genome.fa.s7916.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007916.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110319_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3725575

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2404652--2405771	189	5.9	191	89	7	1664	31	17	15	35	1.91
2405885--2405933	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
2406209--2406253	19	2.5	18	82	10	56	55	11	2	31	1.47
2405671--2406316	322	2.0	319	96	3	1192	32	16	11	39	1.84
2408124--2408167	21	2.1	21	91	0	70	15	31	11	40	1.83
2410061--2410120	20	3.0	20	81	13	70	20	15	11	53	1.72
2409865--2410318	181	2.5	181	88	1	651	27	16	13	42	1.85
2415429--2415475	18	2.7	18	86	3	69	27	27	8	36	1.86
2418159--2418203	24	1.9	23	86	4	63	51	0	2	46	1.13
2423251--2423623	187	2.0	187	99	0	739	37	19	9	34	1.83
2430432--2430464	14	2.5	14	90	9	52	60	0	0	39	0.97
2435528--2435567	21	1.9	21	85	10	55	30	0	7	62	1.23
2435964--2435999	18	2.1	17	89	5	54	41	8	13	36	1.75
2437028--2437097	15	4.5	15	74	12	52	32	4	2	60	1.31
2437028--2437103	32	2.4	30	79	14	82	32	6	2	57	1.38
2437046--2437097	17	3.2	17	78	10	65	30	3	0	65	1.10
2438040--2438179	59	2.3	61	86	3	196	38	13	13	34	1.84
2438555--2438614	3	20.0	3	86	6	86	30	0	1	68	0.99
2440781--2440905	64	2.0	63	84	4	162	33	18	23	24	1.97
2441769--2442069	151	2.0	149	96	3	550	37	1	22	37	1.66
2445083--2445450	181	2.0	183	97	1	695	32	15	23	29	1.95
2450651--2450703	25	2.1	25	100	0	106	54	0	30	15	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2452006--2452055	20	2.5	20	87	6	66	48	2	2	48	1.24
2455516--2455558	2	21.5	2	95	0	77	51	0	0	48	1.00
2460353--2460406	25	2.2	25	100	0	108	31	24	16	27	1.96
2461753--2461790	20	1.9	20	88	0	58	57	5	7	28	1.49
2469352--2469377	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2469942--2469969	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2470875--2470961	2	44.5	2	86	8	126	47	0	2	50	1.13
2474108--2474143	18	2.0	18	100	0	72	16	22	22	38	1.93
2475981--2476022	21	2.0	21	85	0	57	28	19	16	35	1.93
2485980--2486091	42	2.7	41	81	4	134	28	22	25	24	1.99
2486216--2486283	21	3.3	21	65	19	61	32	23	13	30	1.93
2486211--2486343	41	3.3	41	85	5	182	34	23	16	25	1.95
2485991--2486551	251	2.2	253	88	3	826	32	19	16	31	1.94
2486485--2486564	42	1.9	42	84	5	108	36	21	20	22	1.95
2485785--2486764	464	2.1	459	86	3	1358	32	20	16	30	1.94
2486245--2486886	213	3.0	213	89	1	968	33	19	14	32	1.92
2489282--2489317	2	18.0	2	100	0	72	50	50	0	0	1.00
2489317--2489412	2	50.0	2	89	8	155	51	0	1	47	1.07
2493649--2493694	20	2.3	20	96	0	83	34	23	4	36	1.75
2497361--2497425	32	2.1	32	85	5	89	20	15	40	24	1.91
2498052--2498091	16	2.5	15	80	11	53	75	0	15	10	1.05
2498078--2498119	12	3.8	11	75	12	50	76	0	21	2	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2499363--2499742	111	3.4	111	91	1	602	32	23	15	28	1.95
2499916--2499967	3	16.7	3	92	7	86	32	0	1	65	1.04
2501451--2501515	2	34.5	2	76	17	68	44	0	3	52	1.16
2501594--2501662	2	37.0	2	77	13	76	46	1	1	50	1.19
2501788--2501817	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2512172--2512232	21	2.9	21	92	0	95	31	9	6	52	1.60
2514069--2514119	21	2.4	21	100	0	102	25	23	31	19	1.98
2514185--2514339	65	2.4	63	84	7	161	28	18	22	30	1.97
2515990--2516367	188	2.0	188	99	0	747	38	6	8	46	1.61
2518722--2518751	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2519975--2520002	14	2.0	14	100	0	56	28	35	0	35	1.58
2523041--2523183	58	2.4	58	78	6	137	41	11	6	39	1.68
2532940--2532968	14	2.1	14	100	0	58	37	6	13	41	1.72
2533024--2533070	22	2.1	22	92	0	76	44	8	8	38	1.65
