genome.fa.s7938.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007938.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110348_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2808856

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2003018--2003070	28	1.9	27	84	3	70	24	15	16	43	1.87
2003315--2003398	44	1.9	44	87	4	125	40	3	5	50	1.44
2003524--2003564	21	2.0	20	85	9	55	29	21	26	21	1.99
2011538--2011657	35	3.3	36	88	6	172	43	19	5	32	1.72
2011586--2011649	20	3.4	20	66	29	59	45	18	4	31	1.70
2015722--2015755	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
2016166--2016285	35	3.3	36	89	5	181	43	20	5	31	1.73
2016217--2016277	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
2020953--2021004	21	2.5	21	78	6	61	17	26	21	34	1.95
2021005--2021161	21	7.5	21	97	0	280	38	15	23	22	1.92
2021150--2021203	20	2.7	20	97	0	99	31	24	20	24	1.98
2021515--2021570	20	2.8	20	88	0	85	42	23	19	14	1.88
2021608--2021653	19	2.4	19	100	0	92	15	19	17	47	1.82
2023241--2023333	42	2.2	42	88	0	141	20	15	43	21	1.88
2023269--2023329	21	2.9	21	73	9	70	21	13	42	22	1.87
2023672--2023750	20	4.0	20	88	0	86	35	25	17	21	1.95
2023698--2023816	19	6.4	19	80	10	104	42	21	21	14	1.88
2023772--2023835	14	4.3	14	75	19	58	53	21	15	9	1.70
2023753--2023825	33	2.2	33	100	0	146	49	20	17	12	1.79
2023737--2023852	52	2.2	52	83	8	139	47	22	18	12	1.81
2023753--2023846	33	2.8	33	90	3	100	51	22	15	10	1.74
2023842--2023971	19	7.6	19	69	23	110	13	19	19	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2023847--2023971	33	3.8	33	95	0	232	13	18	19	48	1.80
2023902--2023955	14	3.5	14	73	22	54	11	16	22	50	1.77
2023956--2024010	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
2024533--2024580	18	2.7	18	86	0	69	16	14	43	25	1.86
2025899--2025956	20	2.9	20	92	0	89	44	24	15	15	1.85
2026457--2026522	20	3.3	20	93	0	114	25	16	30	27	1.97
2026574--2026626	21	2.5	22	75	6	65	33	16	26	22	1.96
2026836--2026860	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2026905--2026961	30	1.9	30	89	7	89	70	0	8	21	1.14
2026899--2026971	30	2.5	27	77	16	83	73	0	6	19	1.04
2028359--2028395	3	11.7	3	88	11	56	67	0	2	29	1.04
2028434--2028511	41	1.9	41	92	5	131	48	3	0	47	1.20
2028473--2028541	30	2.2	31	87	5	104	52	5	0	42	1.25
2028422--2028734	73	4.3	73	78	15	265	46	5	2	45	1.42
2028422--2028734	38	8.5	37	80	13	301	46	5	2	45	1.42
2028455--2028770	73	4.3	71	77	13	252	44	6	3	45	1.48
2029417--2029654	118	2.0	120	96	1	444	28	11	13	45	1.79
2031198--2031247	20	2.5	19	78	9	55	24	20	22	34	1.97
2032396--2032877	106	4.6	104	76	8	424	34	13	12	40	1.81
2032399--2032848	210	2.1	212	81	4	525	34	12	12	40	1.81
2034171--2034223	21	2.5	21	100	0	106	32	11	18	37	1.87
2034407--2034457	22	2.2	22	82	6	57	37	17	0	45	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2041134--2041192	23	2.6	23	75	17	61	35	3	0	61	1.13
2041232--2041295	26	2.5	26	97	0	119	25	20	21	32	1.97
2041933--2042177	120	2.0	121	92	0	402	44	8	11	35	1.71
2045495--2045567	28	2.6	28	95	0	128	9	42	19	28	1.82
2045627--2045807	93	1.9	93	86	2	256	36	21	11	30	1.89
2045889--2045929	18	2.4	17	88	8	57	29	29	7	34	1.84
2054943--2054997	25	2.2	25	90	6	85	7	25	3	63	1.37
2054943--2054997	22	2.3	24	87	9	78	7	25	3	63	1.37
2055989--2056048	25	2.4	25	88	0	93	61	3	25	10	1.43
2056330--2056421	42	2.2	42	92	1	150	50	4	4	41	1.42
2056331--2056406	15	5.3	15	70	17	54	52	2	3	40	1.34
2068805--2068847	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2069277--2069313	19	1.9	19	88	0	56	48	5	0	45	1.25
2069327--2069390	3	21.3	3	96	0	119	32	1	0	65	1.02
