genome.fa.s7938.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007938.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110348_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2808856

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2178726--2178972	123	2.0	122	89	2	379	31	24	10	34	1.88
2181200--2181229	13	2.2	14	94	5	53	70	3	13	13	1.30
2182140--2182169	13	2.2	14	94	5	53	70	3	13	13	1.30
2180867--2183496	937	2.8	934	92	2	4378	39	17	12	30	1.86
2183076--2183105	13	2.2	14	94	5	53	70	3	13	13	1.30
2183788--2183835	23	2.1	23	88	0	69	35	6	18	39	1.76
2184426--2184768	182	1.9	182	98	0	668	27	16	13	42	1.85
2184747--2184788	20	2.1	20	100	0	84	42	14	9	33	1.78
2184565--2184969	202	2.0	202	95	1	733	29	16	12	40	1.86
2184754--2185083	182	1.8	182	91	0	552	28	16	13	41	1.86
2184565--2185083	202	2.7	200	88	7	693	28	16	12	42	1.85
2184954--2185303	112	3.1	112	89	0	531	26	14	13	45	1.82
2188598--2188986	186	2.1	186	95	0	690	43	3	9	43	1.53
2189429--2189512	24	3.6	23	71	17	66	75	0	10	14	1.06
2189436--2189538	17	6.1	17	69	15	54	75	3	8	11	1.15
2189460--2189508	13	3.8	13	81	15	57	79	0	12	8	0.93
2191573--2191655	30	2.8	30	86	0	112	33	16	4	44	1.69
2192575--2192626	27	2.0	27	88	3	79	32	19	13	34	1.90
2192676--2192888	36	5.9	36	88	4	322	18	23	20	36	1.95
2192676--2192893	72	3.0	72	97	0	400	18	23	20	37	1.94
2194482--2194533	27	2.0	27	88	3	79	32	19	13	34	1.90
2197436--2197494	30	2.0	30	89	0	91	30	20	6	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2206473--2206520	21	2.3	21	96	0	87	50	10	10	29	1.70
2207223--2207271	22	2.2	22	88	0	71	53	0	0	46	1.00
2207215--2207357	31	4.8	31	73	20	105	49	0	1	48	1.09
2207258--2207292	18	1.9	18	88	0	52	60	0	0	40	0.97
2207256--2207303	23	2.1	23	88	0	69	56	0	2	41	1.11
2207475--2207545	33	2.2	33	82	10	83	47	5	0	46	1.26
2207740--2207780	14	2.9	14	85	0	55	39	17	12	31	1.86
2207768--2207808	20	2.0	20	85	0	55	34	19	7	39	1.80
2207782--2207826	15	3.1	15	83	6	56	35	22	8	33	1.85
2211522--2211570	2	26.0	2	88	12	77	51	0	0	48	1.00
2211522--2211572	21	2.2	24	86	13	81	50	0	0	49	1.00
2215872--2215911	12	3.3	12	85	0	53	7	42	0	50	1.30
2215872--2215911	18	2.2	18	86	0	53	7	42	0	50	1.30
2224356--2224457	35	2.9	35	94	0	177	34	9	15	40	1.81
2229237--2229280	21	2.2	20	87	4	61	50	0	2	47	1.13
2229708--2230087	185	2.1	185	90	1	609	44	2	6	45	1.44
2232659--2232683	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2233072--2233101	12	2.5	12	100	0	60	36	0	13	50	1.42
2235364--2235428	33	2.0	32	90	3	103	46	18	15	20	1.84
2235364--2235418	18	3.2	17	75	15	60	45	18	16	20	1.86
2235795--2235826	15	2.1	15	94	0	55	21	12	34	31	1.91
2236900--2236986	36	2.4	36	96	0	156	42	20	9	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2238350--2238396	17	2.6	18	83	10	60	53	0	0	46	1.00
2245483--2245606	24	5.2	24	74	2	108	55	17	13	12	1.69
2247000--2247108	2	57.0	2	68	21	65	44	1	6	47	1.39
2246947--2247010	31	2.1	31	82	5	76	37	3	1	57	1.24
2246954--2247108	12	14.2	11	69	19	76	41	2	5	50	1.38
2247002--2247087	23	3.8	22	76	14	77	43	2	6	47	1.43
2247000--2247108	31	3.5	31	79	12	100	44	1	6	47	1.39
2247145--2247245	37	2.9	36	88	7	154	43	13	12	29	1.82
2247687--2247727	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2247832--2247866	16	2.1	18	89	10	56	25	8	0	65	1.21
2251044--2251094	15	3.2	16	79	17	54	78	7	13	0	0.96
2251044--2251140	40	2.4	40	73	21	96	77	8	13	1	1.04
2251053--2251112	15	3.9	15	78	22	54	76	8	15	0	1.00
2251766--2251814	22	2.2	22	92	0	80	32	24	14	28	1.94
2252745--2253026	36	8.0	36	79	8	312	25	19	14	40	1.90