2533566--2533922	108	3.3	108	84	1	412	39	11	14	35	1.82
2534183--2534270	36	2.4	36	92	0	140	37	6	14	40	1.73
2534494--2534655	76	2.1	76	86	2	227	32	14	11	42	1.80
2534571--2535053	100	4.8	100	85	3	623	33	13	10	42	1.78
2534571--2535053	199	2.4	200	86	2	650	33	13	10	42	1.78
2535341--2535500	65	2.5	64	82	7	173	31	24	18	25	1.98
2535472--2535520	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
2540165--2540460	149	2.0	149	100	0	592	39	10	16	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2551795--2551888	20	4.8	19	77	7	82	26	21	12	39	1.89
2551795--2551869	38	2.0	38	84	5	98	26	21	14	37	1.92
2565607--2565731	34	3.8	34	73	19	129	42	10	15	32	1.80
2566088--2566126	15	2.7	15	84	4	53	23	5	2	69	1.21
2577192--2577230	12	3.3	11	83	16	51	84	5	10	0	0.76
2577963--2578224	98	2.6	98	81	5	283	34	24	20	19	1.96
2578819--2578943	34	3.8	34	70	19	111	43	10	15	31	1.80
2579300--2579336	15	2.6	15	83	8	51	24	5	2	67	1.25
2579374--2579438	26	2.5	24	79	16	67	32	1	0	66	1.01
2579386--2579436	12	4.0	12	75	20	50	35	0	0	64	0.94
2579836--2579879	2	22.0	2	95	0	79	47	0	0	52	1.00
2585062--2585460	42	9.5	42	75	5	351	38	22	28	11	1.88
2585008--2585460	84	5.4	83	76	8	330	38	21	28	11	1.88
2585017--2585462	42	10.6	40	71	12	265	38	21	28	11	1.89
2585661--2586076	117	3.6	115	83	7	482	43	5	32	18	1.74
2592376--2592435	31	1.9	31	86	0	84	40	6	10	43	1.64
2592908--2592954	18	2.5	18	86	13	60	57	0	2	40	1.11
2592948--2593088	62	2.3	63	92	5	250	54	2	0	43	1.12
2592948--2593122	12	14.2	12	71	18	112	56	2	0	41	1.12
2592977--2593023	23	2.0	23	87	4	67	51	2	0	46	1.13
2593068--2593123	6	9.5	6	80	7	62	66	1	0	32	1.03
2593068--2593130	12	5.3	12	81	14	62	66	1	0	31	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2595663--2595701	20	2.0	20	90	5	62	51	0	15	33	1.44
2606499--2606532	17	2.0	17	88	0	50	55	0	2	41	1.15
2606485--2606545	24	2.5	24	78	5	70	57	3	1	37	1.25
2607861--2607952	3	31.0	3	80	6	98	68	0	3	28	1.05
2608350--2608510	73	2.2	73	90	0	250	32	18	17	31	1.94
2608495--2608539	23	1.9	23	82	13	56	15	26	6	51	1.68
2608418--2608888	113	4.2	113	96	1	849	28	20	15	36	1.93
2608418--2608888	224	2.1	226	95	1	849	28	20	15	36	1.93
2609319--2609373	22	2.5	22	87	0	83	36	14	14	34	1.87
2609740--2609895	54	2.9	54	90	1	233	23	23	16	36	1.94
2611960--2612184	114	2.0	113	91	0	360	29	19	16	34	1.94
2618661--2618717	30	1.9	30	85	0	78	61	1	1	35	1.17
2620032--2620108	6	13.0	6	80	2	75	64	0	1	33	1.01
2620071--2620123	6	8.3	6	80	12	52	75	0	1	22	0.90
2620062--2620138	21	3.5	21	80	15	66	71	2	2	23	1.11
2622112--2622147	19	1.9	19	88	5	56	44	0	11	44	1.39
2628911--2628949	19	2.1	19	85	9	53	35	0	2	61	1.10
2629178--2629256	31	2.5	31	83	4	104	36	18	8	35	1.83
2632097--2632173	3	24.7	3	87	7	109	62	0	0	37	0.96
2632403--2633073	113	6.0	113	93	1	1055	29	17	16	36	1.92
2633748--2633935	94	2.0	92	90	2	295	32	21	15	29	1.94
2635072--2635171	12	8.6	12	77	17	79	0	21	0	79	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2635074--2635171	28	3.4	27	75	24	94	0	19	0	80	0.71
2635087--2635175	37	2.4	36	85	12	119	0	19	0	80	0.70
2635074--2635170	29	3.3	30	81	16	107	0	19	0	80	0.71
2642487--2642518	15	2.1	15	94	0	55	46	6	18	28	1.73
2646889--2646926	18	2.3	16	86	13	51	68	2	7	21	1.28
2647703--2647729	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2647839--2647878	18	2.3	18	86	4	55	32	0	2	65	1.06
2656344--2656383	21	1.9	21	94	0	71	27	30	17	25	1.97
2656495--2656568	19	4.1	19	74	20	70	18	27	33	20	1.96
2657952--2657999	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16