genome.fa.s7905.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007905.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110299_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2946335

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
811620--811705	3	29.3	3	71	4	59	43	2	1	53	1.21
811613--811705	20	4.6	20	77	10	82	44	2	1	52	1.20
823882--823941	31	1.9	31	93	0	102	33	10	18	38	1.84
829262--829352	28	3.1	28	66	17	76	40	13	21	24	1.89
829222--829596	60	6.2	60	86	3	513	37	13	21	28	1.90
829266--829360	32	3.1	32	63	17	83	40	12	21	26	1.89
836237--836669	60	7.2	60	90	1	645	36	13	22	27	1.92
836525--836618	27	3.1	30	61	22	70	37	14	20	27	1.92
844248--844311	21	3.4	20	66	29	59	31	4	18	45	1.70
844240--844361	35	3.4	36	87	6	176	32	4	18	43	1.72
844768--844799	16	1.9	17	93	6	57	37	6	21	34	1.79
848842--848905	21	3.4	20	66	29	59	31	4	18	45	1.70
848834--848955	35	3.4	36	86	6	167	33	4	18	43	1.71
851456--851483	12	2.3	12	100	0	56	25	7	7	60	1.48
859191--859236	24	1.9	24	95	0	83	41	13	13	32	1.82
860929--860989	31	1.9	32	83	3	79	34	13	9	42	1.77
862456--862494	17	2.2	18	86	13	55	51	25	0	23	1.49
864167--864309	75	1.9	75	98	0	277	40	11	7	40	1.69
866729--866812	2	42.0	2	100	0	168	50	0	0	50	1.00
866975--866999	13	1.9	13	100	0	50	28	16	24	32	1.96
870941--870981	21	2.0	21	95	4	75	24	26	24	24	2.00
872158--872191	12	2.7	13	86	9	52	26	0	2	70	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873671--873700	13	2.3	13	94	0	51	40	13	20	26	1.89
884889--884932	12	3.6	12	82	14	54	70	0	2	27	0.99
884990--885507	37	13.9	37	82	10	637	44	8	3	44	1.50
884990--885507	76	7.0	75	86	8	665	44	8	3	44	1.50
885295--885357	26	2.3	28	91	5	103	46	7	1	44	1.42
885293--885357	28	2.4	28	89	5	107	46	7	1	44	1.41
885346--885404	11	5.1	11	72	23	50	47	8	0	44	1.33
885255--885461	65	3.0	65	80	13	236	44	8	2	43	1.50
885323--885507	75	2.5	74	88	6	293	44	8	2	44	1.46
890399--890492	17	5.4	17	71	22	79	58	5	17	19	1.57
890387--890492	35	3.0	35	97	0	194	57	5	16	19	1.59
897613--897652	12	3.2	13	86	13	57	67	0	2	30	1.04
897694--898055	37	10.8	37	66	23	162	47	7	1	44	1.39
897721--897820	28	3.5	28	79	10	114	48	8	1	43	1.39
897856--897919	27	2.4	26	89	5	101	46	9	1	42	1.45
897934--897975	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
898018--898083	26	2.5	26	82	5	69	45	9	4	40	1.56
897796--898157	102	3.6	100	79	8	373	46	7	2	43	1.44
897791--898112	161	2.0	158	89	4	484	45	6	2	44	1.43
898003--898141	65	2.1	65	84	5	183	46	8	2	41	1.49
901490--901565	3	25.7	3	87	12	113	32	0	0	67	0.91
902059--902119	13	4.5	12	77	18	50	39	0	1	59	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
902065--902101	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
902946--903001	28	2.1	27	83	6	69	33	5	1	58	1.31
908109--908142	16	2.1	16	88	0	50	26	8	2	61	1.40
911543--911614	35	2.1	35	89	10	112	81	0	15	2	0.79
911560--911642	29	2.9	29	82	10	107	78	0	15	6	0.94
911543--911614	18	4.1	17	84	13	101	81	0	15	2	0.79
911560--911634	30	2.5	31	85	10	104	78	0	16	5	0.92
911548--911614	5	13.8	5	78	20	63	82	0	14	2	0.79
911558--911609	7	7.3	7	79	16	54	82	0	15	1	0.75
911546--911642	18	5.2	17	76	20	79	79	0	14	6	0.92
911989--912023	18	1.9	18	100	0	70	31	5	5	57	1.46
913302--913843	122	4.4	122	93	1	881	38	14	20	25	1.91
914084--914162	3	26.7	3	85	12	110	34	0	0	65	0.93
914093--914173	27	3.0	26	80	8	92	35	1	0	62	1.03
915424--915474	21	2.4	22	77	9	61	31	0	3	64	1.11
915438--915476	16	2.4	16	87	8	53	33	0	2	64	1.08
