genome.fa.s7960.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007960.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110387_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7905731

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2729962--2730001	21	1.9	21	94	0	71	30	15	37	17	1.90
2729963--2730033	21	3.4	21	69	7	56	29	15	33	21	1.94
2730366--2730442	21	3.7	20	72	6	64	36	32	7	23	1.83
2730362--2730518	63	2.5	63	81	4	172	34	36	7	21	1.82
2730472--2730518	21	2.2	21	84	0	58	38	36	6	19	1.77
2730349--2730518	42	4.0	42	70	11	114	34	35	8	21	1.84
2730665--2730744	42	1.9	42	85	10	110	26	13	33	26	1.94
2732253--2732318	34	1.9	34	87	0	96	50	19	15	15	1.79
2732329--2732366	20	1.9	20	88	0	58	18	13	21	47	1.82
2732699--2732749	22	2.3	22	86	0	75	17	15	43	23	1.88
2732976--2733066	20	4.6	20	79	6	96	26	10	28	34	1.90
2736828--2736862	16	2.2	16	94	0	61	17	25	14	42	1.86
2737947--2737991	21	2.1	21	84	8	56	20	0	28	51	1.48
2737958--2738021	21	3.1	20	77	16	67	28	0	25	46	1.53
2737987--2738033	21	2.2	21	84	0	58	29	2	23	44	1.65
2738121--2738163	21	2.0	22	95	4	79	41	2	4	51	1.35
2738682--2738725	19	2.3	18	81	11	52	29	31	0	38	1.58
2738839--2738913	4	18.8	4	76	10	64	50	4	4	41	1.40
2738843--2738914	28	2.6	28	95	0	126	51	4	4	40	1.40
2739430--2739579	2	76.5	2	72	16	109	46	2	4	47	1.35
2739461--2739496	13	2.8	13	86	0	54	38	2	11	47	1.54
2739461--2739502	13	3.4	12	81	12	50	40	4	9	45	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2739665--2740372	216	3.3	214	89	4	1119	28	12	8	50	1.69
2742002--2742050	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
2742021--2742182	65	2.5	63	86	6	218	27	18	24	30	1.98
2742022--2742223	65	3.1	63	82	12	216	26	18	24	31	1.97
2744815--2744894	22	3.6	22	79	5	99	23	25	26	25	2.00
2744793--2744913	43	2.8	42	77	14	131	22	22	28	26	1.99
2744815--2744913	21	4.7	20	78	10	83	23	22	28	26	1.99
2750633--2750685	19	2.7	19	97	2	97	26	20	32	20	1.98
2750673--2750866	65	3.0	63	81	13	200	27	18	23	30	1.97
2750852--2750881	15	2.0	15	100	0	60	13	13	40	33	1.83
2752363--2752418	28	2.0	28	100	0	112	17	28	25	28	1.98
2752366--2752431	28	2.4	28	92	0	105	21	28	27	22	1.99
2756140--2756392	122	2.1	121	94	3	447	38	3	11	47	1.56
2756268--2756315	19	2.5	19	75	3	51	41	2	2	54	1.24
2757471--2757496	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2758928--2759026	6	17.2	6	82	8	125	0	61	0	38	0.96
2767046--2767097	22	2.3	23	83	9	63	71	5	1	21	1.17
2767289--2767323	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
2770369--2770393	10	2.5	10	100	0	50	28	0	0	72	0.86
2771639--2771834	56	3.5	55	80	6	200	31	11	10	46	1.74
2777908--2777956	15	3.2	15	80	8	55	71	6	14	8	1.29
2781573--2781628	16	3.5	16	83	7	60	66	3	0	30	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2783308--2783378	35	2.0	35	97	0	133	23	18	11	46	1.81
2783938--2784001	23	2.8	23	90	0	92	51	14	23	10	1.73
2784828--2784894	6	10.7	6	75	23	50	73	0	7	19	1.07
2785627--2785707	35	2.4	34	87	6	119	58	3	12	25	1.51
2785627--2785785	32	4.8	32	80	12	162	52	3	15	28	1.60
2785880--2785920	17	2.2	18	87	12	57	65	2	14	17	1.37
2787368--2787437	31	2.3	31	94	0	122	21	11	34	32	1.89
2790843--2790899	20	2.9	21	74	10	66	66	1	29	1	1.12
2791560--2791611	21	2.5	20	81	3	59	44	0	0	55	0.99
2792197--2792247	20	2.5	20	96	0	93	43	25	13	17	1.86
2792157--2792247	40	2.3	40	83	7	105	37	28	13	20	1.90
2792394--2792439	22	2.1	22	95	0	83	26	43	8	21	1.81
2793488--2793884	198	2.0	201	93	5	682	29	14	19	36	1.92
2794843--2794929	21	4.1	21	83	0	93	21	35	17	25	1.95
2794853--2794944	42	2.2	42	86	0	121	20	35	19	23	1.95
