genome.fa.s7916.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007916.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110319_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3725575

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2184583--2184653	21	3.4	21	78	3	90	43	16	23	15	1.87
2184570--2184654	41	2.1	41	97	0	161	43	15	23	17	1.87
2185180--2185260	19	4.5	19	73	16	73	46	24	17	11	1.80
2185256--2185401	19	8.1	19	74	17	132	11	22	23	42	1.86
2185261--2185337	39	2.0	39	89	5	120	9	20	25	44	1.81
2185309--2185393	33	2.5	33	92	1	134	11	23	25	38	1.89
2187264--2187386	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
2187320--2187386	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
2188720--2188755	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
2188862--2188919	20	3.0	20	89	2	82	50	18	17	13	1.79
2188924--2189049	33	3.9	32	86	9	184	15	23	19	42	1.89
2188917--2189048	66	2.0	65	95	1	237	16	22	19	40	1.91
2191281--2191305	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2191480--2191533	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
2192590--2192647	20	2.9	20	92	0	89	39	22	20	17	1.92
2192666--2192780	33	3.5	33	83	8	128	14	20	17	46	1.83
2192685--2192799	19	6.6	19	79	18	151	15	20	16	46	1.83
2192685--2192799	52	2.2	52	98	0	221	15	20	16	46	1.83
2192730--2192828	33	3.0	33	90	0	144	14	22	20	43	1.87
2192697--2192780	14	6.3	14	75	18	72	15	21	16	46	1.84
2192685--2192828	52	2.8	52	87	8	188	15	21	18	44	1.86
2194807--2194857	19	2.6	20	71	3	59	41	21	23	13	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2194846--2194903	14	3.9	14	79	16	71	50	25	15	8	1.73
2194830--2194908	32	2.4	33	91	2	133	48	24	17	10	1.78
2194915--2194977	18	3.7	18	75	18	71	12	20	22	44	1.85
2194962--2195016	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
2195489--2195533	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
2196851--2196888	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
2197152--2197195	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
2197383--2197435	20	2.7	20	91	5	81	26	18	28	26	1.98
2197421--2197521	20	4.9	21	71	12	59	19	18	18	42	1.89
2197363--2197477	20	5.7	20	76	5	79	24	17	23	34	1.96
2197405--2197539	41	3.3	41	83	4	148	20	20	20	38	1.94
2197485--2197551	20	3.3	20	77	4	80	17	22	17	41	1.90
2197466--2197541	21	3.7	21	76	3	91	17	23	18	40	1.91
2197466--2197555	41	2.2	41	97	0	171	17	23	17	41	1.90
2204100--2204165	31	2.1	32	82	2	80	30	16	13	39	1.87
2211715--2211816	49	2.1	49	100	0	204	50	11	14	23	1.76
2211992--2212153	60	2.7	58	80	6	157	29	17	17	35	1.94
2212533--2212600	35	1.9	35	96	0	127	44	23	14	17	1.86
2212667--2212706	16	2.5	16	87	0	53	52	12	7	27	1.66
2213720--2213764	7	6.4	7	100	0	90	42	13	28	15	1.85
2214322--2214489	60	2.8	59	79	5	185	34	20	5	38	1.77
2214899--2214950	22	2.2	25	83	13	65	69	0	11	19	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2215003--2215042	18	2.1	19	86	9	55	82	0	7	10	0.84
2215139--2215188	24	2.1	24	85	7	66	78	4	0	18	0.91
2216477--2216609	38	3.6	38	77	14	118	43	6	3	46	1.45
2216454--2216658	70	2.9	71	76	9	195	42	8	3	45	1.51
2216470--2216727	108	2.4	107	78	13	260	45	7	3	42	1.51
2216447--2216671	34	6.6	34	73	18	166	43	8	3	45	1.49
2216540--2216788	35	6.8	37	76	15	139	45	7	3	43	1.48
2219023--2219063	21	2.0	21	90	4	66	43	4	4	46	1.46
2220291--2220356	34	2.0	34	81	3	80	25	22	15	36	1.93
2222559--2222628	21	3.3	21	73	15	72	20	18	25	35	1.95
2222559--2222642	42	2.0	42	95	0	150	21	19	22	36	1.95
2223354--2223513	42	3.8	42	95	0	293	36	22	20	20	1.95
2223421--2223622	63	3.2	64	85	6	202	35	23	20	20	1.96
2223379--2223616	105	2.3	104	88	5	379	35	23	19	21	1.96
