	7	62	18	6	0	75	1.01
2296988--2297138	82	1.8	82	82	0	194	29	29	13	28	1.94
2302788--2302826	21	1.9	20	94	0	60	30	15	0	53	1.42
2307212--2307237	13	2.0	13	100	0	52	15	15	23	46	1.83
2307234--2307266	11	3.0	11	87	12	50	27	9	24	39	1.85
2311757--2311782	13	2.0	13	100	0	52	15	15	23	46	1.83
2314589--2314613	13	1.9	13	100	0	50	8	36	24	32	1.84
2315365--2315448	40	2.1	40	93	0	141	23	28	8	39	1.84
2315399--2315581	90	2.0	90	93	0	312	28	26	8	36	1.85
2321947--2321975	13	2.1	14	93	6	51	55	13	3	27	1.55
2324353--2324527	29	6.2	29	74	9	96	46	15	3	34	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2324368--2324522	29	5.6	29	77	13	114	49	12	3	35	1.57
2324361--2324448	27	3.1	27	78	15	81	44	9	3	43	1.52
2324412--2324461	24	2.0	27	88	11	79	46	4	6	44	1.47
2324426--2324479	27	2.1	24	83	10	63	50	7	5	37	1.54
2332077--2332133	28	2.0	28	93	0	96	43	5	10	40	1.62
2332105--2332248	37	3.8	38	92	3	236	49	2	8	39	1.47
2332319--2332343	13	1.9	13	100	0	50	16	0	8	76	1.02
2338966--2339191	110	2.1	109	89	0	344	35	17	19	28	1.94
2353579--2353855	45	6.2	45	85	4	362	39	9	19	31	1.83
2353575--2353855	135	2.1	135	89	1	420	39	9	19	31	1.83
2353575--2353855	90	3.1	90	88	2	404	39	9	19	31	1.83
2359634--2359705	19	3.6	19	72	18	56	36	13	22	27	1.92
2359600--2359802	95	2.1	94	81	3	237	31	14	24	29	1.94
2360252--2360527	45	6.1	45	89	0	390	38	8	19	32	1.83
2360252--2360527	135	2.0	135	91	0	444	38	8	19	32	1.83
2363929--2364245	45	7.0	46	87	3	423	39	7	19	33	1.80
2364953--2365467	5	103.0	5	91	8	845	59	0	0	40	0.97
2365036--2365560	30	16.5	32	81	15	186	57	0	1	41	1.09
2365447--2365592	67	2.2	67	85	9	192	48	2	5	43	1.40
2365521--2365573	26	2.0	27	92	3	90	49	1	5	43	1.37
2365555--2365620	28	2.4	27	82	12	80	45	4	6	43	1.49
2365538--2365611	37	1.9	38	83	8	96	45	4	6	43	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2365452--2365631	65	2.8	66	81	9	203	46	2	6	44	1.42
2374545--2374594	25	2.0	25	100	0	100	20	28	36	16	1.93
2375225--2375390	49	3.2	49	73	12	136	21	11	9	57	1.61
2376114--2376148	9	3.9	9	96	0	61	14	20	0	65	1.26
2377575--2377630	11	5.1	11	77	16	53	73	0	3	23	0.99
2379326--2379402	31	2.5	30	82	6	91	31	7	18	42	1.78
2379332--2379452	34	3.5	35	75	14	110	31	9	17	42	1.80
2379504--2380246	36	21.0	36	75	11	635	40	13	19	26	1.88
2379504--2380202	73	9.9	73	76	11	654	41	13	19	26	1.88
2379540--2380077	211	2.5	211	89	0	817	41	13	19	26	1.88
2379835--2380205	138	2.7	137	88	3	534	41	13	18	26	1.87
2380214--2380385	73	2.4	70	81	11	172	39	13	17	29	1.88
2380214--2380389	72	2.4	70	81	10	180	40	14	17	28	1.88
2380262--2380372	36	3.0	36	70	5	96	40	13	16	29	1.86
2380262--2380412	72	2.0	76	85	9	206	39	13	17	29	1.88
2380294--2380427	36	3.8	33	72	11	97	42	14	15	26	1.86
2386747--2386793	4	13.2	4	91	8	52	74	0	0	25	0.82
2386747--2386793	9	4.5	11	84	13	55	74	0	0	25	0.82
2387246--2387283	20	1.9	20	94	0	67	21	21	18	39	1.93
2388638--2388715	19	4.1	18	86	8	84	85	1	12	0	0.65
2388652--2388738	9	9.3	9	80	8	86	85	0	14	0	0.61
2388669--2388717	1	49.0	1	87	0	71	93	0	6	0	0.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2388652--2388715	19	3.4	19	91	0	101	89	0	10	0	0.50
2388652--2388738	19	4.7	18	80	9	86	85	0	14	0	0.61
2388661--2388738	30	2.6	30	78	13	79	85	0	14	0	0.59
2388619--2388729	21	5.5	20	78	8	109	81	1	13	2	0.87
2388640--2388729	28	3.0	30	84	11	114	84	1	14	0	0.68
2390721--2390830	59	1.9	58	83	9	145	27	9	20	42	1.82
2390874--2390992	42	2.9	42	79	3	134	28	22	19	29	1.98
2390722--2391652	275	3.4	274	90	2	1422	29	15	19	35	1.93
2391142--2391254	42	2.7	41	79	6	129	27	20	23	29	1.99
2392492--2392962	133	3.5	134	87	2	653	35	17	22	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14