genome.fa.s7960.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007960.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110387_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7905731

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   

This is table  12  of  39  ( 4646 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2295851--2296186	131	2.6	131	81	3	372	31	11	15	41	1.82
2297959--2298008	22	2.3	22	92	0	82	26	6	16	52	1.66
2305247--2305317	33	2.2	32	89	2	106	19	21	8	50	1.73
2316636--2316813	90	2.0	90	90	0	284	44	6	11	36	1.68
2323427--2323604	90	2.0	90	90	0	284	44	6	11	36	1.68
2324978--2325083	36	2.9	36	90	0	158	26	28	17	27	1.98
2324977--2325087	20	6.0	18	67	25	54	26	28	18	27	1.98
2325449--2325520	34	2.1	34	84	0	90	34	13	26	25	1.93
2339881--2339942	26	2.3	26	75	10	63	32	3	0	64	1.09
2339971--2340018	14	3.6	14	72	11	55	41	0	4	54	1.20
2344129--2344163	18	1.9	18	94	0	61	25	37	17	20	1.94
2344126--2344182	18	2.8	19	77	20	55	28	33	17	21	1.96
2349898--2350045	44	3.4	43	81	13	160	28	25	18	27	1.98
2349898--2350045	23	6.7	23	82	11	159	28	25	18	27	1.98
2349898--2350045	67	2.2	65	85	7	192	28	25	18	27	1.98
2381022--2381101	34	2.4	33	81	8	92	60	1	0	38	1.05
2387836--2387889	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2390425--2390605	33	5.3	33	80	9	209	45	19	22	13	1.84
2390453--2390480	14	2.0	14	100	0	56	42	21	21	14	1.88
2390467--2390539	20	3.7	20	83	1	85	45	20	17	16	1.86
2390605--2390681	19	4.3	19	78	18	85	12	16	24	45	1.83
2390620--2390709	33	2.7	33	91	3	137	11	20	22	46	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2390820--2390856	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2392069--2392135	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
2392069--2392191	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
2392539--2392795	93	2.7	94	95	1	462	45	18	13	22	1.83
2394483--2394544	20	3.2	20	77	13	83	48	17	20	12	1.80
2394482--2394568	33	2.4	37	87	11	119	48	19	20	11	1.80
2394481--2394573	19	5.1	19	72	15	88	46	19	22	11	1.82
2394600--2394690	20	4.6	20	84	9	123	12	16	19	51	1.75
2395252--2395364	20	5.6	20	70	13	88	20	17	21	40	1.91
2395248--2395379	40	3.3	40	90	1	192	20	18	22	37	1.94
2395273--2395440	60	2.8	62	76	7	157	20	18	22	38	1.94
2395252--2395440	80	2.3	80	83	6	222	20	17	22	39	1.93
2395271--2395379	20	5.4	20	77	0	119	21	19	22	36	1.95
2395369--2395440	20	3.6	20	77	7	74	18	19	25	37	1.94
2395252--2395440	40	4.7	40	80	5	177	20	17	22	39	1.93
2401504--2401541	16	2.2	17	86	9	51	52	10	21	15	1.72
2401491--2401612	60	2.0	60	100	0	244	57	9	19	13	1.63
2401564--2401601	16	2.2	17	86	9	51	52	10	21	15	1.72
2406104--2406135	3	11.0	3	93	6	57	68	0	0	31	0.90
2409647--2409698	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
2409754--2409946	20	9.6	20	80	5	210	35	25	19	19	1.96
2409754--2409946	60	3.2	60	84	0	251	35	25	19	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2410327--2410397	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
2410518--2410572	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
2410518--2410588	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
2410584--2410681	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
2410606--2410695	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
2410589--2410703	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
2412400--2413058	93	7.1	93	99	0	1302	22	12	19	46	1.83
2412400--2413058	278	2.4	279	99	0	1302	22	12	19	46	1.83
2413102--2413236	19	7.6	19	75	16	110	45	25	18	9	1.80
2413158--2413214	14	3.7	14	72	20	51	45	28	19	7	1.76
2413139--2413231	33	2.8	33	91	0	159	47	24	19	8	1.77
2413102--2413236	52	2.5	54	77	18	149	45	25	18	9	1.80