2252703--2253026	72	4.6	73	76	10	239	26	19	15	38	1.91
2252801--2252989	102	1.9	102	88	2	290	26	19	13	40	1.89
2252765--2253089	138	2.4	137	84	2	445	27	20	12	39	1.89
2252984--2253159	67	2.6	65	82	7	201	32	22	9	35	1.86
2252975--2253158	65	2.7	67	82	5	203	30	22	9	37	1.86
2253310--2253376	29	2.3	29	76	7	73	44	10	16	28	1.80
2253801--2254737	105	9.0	105	93	1	1506	33	26	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2255285--2255386	34	2.9	36	89	5	163	44	13	13	28	1.82
2255282--2255420	37	3.8	37	83	5	158	41	13	12	31	1.83
2255960--2255994	16	2.1	18	89	10	56	25	8	0	65	1.21
2257186--2257278	45	2.1	42	90	5	141	46	22	12	18	1.83
2257438--2257492	21	2.6	21	80	11	67	30	1	18	49	1.58
2260200--2260230	4	7.8	4	100	0	62	74	0	25	0	0.82
2260050--2260285	112	2.1	115	94	3	415	47	6	31	14	1.70
2260814--2260856	16	2.8	15	79	6	50	34	0	4	60	1.17
2263897--2264034	36	3.8	36	91	0	222	45	8	21	24	1.79
2269273--2269373	25	4.0	25	100	0	202	51	0	7	40	1.31
2273101--2273132	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2273385--2273409	12	2.1	12	100	0	50	44	0	16	40	1.47
2274276--2274306	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2274677--2274773	32	3.1	32	79	5	108	25	18	22	32	1.97
2276313--2276523	43	4.9	43	77	6	176	33	15	19	31	1.93
2276313--2276564	86	2.9	86	82	4	267	32	16	19	30	1.94
2276323--2276566	43	5.6	42	73	7	123	32	15	20	31	1.94
2276944--2277086	51	2.8	52	88	2	216	37	16	12	33	1.87
2280133--2280186	22	2.6	22	82	8	69	33	16	18	31	1.93
2280458--2280489	15	2.1	15	94	0	55	25	3	18	53	1.59
2280543--2280937	54	7.3	54	90	0	583	28	17	20	33	1.95
2281618--2281654	10	3.9	9	89	10	56	72	0	0	27	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2282177--2282351	2	88.5	2	83	2	156	0	61	0	38	0.96
2283302--2283389	38	2.4	37	84	7	108	11	13	38	36	1.81
2283100--2283595	245	2.1	236	89	5	744	27	12	19	40	1.88
2283961--2284024	18	3.6	18	82	2	76	31	28	3	37	1.73
2283978--2284032	18	3.1	18	86	0	74	34	27	0	38	1.57
2286391--2286423	10	2.9	12	82	17	52	18	6	0	75	1.00
2286391--2286430	20	1.9	20	90	10	62	20	5	0	75	0.99
2289236--2289283	25	1.9	24	84	16	62	20	0	4	75	0.97
2289236--2289284	12	4.3	11	80	17	55	22	0	4	73	1.00
2289519--2289568	22	2.3	23	82	6	59	22	2	22	54	1.55
2294453--2294509	13	4.0	13	79	18	60	10	15	0	73	1.09
2294442--2294509	30	2.3	30	84	5	84	11	16	0	72	1.13
2294460--2294497	17	2.2	17	95	0	67	7	18	0	73	1.06
2295644--2295722	26	3.1	26	94	3	135	31	17	3	46	1.66
2300856--2300901	22	2.1	22	87	0	65	43	2	2	52	1.25
2306129--2306158	14	2.1	14	100	0	60	13	13	40	33	1.83
2306708--2306765	31	2.0	30	83	10	75	44	6	18	29	1.76
2306983--2307042	23	2.6	24	78	7	61	55	10	20	15	1.68
2306991--2307053	23	3.0	21	74	19	51	53	11	19	15	1.71
2307323--2307354	3	10.3	3	93	6	55	31	0	3	65	1.08
2312972--2313023	20	2.5	20	84	12	61	28	13	21	36	1.91
2328693--2328735	16	2.7	15	82	10	59	16	13	2	67	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2332317--2332356	21	1.9	21	85	10	55	30	2	2	65	1.19
2339362--2339419	21	2.8	21	81	2	73	24	12	29	34	1.91
2340151--2340197	21	2.2	21	81	7	60	53	4	4	38	1.40
2341077--2341103	13	2.1	13	100	0	54	77	0	0	22	0.76
2341420--2341785	183	2.0	183	100	0	732	43	15	14	26	1.85
2345893--2345938	20	2.3	20	84	0	56	28	19	21	30	1.98
2345902--2345939	20	1.9	20	88	0	58	28	18	21	31	1.97
2346657--2346813	19	8.3	19	76	4	156	26	8	23	41	1.82
2346657--2346803	56	2.6	56	82	3	188	27	8	23	40	1.84
2346815--2346941	68	1.9	68	86	0	182	33	19	22	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14