genome.fa.s7905.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007905.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110299_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2946335

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2596088--2596117	9	3.3	9	100	0	60	56	0	10	33	1.32
2597622--2597671	20	2.5	20	96	0	91	26	20	14	40	1.90
2611308--2611668	46	7.9	46	81	2	359	39	9	18	31	1.83
2611327--2611668	183	1.9	184	85	1	481	40	9	19	31	1.83
2612490--2612571	6	14.2	6	79	5	53	7	35	0	57	1.27
2612517--2612581	21	3.0	21	74	12	67	9	27	0	63	1.25
2612492--2612593	45	2.3	45	82	0	123	8	32	0	58	1.29
2619857--2619917	22	2.9	21	74	11	70	24	31	24	19	1.98
2621790--2621837	22	2.2	22	92	0	78	18	45	22	12	1.83
2621773--2621830	27	2.1	27	96	0	107	18	46	22	12	1.82
2621839--2621911	29	2.5	29	89	8	105	35	5	16	42	1.71
2622827--2623031	42	4.8	41	83	5	234	19	23	22	34	1.96
2624403--2624479	31	2.5	31	89	4	111	38	24	16	19	1.92
2625213--2625429	64	3.4	64	83	7	237	27	18	20	34	1.96
2628768--2628876	31	3.5	31	96	2	193	36	24	19	19	1.94
2629764--2629841	31	2.5	31	87	4	113	37	26	16	19	1.93
2630194--2630233	22	1.9	22	85	10	57	32	15	5	47	1.66
2630569--2630788	64	3.5	62	82	9	239	27	19	20	33	1.96
2636960--2636997	17	2.2	17	90	0	58	21	44	21	13	1.85
2636958--2637004	24	2.0	22	92	8	76	19	44	21	14	1.86
2637006--2637072	29	2.3	29	87	5	100	32	4	16	46	1.67
2638006--2638074	21	3.2	23	60	16	56	15	20	27	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2637999--2638166	42	4.0	42	90	3	241	18	23	25	33	1.97
2642861--2642915	20	2.8	20	86	2	67	50	3	10	34	1.55
2644192--2644245	20	2.7	20	88	0	81	44	22	7	25	1.79
2646175--2646463	42	7.0	40	79	7	185	23	18	22	35	1.96
2646243--2646374	61	2.1	62	90	2	203	22	18	23	34	1.96
2646181--2646463	103	2.7	103	94	1	494	23	18	22	35	1.95
2646337--2646464	61	2.1	61	88	0	193	25	18	20	35	1.95
2647284--2647445	42	3.9	42	93	3	267	35	25	19	19	1.95
2647330--2647493	63	2.6	61	83	9	172	35	23	19	20	1.95
2647287--2647464	84	2.1	83	89	6	270	35	24	19	20	1.95
2647371--2647494	63	2.0	63	88	3	189	36	22	19	21	1.95
2647496--2647570	21	3.6	21	92	0	123	14	20	32	33	1.92
2648210--2648281	25	2.8	24	87	12	92	20	12	16	50	1.78
2651634--2651719	2	43.5	2	92	2	147	52	0	0	47	1.00
2653328--2653401	24	3.0	25	82	4	96	29	24	21	24	1.99
2653312--2653401	24	3.8	24	76	7	85	30	25	22	22	1.99
2653505--2653583	30	2.7	30	96	2	142	30	18	16	34	1.94
2653505--2653586	15	5.5	15	72	12	71	30	18	17	34	1.94
2653561--2653609	15	3.3	15	85	5	64	28	18	10	42	1.83
2653505--2653598	30	3.2	30	89	1	109	29	19	14	36	1.92
2658669--2658706	19	2.2	17	86	13	51	81	2	5	10	0.94
2660678--2660736	17	3.5	17	68	13	50	28	15	8	47	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2660727--2660772	18	2.6	18	89	0	65	32	2	13	52	1.52
2661834--2661882	21	2.3	21	92	0	80	18	42	4	34	1.69
2664414--2664475	17	3.6	18	93	2	92	35	3	14	46	1.61
2667950--2667991	17	2.5	17	88	0	57	33	14	14	38	1.86
2668045--2668090	18	2.6	18	85	0	65	34	6	13	45	1.69
2671637--2671695	17	3.5	17	71	13	50	30	13	8	47	1.73
2671686--2671731	18	2.6	18	92	0	74	32	6	13	47	1.68
2678065--2678125	20	2.9	21	87	7	79	18	24	34	22	1.96
2688562--2688605	18	2.4	18	84	0	61	40	6	6	45	1.57
2690077--2690124	20	2.4	20	75	6	53	25	29	14	31	1.95
2694935--2694988	24	2.2	24	76	0	63	37	20	20	22	1.95
2695116--2695178	15	4.2	15	79	0	63	28	19	17	34	1.94
2697695--2697731	19	2.1	17	90	10	56	54	0	5	40	1.24
2698439--2698486	20	2.5	20	83	10	55	20	4	6	68	1.28
2701761--2701794	16	2.1	17	88	5	52	23	5	8	61	1.47