2794874--2794944	21	3.4	21	78	0	79	19	35	21	23	1.96
2796234--2796380	64	2.3	62	92	2	240	29	2	17	51	1.56
2796372--2796515	74	1.9	74	98	0	279	32	12	17	37	1.87
2796518--2796557	20	2.0	20	95	0	71	42	25	17	15	1.88
2796579--2796642	20	3.2	20	79	0	74	18	21	20	39	1.93
2798010--2798046	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
2798429--2798478	25	2.0	25	92	0	82	46	22	6	26	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2798549--2798593	20	2.2	20	92	0	72	37	24	17	20	1.93
2801401--2801434	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
2802284--2802374	20	4.6	20	87	0	119	27	13	23	36	1.92
2802266--2802374	40	2.7	40	85	4	139	28	12	22	35	1.91
2802383--2802429	20	2.3	20	96	0	85	23	19	21	36	1.95
2806728--2806754	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2808339--2808418	37	2.2	37	95	0	142	21	21	13	43	1.87
2809060--2809150	42	2.2	42	80	5	107	19	21	29	28	1.98
2811476--2811520	17	2.7	16	86	10	63	66	2	0	31	1.04
2813529--2813563	18	2.0	17	88	5	52	28	5	0	65	1.15
2815931--2815955	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2816860--2816915	21	2.6	23	75	16	66	58	1	0	39	1.08
2818032--2818091	21	3.2	20	75	20	74	70	5	0	25	1.08
2819601--2819635	18	1.9	18	94	0	61	62	0	2	34	1.10
2827804--2827840	19	1.9	19	88	0	56	5	13	5	75	1.15
2828740--2828801	31	2.0	31	81	6	72	46	11	9	32	1.72
2829540--2829610	36	2.0	36	94	0	124	9	25	16	47	1.77
2831994--2832019	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2832072--2832174	30	3.5	30	80	11	124	50	13	2	33	1.57
2832094--2832186	29	3.2	30	87	6	147	52	17	2	27	1.56
2837616--2837645	15	1.9	16	93	6	53	26	23	20	30	1.98
2840206--2840258	24	2.2	24	90	6	81	20	20	35	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2841472--2841528	20	2.8	20	84	5	62	64	0	19	15	1.28
2841794--2841837	23	2.0	23	90	4	72	63	11	0	25	1.27
2849808--2851742	967	2.0	967	97	0	3645	36	11	20	30	1.89
2852600--2852654	23	2.4	23	100	0	110	34	3	16	45	1.65
2855148--2855181	13	2.6	13	90	9	52	38	14	5	41	1.70
2855480--2855622	64	2.2	64	85	8	184	31	25	17	25	1.97
2855681--2855736	21	2.7	21	88	0	85	25	30	19	25	1.98
2861838--2861914	9	9.8	8	81	14	74	76	0	11	11	1.02
2861837--2861925	9	9.8	9	74	21	71	77	0	12	10	0.99
2861857--2861900	22	2.0	22	86	8	63	72	0	13	13	1.12
2861841--2861915	39	1.9	38	86	7	107	76	0	12	12	1.04
2861909--2861943	14	2.5	14	85	0	52	82	0	14	2	0.77
2861837--2861925	8	10.9	8	74	16	51	77	0	12	10	0.99
2863111--2863390	55	5.1	55	91	1	465	28	14	28	28	1.95
2863111--2863393	108	2.6	110	93	2	489	28	14	28	28	1.95
2863386--2864146	52	14.6	52	94	0	1243	28	16	24	29	1.97
2863436--2863520	28	3.2	28	63	13	79	27	15	25	31	1.95
2864008--2864092	28	3.2	28	63	13	79	27	15	25	31	1.95
2864036--2864116	24	3.2	24	63	13	63	30	13	29	25	1.94
2864404--2864435	3	11.3	3	87	12	50	34	0	0	65	0.93
2871877--2871908	3	10.3	3	93	6	55	62	0	34	3	1.11
2873032--2873099	9	8.5	8	82	12	63	76	0	11	11	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2873031--2873068	9	4.3	9	93	6	69	78	0	10	10	0.95
2873044--2873087	22	2.0	22	86	8	63	72	0	13	13	1.12
2874252--2874531	55	5.1	55	92	1	483	28	15	28	27	1.96
2874252--2874534	108	2.6	110	93	2	507	28	14	28	28	1.96
2874527--2875339	52	15.6	52	95	0	1401	28	16	25	29	1.97
2875229--2875309	24	3.2	24	63	13	63	30	13	29	25	1.94
2875593--2875628	3	12.7	3	88	11	58	33	0	0	66	0.92
2876444--2876706	146	1.8	146	83	1	348	33	19	25	21	1.97
2878340--2878395	21	2.7	21	88	0	85	25	30	19	25	1.98
2882786--2882887	42	2.5	41	79	3	132	32	21	22	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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