genome.fa.s7938.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007938.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110348_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2808856

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6530--6595	16	4.2	16	83	13	84	19	42	24	13	1.87
6544--6584	13	2.9	13	89	10	55	17	43	24	14	1.86
6602--6684	29	2.9	29	92	0	139	24	8	22	44	1.80
8860--8885	12	2.2	12	100	0	52	38	7	15	38	1.76
18489--18565	34	2.3	34	88	6	120	31	9	28	31	1.88
21058--21096	9	4.2	9	81	18	53	10	0	5	84	0.76
21055--21094	19	2.1	19	90	9	64	10	0	7	82	0.84
21171--21202	3	11.0	3	93	6	57	31	0	0	68	0.90
21211--21276	31	2.2	31	86	8	91	15	6	0	78	0.93
21224--21511	23	12.0	23	66	20	69	15	8	2	73	1.17
21233--21268	17	2.1	17	94	0	63	13	5	0	80	0.88
21236--21403	6	26.5	6	65	21	60	17	5	2	73	1.15
21238--21498	9	28.9	9	66	19	84	16	8	2	72	1.19
25010--25213	91	2.2	89	74	11	189	45	0	3	51	1.18
25021--25192	28	5.8	29	69	16	75	45	0	4	50	1.20
25161--25205	23	2.0	23	90	0	72	44	0	2	53	1.13
25162--25230	23	3.0	23	82	6	68	46	0	2	50	1.16
31024--31085	16	3.9	16	77	12	56	27	20	9	41	1.84
31215--31241	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
31215--31257	13	3.1	14	86	6	52	55	0	2	41	1.12
31297--31350	23	2.3	24	93	3	92	42	1	9	46	1.46
31599--31640	11	3.7	11	84	6	57	47	4	7	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32191--32266	13	5.9	14	69	18	67	26	7	17	48	1.74
32193--32270	25	3.1	25	92	0	120	25	8	16	48	1.75
32934--32987	24	2.2	24	78	15	58	51	1	0	46	1.11
32963--33017	29	2.0	27	89	7	83	54	0	1	43	1.10
32964--33036	6	13.2	6	71	23	54	52	1	1	45	1.18
32960--33036	15	5.1	15	80	13	79	51	1	1	45	1.17
32960--33042	21	3.9	21	77	19	57	51	1	2	44	1.22
33047--33110	31	2.1	30	82	5	76	50	4	4	40	1.44
33068--33241	64	2.7	64	74	11	165	48	4	5	41	1.45
33224--33263	21	2.0	20	85	9	55	45	10	7	37	1.66
33251--33365	21	5.5	21	74	14	105	45	6	6	40	1.58
33286--33382	28	3.2	28	68	18	86	48	8	7	36	1.61
33234--33401	63	2.7	63	92	0	275	45	8	5	40	1.59
33442--33524	20	4.3	20	66	25	61	42	8	6	43	1.59
33396--33553	57	2.7	59	82	13	170	42	8	7	41	1.63
33830--33867	7	5.4	7	87	0	58	15	0	42	42	1.47
33831--33876	21	2.2	21	92	0	74	21	0	36	41	1.54
33960--34112	2	80.5	2	69	16	85	46	5	1	47	1.33
34030--34166	62	2.2	62	93	5	231	45	5	1	46	1.36
34148--34227	13	5.8	13	72	8	61	40	7	7	45	1.61
34211--34269	18	3.4	17	73	17	57	45	1	6	45	1.40
36708--36764	22	2.6	22	100	0	114	45	0	5	49	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37944--37989	18	2.4	18	85	7	56	32	30	13	23	1.93
40871--40904	17	1.9	17	88	5	50	23	2	0	73	0.97
43910--44019	56	1.9	57	98	1	213	34	20	13	31	1.91
47448--47491	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
47658--47715	29	2.2	25	84	12	71	56	3	0	39	1.16
52552--52596	18	2.5	18	88	0	72	20	28	15	35	1.93
53229--53327	18	5.5	18	91	0	153	19	28	15	37	1.92
52589--54003	732	1.9	729	90	2	2128	36	15	11	36	1.84
56525--56632	36	3.0	36	93	0	189	37	16	15	30	1.90
57150--57181	15	2.1	15	94	0	55	34	43	6	15	1.72
57683--57855	90	1.9	89	94	1	301	37	10	7	43	1.68
64094--64266	90	1.9	89	90	1	274	38	9	7	45	1.65
67798--67852	21	2.6	21	97	0	101	23	36	23	16	1.94
73614--73733	21	5.7	20	75	23	97	25	27	16	30	1.97
73609--73735	23	5.9	22	83	13	142	26	26	16	29	1.97
73609--73735	44	2.9	44	84	12	174	26	26	16	29	1.97