2715460--2715533	20	3.7	19	77	8	67	44	12	13	29	1.80
2715457--2715509	20	2.6	21	85	8	74	49	11	13	26	1.75
2715412--2715529	40	3.0	38	70	15	105	44	11	12	32	1.78
2715497--2716218	201	3.6	200	81	7	783	41	11	13	33	1.81
2715877--2715929	20	2.5	21	84	9	63	39	18	9	32	1.83
2716233--2716291	17	3.2	17	71	17	55	27	16	13	42	1.86
2716514--2716991	130	3.7	131	81	5	551	42	12	11	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2716515--2716991	258	1.8	256	83	4	618	42	12	11	32	1.80
2718491--2718533	14	3.0	14	79	3	50	39	34	2	23	1.67
2718639--2718683	7	6.4	7	81	0	54	51	31	0	17	1.46
2718639--2718683	21	2.1	22	87	4	65	51	31	0	17	1.46
2722023--2722092	29	2.4	29	85	4	97	27	28	12	31	1.93
2722106--2722229	50	2.5	50	84	2	160	14	36	28	20	1.92
2722351--2722391	10	4.1	10	84	12	57	31	29	0	39	1.57
2722521--2722734	111	1.9	111	95	0	383	37	7	10	44	1.68
2724620--2724660	12	2.9	15	75	20	52	36	17	31	14	1.90
2724886--2724970	35	2.5	33	78	14	91	25	8	10	55	1.62
2728572--2728698	50	2.5	50	83	0	137	21	28	34	15	1.94
2730504--2730798	30	9.9	30	72	2	164	18	11	11	58	1.61
2730484--2730771	149	1.9	149	87	0	423	18	12	11	57	1.63
2730513--2730833	149	2.2	149	83	2	385	19	11	10	58	1.61
2730752--2730823	29	2.4	30	73	13	69	22	11	8	58	1.59
2733769--2733812	20	2.1	20	83	8	52	27	20	11	40	1.86
2734400--2734461	18	3.4	18	84	8	74	75	8	14	1	1.10
2734418--2734486	23	3.0	22	78	15	61	78	5	15	0	0.94
2734430--2734484	8	7.0	8	78	10	60	81	3	14	0	0.82
2734430--2734492	14	4.8	13	77	14	58	79	3	15	1	0.94
2734999--2735033	15	2.3	15	95	0	61	37	14	28	20	1.91
2735863--2736081	66	3.3	62	78	16	219	28	16	15	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2736055--2736122	30	2.2	31	82	12	79	38	20	8	32	1.84
2736064--2736122	32	1.9	32	86	6	86	32	20	10	37	1.86
2736016--2736194	97	1.8	97	82	9	231	28	20	13	36	1.91
2738361--2738529	90	1.9	91	81	3	207	19	12	11	56	1.67
2738241--2738582	151	2.3	150	80	10	394	21	13	9	55	1.67
2738565--2738621	30	1.9	30	89	7	89	14	10	8	66	1.44
2738562--2738637	31	2.5	31	78	6	93	13	13	9	64	1.50
2739986--2740051	33	2.0	33	93	0	114	46	25	7	19	1.76
2740571--2740620	20	2.5	20	87	6	66	40	4	12	44	1.60
2741251--2741473	83	2.7	83	80	0	212	33	13	16	36	1.88
2741648--2741876	41	5.6	41	78	3	178	28	17	16	36	1.92
2747537--2747587	25	2.0	25	100	0	102	39	11	7	41	1.71
2749266--2749334	30	2.3	30	84	0	84	52	7	1	39	1.38
2752974--2753073	37	2.9	34	79	7	103	70	0	6	24	1.10
2752999--2753056	30	1.9	31	82	3	73	72	0	5	22	1.04
2753095--2753128	7	5.0	7	92	3	52	82	0	2	14	0.79
2753124--2753151	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
2755660--2755921	128	2.0	126	80	10	287	17	19	14	49	1.80
2755660--2755929	133	2.1	128	82	7	321	17	19	14	49	1.79
2763251--2763297	13	3.6	13	85	0	67	29	17	17	36	1.92
2796556--2796597	16	2.5	17	77	14	52	4	35	4	54	1.42
2804953--2805004	20	2.6	20	90	0	77	28	17	23	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2813051--2813092	19	2.3	18	80	8	50	52	0	2	45	1.13
2824634--2824672	21	1.9	20	84	5	51	56	17	5	20	1.60
2825248--2825364	40	2.8	43	76	11	111	24	23	18	32	1.97
2825373--2825546	20	8.7	20	93	0	267	25	27	22	24	2.00
2826199--2826265	20	3.3	20	82	0	71	16	16	22	44	1.86
2826232--2826275	20	2.2	20	83	0	52	11	13	18	56	1.66
2828183--2828250	20	3.4	20	91	0	109	35	25	20	19	1.96
2828295--2828348	20	2.7	20	97	0	99	16	16	25	40	1.89
2828295--2828359	20	3.4	19	91	4	87	15	16	27	40	1.89
2828851--2828907	21	2.7	21	100	0	114	21	35	21	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14