genome.fa.s7999.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007999.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110450_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11700749

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   

This is table  31  of  50  ( 5918 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7630705--7630769	13	5.0	13	78	0	76	32	12	23	32	1.91
7630705--7630769	26	2.5	26	87	0	85	32	12	23	32	1.91
7641430--7641478	22	2.2	22	85	3	62	59	16	16	8	1.60
7643160--7643192	7	4.7	7	96	0	57	84	0	3	12	0.72
7643138--7643192	14	3.7	14	79	16	58	80	1	3	14	0.94
7644288--7644319	3	10.7	3	93	0	55	65	0	3	31	1.08
7644345--7644477	25	5.4	25	69	15	82	41	9	3	45	1.52
7644373--7644477	26	4.0	27	72	16	87	41	9	2	45	1.51
7644356--7644475	51	2.4	51	83	6	138	41	8	3	46	1.50
7644455--7644667	116	1.9	114	82	7	270	41	10	4	43	1.60
7644448--7644667	40	5.7	39	75	13	156	42	10	4	42	1.60
7647292--7647490	104	1.9	103	87	3	292	28	28	17	26	1.97
7654421--7654457	18	2.1	18	94	0	65	13	29	5	51	1.63
7660709--7660774	24	2.8	24	85	0	87	25	16	24	33	1.96
7662124--7662219	48	2.0	48	95	0	174	30	31	8	30	1.87
7665171--7665231	6	10.0	6	87	3	50	70	0	1	27	0.97
7665194--7665231	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
7665359--7665467	40	2.8	38	74	18	107	37	10	3	48	1.55
7665372--7665599	102	2.2	104	82	8	279	41	9	4	44	1.57
7665543--7665587	22	2.0	22	91	8	74	44	11	2	42	1.52
7666660--7666728	30	2.3	31	87	7	97	42	2	0	55	1.15
7666668--7666712	23	1.9	24	86	4	65	42	4	0	53	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7666660--7666753	31	3.1	29	80	10	91	39	4	1	55	1.27
7666757--7666824	30	2.3	30	89	5	102	38	7	1	52	1.38
7666827--7666868	21	2.0	22	85	4	59	54	0	4	40	1.21
7667921--7668019	43	2.3	43	78	3	110	52	3	3	41	1.32
7667984--7668075	30	3.1	29	81	9	107	55	2	4	38	1.32
7667940--7668025	43	2.0	44	88	2	129	48	3	3	44	1.36
7667991--7668075	28	3.0	29	81	10	104	56	1	4	37	1.28
7668008--7668069	25	2.3	26	84	13	74	56	0	6	37	1.25
7669288--7669338	24	2.2	23	82	10	59	49	1	1	47	1.24
7670089--7670129	21	2.0	21	95	0	73	31	14	2	51	1.56
7670995--7671036	13	3.2	13	83	13	50	59	0	0	40	0.97
7671573--7671655	29	2.9	29	81	0	94	18	32	32	16	1.93
7672238--7672308	29	2.4	30	90	4	117	38	0	15	46	1.46
7672362--7672395	15	2.2	16	94	5	61	38	2	5	52	1.41
7674606--7674726	59	2.1	56	89	4	179	49	7	4	38	1.53
7674811--7675148	14	25.3	14	68	22	158	44	8	1	44	1.45
7674889--7674990	26	4.2	24	75	7	82	44	6	2	46	1.45
7674982--7675284	35	8.5	35	79	9	310	48	10	0	39	1.45
7675022--7675179	11	13.2	12	71	17	80	46	9	1	42	1.47
7674955--7675249	72	4.1	72	84	8	334	47	10	1	41	1.46
7674982--7675284	108	2.8	107	79	10	350	48	10	0	39	1.45
7675158--7675285	8	14.3	9	73	23	94	50	12	0	36	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7675487--7675705	49	4.4	49	94	0	357	45	13	0	41	1.47
7675613--7675689	22	3.3	22	65	28	59	44	11	0	44	1.40
7675492--7675741	49	5.1	48	91	3	342	45	12	0	42	1.44
7679459--7679566	50	2.3	47	80	16	127	50	6	0	41	1.34
7679528--7679589	27	2.2	30	91	8	103	58	11	0	30	1.33
7679566--7679614	21	2.3	21	82	3	62	53	14	0	32	1.41
7689373--7689422	25	2.0	25	96	0	91	30	16	14	40	1.87
7692528--7692579	21	2.5	21	81	3	61	53	5	1	38	1.36
7692576--7692674	38	2.6	38	77	16	107	43	6	5	45	1.50
7692620--7692651	16	2.1	15	94	5	55	43	6	6	43	1.54
7692603--7692690	22	4.2	22	77	18	98	42	5	4	47	1.47
7692638--7692700	22	2.7	24	80	12	85	41	9	3	46	1.52
7692578--7692787	98	2.1	96	86	6	278	42	8	3	44	1.53
7692741--7692784	22	2.0	22	95	4	81	45	11	0	43	1.40
7692777--7692836	21	2.7	24	77	17	74	40	1	3	55	1.27