2073745--2073789	20	2.4	19	81	7	56	71	4	4	20	1.21
2075292--2076068	105	7.4	106	92	2	1205	23	19	24	32	1.97
2086300--2086343	20	2.2	20	88	8	63	72	2	6	18	1.17
2087764--2087808	20	2.4	19	81	7	56	71	4	4	20	1.21
2089725--2089851	52	2.4	52	97	0	236	35	22	14	27	1.93
2106821--2107535	48	15.0	48	86	2	969	38	14	17	29	1.89
2106821--2107535	237	3.0	237	89	1	1036	38	14	17	29	1.89
2109254--2109301	21	2.3	21	89	7	71	37	8	18	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2112534--2112573	20	1.9	21	85	10	55	37	37	12	12	1.81
2113175--2113271	37	2.6	37	82	6	124	40	13	14	31	1.85
2113825--2114004	37	4.9	37	70	22	112	25	5	1	67	1.19
2113876--2114063	25	7.3	25	69	21	81	27	3	1	67	1.17
2113933--2113975	11	3.8	11	81	6	50	23	6	2	67	1.27
2113971--2114083	13	8.8	14	72	14	61	33	1	0	63	1.11
2113971--2114030	23	2.5	25	84	7	81	35	0	1	63	1.05
2113971--2114077	23	4.6	23	70	12	67	33	1	0	63	1.11
2113977--2114098	27	4.4	27	72	19	108	31	1	1	65	1.12
2114492--2114539	18	2.4	21	80	13	57	20	16	0	62	1.33
2119095--2119165	23	3.2	22	75	15	74	78	7	12	1	1.00
2119104--2119152	12	4.2	12	78	21	59	81	6	12	0	0.86
2119096--2119164	21	3.2	22	80	15	81	78	7	13	1	1.02
2119105--2119166	28	2.2	27	81	13	72	80	6	11	1	0.96
2119772--2119848	22	3.5	22	90	0	127	36	28	14	20	1.92
2120266--2120302	18	2.0	19	94	5	67	18	5	32	43	1.73
2120676--2122147	106	14.0	106	90	1	2174	34	25	17	23	1.96
2120676--2122147	317	4.7	318	91	1	2223	34	25	17	23	1.96
2122826--2122930	37	2.8	37	86	0	147	39	14	15	31	1.87
2123526--2123570	13	3.2	15	78	15	60	31	0	0	68	0.89
2124003--2124071	21	3.1	23	76	16	65	37	1	2	57	1.22
2124013--2124071	22	2.8	21	80	15	68	37	0	3	59	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2124017--2124069	17	3.0	17	80	5	61	35	0	3	60	1.15
2124141--2124188	1	48.0	1	82	0	60	4	4	0	91	0.50
2124141--2124214	16	4.4	16	77	15	78	10	2	1	85	0.77
2126353--2126412	21	2.9	21	94	0	102	25	16	10	48	1.77
2126628--2126695	35	1.9	35	85	8	93	23	35	19	22	1.96
2132069--2132157	29	3.0	29	80	6	90	37	14	3	44	1.62
2132226--2132266	21	1.9	22	95	5	75	70	4	2	21	1.18
2137273--2137304	15	2.0	17	88	11	50	46	6	15	31	1.71
2137418--2137476	32	1.9	31	86	6	84	37	1	3	57	1.25
2137986--2138046	26	2.3	27	88	5	88	39	0	3	57	1.15
2138937--2138986	25	2.0	25	96	0	91	50	16	6	28	1.68
2142470--2142737	133	2.0	133	89	0	410	32	14	20	33	1.92
2145640--2145794	54	2.9	54	87	0	220	37	14	21	27	1.92
2146157--2146279	22	5.6	22	87	0	138	36	13	10	39	1.79
2146934--2147224	116	2.5	116	88	2	413	30	21	20	27	1.98
2147196--2147244	20	2.5	20	100	0	98	32	32	18	16	1.93
2147080--2147361	136	2.1	136	88	1	413	31	21	19	27	1.98
2147490--2147522	3	11.3	3	87	6	50	39	0	0	60	0.97
2148480--2148507	13	2.2	13	100	0	56	14	7	7	71	1.29
2148527--2148557	15	2.1	15	100	0	62	48	6	0	45	1.28
2151322--2151407	45	1.9	45	83	4	111	15	22	10	52	1.72
2154758--2154792	15	2.3	15	100	0	70	28	5	8	57	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2161568--2161814	123	2.0	122	88	2	361	31	23	10	34	1.88
2164043--2164072	13	2.2	14	94	5	53	70	3	13	13	1.30
2164982--2165013	14	2.4	14	94	5	57	71	3	12	12	1.25
2163710--2166349	946	2.8	939	93	1	4577	39	17	12	30	1.86
2165929--2165958	13	2.2	14	94	5	53	70	3	13	13	1.30
2167263--2167900	182	3.5	182	94	0	1080	26	16	13	42	1.85
2167771--2168234	112	4.1	112	94	0	766	25	15	14	45	1.83
2167771--2168234	225	2.1	224	92	0	766	25	15	14	45	1.83
2170418--2170458	14	2.9	14	86	10	57	31	7	26	34	1.84
2171924--2171958	15	2.3	15	100	0	70	28	5	8	57	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14