genome.fa.s7999.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007999.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110450_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11700749

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   

This is table  32  of  50  ( 5918 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7864680--7864737	24	2.4	24	97	0	107	39	8	13	37	1.76
7872255--7872329	23	3.3	23	65	20	68	25	18	20	36	1.95
7872825--7872857	12	2.6	13	90	4	50	36	12	6	45	1.66
7874695--7874728	12	2.7	13	90	9	61	41	8	5	44	1.60
7883302--7883623	140	2.3	140	86	2	450	29	17	12	40	1.86
7884413--7884468	23	2.6	21	81	15	69	44	5	1	48	1.36
7884420--7884475	23	2.4	23	93	3	94	37	5	3	53	1.41
7888110--7888163	16	3.5	14	80	12	54	51	3	0	44	1.19
7888108--7888150	16	2.8	15	82	6	59	55	2	0	41	1.12
7888378--7888402	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
7892481--7892937	21	21.9	20	73	14	204	22	18	23	36	1.95
7892602--7892888	42	6.8	42	81	7	293	21	18	22	38	1.93
7892548--7892934	63	6.2	63	85	7	402	21	17	22	37	1.94
7892602--7892937	105	3.2	105	84	6	459	21	18	22	37	1.94
7892548--7892937	42	9.4	41	79	10	284	22	17	22	37	1.94
7893027--7893059	6	5.5	6	100	0	66	33	51	15	0	1.43
7893801--7894089	42	6.8	44	88	5	182	34	24	19	20	1.96
7893808--7894107	63	4.8	64	82	10	318	35	25	19	20	1.96
7893801--7894089	105	2.7	105	86	7	392	34	24	19	20	1.96
7893852--7894051	84	2.4	82	89	5	319	34	26	19	19	1.96
7894103--7894155	21	2.5	21	93	0	88	16	20	32	30	1.95
7897217--7897267	3	16.3	3	92	8	84	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7897219--7897270	26	2.0	27	96	3	97	34	0	0	65	0.93
7898649--7898686	20	1.9	20	88	0	58	34	34	13	18	1.89
7898666--7898876	64	3.3	63	80	6	176	31	22	16	29	1.96
7898697--7898858	65	2.5	64	85	1	216	31	22	16	30	1.95
7907307--7907344	20	1.9	20	88	0	58	34	31	13	21	1.91
7907372--7907482	19	5.8	19	100	0	222	21	36	16	26	1.94
7907448--7907592	64	2.2	64	82	1	182	30	22	15	31	1.95
7921162--7921312	40	3.8	40	91	0	248	25	15	25	32	1.96
7921994--7922036	22	2.0	22	85	0	59	27	20	9	41	1.83
7929668--7929724	23	2.5	23	82	2	71	7	24	17	50	1.70
7935347--7935503	64	2.4	65	81	6	160	33	22	22	21	1.97
7943747--7943906	64	2.5	65	82	8	168	33	22	23	21	1.98
7955278--7955333	19	3.0	19	75	10	62	1	19	0	78	0.84
7962386--7962418	16	1.9	17	88	11	50	66	12	9	12	1.44
7969662--7969710	19	2.6	18	78	9	53	73	0	6	20	1.04
7969710--7969744	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
7970586--7970678	37	2.5	37	91	0	141	32	12	12	41	1.81
7971412--7972398	106	9.3	106	88	0	1404	24	18	23	33	1.96
7972997--7973051	22	2.5	22	96	0	101	23	12	25	38	1.90
7973656--7973706	20	2.5	20	84	6	59	1	1	9	86	0.73
7973675--7973707	10	3.3	10	100	0	66	0	0	9	90	0.44
7973662--7973707	7	6.7	7	87	9	60	2	0	10	86	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7977014--7977050	19	1.9	19	89	10	58	67	0	24	8	1.17
7978116--7978197	18	4.6	18	70	13	53	73	0	10	15	1.10
7978204--7978244	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
7978461--7978490	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
7981509--7981542	17	2.1	16	88	5	50	14	2	0	82	0.79
7981661--7981727	27	2.5	27	87	2	100	11	23	0	64	1.27
7988223--7988265	15	2.9	15	85	0	50	16	16	58	9	1.63
7988239--7988274	15	2.4	15	90	0	54	11	16	66	5	1.40
7988628--7988653	12	2.2	12	100	0	52	50	26	0	23	1.50
7989761--7989810	20	2.5	20	90	6	75	34	8	0	58	1.28
7990364--7990452	20	4.4	20	83	8	126	30	29	16	23	1.97
7991273--7991338	24	2.8	24	100	0	132	21	22	19	36	1.95
7991543--7991575	14	2.5	13	90	9	50	45	27	21	6	1.75
