genome.fa.s7916.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007916.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110319_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3725575

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

This is table  12  of  16  ( 1895 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2659211--2659250	21	1.9	21	94	0	71	30	30	15	25	1.95
2659342--2659412	19	3.9	19	72	23	80	16	28	35	19	1.94
2659377--2659416	20	2.0	20	90	9	64	17	30	35	17	1.93
2664200--2664326	53	2.4	52	87	6	175	24	15	23	36	1.94
2667249--2667302	6	8.5	6	81	6	54	59	1	0	38	1.08
2667243--2667302	19	3.2	19	85	7	77	61	1	0	36	1.06
2674999--2675125	50	2.5	51	70	7	116	45	2	0	51	1.13
2675116--2675185	31	2.2	29	77	20	70	47	0	4	48	1.21
2675240--2675292	24	2.2	24	83	9	65	45	1	0	52	1.11
2675267--2675310	15	3.1	15	84	12	58	52	0	0	47	1.00
2675256--2675343	8	10.6	8	75	12	54	50	2	0	47	1.13
2675283--2675368	27	3.2	27	75	16	81	50	3	1	45	1.26
2675354--2675412	22	2.7	22	76	7	66	55	0	0	44	0.99
2675443--2675499	29	2.0	29	86	13	82	49	0	0	50	1.00
2675984--2676013	15	2.0	15	100	0	60	33	20	13	33	1.91
2679242--2679457	43	5.1	42	78	6	175	27	20	23	29	1.99
2679887--2679950	21	3.0	21	86	0	92	6	35	20	37	1.78
2679889--2679963	21	3.6	21	85	0	87	5	38	18	37	1.74
2679926--2680023	21	4.7	21	84	0	88	7	40	15	36	1.74
2688513--2688840	42	7.8	41	89	0	422	27	23	15	33	1.95
2688521--2688840	126	2.5	126	90	0	496	27	24	15	33	1.95
2689110--2689350	82	2.9	81	79	7	236	31	21	14	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2689108--2689317	41	5.1	39	68	16	122	30	20	15	32	1.94
2689206--2689372	83	2.0	82	81	1	190	31	23	14	29	1.95
2689443--2689468	12	2.2	12	100	0	52	38	34	15	11	1.83
2690184--2690299	60	1.9	60	85	3	162	33	20	5	40	1.75
2690189--2690326	60	2.3	60	81	3	154	36	21	4	37	1.73
2690441--2690585	57	2.5	58	80	6	141	42	3	21	33	1.70
2696361--2696394	13	2.7	13	90	4	52	50	14	0	35	1.44
2696615--2696656	20	2.1	20	86	0	57	19	26	30	23	1.98
2700977--2701003	13	2.1	13	100	0	54	62	37	0	0	0.95
2715047--2715379	167	2.0	167	100	0	666	48	11	8	31	1.69
2716007--2716179	84	2.0	87	95	4	316	47	10	6	34	1.66
2723427--2723463	18	2.1	18	89	0	56	56	8	8	27	1.56
2728810--2728868	30	2.0	30	86	0	82	33	11	3	50	1.56
2732069--2732118	15	3.3	15	77	20	50	54	0	12	34	1.38
2732071--2732118	24	2.0	24	84	8	62	54	0	10	35	1.35
2739375--2739412	15	2.6	14	88	12	58	42	0	0	57	0.98
2739417--2739464	21	2.4	21	82	6	64	68	10	4	16	1.33
2743819--2743897	39	2.0	39	80	11	90	15	6	10	68	1.37
2743946--2744027	41	2.0	41	97	2	157	25	8	0	65	1.20
2746139--2746182	23	1.9	23	81	9	54	40	0	2	56	1.11
2747654--2747679	3	8.7	3	100	0	52	34	30	0	34	1.58
2752169--2752214	23	2.0	23	82	0	56	47	2	0	50	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2753344--2753376	15	2.1	16	88	5	50	42	12	9	36	1.74
2755356--2755395	21	1.9	21	89	0	62	22	12	17	47	1.81
2771988--2772012	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2777286--2777348	28	2.2	28	100	0	126	28	19	22	30	1.98
2777341--2777405	13	5.0	13	76	0	67	27	18	16	36	1.93
2777563--2777593	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2778346--2778378	16	2.1	16	100	0	66	39	6	30	24	1.79
2787632--2787699	17	3.8	18	81	12	86	19	22	32	26	1.97
2793698--2793785	10	9.1	10	77	12	94	18	23	30	27	1.97
2793698--2793787	19	4.7	19	90	6	128	17	25	30	26	1.98
2793781--2793826	17	2.7	17	100	0	92	17	41	23	17	1.90
2793823--2793859	7	5.4	7	93	6	67	16	29	29	24	1.96
2793823--2793855	13	2.5	13	95	5	57	15	30	30	24	1.95
2798764--2798993	20	11.3	21	83	6	235	29	20	18	31	1.96
