genome.fa.s7960.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007960.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110387_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7905731

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
309--351	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
331--479	66	2.2	67	88	3	212	28	26	28	16	1.97
779--846	27	2.4	29	90	4	104	38	10	13	38	1.78
859--918	30	2.0	31	90	3	95	36	6	23	33	1.81
1136--1200	21	3.0	22	95	4	123	18	26	27	27	1.98
7101--7142	21	2.0	21	85	0	57	28	28	26	16	1.97
7122--7272	67	2.3	67	88	2	214	28	27	26	17	1.97
7573--7642	29	2.4	29	92	0	113	38	10	12	38	1.77
7658--7716	30	2.0	30	86	6	84	35	6	23	33	1.82
7933--7999	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
18463--18492	3	9.7	3	92	7	51	63	0	0	36	0.95
18674--19030	131	2.7	130	83	4	443	30	17	28	24	1.97
19123--19347	60	3.7	60	89	4	299	27	15	18	38	1.91
26258--26288	13	2.4	13	100	0	62	61	0	0	38	0.96
26614--26655	7	6.0	7	100	0	84	28	42	28	0	1.56
29441--29773	81	4.1	80	85	3	400	31	21	12	34	1.90
34908--35204	112	2.7	109	83	3	355	24	26	22	26	2.00
34905--35204	54	5.5	54	80	7	318	25	26	22	26	2.00
36118--36463	81	4.3	81	82	1	370	32	19	12	36	1.88
63625--63684	31	1.9	32	86	3	86	30	11	10	48	1.72
70621--70689	24	2.9	24	97	0	129	18	27	26	27	1.98
71509--71538	12	2.5	12	88	0	51	23	16	16	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71492--71538	24	2.0	24	82	0	58	23	21	14	40	1.90
74276--74373	21	4.7	21	70	15	69	37	20	20	21	1.94
74341--74538	20	9.8	20	70	10	80	38	22	18	20	1.93
74402--74544	41	3.5	41	88	1	198	39	22	18	20	1.93
74402--74562	40	4.0	41	87	0	209	37	22	18	21	1.94
74402--74562	20	7.9	20	76	2	151	37	22	18	21	1.94
74567--74605	20	2.0	20	94	0	69	28	17	15	38	1.91
74567--74622	20	2.8	19	86	2	67	26	14	19	39	1.90
75462--75515	24	2.3	23	90	6	90	22	18	20	38	1.93
77992--78097	20	5.7	19	73	13	87	44	18	21	15	1.86
78102--78173	19	4.1	19	77	20	84	11	16	23	48	1.78
78112--78204	33	2.8	32	88	4	132	11	20	22	45	1.84
78155--78204	16	3.1	17	72	21	61	14	24	18	44	1.86
79663--79723	21	3.0	20	69	7	50	19	18	36	26	1.94
80183--80270	19	4.8	19	71	16	78	46	21	20	11	1.82
80267--80310	19	2.3	19	88	0	61	11	18	22	47	1.80
80326--80366	20	2.0	20	95	0	73	12	14	17	56	1.68
80925--81178	40	6.3	40	80	5	262	18	17	24	38	1.93
80925--81117	41	4.8	41	89	2	293	17	18	25	38	1.93
80927--81117	20	9.4	20	78	4	195	17	18	25	38	1.92
80924--81178	20	12.6	20	68	17	118	18	17	24	38	1.92
82710--82760	27	1.9	26	84	11	68	62	3	15	17	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85418--86079	84	7.9	84	80	3	686	25	17	22	33	1.96
85325--86077	170	4.5	168	81	4	790	25	18	22	33	1.96
86081--86302	122	1.8	122	88	1	338	27	18	22	30	1.97
86455--86614	43	3.7	43	83	1	196	21	19	28	31	1.97
86455--86614	86	1.9	86	86	2	232	21	19	28	31	1.97
87085--87215	64	2.0	64	88	2	192	31	9	20	38	1.86
87098--87241	64	2.3	64	85	3	184	28	13	22	36	1.91
87382--87411	15	2.0	15	93	0	51	36	6	16	40	1.75
93402--93454	24	2.3	23	80	3	61	56	1	1	39	1.21
100387--100431	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
101322--101371	11	4.8	11	78	14	61	52	6	8	34	1.55
101313--101370	30	1.9	30	100	0	116	55	3	8	32	1.47
102108--102133	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
102857--102906	19	2.6	20	84	6	59	78	0	4	18	0.91
103010--103054	22	2.0	23	87	12	67	64	0	0	35	0.94
104890--105274	37	11.1	37	67	21	201	41	11	18	27	1.86
