genome.fa.s7905.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007905.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110299_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2946335

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

This is table  12  of  14  ( 1644 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2394458--2394611	54	2.9	53	83	6	181	22	11	9	56	1.63
2394482--2394617	25	5.2	25	66	15	78	19	10	9	60	1.56
2394482--2394631	52	2.8	53	84	5	169	20	10	9	60	1.57
2399233--2399376	76	1.9	75	87	4	211	52	9	6	31	1.61
2399233--2399398	76	2.2	74	82	5	201	53	8	7	30	1.60
2400633--2400727	26	3.7	26	88	0	136	12	14	44	28	1.82
2401136--2401458	93	3.5	93	96	2	573	32	17	21	28	1.96
2401526--2401649	48	2.6	48	92	1	203	33	14	23	29	1.94
2416259--2416364	26	4.2	26	79	4	117	12	14	42	31	1.82
2416251--2416364	50	2.2	51	81	3	131	11	14	43	30	1.80
2416554--2416595	18	2.4	18	88	11	61	66	0	0	33	0.92
2417688--2417781	18	5.3	18	73	15	79	31	7	10	50	1.65
2417680--2417781	36	2.9	36	86	7	138	31	7	10	50	1.66
2418552--2418629	41	1.9	41	84	5	104	43	5	6	44	1.51
2418739--2418782	17	2.6	17	88	0	61	43	2	4	50	1.35
2418780--2418844	32	2.1	30	83	11	78	26	1	1	70	1.04
2418791--2418832	18	2.3	19	80	19	54	30	2	0	66	1.04
2418777--2418837	14	4.6	13	74	13	54	27	1	1	68	1.08
2423282--2423471	37	5.1	38	78	9	176	42	5	8	43	1.59
2423562--2423608	17	2.6	17	80	6	58	46	2	4	46	1.34
2423618--2423662	19	2.4	19	80	0	54	26	2	2	68	1.12
2423628--2423690	6	10.3	6	73	10	56	22	1	1	74	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2423643--2423690	15	3.2	15	77	19	55	20	0	0	79	0.74
2423628--2423690	19	3.4	18	80	8	56	22	1	1	74	0.99
2423628--2423690	30	2.1	30	85	8	83	22	1	1	74	0.99
2423644--2423690	24	2.0	24	87	8	69	21	0	0	78	0.75
2424840--2424878	5	7.8	5	83	11	53	20	2	0	76	0.90
2427864--2427928	19	3.5	19	77	12	80	33	18	27	20	1.96
2432464--2432569	50	2.3	45	82	14	119	32	1	12	53	1.49
2440147--2440221	10	7.2	11	77	14	63	78	1	18	1	0.89
2440148--2440214	19	3.3	21	78	16	61	77	1	19	1	0.92
2440158--2440212	28	2.0	28	89	7	85	78	1	20	0	0.85
2440162--2440216	19	2.9	19	79	15	62	80	1	18	0	0.81
2440145--2440217	21	3.4	21	81	11	78	79	1	17	1	0.88
2442807--2442866	31	1.9	31	89	0	93	20	46	18	15	1.84
2442842--2442901	8	7.5	8	78	21	56	16	38	23	21	1.93
2442793--2442882	13	6.4	13	73	16	72	17	44	20	17	1.87
2442855--2442902	10	5.6	9	85	14	50	18	35	22	22	1.96
2444178--2444213	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
2445359--2445451	23	4.0	24	83	4	109	23	16	20	39	1.91
2445374--2445448	24	3.2	24	88	1	107	25	16	21	37	1.93
2447646--2447705	31	1.9	31	89	0	93	20	46	18	15	1.84
2447681--2447740	8	7.5	8	78	21	56	16	38	23	21	1.93
2447632--2447721	13	6.4	13	73	16	72	17	44	20	17	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2447694--2447741	10	5.6	9	85	14	50	18	35	22	22	1.96
2449016--2449051	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
2450197--2450289	23	4.0	24	83	4	109	23	16	20	39	1.91
2450212--2450286	24	3.2	24	88	1	107	25	16	21	37	1.93
2451227--2451261	18	1.9	18	94	0	61	28	34	17	20	1.95
2451545--2451579	18	1.9	18	94	0	61	28	34	20	17	1.95
2452019--2452064	19	2.4	18	85	7	56	50	17	0	32	1.47
2459976--2460018	18	2.4	18	80	0	50	32	11	0	55	1.36
2460490--2460533	23	2.0	22	90	4	70	34	22	9	34	1.86
2464745--2464775	8	3.9	8	100	0	62	35	25	0	38	1.56
2471467--2471505	20	2.0	20	84	0	51	28	20	15	35	1.93
2471748--2471799	20	2.6	20	84	6	70	32	30	17	19	1.95
2475420--2475452	14	2.2	16	89	10	52	24	3	18	54	1.57
2476094--2476428	30	11.2	30	83	3	347	34	5	34	25	1.80