2223351--2223616	42	6.3	41	88	5	247	35	22	19	21	1.96
2227273--2227318	22	2.1	22	84	4	58	32	28	23	15	1.95
2228671--2228697	14	1.9	14	100	0	54	29	7	29	33	1.85
2229065--2229109	23	2.0	23	86	8	65	22	24	26	26	2.00
2230395--2230464	34	2.1	32	84	5	86	22	30	14	32	1.94
2230747--2230788	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
2230980--2231039	29	2.0	31	90	6	97	41	16	6	35	1.75
2233673--2233715	20	2.3	19	84	8	52	65	0	4	30	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2236339--2236447	57	1.9	57	92	0	182	23	22	18	35	1.95
2239807--2239840	6	5.3	6	86	13	50	0	0	17	82	0.67
2239801--2239838	14	2.6	15	84	16	53	0	0	21	78	0.74
2239802--2239856	10	5.4	10	78	22	53	5	0	16	78	0.93
2239852--2239881	6	4.8	6	95	4	51	0	16	0	83	0.65
2239852--2239889	12	2.9	13	84	11	51	0	18	0	81	0.69
2246701--2246764	31	2.0	34	87	9	98	25	12	4	57	1.54
2251348--2251422	23	3.3	23	76	0	87	34	16	8	41	1.77
2251343--2251430	46	1.9	45	88	2	131	36	14	7	40	1.76
2252686--2252743	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
2259902--2259940	15	2.5	16	83	8	53	38	5	2	53	1.37
2270000--2270047	20	2.4	20	100	0	96	25	14	14	45	1.83
2270391--2270444	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
2276092--2276134	13	3.3	13	81	9	52	46	9	0	44	1.35
2276618--2276656	16	2.5	16	87	4	53	28	15	12	43	1.83
2276626--2276659	16	2.1	16	94	0	59	32	14	11	41	1.82
2286718--2286743	13	2.0	13	100	0	52	46	23	0	30	1.53
2290936--2291019	44	1.9	44	83	9	109	33	19	19	28	1.96
2294296--2294331	19	2.0	17	89	10	54	38	0	0	61	0.96
2294342--2294415	26	2.7	27	71	19	73	41	0	6	51	1.28
2294454--2294498	24	1.9	23	90	4	72	42	4	0	53	1.21
2294458--2294514	24	2.2	24	81	9	69	47	3	1	47	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2294458--2294534	27	2.9	27	70	14	68	46	2	1	49	1.23
2294507--2294665	59	2.7	59	76	4	160	49	0	0	49	1.10
2301842--2301890	23	2.1	23	100	0	98	44	4	30	20	1.70
2312982--2313024	21	2.0	22	81	4	52	30	11	2	55	1.48
2321284--2321322	20	2.0	20	85	5	53	25	5	2	66	1.25
2330837--2330885	25	2.0	25	100	0	98	57	12	8	22	1.61
2334514--2334544	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
2338898--2339014	35	3.2	36	88	7	166	29	5	19	44	1.75
2343460--2343581	35	3.4	36	87	6	176	31	4	18	45	1.70
2351297--2351331	10	3.6	10	84	7	54	20	0	2	77	0.90
2351346--2351397	18	2.7	20	77	17	56	46	0	3	50	1.20
2355248--2355396	60	2.5	60	78	12	162	33	17	3	45	1.65
2355580--2355708	59	2.2	59	78	5	134	41	6	18	33	1.77
2363568--2363622	17	3.2	17	94	0	92	49	7	0	43	1.30
2374623--2374706	30	2.7	30	75	10	80	48	3	3	44	1.37
2374623--2374692	30	2.3	32	80	9	83	52	1	2	42	1.24
2383237--2383349	59	1.9	60	83	5	149	32	16	4	46	1.67
2388017--2388054	20	1.9	20	94	0	67	21	23	23	31	1.98
2389618--2389681	28	2.2	31	76	15	75	43	0	3	53	1.16
2389796--2389863	11	5.8	11	76	10	64	52	38	0	8	1.33
2389796--2389858	23	2.7	24	76	11	69	52	38	0	9	1.34
2390839--2390911	34	2.2	34	95	2	130	26	6	6	60	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2396910--2396982	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77
2397351--2397413	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2396744--2398037	431	3.0	429	96	1	2370	39	12	7	40	1.71
2397778--2397840	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2398178--2398242	25	2.6	25	97	0	121	36	12	10	40	1.78
2400491--2401145	177	3.7	177	93	3	1060	33	16	15	34	1.91
2403123--2403211	12	7.2	12	78	7	79	22	32	6	38	1.80
2403123--2403194	6	12.0	6	81	0	72	23	33	5	37	1.78
2403123--2403211	18	4.8	18	81	8	88	22	32	6	38	1.80
2403127--2403211	6	13.7	6	76	7	71	21	32	7	38	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16