genome.fa.s7916.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007916.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110319_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3725575

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

This is table  7  of  16  ( 1895 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1468904--1468934	15	2.1	14	94	5	53	25	0	0	74	0.82
1469635--1469745	56	2.0	56	100	0	222	25	3	33	37	1.73
1470909--1471021	60	1.9	60	83	3	147	31	15	5	47	1.67
1473826--1473858	14	2.3	15	90	10	52	27	0	0	72	0.85
1473813--1473857	14	2.9	16	78	18	51	24	0	2	73	0.95
1474296--1474355	30	2.0	30	96	0	111	33	6	11	48	1.66
1474360--1474395	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
1475424--1475461	19	2.0	19	85	10	51	73	0	2	23	0.95
1475429--1475483	18	3.1	17	74	23	51	74	0	1	23	0.91
1476436--1476790	189	1.9	190	84	2	482	16	23	24	36	1.94
1476907--1476957	15	3.2	15	75	20	50	66	5	0	27	1.14
1476963--1477058	31	3.2	31	84	10	126	50	8	2	39	1.44
1477062--1477213	64	2.4	63	80	5	162	41	9	5	42	1.62
1477127--1477215	33	2.7	33	85	11	114	43	7	5	42	1.57
1477257--1477319	28	2.3	27	83	2	81	42	7	3	46	1.49
1477678--1477713	17	2.1	17	90	10	56	66	0	2	30	1.06
1478692--1478805	60	1.9	59	85	7	158	28	14	15	41	1.87
1487028--1487163	21	6.7	20	69	11	60	34	25	18	21	1.96
1487131--1487282	20	7.6	20	85	2	198	33	26	19	19	1.96
1487662--1487732	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
1487812--1487918	21	5.6	20	73	17	102	46	18	21	13	1.83
1487873--1487929	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1487866--1487945	33	2.4	33	95	0	142	47	22	21	8	1.78
1487941--1488068	19	7.1	19	71	19	87	10	25	18	45	1.82
1487963--1488019	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
1487946--1488068	33	3.5	33	88	10	165	10	24	18	46	1.81
1488004--1488068	21	3.1	21	82	4	96	10	26	15	47	1.78
1489574--1489697	33	3.7	33	91	1	176	47	27	16	8	1.76
1489623--1489681	14	3.9	14	80	20	73	49	28	15	6	1.70
1489636--1489697	19	3.5	19	79	20	89	48	30	14	6	1.69
1489710--1489813	19	5.4	19	87	1	127	9	18	25	46	1.79
1491735--1491770	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
1491910--1492097	53	3.6	52	88	7	247	12	23	17	46	1.82
1491928--1492141	34	6.2	33	77	13	127	12	22	18	46	1.82
1491928--1492141	86	2.5	87	95	1	378	12	22	18	46	1.82
1491904--1492127	53	4.2	53	86	3	208	13	22	17	45	1.83
1492014--1492160	53	2.8	53	84	6	156	12	20	19	47	1.81
1491928--1492148	120	1.8	118	85	11	306	12	22	18	47	1.82
1494398--1494422	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
1494597--1494650	24	2.2	24	87	6	74	40	22	12	24	1.89
1494613--1494664	24	2.2	24	82	0	59	38	23	13	25	1.91
1495335--1495563	20	11.4	20	85	1	235	19	17	25	37	1.94
1495531--1495628	21	4.8	20	75	10	72	21	19	20	38	1.93
1502322--1502392	34	2.1	34	86	0	97	23	8	26	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1506883--1506943	29	2.1	30	87	3	88	14	21	18	45	1.84
1514034--1514063	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1526407--1526465	30	2.0	30	86	0	82	37	15	22	25	1.93
1526938--1526963	12	2.2	12	100	0	52	34	7	15	42	1.75
1526950--1526991	20	2.1	20	90	0	66	33	9	21	35	1.86
1535460--1535502	20	2.2	20	86	0	59	34	20	13	30	1.92
1545863--1545905	20	2.2	20	86	0	59	34	20	13	30	1.92
1550534--1550802	43	6.5	43	78	9	236	34	18	21	25	1.96
1550667--1550738	34	2.1	34	89	0	108	31	15	22	30	1.94
1550624--1550781	77	2.1	77	87	2	228	34	17	19	28	1.94
1553022--1553259	41	5.8	41	81	2	235	37	17	16	28	1.91
1553035--1553259	84	2.7	82	79	2	243	39	17	15	27	1.90
1553019--1553347	82	4.0	81	76	5	270	35	17	17	29	1.93
1553020--1553359	41	8.3	42	75	9	186	35	17	17	30	1.93