2413232--2413360	19	7.3	19	75	17	125	9	16	28	45	1.78
2413232--2413323	33	2.8	33	93	3	150	8	17	28	45	1.78
2415284--2415319	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2415426--2415526	19	5.6	19	79	15	133	43	16	23	15	1.87
2415533--2415800	52	5.0	52	91	7	384	14	22	16	46	1.83
2415555--2415828	19	15.4	19	82	15	363	14	20	17	47	1.83
2418112--2418136	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2418311--2418357	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2419040--2419408	20	18.5	20	86	4	458	20	18	26	34	1.96
2420820--2420863	20	2.1	21	84	12	56	11	36	0	52	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2422795--2422835	18	2.3	18	84	12	50	46	0	14	39	1.45
2423368--2423414	21	2.4	19	82	10	58	17	19	17	46	1.84
2425725--2425915	82	2.3	82	81	6	208	31	15	17	34	1.92
2425688--2425930	41	5.9	41	72	14	151	32	16	17	32	1.93
2425818--2425954	41	3.3	40	76	10	116	32	14	16	36	1.89
2429169--2429213	22	2.0	22	86	0	63	46	20	11	22	1.81
2430165--2430200	16	2.2	17	90	5	56	50	2	0	47	1.15
2430347--2430388	22	1.9	22	90	0	66	21	7	28	42	1.79
2431467--2431493	6	4.5	6	100	0	54	33	0	33	33	1.58
2441384--2441417	12	2.7	13	90	4	52	50	2	0	47	1.16
2449001--2449086	41	2.1	42	86	2	120	36	20	13	29	1.92
2456217--2456246	5	6.0	5	92	0	51	76	0	3	20	0.92
2456794--2456836	2	21.5	2	95	0	77	53	0	0	46	1.00
2456899--2456959	5	12.0	5	72	10	52	72	3	3	21	1.14
2456884--2456936	22	2.3	23	78	12	56	66	1	7	24	1.28
2456887--2456983	36	2.7	36	75	15	92	71	3	6	19	1.21
2456913--2456983	31	2.3	30	86	13	92	73	2	5	18	1.16
2458772--2459032	108	2.4	106	83	3	299	26	18	21	34	1.96
2460222--2460257	13	2.8	12	91	8	54	0	13	0	86	0.58
2471717--2471802	21	4.1	20	80	11	66	17	25	33	23	1.96
2471744--2471804	20	2.9	21	87	7	79	18	24	34	22	1.96
2475119--2475157	14	2.8	14	84	0	51	35	28	12	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2483192--2483257	4	16.8	4	75	17	50	75	3	0	21	0.93
2483191--2483295	12	8.5	12	68	24	51	76	2	2	18	1.04
2483191--2483253	17	3.8	16	78	14	65	76	3	0	20	0.93
2483200--2483270	17	4.3	16	73	21	58	74	4	1	19	1.06
2483191--2483279	10	8.1	11	71	15	51	75	3	1	20	1.01
2483197--2483293	31	2.9	33	80	9	101	75	3	3	18	1.07
2483191--2483295	8	12.8	8	67	16	54	76	2	2	18	1.04
2483300--2483347	20	2.4	21	79	6	55	60	4	12	22	1.49
2483729--2483803	2	41.0	2	80	17	92	54	1	0	44	1.08
2483839--2483911	5	14.0	5	81	11	85	75	2	1	20	1.00
2483829--2483911	15	5.3	15	80	15	78	73	2	3	20	1.10
2498858--2498928	28	2.6	27	72	16	65	59	2	2	35	1.27
2498858--2498928	13	5.2	13	73	20	56	59	2	2	35	1.27
2508385--2508491	56	1.9	57	84	9	148	30	22	17	28	1.97
2515916--2515959	21	2.1	21	82	0	52	9	40	13	36	1.76
2517023--2517230	65	3.2	64	78	9	208	30	24	18	25	1.98
2519399--2519424	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2519818--2519904	3	29.3	3	97	2	167	66	0	0	33	0.92
2520219--2520256	19	2.0	20	89	5	60	34	26	28	10	1.90
2523506--2523765	100	2.6	102	85	8	349	55	4	13	26	1.57
2523509--2523765	34	7.7	34	89	6	334	54	4	14	26	1.58
2523509--2523765	134	1.9	134	84	9	348	54	4	14	26	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2526889--2526939	13	4.0	13	82	9	52	7	17	0	74	1.05
2538409--2538463	10	5.4	10	80	4	56	74	5	7	12	1.20
2539232--2539371	36	4.2	34	84	8	155	56	4	12	26	1.55
2539253--2539371	31	3.6	31	86	6	148	56	4	13	26	1.55
2541101--2541155	20	2.5	22	82	8	60	65	21	3	9	1.37
2542207--2542256	24	2.2	23	86	10	68	46	16	26	12	1.81
2544106--2544146	21	1.9	22	85	14	59	31	9	12	46	1.74
2548053--2548093	22	1.9	21	85	5	55	2	9	24	63	1.37
2548063--2548146	34	2.5	34	96	0	150	10	8	16	64	1.48
2552583--2552632	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39