genome.fa.s7999.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007999.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110450_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11700749

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   

This is table  9  of  50  ( 5918 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2151207--2152309	145	7.6	144	77	6	994	36	12	21	29	1.90
2151207--2152309	143	7.6	144	77	6	922	36	12	21	29	1.90
2151341--2152385	288	3.6	288	75	7	660	36	13	20	29	1.91
2158522--2158563	20	2.1	20	86	0	57	50	21	0	28	1.49
2158809--2158845	10	3.7	10	92	7	58	40	18	0	40	1.51
2168480--2168647	85	2.0	85	98	0	327	28	16	25	29	1.97
2169979--2170180	114	1.8	110	84	4	278	38	22	14	24	1.91
2169979--2170183	55	3.7	55	89	2	275	39	22	14	23	1.91
2170151--2170618	120	3.9	119	85	3	639	33	26	16	23	1.95
2170150--2170618	244	1.9	244	90	0	740	33	26	15	23	1.95
2172955--2173042	36	2.4	36	88	0	122	50	6	12	30	1.66
2174332--2174473	48	2.9	47	81	6	158	25	28	8	38	1.85
2183488--2183540	20	2.7	20	100	0	106	15	45	24	15	1.84
2187692--2187725	17	2.0	17	88	0	50	26	32	29	11	1.92
2198314--2198344	14	2.1	15	94	5	55	83	6	0	9	0.79
2199958--2200079	25	4.9	25	86	8	178	30	15	17	36	1.91
2199958--2200080	49	2.5	50	90	5	196	30	15	17	36	1.91
2200196--2200243	3	17.0	3	79	12	57	64	2	2	31	1.16
2200479--2200736	92	2.8	92	93	2	426	25	18	29	25	1.98
2213236--2213267	15	2.1	15	94	0	55	78	6	0	15	0.95
2214855--2214915	25	2.4	25	94	5	106	24	11	22	40	1.87
2215609--2215669	31	2.0	31	100	0	122	16	27	26	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2223945--2223986	21	2.0	21	100	0	84	38	28	9	23	1.86
2225942--2225970	14	2.0	15	93	6	51	62	27	0	10	1.28
2226277--2226320	1	44.0	1	81	0	52	4	4	0	90	0.53
2227341--2227520	82	2.2	83	84	6	222	37	19	16	26	1.93
2227507--2227664	41	3.9	41	86	1	194	35	13	18	32	1.89
2227488--2227681	82	2.4	83	77	9	218	34	13	18	33	1.90
2229243--2229268	13	2.0	13	100	0	52	46	23	0	30	1.53
2237525--2237593	21	3.3	21	85	4	68	43	18	36	1	1.60
2237543--2237593	21	2.4	21	93	0	84	41	21	35	1	1.65
2238008--2238172	43	3.9	41	81	8	161	35	26	16	21	1.95
2238008--2238172	85	1.9	85	82	4	208	35	26	16	21	1.95
2238106--2238301	43	4.6	43	83	3	234	32	23	14	29	1.94
2238273--2238329	28	2.0	28	93	0	96	29	17	17	35	1.93
2238230--2238362	71	1.9	71	87	3	196	35	22	12	29	1.91
2243706--2243734	14	2.0	15	93	6	51	62	27	0	10	1.28
2244253--2244298	22	2.1	22	84	8	58	56	2	13	28	1.48
2247691--2248031	54	6.3	54	86	3	241	33	15	16	34	1.90
2247775--2248031	108	2.4	107	93	1	399	36	15	12	35	1.86
2247719--2248027	162	1.9	162	85	4	426	35	16	14	34	1.89
2252902--2253106	29	7.0	29	75	10	148	17	12	10	60	1.59
2252964--2253099	29	4.7	29	83	7	154	16	13	9	60	1.58
2252945--2253130	59	3.2	58	81	9	191	16	14	10	58	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2253889--2253930	19	2.2	19	86	0	57	26	4	4	64	1.33
2260839--2260894	21	2.7	21	75	2	51	35	17	17	28	1.93
2261096--2261168	36	2.0	36	94	0	128	45	19	8	27	1.78
2261576--2261628	21	2.5	21	78	6	63	20	24	18	35	1.95
2261637--2261730	41	2.3	42	81	5	111	37	24	19	19	1.94
2261666--2261772	20	5.3	20	78	6	99	32	26	18	22	1.97
2261657--2261792	41	3.3	41	77	6	150	35	25	16	22	1.95
2262290--2262328	20	2.0	20	94	0	69	15	15	17	51	1.77
2264222--2264274	20	2.7	20	90	0	88	35	26	24	13	1.92
2264221--2264343	19	6.6	19	76	14	80	39	22	22	14	1.91
2264350--2264414	14	4.3	14	76	17	67	9	20	21	49	1.76
2264350--2264433	33	2.5	33	96	0	150	10	20	20	48	1.78
2264371--2264467	19	5.3	19	83	13	114	13	20	20	45	1.85
2264435--2264493	20	3.0	20	89	0	82	22	15	27	35	1.94