104899--105131	101	2.3	102	87	3	335	41	12	19	26	1.88
104957--105269	138	2.3	138	92	0	518	43	12	18	26	1.85
105195--105275	36	2.2	37	86	2	110	39	11	17	32	1.85
106595--106854	95	2.7	94	84	7	285	31	17	16	33	1.93
110936--110983	15	3.0	16	81	9	62	72	0	8	18	1.08
111074--111100	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111352--111391	15	2.6	14	85	14	53	80	2	2	15	0.93
113562--113683	62	2.0	62	82	11	151	25	9	7	58	1.55
113967--113998	14	2.3	14	94	0	55	34	34	6	25	1.81
114195--114230	14	2.6	14	90	0	54	25	13	2	58	1.49
114278--114317	19	2.1	19	86	9	55	27	2	5	65	1.27
129608--129672	14	4.4	14	76	17	60	60	0	6	33	1.22
131266--131299	9	3.7	9	88	4	50	82	2	0	14	0.79
132939--132964	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
135101--135143	18	2.4	18	80	7	52	65	0	2	32	1.06
137218--137268	25	2.1	24	85	3	66	9	9	13	66	1.44
144198--144262	14	4.4	14	76	17	60	60	0	6	33	1.22
145851--145910	22	2.8	21	79	5	57	71	3	3	21	1.15
150029--150083	23	2.4	23	75	0	56	16	20	12	50	1.77
151084--151126	18	2.4	18	84	7	52	62	0	2	34	1.08
153197--153249	25	2.2	25	86	3	72	9	9	15	66	1.45
155627--155669	22	1.9	23	90	4	70	20	20	32	25	1.97
155613--155711	21	4.7	21	80	13	123	20	19	37	23	1.94
155760--155794	13	2.7	13	86	0	52	28	2	0	68	1.04
156125--156199	3	25.0	3	82	5	89	40	0	0	60	0.97
156127--156217	12	7.1	12	76	14	76	45	0	0	54	0.99
156228--156258	12	2.6	12	100	0	62	54	35	9	0	1.33
158539--158581	15	2.7	16	89	7	61	30	2	0	67	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158539--158585	17	2.9	17	78	12	53	29	2	0	68	1.02
159243--159417	76	2.3	75	84	2	215	30	14	22	31	1.94
160294--160451	54	3.0	53	79	9	180	35	15	22	26	1.94
160297--160447	50	2.9	50	83	5	160	35	15	23	26	1.94
160803--160857	22	2.5	22	90	0	92	34	9	16	40	1.80
161534--162475	76	12.4	76	96	0	1713	24	19	21	34	1.96
162622--162694	3	24.0	3	80	2	74	42	0	0	57	0.98
163840--163869	15	2.0	15	93	0	51	30	3	6	60	1.39
171533--171866	114	2.9	114	93	0	553	33	15	19	31	1.93
174177--174278	53	1.9	53	88	4	152	38	12	24	24	1.90
174683--174737	22	2.5	22	93	0	101	34	10	14	40	1.81
175414--176118	76	9.4	76	94	2	1250	23	19	22	34	1.97
175414--176118	150	4.7	151	95	2	1262	23	19	22	34	1.97
176261--176334	14	5.2	14	74	12	62	44	0	0	55	0.99
176258--176321	32	1.9	34	87	6	96	43	0	0	56	0.99
176294--176344	22	2.2	25	80	20	65	47	0	0	52	1.00
176257--176344	8	10.8	8	72	16	56	44	0	0	55	0.99
177717--177746	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
178698--178744	21	2.2	21	92	0	76	21	27	14	36	1.93
178740--178963	20	11.3	20	81	8	178	33	19	18	29	1.96
178740--178848	41	2.7	40	86	1	146	37	17	20	24	1.93
178851--178951	41	2.5	41	88	4	152	26	20	16	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179822--179875	24	2.2	24	90	0	81	20	16	20	42	1.89
182377--182420	20	2.3	19	84	11	54	36	18	22	22	1.95
182404--182530	33	3.8	33	95	2	220	45	18	22	12	1.83
182404--182495	19	5.4	19	68	24	87	46	18	21	13	1.82
182422--182509	14	5.6	14	69	23	50	45	19	23	11	1.83
182404--182528	19	7.4	18	66	25	85	46	18	22	12	1.83
182530--182575	19	2.4	19	92	0	74	13	17	26	43	1.85
182712--182748	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
184070--184136	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
184602--184662	19	3.5	19	70	21	69	44	21	22	11	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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