genome.fa.s7938.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007938.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110348_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2808856

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2348298--2348340	22	2.0	22	100	0	86	25	9	18	46	1.79
2348725--2348779	23	2.4	23	90	0	83	47	23	16	12	1.81
2351332--2351368	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
2351428--2351614	69	2.7	72	82	10	207	44	7	5	41	1.57
2351511--2351536	11	2.4	11	100	0	52	46	7	7	38	1.61
2351517--2351624	32	3.3	34	82	12	118	43	5	4	46	1.47
2351384--2351631	104	2.4	104	78	15	255	42	7	5	44	1.55
2352291--2352979	81	8.4	81	76	6	582	24	20	24	30	1.99
2352295--2352938	164	3.9	164	89	1	934	24	20	24	30	1.99
2359006--2359049	3	14.3	3	95	4	79	68	0	0	31	0.90
2359079--2359300	71	3.1	71	81	11	233	43	7	5	43	1.54
2359198--2359222	11	2.3	11	100	0	50	44	8	8	40	1.63
2359235--2359259	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
2359061--2359324	108	2.4	108	81	11	301	43	7	4	44	1.53
2359128--2359300	34	4.9	34	77	16	176	43	6	5	43	1.55
2361483--2361509	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2361831--2361876	24	1.9	23	83	16	58	47	2	0	50	1.13
2363736--2364124	139	2.8	139	83	3	487	27	12	12	47	1.78
2363654--2364142	139	3.5	137	81	4	480	28	11	13	47	1.77
2377179--2377223	17	2.6	17	89	0	63	48	24	0	26	1.51
2377440--2377486	23	2.0	23	100	0	94	31	0	17	51	1.46
2378747--2378804	24	2.4	24	97	0	107	31	3	0	65	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2379725--2379860	59	2.3	59	89	0	218	27	16	22	33	1.95
2383871--2383936	19	3.5	19	89	0	87	40	9	13	36	1.76
2384114--2384153	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
2384811--2384875	35	2.0	32	85	14	89	38	3	15	43	1.62
2385098--2385231	59	2.5	52	79	14	155	21	14	23	39	1.91
2385125--2385241	59	2.0	59	93	0	198	24	14	22	38	1.92
2385890--2385937	20	2.5	19	90	6	78	25	6	12	56	1.59
2386094--2386144	23	2.2	24	83	13	72	13	13	1	70	1.25
2387265--2387374	39	2.8	39	84	6	125	35	21	10	31	1.88
2387265--2387374	19	5.6	19	82	6	123	35	21	10	31	1.88
2387267--2387411	37	3.8	40	81	8	142	33	20	12	33	1.90
2387269--2387412	19	7.4	20	77	14	115	33	20	12	33	1.90
2387361--2387430	18	3.8	18	81	3	86	30	18	14	37	1.90
2387348--2387431	37	2.3	37	97	0	159	30	21	14	33	1.93
2387571--2387604	16	2.2	16	89	5	52	29	5	0	64	1.17
2390992--2391027	14	2.6	15	83	16	51	47	27	19	5	1.72
2391023--2391118	20	4.8	20	75	5	95	20	14	22	41	1.89
2391182--2391338	64	2.5	64	95	2	280	50	17	1	29	1.56
2392673--2392791	21	5.7	20	84	4	139	24	18	35	21	1.96
2392673--2392795	42	2.9	42	84	7	169	24	18	35	21	1.95
2394908--2395006	20	4.9	20	98	0	189	53	20	16	10	1.71
2395016--2395058	20	2.2	20	82	0	50	13	16	20	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2395370--2395428	22	2.8	21	80	10	66	25	10	40	23	1.86
2395378--2395428	22	2.3	22	89	0	75	23	11	41	23	1.87
2395546--2395647	20	5.2	20	90	1	161	18	12	21	47	1.82
2395546--2395669	40	3.1	40	88	4	135	20	12	20	45	1.84
2396661--2396716	27	2.0	28	93	3	96	53	1	10	33	1.46
2396682--2396760	41	1.9	41	94	0	140	49	0	13	36	1.43
2403623--2403755	69	1.9	69	98	0	257	41	6	17	34	1.76
2403992--2404024	17	1.9	17	88	11	50	33	0	0	66	0.92
2405645--2405697	20	2.7	19	82	5	61	35	15	30	18	1.92
2406125--2406632	58	8.8	58	92	2	781	32	12	20	35	1.90
2407521--2407680	64	2.5	64	82	2	178	34	21	18	25	1.96
2408324--2408381	23	2.5	23	82	0	71	20	25	24	29	1.99
2409963--2410004	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2410041--2410074	12	2.8	12	81	0	50	47	2	0	50	1.16