7693801--7693840	21	1.9	21	94	0	71	25	25	12	37	1.91
7698288--7698380	28	3.2	28	83	5	105	18	18	17	46	1.85
7698284--7698364	30	2.8	29	83	9	103	17	19	14	48	1.82
7698740--7698781	21	1.9	23	85	9	61	14	2	19	64	1.39
7699720--7699761	21	2.0	21	100	0	84	28	28	23	19	1.98
7701544--7701665	60	2.1	59	82	1	145	40	14	6	38	1.72
7705477--7705601	39	3.2	39	88	6	191	31	23	14	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7706984--7707028	20	2.3	19	84	3	54	44	26	0	28	1.55
7708220--7708249	10	3.0	10	100	0	60	30	20	0	50	1.49
7709806--7709846	20	2.0	22	85	9	59	29	12	21	36	1.90
7712553--7712584	16	2.0	16	93	0	55	25	21	6	46	1.74
7714008--7714032	12	2.1	12	100	0	50	36	0	24	40	1.55
7720245--7720293	9	5.3	9	78	4	53	4	24	2	69	1.17
7729149--7729187	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
7737711--7737749	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
7742015--7742101	32	2.7	32	96	0	165	27	27	12	32	1.93
7743812--7744145	2	175.0	2	75	19	279	43	1	3	51	1.28
7744760--7744800	21	2.0	20	86	9	57	78	4	9	7	1.10
7751029--7751060	16	2.0	16	100	0	64	43	18	18	18	1.88
7751688--7751862	90	2.0	89	87	1	251	36	10	6	46	1.63
7758424--7758588	89	1.9	89	90	1	269	35	12	7	44	1.71
7758550--7758594	22	2.1	22	88	12	67	42	2	2	53	1.25
7765024--7765071	20	2.4	20	85	0	60	33	18	14	33	1.91
7773046--7773094	20	2.5	20	93	0	80	30	16	18	34	1.93
7774018--7774063	15	3.0	15	96	3	83	58	0	34	6	1.24
7779809--7779850	16	2.6	16	85	7	59	73	0	14	11	1.09
7781545--7781602	23	2.6	22	76	21	59	43	5	3	48	1.42
7781646--7781801	22	7.0	22	69	20	85	38	0	3	57	1.22
7781688--7781760	29	2.6	27	81	12	83	41	1	5	52	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7781564--7781760	2	104.5	2	64	25	56	39	2	4	53	1.35
7795648--7795840	101	1.9	101	92	2	325	20	22	21	35	1.96
7797566--7797611	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
7799519--7799565	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
7800284--7800339	12	5.0	12	77	14	66	44	14	17	23	1.85
7800285--7800339	22	2.5	22	90	0	92	45	14	18	21	1.85
7800298--7800338	10	3.9	10	81	12	55	48	12	17	21	1.79
7800362--7800405	21	2.0	22	91	4	72	22	22	22	31	1.98
7800372--7800412	21	1.9	21	90	5	64	24	26	14	34	1.94
7800906--7800996	30	3.1	30	83	1	103	42	5	15	36	1.70
7802841--7802922	40	2.0	40	97	0	155	24	17	25	32	1.96
7803026--7803205	44	4.0	45	91	2	292	38	7	21	33	1.81
7803026--7803205	89	2.0	90	91	3	292	38	7	21	33	1.81
7803614--7803655	21	2.0	21	85	0	57	26	28	26	19	1.98
7804121--7804162	22	1.9	22	90	0	66	28	21	26	23	1.99
7806961--7807086	47	2.8	45	89	5	191	38	7	23	30	1.83
7810447--7810498	20	2.6	21	84	9	72	42	19	13	25	1.87
7812251--7812436	65	2.9	63	79	7	196	31	22	19	26	1.97
7812382--7812430	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
7820864--7821049	65	2.9	63	80	7	205	30	23	19	26	1.98
7820995--7821043	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
7841407--7841485	24	3.5	24	72	13	85	34	16	15	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7841407--7841505	44	2.2	44	87	5	146	32	19	16	32	1.94
7847881--7847913	12	2.6	13	90	4	50	36	12	6	45	1.66
7849500--7849582	21	4.1	21	74	14	93	14	25	42	18	1.88
7849501--7849587	39	2.2	39	83	0	102	16	26	39	18	1.91
7849540--7849589	21	2.6	19	81	9	57	16	30	36	18	1.92
7854440--7854471	15	2.1	15	94	0	55	56	28	0	15	1.40
7855020--7855389	95	3.9	94	84	2	436	31	16	14	37	1.89
7855041--7855389	190	1.8	190	85	3	497	31	17	14	36	1.90
7860361--7860398	20	1.9	20	84	10	51	42	0	2	55	1.14
7860346--7860411	29	2.2	32	76	10	77	45	0	3	51	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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