genome.fa.s7960.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007960.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110387_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7905731

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2098820--2099003	29	6.3	29	90	1	143	22	9	24	44	1.82
2098791--2098989	88	2.3	87	88	0	290	21	8	24	45	1.79
2098791--2099010	29	7.6	29	91	1	134	22	8	24	45	1.79
2101142--2101207	25	2.6	25	76	9	62	74	7	1	16	1.12
2103877--2103949	23	3.2	23	90	0	110	41	19	5	34	1.74
2104256--2104334	39	2.0	39	97	0	149	53	13	2	30	1.54
2104412--2104475	23	2.8	23	92	0	101	34	23	4	37	1.76
2103769--2105152	529	2.7	528	88	6	1966	40	11	7	41	1.69
2104893--2104965	23	3.2	23	88	0	110	38	20	5	35	1.76
2107855--2108099	120	2.0	120	93	0	418	37	15	13	33	1.87
2107690--2108587	303	3.0	303	95	0	1609	34	16	13	34	1.89
2108158--2108404	120	2.1	120	94	0	431	37	15	13	32	1.87
2108278--2109047	183	4.2	183	97	0	1434	33	16	14	35	1.90
2108278--2109047	365	2.1	366	97	0	1434	33	16	14	35	1.90
2110256--2110285	3	10.0	3	92	0	51	30	33	0	36	1.58
2110257--2110314	12	4.8	12	84	0	62	22	31	5	41	1.76
2110257--2110314	6	9.7	6	83	7	55	22	31	5	41	1.76
2111813--2112976	200	5.8	200	95	0	2031	31	18	14	35	1.91
2113198--2113258	19	3.3	18	88	2	59	52	11	1	34	1.47
2113210--2113258	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
2115048--2115146	33	3.0	33	96	0	180	23	47	0	29	1.52
2115180--2115244	21	3.1	21	88	0	85	18	27	10	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2117429--2117802	161	2.3	162	88	1	536	28	16	13	41	1.86
2121385--2121425	20	2.0	20	90	0	64	34	24	0	41	1.55
2121387--2121426	10	4.0	10	84	12	55	32	27	0	40	1.57
2121438--2121471	18	2.0	17	88	11	52	29	0	0	70	0.87
2121536--2121756	110	2.0	111	91	0	363	36	8	9	46	1.65
2127403--2127523	49	2.4	51	82	10	160	29	21	23	25	1.99
2127535--2127649	51	2.3	51	86	1	151	17	32	33	16	1.92
2127916--2127960	16	2.8	16	83	6	56	42	11	13	33	1.79
2127961--2127998	16	2.4	16	86	8	51	39	13	15	31	1.86
2131617--2131844	122	1.8	122	84	9	309	46	6	12	35	1.67
2131901--2131997	2	49.0	2	78	10	92	47	2	4	46	1.33
2133580--2133607	10	2.8	10	100	0	56	28	21	21	28	1.99
2136070--2136138	24	2.9	24	75	0	75	20	10	17	52	1.73
2136296--2136330	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2140783--2140891	24	4.5	24	70	6	78	20	11	14	53	1.72
2144927--2144968	18	2.3	18	84	8	50	52	7	7	33	1.56
2145069--2145115	15	3.2	15	96	3	87	48	19	6	25	1.72
2145211--2145866	199	3.3	199	90	0	1044	39	14	15	30	1.87
2146937--2147006	21	3.3	21	97	0	131	28	15	14	41	1.86
2147084--2147805	200	3.6	200	86	4	971	39	14	14	30	1.87
2147861--2147905	23	2.0	23	90	0	72	40	20	6	33	1.78
2150175--2150224	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2155936--2155973	15	2.7	14	84	11	51	34	7	0	57	1.28
2155942--2155974	15	2.3	15	94	5	59	30	6	0	63	1.18
2156204--2156258	2	27.5	2	96	0	101	49	0	0	50	1.00
2157911--2157946	14	2.6	13	87	12	54	8	16	2	72	1.21
2160220--2160264	16	2.9	16	96	3	83	44	6	26	22	1.77
2163313--2163556	36	6.8	35	70	10	134	29	16	12	40	1.86
2163274--2163556	72	3.9	72	82	4	331	29	15	13	41	1.85
2163593--2163706	39	3.0	38	88	2	158	27	20	16	35	1.94
2163796--2163910	37	3.1	37	81	4	135	26	22	14	36	1.93
2166249--2166284	14	2.6	14	86	0	54	8	19	2	69	1.27
2167058--2167091	16	2.2	16	89	5	52	55	2	8	32	1.45
2171911--2171940	14	2.1	14	100	0	60	30	23	33	13	1.93
2172565--2172622	20	2.9	20	97	0	107	20	29	13	36	1.91
2173726--2173779	17	3.4	17	75	14	62	29	0	0	70	0.88
2173716--2173780	27	2.5	27	85	11	68	30	0	0	69	0.89