2411834--2411931	29	3.4	28	83	5	90	57	14	13	15	1.66
2411916--2412000	30	2.8	30	80	0	98	54	8	14	23	1.67
2413548--2413591	3	14.7	3	86	9	63	61	0	0	38	0.96
2413540--2413591	17	2.9	17	83	8	68	57	0	0	42	0.98
2422682--2422820	19	7.0	20	70	17	78	50	2	0	47	1.13
2422765--2422822	8	7.4	8	78	3	55	56	1	0	41	1.09
2422756--2422820	20	3.3	20	78	8	71	52	3	0	44	1.16
2422896--2422951	27	2.1	26	81	15	62	50	0	1	48	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2422933--2423007	23	3.2	23	83	7	71	50	2	0	46	1.15
2422933--2423008	37	2.1	37	83	11	97	51	2	0	46	1.15
2422964--2423008	23	2.0	23	90	0	72	53	2	0	44	1.13
2422977--2423146	91	1.9	87	81	9	200	49	4	0	45	1.27
2423111--2423187	23	3.0	26	74	14	79	49	0	1	49	1.09
2423111--2423167	28	2.0	28	83	12	73	50	0	0	49	1.00
2424702--2424790	32	2.8	32	79	6	101	30	6	12	50	1.65
2433137--2433173	19	1.9	19	94	0	65	16	40	24	18	1.90
2433950--2434023	32	2.3	32	83	0	94	32	6	14	45	1.71
2434394--2434496	43	2.5	42	85	4	136	44	3	0	51	1.19
2446218--2446249	8	3.9	8	92	8	55	46	0	0	53	1.00
2446221--2446249	9	3.3	9	90	9	51	41	0	0	58	0.98
2446422--2446455	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2448896--2448975	40	2.0	40	92	0	133	41	20	8	30	1.82
2449791--2449859	12	5.6	12	79	6	84	44	0	2	52	1.16
2449793--2449859	26	2.7	24	84	6	89	46	0	2	50	1.16
2451200--2451235	16	2.2	17	90	5	56	47	0	8	44	1.33
2451263--2451339	25	3.1	24	76	14	75	48	5	0	46	1.24
2452578--2452635	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
2452743--2452784	16	2.6	17	77	11	52	57	9	0	33	1.31
2452989--2453037	18	2.7	18	74	3	53	51	2	2	44	1.24
2453341--2453371	14	2.2	14	94	0	53	9	54	29	6	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2453782--2453828	16	3.1	15	82	8	60	25	2	4	68	1.19
2453813--2453872	23	2.6	24	73	7	61	36	1	10	51	1.45
2455081--2455109	4	7.2	4	100	0	58	72	0	0	27	0.85
2455181--2455238	25	2.3	25	93	0	98	25	32	15	25	1.95
2455268--2455305	17	2.3	17	90	4	60	57	5	0	36	1.21
2456125--2456151	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2456224--2456340	25	4.9	24	70	28	81	29	4	0	64	1.18
2456253--2456344	21	4.3	21	75	12	73	28	4	0	67	1.10
2456255--2456344	44	2.1	43	83	6	110	27	4	0	67	1.09
2456423--2456478	19	2.9	19	75	19	62	23	8	1	66	1.30
2459766--2459884	31	3.8	31	78	13	136	29	20	18	31	1.96
2461008--2461164	64	2.5	64	76	12	153	27	18	19	34	1.95
2464383--2464433	22	2.3	22	100	0	102	33	27	13	25	1.94
2465344--2466832	106	14.0	106	92	0	2289	33	24	18	22	1.96
2467585--2467686	37	2.8	37	86	3	125	42	14	12	30	1.83
2468608--2468650	21	2.0	21	90	0	68	32	27	23	16	1.96
2468678--2468715	20	1.9	20	88	0	58	23	34	31	10	1.89
2469198--2469423	103	2.2	103	91	1	355	26	12	23	37	1.90
2469434--2469494	23	2.7	23	84	5	79	22	24	24	27	2.00
2475537--2475579	21	2.0	21	90	0	68	32	27	23	16	1.96
2475607--2475644	20	1.9	20	88	0	58	23	34	31	10	1.89
2476127--2476344	103	2.1	103	93	0	382	25	13	24	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2477174--2477360	101	1.9	98	79	12	211	28	6	2	62	1.34
2477420--2477446	11	2.5	11	100	0	54	37	0	7	55	1.28
2477420--2477574	5	32.0	5	71	21	61	30	2	1	65	1.17
2477443--2477564	4	30.2	4	70	22	53	28	2	0	68	1.08
2477480--2477554	27	2.8	27	75	23	68	30	2	1	65	1.15
2477511--2477578	14	4.8	13	72	21	57	27	1	0	70	0.96
2477441--2477562	13	9.2	13	67	25	62	29	2	0	67	1.09
2477445--2477578	22	6.2	20	70	22	78	28	2	0	67	1.10
2479109--2479140	16	2.0	16	100	0	64	37	6	18	37	1.76
2481559--2481629	36	2.0	36	86	5	99	49	11	9	29	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14