7993612--7993646	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
7993825--7993922	34	2.9	34	90	0	151	37	24	15	22	1.93
7993893--7994110	20	11.2	20	83	6	252	32	22	20	24	1.98
7994100--7994177	20	3.9	20	89	0	111	12	17	25	43	1.85
7995690--7995812	42	2.9	42	81	2	149	25	17	34	21	1.96
7995690--7995802	21	5.4	21	71	17	74	24	17	34	23	1.96
7996288--7996331	20	2.2	20	91	0	70	47	25	15	11	1.79
7996318--7996365	20	2.4	20	89	0	69	37	27	16	18	1.92
7996338--7996423	33	2.6	34	81	3	93	46	20	16	16	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7996424--7996461	20	1.9	20	88	0	58	15	21	15	47	1.82
7996428--7996503	33	2.3	34	83	2	100	15	19	18	46	1.85
7996495--7996563	20	3.5	20	88	7	104	17	21	26	34	1.95
7996477--7996564	40	2.4	37	80	14	101	17	22	23	36	1.94
7998480--7998599	20	6.4	20	81	12	130	49	22	16	11	1.78
7999198--7999242	20	2.2	20	92	0	72	31	24	24	20	1.98
7999206--7999250	20	2.2	20	96	0	81	26	20	28	24	1.99
7999206--7999289	40	2.1	40	82	4	98	26	19	25	29	1.98
8000082--8000129	15	3.4	15	77	13	57	56	0	2	41	1.11
8000158--8000204	22	2.1	23	80	11	62	70	4	0	25	1.05
8001321--8001361	16	2.6	16	92	0	64	19	17	53	9	1.70
8001486--8001545	3	20.0	3	89	0	93	61	0	0	38	0.96
8001460--8001538	18	4.1	18	85	9	86	54	0	0	45	0.99
8002571--8002605	13	2.7	13	95	0	61	42	0	25	31	1.55
8004050--8004128	36	2.2	36	95	0	140	20	20	10	49	1.77
8004074--8004734	113	5.9	113	89	3	1005	31	19	12	36	1.89
8005460--8005763	83	3.5	83	91	6	475	37	20	14	27	1.92
8006916--8006983	9	7.8	9	79	11	61	0	16	0	83	0.64
8006915--8006984	14	4.6	16	80	7	76	0	17	0	82	0.66
8006923--8006974	11	4.3	12	79	15	63	0	15	0	84	0.62
8006920--8006983	26	2.4	27	84	2	85	0	17	0	82	0.66
8017707--8017731	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8018331--8018378	15	3.4	15	77	13	57	56	0	2	41	1.11
8018407--8018453	22	2.1	23	84	11	71	72	2	0	25	0.96
8019573--8019614	16	2.6	16	100	0	84	16	19	57	7	1.62
8019736--8019788	3	17.3	3	88	3	79	62	0	0	37	0.96
8020814--8020848	13	2.7	13	95	0	61	42	0	25	31	1.55
8025051--8025112	21	3.0	21	90	4	81	25	22	14	37	1.92
8025621--8025676	27	2.1	27	93	0	94	25	1	7	66	1.27
8025627--8025688	27	2.3	27	85	0	88	25	1	11	61	1.39
8026358--8026413	27	2.1	27	87	9	80	17	1	21	58	1.47
8027189--8027774	170	3.5	166	80	5	520	38	16	16	28	1.90
8027282--8027798	170	3.0	170	81	1	561	36	16	16	29	1.91
8032895--8032940	20	2.3	20	88	3	67	34	0	26	39	1.57
8033886--8034117	115	2.0	115	94	0	410	38	12	15	32	1.85
8034421--8034564	70	2.1	70	89	2	218	26	18	24	30	1.98
8035260--8035439	65	2.8	63	81	14	215	28	17	24	29	1.97
8035280--8035439	65	2.5	65	88	5	227	28	16	23	30	1.97
8035280--8035487	65	3.2	64	79	13	221	26	17	24	31	1.97
8038111--8038191	23	3.6	22	78	8	76	25	22	27	24	2.00
8038114--8038208	44	2.2	44	83	7	113	26	18	26	28	1.98
8043909--8044088	65	2.8	63	80	14	206	28	17	23	29	1.97
8043929--8044136	65	3.2	65	80	11	221	27	17	23	31	1.97
8044628--8044674	16	2.9	16	84	6	60	74	4	4	17	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8049645--8049693	23	2.1	23	85	7	64	59	12	2	26	1.44
8050830--8050867	8	4.8	8	87	12	60	0	10	0	89	0.49
8050830--8050869	12	3.3	12	86	13	64	0	10	0	90	0.47
8050830--8050869	11	3.5	11	90	10	62	0	10	0	90	0.47
8055297--8055345	23	2.1	23	85	7	64	59	12	2	26	1.44
8063284--8063382	50	2.0	50	100	0	198	40	20	10	29	1.85
8069344--8069393	20	2.7	18	76	11	55	30	20	22	28	1.98
8083348--8083398	17	2.9	17	94	2	84	9	23	47	19	1.79
8083395--8083444	19	2.7	19	79	14	68	28	30	28	14	1.95
8083427--8083465	21	1.9	21	89	5	62	33	23	25	17	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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