genome.fa.s7938.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007938.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110348_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2808856

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
707341--707377	19	1.9	19	89	10	58	8	24	0	67	1.17
711863--713138	106	12.0	106	91	0	1964	33	24	18	23	1.97
713888--713992	37	2.8	37	86	0	147	40	15	12	31	1.84
714411--714457	23	2.0	23	84	15	62	27	2	0	70	0.99
714489--714522	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
714486--714528	10	4.7	9	91	8	61	44	0	0	55	0.99
714716--714793	17	4.8	16	72	27	58	26	2	1	69	1.09
714688--714775	24	3.4	27	70	17	71	29	3	1	65	1.16
714700--714755	20	2.7	21	81	15	71	30	1	0	67	1.01
714705--714777	13	5.6	14	76	17	52	30	2	0	67	1.05
714698--714793	47	2.0	47	82	7	115	28	3	1	67	1.12
716713--716747	17	2.0	18	94	5	63	60	0	22	17	1.37
718018--718078	12	5.0	12	71	11	52	39	0	6	54	1.27
718271--718425	2	81.0	2	67	24	68	47	1	5	46	1.33
718289--718340	19	2.7	19	81	0	59	42	0	5	51	1.25
718348--718419	37	2.0	38	83	8	96	51	0	2	45	1.15
722319--722349	16	1.9	16	93	0	53	38	29	25	6	1.81
727861--727905	16	2.8	16	93	0	81	6	11	24	57	1.57
733754--733909	9	16.4	9	71	16	77	25	4	0	69	1.12
733791--733906	3	36.7	3	76	17	69	29	5	0	65	1.14
733957--733990	14	2.4	14	90	9	52	8	2	5	82	0.93
733988--734072	12	6.9	12	71	25	54	16	9	0	74	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
733980--734088	16	6.7	16	71	20	59	15	8	0	75	1.09
734012--734059	20	2.3	20	89	3	69	16	6	0	77	0.97
733979--734059	36	2.3	35	82	6	92	16	7	0	76	1.00
734169--734234	32	2.0	31	82	11	78	16	15	0	68	1.22
744610--744656	5	9.4	5	81	9	60	82	0	17	0	0.66
744611--744658	24	2.0	25	91	4	80	83	0	16	0	0.65
744653--744770	56	2.1	56	85	3	157	54	13	16	15	1.72
745601--746028	124	3.5	123	85	4	553	35	23	14	26	1.94
746607--746647	16	2.5	17	81	18	52	48	0	2	48	1.14
747740--747829	19	4.8	19	72	18	64	21	3	2	73	1.09
747791--747823	7	4.7	7	92	7	50	30	0	0	69	0.88
747915--747941	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
747951--748034	12	6.7	13	75	16	61	11	7	2	78	1.04
747951--747997	13	3.4	14	80	16	53	8	8	4	78	1.07
747974--748030	20	2.9	19	72	25	55	14	5	0	80	0.87
747975--748068	24	4.1	23	73	14	88	15	7	0	76	1.00
747987--748024	11	3.7	10	83	16	51	13	7	0	78	0.94
747987--748226	23	10.8	22	65	24	69	17	10	1	70	1.22
747935--748071	48	2.8	46	76	20	120	16	8	1	74	1.12
747975--748163	33	5.7	33	73	15	117	17	9	1	70	1.21
747974--748084	24	4.8	23	70	21	72	16	7	0	75	1.06
748088--748172	13	5.9	14	70	23	52	20	11	1	67	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
748167--748224	15	3.9	14	77	8	62	13	10	1	74	1.15
750235--750294	23	2.6	23	89	0	93	10	16	36	36	1.82
752782--752822	15	2.7	15	84	3	55	70	7	4	17	1.28
753017--753131	3	36.3	3	73	16	90	35	3	1	59	1.25
753017--753131	10	12.1	9	73	14	90	35	3	1	59	1.25
753018--753130	13	8.1	13	72	17	84	34	3	1	60	1.24
753588--753682	43	2.2	44	81	7	113	40	1	12	46	1.49
755527--755592	16	4.1	16	80	0	87	21	30	19	28	1.98
755936--756013	7	10.3	7	73	20	59	34	2	1	61	1.18
755935--756049	3	36.3	3	73	16	90	35	3	1	59	1.25
755935--756049	10	12.1	9	73	16	90	35	3	1	59	1.25
755936--756048	13	9.1	13	74	12	78	34	3	1	60	1.24
755945--756049	42	2.4	46	84	6	137	36	3	0	59	1.22
757266--757348	43	1.9	43	82	4	105	40	1	13	44	1.51
757512--757616	49	2.1	49	79	10	117	30	0	11	58	1.34
