genome.fa.s7938.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007938.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110348_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2808856

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2482879--2482912	16	2.1	17	88	5	52	35	0	20	44	1.52
2491310--2491445	40	3.3	41	84	5	177	32	17	14	35	1.91
2492111--2492155	14	3.4	14	70	17	51	44	11	6	37	1.66
2492107--2492155	25	2.0	25	100	0	98	42	12	8	36	1.72
2495612--2495643	12	2.7	12	100	0	64	9	25	25	40	1.85
2495661--2495687	5	5.4	5	100	0	54	62	0	0	37	0.95
2495824--2496024	38	5.3	38	77	15	150	46	6	3	42	1.49
2495845--2496091	75	3.3	75	77	15	217	44	7	4	43	1.50
2496461--2496556	7	13.9	7	70	2	50	43	30	2	23	1.65
2496574--2496632	28	2.1	28	87	6	84	49	27	0	23	1.51
2496585--2496648	21	3.0	21	76	10	60	48	28	0	23	1.51
2496523--2496648	7	17.9	7	73	11	53	51	30	0	17	1.51
2496728--2496758	14	2.1	15	94	5	55	48	0	6	45	1.28
2497098--2497199	28	3.6	28	95	1	186	40	9	21	28	1.85
2498929--2498963	16	2.2	16	89	0	52	14	17	54	14	1.72
2499015--2499062	24	2.0	24	100	0	96	29	12	16	41	1.85
2499283--2499319	11	3.3	11	96	3	65	35	27	8	29	1.85
2503556--2503621	3	22.0	3	93	0	114	66	3	0	30	1.06
2504179--2504860	230	3.0	229	81	3	728	27	14	22	35	1.93
2511062--2511113	21	2.5	20	75	3	50	40	19	23	17	1.91
2511102--2511215	20	5.7	20	83	6	113	31	25	18	24	1.97
2511099--2511215	61	1.9	61	85	0	162	33	24	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2511792--2511957	20	9.1	19	74	16	136	12	22	22	43	1.86
2511797--2511873	39	2.0	39	87	5	111	9	19	25	45	1.80
2511845--2511932	33	2.6	33	92	1	140	11	25	25	38	1.89
2513959--2514051	42	2.2	42	80	0	105	22	38	15	23	1.92
2514015--2514081	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
2515440--2515475	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
2515654--2515784	19	7.7	19	63	23	76	15	22	19	43	1.87
2515658--2515784	33	3.9	32	85	8	175	15	22	18	43	1.88
2515651--2515783	66	2.0	66	94	0	230	17	21	18	42	1.90
2518077--2518101	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2518276--2518329	24	2.2	24	86	0	72	38	18	16	25	1.92
2519449--2519522	19	4.5	16	83	16	66	13	20	18	47	1.82
2519445--2519512	19	3.8	19	87	12	101	13	22	17	47	1.82
2519426--2519540	52	2.2	52	82	0	131	19	21	20	38	1.94
2519629--2519665	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2521533--2521599	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
2521588--2521645	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
2521572--2521650	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
2521657--2521752	19	5.6	17	72	21	78	11	19	22	45	1.82
2521679--2521736	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
2521662--2521752	32	2.8	33	94	3	166	10	18	23	47	1.80
2521737--2521791	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2522273--2522318	18	2.6	18	89	0	74	13	15	43	28	1.83
2523637--2523674	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
2523938--2523981	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
2524169--2524262	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
2524149--2524263	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
2524252--2524344	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
2524191--2524325	41	3.3	41	82	4	139	19	21	20	38	1.94
2524252--2524344	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
2531563--2531594	16	2.0	16	93	0	55	56	3	6	34	1.40
2533755--2533970	112	1.9	112	89	3	337	32	26	14	25	1.95
2534320--2534378	3	19.7	3	86	6	84	33	1	0	64	1.04
2536368--2536413	5	9.2	5	86	9	67	21	2	0	76	0.90