1554208--1554285	31	2.5	31	85	0	102	26	24	10	38	1.87
1556468--1556535	2	34.0	2	93	0	118	47	0	2	50	1.16
1558392--1558424	14	2.4	14	100	0	66	21	24	27	27	1.99
1559578--1559718	64	2.2	63	83	7	178	31	17	24	26	1.97
1559706--1559763	20	2.6	22	89	10	84	31	20	22	25	1.98
1567044--1567075	15	2.1	15	94	0	55	53	15	25	6	1.65
1579148--1579191	23	1.9	23	85	0	61	18	15	11	54	1.70
1580853--1580892	15	2.7	14	84	7	53	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1582714--1582783	35	2.0	35	100	0	140	45	14	8	31	1.75
1582983--1583034	26	2.0	26	84	0	68	61	3	1	32	1.25
1585974--1586007	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
1592194--1592229	18	2.0	18	100	0	72	27	44	11	16	1.82
1596502--1596587	43	2.0	43	97	0	163	37	22	3	37	1.71
1600744--1600780	19	1.9	19	100	0	74	32	32	10	24	1.90
1603942--1603995	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
1604728--1604768	11	3.7	11	100	0	82	9	29	9	51	1.67
1610942--1610981	3	13.0	3	89	5	62	35	0	0	65	0.93
1616302--1616333	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
1623658--1623696	14	2.9	13	92	7	69	89	0	10	0	0.48
1623653--1623714	17	3.5	17	85	12	81	83	0	16	0	0.64
1623659--1623715	21	2.7	21	86	2	78	85	0	14	0	0.59
1623658--1623715	27	2.1	27	87	6	82	86	0	13	0	0.58
1624942--1625170	92	2.6	87	87	8	299	24	13	23	39	1.90
1625497--1625689	94	2.0	95	96	1	361	37	14	15	33	1.87
1626028--1626675	113	5.7	113	85	3	766	40	14	17	27	1.89
1626468--1626694	124	1.8	123	86	0	328	43	14	16	25	1.86
1626882--1626937	18	3.3	16	79	16	60	30	0	0	69	0.89
1626909--1626944	3	12.0	3	93	0	63	36	0	0	63	0.94
1629845--1629876	16	2.0	16	93	0	55	37	0	21	40	1.54
1632744--1632774	11	2.8	11	95	0	53	3	6	70	19	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1633793--1633819	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1638670--1638774	44	2.4	44	96	0	192	44	2	15	37	1.61
1639366--1639490	60	2.1	60	80	5	137	45	0	17	36	1.54
1647264--1647306	17	2.7	15	76	16	50	44	4	2	48	1.36
1648382--1648744	125	3.0	119	86	8	482	31	17	19	32	1.94
1650873--1650938	31	2.2	30	84	10	89	33	7	0	59	1.26
1650928--1650957	15	2.0	15	93	0	51	23	0	0	76	0.78
1652036--1652063	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1660426--1660532	47	2.3	47	91	3	173	38	21	8	31	1.83
1664979--1665136	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
1665103--1665257	40	3.8	40	82	4	186	37	26	18	18	1.93
1665103--1665256	20	7.7	20	80	7	168	37	26	18	18	1.93
1665639--1665709	33	2.2	33	92	0	115	11	23	16	47	1.79
1665789--1665898	21	5.8	20	73	17	99	44	18	24	12	1.84
1665782--1665898	41	3.1	37	80	14	134	45	17	25	11	1.82
1665849--1665905	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
1665841--1665921	33	2.5	33	95	0	144	46	22	22	8	1.78
1665925--1666014	19	5.3	19	67	24	83	11	22	21	45	1.82
1665939--1666028	14	5.7	14	69	23	63	10	23	22	44	1.82
1665925--1666036	33	3.4	33	97	0	215	10	23	19	46	1.81
1667734--1668388	93	7.1	93	99	0	1276	21	12	19	46	1.83
1668459--1668588	19	7.3	19	73	17	118	8	16	27	46	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1668459--1668551	33	2.8	33	91	3	143	7	18	26	47	1.75
1670515--1670550	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
1670657--1670754	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
1670657--1670773	53	2.2	53	96	1	218	43	17	24	13	1.86
1670763--1670932	19	9.7	19	76	19	181	15	21	18	45	1.85
1670787--1670841	14	3.6	14	73	21	56	10	23	20	45	1.82
1670769--1670946	72	2.6	68	84	11	240	14	21	18	46	1.84
1670769--1670946	33	5.2	33	84	10	250	14	21	18	46	1.84
1670763--1670954	105	1.8	104	89	3	305	15	21	18	45	1.85
1673376--1673422	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16