759891--759977	29	3.0	29	93	0	147	11	31	29	27	1.92
760011--760086	27	2.9	26	90	3	125	22	39	13	25	1.90
760343--760400	26	2.3	26	87	3	82	43	10	34	12	1.76
760546--760586	22	1.9	22	90	5	66	24	0	21	53	1.46
760597--760721	39	3.1	40	77	9	101	40	0	12	47	1.46
760598--760721	43	3.0	40	72	10	106	40	0	12	46	1.47
760912--761021	11	9.2	12	70	20	54	43	10	1	43	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
760907--760975	34	2.0	35	85	2	95	42	10	1	46	1.46
760907--760990	26	3.4	23	78	12	87	41	10	1	46	1.46
760934--761009	26	2.9	26	88	0	107	43	7	2	46	1.47
760940--761021	37	2.1	37	82	10	94	43	9	2	43	1.50
760907--760998	23	3.8	23	77	11	94	42	9	2	45	1.49
760978--761067	16	5.9	15	70	20	55	47	11	1	40	1.46
761221--761333	49	2.3	49	95	1	199	45	12	0	42	1.42
761239--761317	25	3.1	27	63	17	69	46	11	0	41	1.40
761301--761361	18	3.6	18	67	13	56	45	8	0	45	1.33
761291--761375	33	2.5	33	92	7	134	48	9	0	42	1.35
761417--761461	16	2.8	16	93	6	74	48	20	0	31	1.49
765010--765063	28	1.9	28	100	0	108	57	14	0	27	1.38
765006--765070	28	2.3	28	87	10	105	55	12	0	32	1.37
765040--765088	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
765215--765243	5	5.8	5	100	0	58	0	37	0	62	0.96
765843--765912	30	2.3	30	100	0	140	31	18	12	37	1.89
766849--766963	61	1.9	61	90	0	185	21	13	13	52	1.73
767270--767324	19	2.8	20	78	15	69	34	5	25	34	1.79
767281--767322	19	2.2	19	95	0	75	38	4	26	30	1.77
767522--767575	14	4.1	14	77	18	62	7	9	25	57	1.56
767522--767582	24	2.5	24	89	0	95	8	9	24	57	1.58
768669--768713	16	2.8	16	86	0	72	6	8	24	60	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
769312--769430	20	5.8	20	78	5	114	24	19	20	36	1.95
769312--769430	41	2.9	40	81	9	141	24	19	20	36	1.95
770821--770860	21	1.9	21	89	0	62	25	0	5	70	1.08
774762--774799	7	5.4	7	81	12	51	15	13	0	71	1.16
775746--775776	15	2.0	16	93	6	55	51	3	6	38	1.44
777589--777622	10	3.3	10	91	4	50	0	32	0	67	0.91
778103--778157	3	18.0	3	89	10	85	67	0	0	32	0.91
780889--781079	95	2.0	95	100	0	382	38	10	7	42	1.68
785791--785815	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
788476--788501	10	2.6	10	100	0	52	7	7	0	84	0.77
803977--804050	37	2.0	36	89	2	112	52	14	8	24	1.69
804610--804655	16	2.9	16	90	0	74	36	4	26	32	1.76
805167--805240	33	2.2	33	92	0	121	41	35	9	13	1.77
805243--805300	30	1.9	31	89	3	91	44	18	8	27	1.79
805297--805379	28	2.7	32	75	19	95	42	34	9	13	1.77
805370--805442	31	2.3	32	92	2	121	41	26	10	21	1.86
808314--808459	74	2.0	74	95	0	265	47	21	12	18	1.81
809838--809900	11	5.9	11	75	14	69	41	1	0	57	1.08
813063--813137	36	2.1	36	100	0	150	44	5	13	37	1.66
813722--813758	4	9.8	4	88	11	60	78	0	0	21	0.75
813716--813761	18	2.6	18	86	13	76	78	0	0	21	0.76
813716--813758	14	3.2	14	93	6	72	79	0	0	20	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814496--814604	22	5.0	22	96	0	200	26	22	27	23	1.99
815071--815170	2	50.0	2	90	4	157	49	1	0	50	1.07
819559--819606	2	24.0	2	93	0	78	52	2	0	45	1.12
820538--820595	29	2.0	29	86	3	80	32	0	3	63	1.11
820556--820588	16	1.9	18	88	11	52	36	0	3	60	1.12
822336--822399	27	2.4	27	94	0	119	14	42	20	23	1.88
822894--822981	34	2.6	33	84	10	99	19	2	15	62	1.43
825977--826045	21	3.2	21	83	4	93	28	18	24	27	1.98
826866--826904	20	1.9	20	85	15	53	38	28	0	33	1.57
828806--828836	15	2.0	16	93	6	55	32	6	25	35	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14