genome.fa.s7916.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007916.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110319_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3725575

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4367--4394	13	2.2	13	100	0	56	32	32	7	28	1.84
16165--16216	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
16205--16339	20	6.7	20	83	5	146	31	25	18	25	1.98
16225--16359	61	2.2	61	82	0	171	32	24	18	24	1.97
16833--16891	20	3.0	20	87	0	73	16	18	22	42	1.89
17028--17082	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
18740--18795	20	2.8	20	81	2	69	39	21	23	16	1.92
18768--18858	32	2.8	33	94	3	166	47	21	18	12	1.81
18768--18858	14	5.4	18	68	26	74	47	21	18	12	1.81
19849--19884	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
20021--20088	19	3.8	19	85	14	101	47	17	22	13	1.82
20078--20132	19	2.8	20	83	8	69	20	21	14	43	1.87
20116--20202	20	4.3	20	78	5	104	17	21	21	39	1.93
20414--20505	20	4.6	20	73	2	76	20	18	21	39	1.93
20490--20541	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
21326--21379	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
21554--21610	3	19.0	3	85	0	78	73	0	26	0	0.83
21554--21614	12	5.1	12	100	0	122	73	0	26	0	0.83
23894--23952	19	3.4	19	73	22	74	45	18	22	13	1.84
24103--24139	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
25494--25695	42	4.9	41	70	11	144	23	17	36	22	1.95
25524--25695	81	2.1	83	94	4	305	23	16	37	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25913--26097	91	2.0	90	88	6	273	46	18	12	22	1.82
27789--27939	19	8.1	19	81	10	159	44	19	22	13	1.85
27814--27917	52	2.0	53	86	1	147	42	22	23	12	1.87
27935--27982	20	2.5	19	77	12	53	10	16	27	45	1.80
28544--28595	20	2.6	20	93	0	86	26	19	23	30	1.98
30058--30095	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
30239--30278	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
30482--30510	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
45801--45863	31	2.1	31	82	8	76	39	7	7	44	1.63
45962--46031	29	2.4	30	79	11	74	45	5	4	44	1.47
46937--46988	24	2.2	24	89	0	77	53	0	42	3	1.19
46937--46991	9	6.4	9	71	12	53	54	0	41	3	1.18
54051--54300	125	2.0	127	88	1	378	37	12	12	38	1.81
54452--54489	17	2.2	18	85	4	51	44	2	0	52	1.14
56529--56567	18	2.2	18	85	0	51	43	5	0	51	1.24
60117--60190	14	5.9	14	72	23	74	9	12	25	52	1.68
60122--60190	24	2.9	24	95	0	129	8	11	24	55	1.64
60625--60675	16	3.3	16	86	5	70	11	9	15	62	1.53
61894--61994	12	8.4	11	69	21	60	63	2	3	29	1.27
62207--62620	222	1.9	225	98	1	807	25	15	15	42	1.87
62572--62654	34	2.4	34	81	6	85	32	13	12	42	1.81
63206--64185	106	9.5	106	86	5	1283	23	17	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63206--64179	208	4.7	208	87	5	1286	22	18	25	33	1.96
63206--64184	314	3.2	312	85	7	1341	23	17	25	33	1.96
64763--64801	19	2.1	19	100	0	78	28	20	20	30	1.98
65308--65342	18	1.9	18	94	0	61	42	31	5	20	1.75
65654--65704	22	2.3	22	93	0	84	23	11	29	35	1.90
66323--66366	13	3.4	13	81	18	56	0	11	6	81	0.86
66317--66366	26	2.0	26	88	11	77	2	10	6	82	0.92
66315--66369	21	2.7	20	78	10	58	1	10	7	80	0.99
66323--66375	25	2.2	24	83	10	63	0	9	9	81	0.89
70078--70120	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
70305--70358	27	2.1	26	83	16	69	77	1	1	18	0.95
89967--90030	30	2.1	30	88	0	92	31	12	14	42	1.82
90316--90349	16	2.2	16	89	5	52	55	0	2	41	1.15
95657--95719	2	31.5	2	100	0	126	50	0	0	49	1.00