2798828--2798982	41	3.8	41	93	5	246	22	21	18	37	1.94
2798826--2798993	61	2.8	60	84	8	218	25	21	17	35	1.95
2799856--2799909	24	2.2	24	96	0	99	20	16	20	42	1.89
2800100--2800135	14	2.5	14	90	4	54	58	22	13	5	1.56
2802417--2802471	20	2.8	19	81	8	58	41	21	18	18	1.90
2802444--2802541	19	5.7	19	68	22	81	45	20	21	12	1.83
2802444--2802537	33	2.8	33	95	0	170	45	20	21	12	1.84
2802561--2802597	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2803946--2804012	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
2803946--2804068	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
2804559--2804648	19	4.9	20	78	15	79	7	16	25	50	1.72
2804599--2804675	19	4.0	19	86	3	109	12	22	16	48	1.80
2804763--2805031	94	3.0	89	89	5	384	47	18	12	20	1.81
2806702--2806764	20	3.2	20	86	8	92	47	17	22	12	1.81
2806749--2806837	14	5.6	14	67	23	52	46	21	22	10	1.81
2806700--2806854	33	4.5	33	85	5	193	48	19	21	10	1.78
2806700--2806859	19	9.1	19	66	23	64	47	19	22	10	1.80
2806855--2806947	33	2.8	33	86	1	123	10	21	23	44	1.84
2807497--2807611	20	5.6	21	88	4	155	20	21	18	40	1.92
2807608--2807648	21	2.0	21	85	9	57	41	17	21	19	1.90
2810061--2810137	21	3.7	21	84	8	95	22	24	15	37	1.93
2810060--2810147	20	4.3	20	77	16	81	25	23	15	35	1.95
2811342--2811382	14	3.0	14	92	3	66	43	34	0	21	1.53
2812705--2812865	11	13.7	11	74	11	106	28	18	22	30	1.97
2812891--2812951	31	2.0	31	86	0	86	21	16	21	40	1.91
2813250--2813303	24	2.2	24	90	0	81	20	20	20	38	1.93
2815810--2815864	19	2.8	19	80	2	56	38	20	21	20	1.94
2815837--2815967	19	7.8	17	70	23	82	45	19	23	11	1.82
2815855--2815942	14	5.6	14	67	23	50	45	19	23	11	1.83
2815837--2815963	33	3.8	33	95	0	227	45	18	23	11	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2815973--2816052	33	2.4	33	91	0	124	10	21	23	45	1.82
2815995--2816052	19	3.3	19	70	22	63	12	22	20	44	1.84
2816159--2816195	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2817545--2817611	21	3.2	21	68	4	55	19	19	35	25	1.95
2817545--2817667	42	2.9	41	78	7	104	21	17	37	22	1.94
2818088--2818171	19	4.6	19	72	15	79	46	25	19	9	1.79
2818181--2818261	33	2.5	33	89	0	126	7	18	24	49	1.73
2818197--2818286	19	4.9	19	75	15	91	8	20	20	51	1.73
2818223--2818284	20	3.2	20	81	4	81	9	19	17	53	1.71
2818181--2818286	33	3.0	34	82	13	119	8	19	21	50	1.74
2818376--2818550	86	2.0	86	92	5	289	46	20	13	20	1.83
2820246--2820308	20	3.2	20	82	8	83	46	17	23	12	1.83
2820363--2820399	14	2.6	14	95	0	65	10	24	24	40	1.87
2820970--2821084	20	5.7	20	81	2	113	20	19	19	40	1.91
2820970--2821084	21	5.6	21	81	8	121	20	19	19	40	1.91
2821081--2821121	21	2.0	21	90	0	64	39	17	26	17	1.91
2834607--2834645	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2835543--2835581	20	2.0	20	85	10	53	51	12	10	25	1.71
2836270--2836383	60	1.9	60	88	0	165	34	15	17	32	1.92
2866069--2866179	35	3.2	34	85	2	141	40	22	0	36	1.60
2866175--2866249	35	2.1	35	82	4	89	34	0	21	44	1.53
2869515--2869584	29	2.4	29	77	17	76	38	20	18	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2873387--2873434	23	2.1	23	84	0	60	29	12	10	47	1.74
2888225--2888250	12	2.2	12	100	0	52	7	19	50	23	1.73
2891125--2891202	35	2.2	35	93	0	129	42	10	25	21	1.84
2891890--2891966	24	3.0	26	90	7	106	40	0	1	58	1.06
2891890--2891955	3	22.0	3	80	11	73	37	0	1	60	1.06
2901214--2901496	94	3.0	93	88	2	417	28	14	21	36	1.92
2903704--2903815	54	2.1	54	84	0	143	40	15	21	23	1.91
2904861--2905723	76	11.5	76	97	1	1607	21	20	21	35	1.96
2905843--2905881	18	2.2	18	100	0	78	38	0	0	61	0.96
2905849--2905922	24	3.1	24	86	7	107	40	0	1	58	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16