915563--915591	11	2.5	12	88	11	51	41	0	0	58	0.98
918424--918464	16	2.6	16	88	3	57	29	21	12	36	1.90
918636--918699	30	2.1	30	85	5	85	50	9	12	28	1.71
947991--948089	21	4.8	20	75	6	81	37	23	18	21	1.94
948056--948249	20	9.6	20	80	5	212	35	25	20	19	1.95
948056--948249	60	3.2	60	82	0	244	35	25	20	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
948632--948702	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
948781--948858	41	1.9	41	97	0	147	44	16	25	12	1.83
948782--948857	21	3.7	21	83	3	109	46	17	25	11	1.82
948842--948898	14	3.7	14	75	20	60	42	22	24	10	1.85
948837--948901	33	2.0	33	100	0	130	43	21	24	10	1.84
948840--948914	33	2.3	33	92	0	123	45	24	21	9	1.81
948910--949007	19	5.7	19	70	22	90	10	23	22	43	1.83
948932--949021	14	5.7	14	72	23	72	8	24	23	43	1.82
948915--949029	33	3.5	33	97	0	221	9	23	20	46	1.80
950727--951195	93	5.1	93	99	0	913	21	12	18	46	1.83
951243--951371	19	7.3	19	75	17	125	46	28	16	8	1.76
951279--951371	33	2.8	32	91	4	150	47	27	17	7	1.74
951243--951371	52	2.5	52	72	14	131	46	28	16	8	1.76
951367--951501	19	7.6	19	74	16	119	11	18	23	46	1.81
951389--951445	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
951372--951464	33	2.8	33	93	0	159	10	19	21	48	1.79
953426--953461	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
953567--953664	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
953567--953680	53	2.2	53	98	1	221	44	17	23	14	1.85
953710--953978	19	15.4	19	76	18	291	13	21	17	46	1.83
953689--953950	52	5.0	52	98	0	499	14	23	16	45	1.84
953729--953892	33	4.8	33	74	15	172	14	22	17	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
956261--956285	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
956460--956506	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
957189--957418	20	11.5	20	84	1	219	20	18	24	36	1.94
957405--957487	21	4.0	21	73	6	78	25	15	24	34	1.95
957385--957483	42	2.4	43	77	11	100	21	17	23	38	1.93
966177--966292	39	2.9	39	92	1	178	33	19	17	29	1.95
966201--966335	39	3.4	39	88	3	162	30	22	17	30	1.96
966283--966441	44	3.7	44	77	5	146	30	21	17	30	1.96
966234--966452	87	2.6	84	78	4	228	31	21	17	29	1.96
967515--967577	20	3.1	20	81	4	72	28	25	14	31	1.95
967520--967578	21	2.9	20	87	5	82	27	28	15	28	1.96
967525--967578	20	2.6	21	88	2	74	27	25	16	29	1.97
968447--968650	108	1.9	109	91	1	338	32	14	17	35	1.90
970259--970304	23	2.0	22	84	12	58	43	17	2	36	1.61
995237--995276	21	1.9	21	84	0	53	25	17	20	37	1.94
996229--996263	18	1.9	18	94	0	61	60	0	8	31	1.27
1006587--1006619	17	1.9	17	93	0	57	48	0	3	48	1.17
1006671--1006735	20	3.6	18	78	20	64	40	3	10	46	1.54
1006691--1006719	15	1.9	15	100	0	58	44	6	6	41	1.58
1006667--1006741	35	2.1	35	90	0	114	42	2	9	45	1.50
1006782--1006814	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
1007376--1007417	19	2.1	21	83	16	54	40	11	33	14	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1008999--1009043	18	2.6	16	80	16	54	20	4	4	71	1.21
1014772--1014806	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
1018988--1019016	13	2.2	13	100	0	58	79	0	13	6	0.93
1020118--1020149	16	1.9	17	93	6	57	46	0	3	50	1.17
1020118--1020151	17	1.9	17	88	5	50	47	0	2	50	1.16
1020146--1020197	27	1.9	27	88	7	79	44	3	9	42	1.55
1020127--1020185	26	2.2	27	87	3	84	49	1	3	45	1.28
1020127--1020197	28	2.7	26	84	8	81	46	2	7	43	1.45
1020227--1020291	20	3.3	20	93	2	114	43	1	9	46	1.45
1020449--1020509	18	3.4	18	90	0	95	26	37	24	11	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14