95863--95938	38	2.0	38	92	0	125	35	11	14	38	1.83
102099--102136	19	2.0	19	94	0	67	18	31	18	31	1.95
104815--104921	34	3.2	32	78	13	85	32	0	3	63	1.12
104848--104919	31	2.3	31	80	4	83	37	0	1	61	1.05
105059--105112	17	3.2	17	72	0	54	31	0	3	64	1.11
106639--106686	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
106690--106762	21	3.5	21	88	7	112	17	34	27	20	1.95
107284--107380	33	2.9	34	85	3	133	55	4	3	37	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107282--107387	34	3.2	33	82	8	133	54	4	2	37	1.36
107777--108149	128	2.9	128	98	0	728	31	20	25	22	1.98
108220--108260	8	5.2	8	82	5	57	39	26	0	34	1.57
121641--121691	22	2.3	22	89	3	84	29	19	23	27	1.98
123289--123344	21	2.7	21	100	0	112	26	21	23	28	1.99
126472--126543	22	3.3	22	88	5	110	27	20	25	26	1.99
126480--126542	21	3.0	21	92	2	99	23	23	26	25	2.00
128141--128196	21	2.7	21	100	0	112	26	21	23	28	1.99
128820--128976	77	2.0	77	100	0	314	32	19	10	38	1.85
135044--135097	27	2.0	27	85	0	72	31	5	5	57	1.45
144356--144383	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
165608--165651	22	2.0	22	100	0	88	54	9	4	31	1.52
166255--166304	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
166304--166344	2	20.5	2	100	0	82	0	0	48	51	1.00
166490--166554	33	2.0	33	87	6	96	29	10	23	36	1.88
169642--169696	2	27.5	2	85	7	67	47	5	1	45	1.36
169946--169983	20	1.9	20	94	0	67	13	2	2	81	0.90
169926--169983	24	2.4	25	83	16	77	13	3	3	79	0.99
174008--174361	183	1.9	183	91	0	582	29	20	19	30	1.97
175473--175554	36	2.3	36	80	4	85	28	15	9	46	1.78
175486--175738	72	3.5	72	81	4	276	28	17	13	40	1.87
175705--175759	21	2.6	21	91	0	83	23	21	10	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175786--175936	65	2.3	65	81	2	169	29	19	11	39	1.87
175734--176055	167	1.9	166	92	0	536	29	18	12	39	1.87
175832--176217	102	3.8	102	83	1	364	30	18	11	39	1.86
175999--176084	37	2.4	37	86	2	111	25	20	15	38	1.92
176100--176168	36	1.9	36	81	0	84	27	20	11	40	1.87
176278--176339	21	3.2	21	63	25	55	20	17	16	45	1.86
176281--176349	36	1.9	36	96	0	129	21	21	14	42	1.89
176368--176450	35	2.4	34	92	4	132	39	18	8	33	1.80
177071--177100	15	2.0	15	100	0	60	60	13	26	0	1.34
177535--177585	21	2.5	21	76	17	63	13	5	3	76	1.11
177851--177893	17	2.6	16	82	17	52	16	2	2	79	0.95
177851--177892	22	1.9	22	85	0	57	16	2	2	78	0.96
180443--180542	33	3.1	32	79	11	107	27	12	22	39	1.89
180443--180519	33	2.3	33	88	0	109	29	11	20	37	1.88
183309--183358	24	2.0	26	84	7	68	26	4	12	58	1.51
183436--183516	3	26.7	3	97	2	153	66	0	33	0	0.92
183587--183647	26	2.3	27	80	8	70	36	9	1	52	1.45
197014--197080	2	33.5	2	93	0	116	49	2	0	47	1.16
204381--204567	20	9.3	20	83	2	232	38	20	18	21	1.93
204384--204552	60	2.8	60	92	2	268	39	20	18	21	1.93
207916--208003	20	4.4	21	77	11	87	37	25	17	20	1.93
207926--208002	40	1.9	41	89	2	120	38	22	18	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207933--208004	20	3.6	20	84	0	90	37	25	18	19	1.94
208011--208089	33	2.4	34	86	2	106	13	22	21	41	1.89
209573--209675	42	2.5	42	75	3	109	23	19	34	22	1.96
210143--210199	20	2.8	20	97	0	105	40	22	19	17	1.91
210171--210251	33	2.4	33	81	2	90	45	22	19	12	1.83
210238--210286	20	2.5	20	82	0	62	34	22	20	22	1.97
210331--210514	20	9.5	20	87	7	272	20	19	20	39	1.92
210310--210514	40	5.4	40	84	10	272	19	20	20	40	1.92
210310--210514	60	3.6	60	85	9	263	19	20	20	40	1.92
210350--210511	54	2.9	56	90	5	238	19	19	20	40	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16