2476105--2476428	90	3.6	90	88	3	465	33	5	34	25	1.80
2478261--2478298	20	1.9	20	88	0	58	34	0	26	39	1.57
2479492--2479537	22	2.1	21	84	4	56	58	10	10	19	1.61
2479615--2479645	15	2.1	15	100	0	62	48	25	0	25	1.52
2486071--2486118	22	2.1	23	92	3	80	35	18	25	20	1.95
2487078--2487123	19	2.4	20	82	7	60	36	2	0	60	1.09
2487249--2487342	32	3.0	32	95	1	163	39	18	13	28	1.89
2488195--2488221	3	9.0	3	100	0	54	0	0	33	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2492965--2493000	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2493000--2493047	2	24.0	2	100	0	96	0	0	50	50	1.00
2493251--2493346	15	6.3	15	73	7	59	37	5	19	37	1.75
2493496--2493610	24	5.0	23	79	9	87	24	20	22	33	1.97
2493511--2493605	24	4.0	25	85	9	96	24	18	22	34	1.96
2495510--2495550	12	3.4	12	96	0	73	0	39	31	29	1.57
2497113--2497152	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
2497135--2497195	20	2.9	21	87	7	79	18	26	34	21	1.96
2508861--2508948	15	5.8	15	74	10	63	39	2	20	37	1.65
2511595--2511625	16	1.9	16	100	0	62	54	0	12	32	1.38
2513324--2513377	22	2.4	22	84	3	63	29	20	20	29	1.98
2513338--2513379	22	1.9	22	95	0	75	26	23	21	28	1.99
2513629--2513683	23	2.4	23	100	0	110	32	18	3	45	1.67
2515915--2516220	45	6.8	45	90	3	452	40	12	20	26	1.87
2516164--2516277	57	2.0	58	91	1	185	35	12	21	30	1.90
2516232--2516350	45	2.7	46	79	10	122	39	10	20	30	1.85
2518695--2518731	19	2.0	20	84	10	51	48	16	10	24	1.77
2522529--2522586	22	2.6	22	91	0	89	41	13	22	22	1.89
2523026--2523294	45	5.7	46	77	10	213	36	10	21	30	1.88
2523064--2523254	102	1.9	103	87	3	287	35	10	23	31	1.88
2526077--2526151	23	3.3	22	80	9	80	26	13	25	34	1.93
2526074--2526146	24	3.1	23	80	5	83	26	15	23	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2528880--2528945	20	3.3	20	76	2	71	34	18	9	37	1.82
2532003--2532056	22	2.5	22	87	0	81	33	16	20	29	1.95
2532097--2532151	21	2.6	21	100	0	110	36	14	25	23	1.93
2538550--2538614	27	2.4	27	94	5	114	7	47	4	40	1.53
2540495--2540534	9	4.3	9	84	6	53	25	30	30	15	1.95
2540497--2540535	19	2.1	19	100	0	78	25	30	25	17	1.97
2547730--2547796	5	12.8	5	76	20	66	5	20	52	20	1.68
2547740--2547787	17	2.8	17	93	0	87	8	20	50	20	1.74
2547723--2547789	22	3.0	22	73	16	75	8	20	50	19	1.74
2547793--2547861	9	7.3	9	79	9	75	27	30	27	14	1.95
2547795--2547861	19	3.5	19	82	11	84	28	31	25	14	1.95
2548797--2548823	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2565674--2565751	36	2.2	36	100	0	156	33	5	25	35	1.78
2566305--2566329	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2570573--2570620	22	2.2	22	85	3	62	45	18	8	27	1.78
2573730--2573776	24	2.0	24	100	0	94	51	4	12	31	1.59
2577529--2577571	22	2.0	22	90	0	68	37	6	13	41	1.72
2583123--2583162	15	2.7	15	96	0	71	17	35	30	17	1.93
2583458--2583509	22	2.4	22	90	0	86	34	5	19	40	1.75
2588857--2588895	20	2.0	20	85	10	53	23	7	2	66	1.30
2589091--2589136	21	2.1	23	84	8	60	52	0	0	47	1.00
2589110--2589157	22	2.2	21	82	10	53	54	2	0	43	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2592280--2593065	138	5.7	138	92	1	1288	21	20	23	33	1.97
2593200--2593302	23	4.7	23	66	20	69	45	0	15	37	1.53
2593218--2593296	40	2.0	41	82	7	99	40	1	16	41	1.56
2593197--2593321	63	2.0	63	87	3	180	41	0	19	38	1.57
2593514--2593586	34	2.1	34	92	0	119	36	6	6	49	1.56
2594106--2594164	21	2.8	21	84	5	75	27	22	30	20	1.98
2595743--2595809	28	2.3	30	77	15	77	56	2	1	38	1.24
2595787--2595843	24	2.4	24	82	8	64	63	1	0	35	1.05
2595984--2596018	18	1.9	18	88	0	52	54	0	0	45	0.99
2595964--2596040	32	2.3	33	80	10	86	55	1	0	42	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14