79410--79517	36	3.0	36	90	0	162	37	15	13	33	1.87
81138--81196	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
85821--85879	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
87762--87819	18	3.3	18	68	18	59	55	20	10	13	1.68
87753--87835	34	2.4	34	91	0	130	54	21	10	13	1.69
88784--88829	20	2.3	20	84	0	65	28	21	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88863--88915	22	2.5	21	88	11	74	22	16	18	41	1.90
90255--90326	26	2.8	26	81	6	76	66	15	1	16	1.32
92577--92611	17	2.0	18	88	5	54	60	2	5	31	1.35
96996--97038	18	2.4	18	100	0	86	9	34	0	55	1.32
107347--107401	22	2.5	22	82	5	67	7	23	5	63	1.41
108311--108335	12	2.1	12	100	0	50	40	0	16	44	1.47
114760--114809	22	2.3	22	79	6	57	46	4	2	48	1.32
116208--116245	16	2.4	16	86	8	51	60	5	0	34	1.19
120813--120977	57	2.9	57	84	3	199	36	16	18	28	1.93
120848--120942	29	3.3	29	69	8	86	31	17	18	31	1.95
120814--120912	28	3.5	28	70	8	92	34	16	23	26	1.95
120848--121058	57	3.8	55	76	9	144	35	20	19	25	1.96
130098--130144	18	2.6	18	76	10	51	17	6	31	44	1.73
134763--134796	18	1.9	18	88	5	52	14	26	32	26	1.95
137401--137503	50	2.1	50	98	0	197	27	18	17	36	1.93
142041--142068	8	3.5	8	100	0	56	64	0	0	35	0.94
144051--144126	27	2.9	27	82	2	82	47	0	0	52	1.00
144067--144105	19	2.2	18	90	9	62	43	0	0	56	0.99
144239--144271	16	2.0	17	88	5	50	57	0	0	42	0.98
144329--144459	10	12.9	11	66	19	54	47	0	1	50	1.15
144372--144443	12	5.8	12	73	12	56	44	1	1	52	1.18
144335--144434	53	1.9	52	82	13	125	48	1	1	50	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166151--166190	20	2.0	21	90	5	64	50	0	2	47	1.14
167032--167057	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
171244--171282	20	1.9	20	94	5	69	46	0	0	53	1.00
171382--171421	20	1.9	22	90	10	66	55	0	5	40	1.22
176291--176354	29	2.2	29	88	0	92	42	21	10	25	1.85
176291--176365	29	2.6	29	77	8	89	42	20	13	24	1.87
176948--176988	14	3.0	14	79	13	50	39	14	21	24	1.91
181005--181124	64	1.9	64	85	0	168	44	30	8	16	1.77
186101--186261	85	1.9	85	93	0	277	22	13	21	41	1.88
187007--187412	190	2.1	192	85	4	545	40	6	8	44	1.60
194064--194158	48	2.0	48	89	4	147	40	5	8	46	1.57
196522--196690	43	4.0	43	83	2	180	32	17	21	27	1.96
197461--197508	19	2.6	18	81	12	62	29	18	25	27	1.98
197912--198299	58	6.6	59	71	13	275	36	9	24	29	1.88
197913--198278	117	3.1	117	92	1	574	35	9	25	29	1.87
198834--198887	22	2.4	23	90	3	83	22	24	16	37	1.94
199019--199110	44	2.1	44	88	6	134	39	15	18	27	1.90
203954--203992	18	2.2	18	100	0	78	28	12	28	30	1.93
211066--211099	18	1.9	18	88	5	52	23	0	26	50	1.50
211064--211133	27	2.5	29	82	15	94	21	2	22	52	1.60
212451--212505	20	2.8	20	76	15	60	38	23	12	25	1.90
223257--223290	9	3.9	9	84	7	52	35	0	2	61	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223256--223294	17	2.4	17	95	4	71	33	0	5	61	1.18
223256--223301	17	2.8	17	90	3	58	32	2	4	60	1.28
226195--226329	72	1.9	72	96	0	252	34	17	20	27	1.95
228452--228535	42	2.0	42	88	0	123	19	17	13	50	1.78
228757--228823	20	3.3	20	78	0	71	61	10	10	17	1.56
245783--245843	2	30.5	2	100	0	122	49	0	0	50	1.00
246540--246594	22	2.5	22	75	0	56	29	9	23	38	1.85
249941--249995	22	2.5	22	75	0	56	29	9	23	38	1.85
252644--252677	13	2.5	14	85	4	52	32	0	0	67	0.91
252762--252806	23	2.0	23	86	0	63	46	0	2	51	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14