2173912--2173978	22	3.0	22	95	2	116	23	29	1	44	1.62
2180692--2180908	107	2.0	107	96	0	398	28	23	16	31	1.96
2190407--2190454	23	2.1	23	84	0	60	14	25	10	50	1.74
2191363--2191395	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2193784--2193928	60	2.4	62	81	5	172	30	20	6	42	1.78
2193817--2193956	60	2.3	60	80	2	147	32	21	5	40	1.75
2194478--2194522	14	3.3	14	78	3	56	71	2	0	26	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2194467--2194510	22	2.0	23	86	13	65	68	2	0	29	1.02
2194467--2194528	21	2.9	21	81	13	56	66	3	0	30	1.08
2195222--2195275	27	2.0	26	85	3	72	35	0	1	62	1.06
2195229--2195294	34	2.0	32	91	5	105	36	0	1	62	1.05
2196323--2196979	183	3.6	183	86	1	890	41	13	16	28	1.86
2199429--2199559	66	2.0	66	83	3	165	32	3	41	22	1.72
2199677--2199702	11	2.4	11	100	0	52	34	0	57	7	1.27
2210118--2210189	24	3.0	24	80	9	76	43	0	0	56	0.99
2210119--2210176	3	19.7	3	82	10	57	39	0	0	60	0.97
2211759--2211808	20	2.5	19	84	9	64	34	0	0	66	0.92
2212390--2212443	26	2.2	24	83	6	63	31	5	1	61	1.30
2215742--2215773	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
2219538--2219569	9	3.6	9	91	0	55	25	21	0	53	1.46
2223112--2223168	1	57.0	1	75	0	51	87	0	12	0	0.54
2223096--2223168	22	3.5	20	85	12	85	83	0	13	2	0.75
2223111--2223169	9	6.1	9	79	13	64	84	0	15	0	0.62
2223112--2223168	15	3.8	15	84	6	71	87	0	12	0	0.54
2223111--2223168	31	1.9	31	89	6	93	86	0	13	0	0.58
2223522--2223570	19	2.8	17	84	9	64	36	8	6	48	1.58
2224740--2225379	226	2.8	226	94	0	1100	38	14	18	27	1.90
2225316--2225360	24	1.9	23	82	13	56	48	6	26	17	1.72
2224718--2225379	113	5.9	113	87	0	937	38	14	18	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2225719--2225785	24	2.8	24	82	8	75	40	0	0	59	0.97
2225718--2225772	3	18.7	3	81	10	69	36	0	0	63	0.95
2227354--2227403	20	2.5	19	84	9	64	32	0	2	66	1.03
2227459--2227516	29	2.0	30	86	3	82	46	1	0	51	1.11
2228592--2228626	12	2.9	12	86	0	52	42	0	31	25	1.55
2231525--2232482	199	4.8	198	87	3	1363	39	13	15	31	1.86
2231523--2232466	397	2.4	396	88	3	1371	39	13	15	31	1.86
2234317--2234352	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2234499--2234573	2	38.0	2	97	2	143	49	0	0	50	1.00
2235013--2235062	23	2.2	23	92	0	82	32	18	12	38	1.87
2234868--2235392	158	3.3	158	92	1	867	32	14	12	40	1.84
2235161--2235211	23	2.2	23	85	0	66	33	21	7	37	1.82
2235171--2235219	23	2.1	23	88	0	71	34	18	10	36	1.85
2235327--2235376	23	2.2	23	92	0	82	32	18	12	38	1.87
2235537--2235595	31	1.9	31	100	0	118	37	25	6	30	1.82
2245448--2245493	18	2.6	18	96	0	83	21	21	13	43	1.86
2255904--2255955	26	2.0	26	81	7	61	38	3	3	53	1.37
2256026--2256174	80	1.9	81	89	1	237	36	3	4	55	1.35
2276722--2276757	18	2.0	18	89	10	56	25	27	30	16	1.97
2281811--2282167	131	2.7	132	78	3	319	34	9	14	41	1.78
2281871--2282178	132	2.3	132	76	6	302	34	10	12	42	1.78
2287100--2287231	26	5.5	26	69	21	110	24	21	10	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2287126--2287271	20	6.7	20	71	17	103	24	23	10	41	1.85
2287101--2287249	46	3.2	46	94	0	253	24	22	10	43	1.83
2287173--2287317	66	2.2	66	89	0	236	25	22	9	42	1.83
2287126--2287361	112	2.1	112	91	0	382	25	21	9	43	1.82
2287244--2287369	46	2.7	46	87	0	189	26	19	7	46	1.77
2291699--2291755	26	2.2	26	96	0	105	26	17	29	26	1.97
2292909--2293538	134	4.6	132	77	9	600	32	23	15	29	1.95
2293233--2293507	147	1.9	147	83	4	358	30	23	15	30	1.95
2293669--2293721	21	2.4	22	84	6	72	39	3	0	56	1.17
2293669--2293730	21	2.9	21	77	17	56	40	4	0	54	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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