2536359--2536410	25	2.1	25	89	7	79	23	1	0	75	0.91
2539195--2539238	16	2.8	16	80	16	56	61	9	13	15	1.56
2546069--2546121	18	2.9	18	88	0	88	28	32	18	20	1.97
2555866--2555947	22	3.7	22	76	12	69	25	29	23	21	1.99
2555877--2555947	23	3.2	22	80	7	72	23	32	21	22	1.98
2561404--2561446	16	2.7	16	85	0	59	30	0	20	48	1.50
2561852--2561909	30	1.9	30	85	0	80	18	27	36	17	1.94
2562735--2562780	23	2.0	23	91	0	74	39	8	19	32	1.82
2565667--2565695	14	2.0	15	93	6	51	34	20	13	31	1.92
2565513--2567165	199	8.3	199	87	3	2270	27	14	15	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2565513--2567165	398	4.2	398	92	1	2607	27	14	15	42	1.86
2570148--2571644	199	7.5	199	92	0	2451	27	15	15	42	1.87
2571990--2572037	18	2.6	19	87	6	64	56	10	2	31	1.45
2573494--2573532	18	2.2	18	95	0	69	5	41	0	53	1.23
2573940--2573973	9	3.8	9	88	0	50	2	52	8	35	1.47
2574211--2574267	24	2.5	21	76	17	60	49	8	1	40	1.44
2575514--2575562	19	2.6	20	87	12	77	38	18	0	42	1.50
2575946--2576443	181	2.7	181	91	0	789	27	16	12	43	1.83
2576282--2576602	163	2.0	163	87	1	466	27	13	13	46	1.80
2576445--2577301	182	4.8	182	84	4	1019	26	14	13	44	1.83
2576445--2577276	173	4.7	175	83	6	899	26	14	13	45	1.82
2577230--2577268	20	1.9	21	94	5	71	12	15	25	46	1.81
2578049--2578096	20	2.3	22	85	7	64	58	6	10	25	1.54
2581249--2581345	45	2.1	47	82	3	117	43	18	13	24	1.86
2581595--2581645	26	2.1	25	82	10	61	37	11	0	50	1.39
2582517--2582563	22	2.0	23	84	8	60	68	6	8	17	1.37
2585418--2585462	22	2.0	23	86	4	65	44	24	2	28	1.66
2586540--2586589	19	2.6	19	93	0	82	22	32	18	28	1.97
2586612--2586665	21	2.5	22	82	11	67	27	25	14	31	1.95
2588708--2588754	3	15.7	3	95	0	85	34	2	0	63	1.06
2590199--2590239	10	3.4	12	80	19	50	36	2	2	58	1.24
2590863--2590921	24	2.7	22	78	19	63	33	1	1	62	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2590863--2590914	21	2.5	21	78	6	61	34	1	1	61	1.18
2601508--2601555	14	3.4	14	82	8	62	83	0	16	0	0.65
2601510--2601555	13	3.4	13	82	17	58	84	0	15	0	0.62
2601508--2601560	26	2.0	26	89	7	81	81	0	18	0	0.70
2602714--2603210	82	6.0	82	95	1	859	29	13	21	35	1.92
2602714--2603210	165	3.0	164	95	2	859	29	13	21	35	1.92
2603884--2604528	113	5.7	113	95	0	1105	37	14	19	28	1.90
2604846--2604901	3	18.7	3	96	0	94	33	3	0	62	1.12
2606338--2606378	10	3.4	12	80	19	50	36	2	2	58	1.24
2610173--2610242	36	2.0	36	88	2	106	30	20	7	42	1.78
2611901--2611935	8	4.2	8	92	7	61	22	0	0	77	0.78
2611900--2611940	16	2.6	16	88	11	66	26	0	0	73	0.84
2611901--2611939	12	3.2	12	82	17	53	23	0	0	76	0.78
2614151--2614200	21	2.3	22	79	3	57	46	6	34	14	1.69
2615746--2615948	99	2.1	99	90	0	318	33	17	17	31	1.93
2617151--2618022	84	10.4	84	81	5	852	33	24	18	24	1.97
2619438--2619477	19	2.2	18	86	4	53	15	7	0	77	0.98
2619488--2619627	4	36.0	4	71	17	82	22	1	1	74	0.98
2619459--2619513	28	2.0	28	82	7	67	21	5	0	72	1.04
2619481--2619625	21	6.6	22	68	18	88	22	2	1	74	1.00
2619406--2619626	82	2.6	82	74	14	200	20	3	1	74	1.05
2619404--2619592	8	21.9	8	68	20	80	19	4	1	75	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2620949--2620973	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2623421--2623481	31	1.9	33	86	6	90	62	8	4	24	1.43
2627743--2627806	29	2.2	30	94	5	114	56	7	1	34	1.38
2628037--2628224	97	1.9	96	96	3	351	30	14	15	39	1.88
2636870--2636978	23	4.7	24	80	8	82	37	23	22	16	1.93
2636869--2637015	46	3.2	47	81	6	131	33	27	22	16	1.95
2636904--2637023	23	5.2	23	90	0	150	30	28	25	15	1.96
2637108--2637154	16	3.0	16	78	15	53	44	19	8	27	1.79
2637127--2637249	45	2.7	45	83	5	140	37	19	9	33	1.85
2641567--2641623	3	19.0	3	92	7	98	64	0	0	35	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14