2264896--2264962	21	3.2	21	66	6	55	25	35	19	19	1.95
2264844--2264962	42	2.8	42	82	5	116	23	36	17	22	1.95
2266313--2266349	14	2.6	14	86	0	56	32	0	18	48	1.49
2266456--2266550	19	5.3	19	74	16	87	43	22	20	14	1.88
2266507--2266557	19	2.7	19	75	6	59	37	21	23	17	1.94
2266944--2266996	21	2.5	21	81	0	70	24	24	18	32	1.97
2266986--2267078	20	4.6	20	73	8	64	39	19	19	21	1.92
2267023--2267100	41	1.9	41	89	0	120	38	21	16	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2267026--2267133	20	5.3	20	79	6	101	32	24	17	25	1.97
2267243--2267276	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
2267837--2267883	24	2.0	24	91	0	76	23	17	21	38	1.93
2268058--2268082	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2270362--2270417	20	2.8	20	94	0	94	41	23	21	14	1.89
2270436--2270519	19	4.7	19	81	10	106	15	19	17	47	1.83
2272466--2272490	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
2272523--2272589	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
2272578--2272636	14	3.9	14	78	20	64	49	22	16	11	1.78
2272562--2272653	33	2.8	33	96	0	166	47	20	18	13	1.81
2272562--2272658	19	5.6	19	73	22	106	46	20	19	13	1.83
2272705--2272751	20	2.3	20	92	0	76	14	23	27	34	1.94
2272722--2272777	20	2.8	20	88	0	76	23	16	28	32	1.96
2275203--2275275	20	3.7	20	94	0	128	24	20	28	26	1.99
2275347--2275399	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
2276288--2276327	21	1.9	21	89	0	62	32	27	15	25	1.95
2284458--2284497	21	1.9	21	94	0	71	32	30	15	22	1.94
2284523--2284561	19	2.1	19	90	0	60	23	38	12	25	1.90
2284458--2284603	64	2.2	66	83	8	174	33	25	15	26	1.95
2284534--2284651	45	2.6	44	75	12	114	29	24	14	31	1.94
2286435--2286496	27	2.3	27	78	10	74	25	12	20	40	1.89
2292251--2292320	27	2.6	27	81	6	79	32	14	10	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2305703--2305736	16	2.1	16	100	0	68	26	5	44	23	1.76
2306702--2306750	19	2.5	20	83	3	55	46	6	12	34	1.66
2310375--2310405	3	10.0	3	93	6	53	35	0	0	64	0.94
2312563--2313058	131	3.8	131	85	0	632	32	10	15	41	1.81
2320541--2320604	30	2.2	30	77	8	69	34	20	7	37	1.81
2332581--2332728	14	10.9	14	76	12	58	70	0	14	14	1.18
2332589--2332707	7	17.9	7	81	11	90	68	0	15	15	1.22
2332586--2332660	20	3.8	21	79	13	61	73	0	17	9	1.09
2333790--2334229	134	3.3	134	85	3	532	31	22	15	29	1.95
2334403--2334524	3	40.0	3	91	3	190	34	1	1	62	1.15
2335494--2335531	20	1.9	20	88	0	58	60	0	7	31	1.25
2337102--2337594	131	3.8	131	85	2	632	32	11	15	40	1.83
2337116--2337594	260	1.8	262	85	1	676	32	11	15	40	1.84
2339075--2339129	16	3.4	16	79	2	56	76	5	3	14	1.10
2339101--2339185	28	3.1	27	77	11	84	77	5	3	12	1.08
2339137--2339185	17	2.9	17	93	3	82	77	6	4	12	1.09
2341132--2341162	13	2.3	14	94	5	55	22	29	32	16	1.95
2341145--2341204	24	2.5	23	84	13	77	15	25	43	16	1.86
2341152--2341189	17	2.2	17	100	0	76	10	23	47	18	1.79
2341132--2341162	7	4.6	7	92	8	55	22	29	32	16	1.95
2348377--2348436	24	2.5	23	86	13	86	16	25	40	18	1.91
2348384--2348421	17	2.2	17	95	0	67	13	23	44	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2353769--2353917	78	1.9	79	79	9	171	10	22	8	58	1.59
2355509--2355657	78	1.9	79	79	9	171	10	22	8	58	1.59
2365898--2365983	27	3.2	25	76	14	82	76	4	2	16	1.05
2365898--2365954	16	3.6	15	79	13	53	78	3	1	15	0.96
2365882--2365967	34	2.5	34	81	11	86	76	4	2	16	1.05
2368123--2368209	41	2.1	40	79	12	97	58	3	2	35	1.27
2372902--2373202	147	2.0	147	96	0	557	29	17	16	35	1.92
2375152--2375284	65	2.1	65	87	4	189	29	18	21	30	1.97
2383788--2383922	65	2.1	65	92	2	236	30	17	20	31	1.96
2384021--2384058	19	2.0	20	85	15	53	50	5	5	39	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50