genome.fa.s7999.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007999.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110450_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11700749

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
699468--699746	11	27.6	10	65	23	63	46	5	3	45	1.41
699185--699812	20	31.4	20	67	20	162	41	5	2	49	1.40
699701--699745	23	2.0	23	86	0	63	53	0	4	42	1.21
699796--699820	11	2.3	11	100	0	50	36	0	8	56	1.29
706486--706683	83	2.4	83	87	0	263	22	19	20	37	1.94
706682--706749	30	2.3	30	94	0	118	25	17	16	41	1.89
715924--715972	26	1.9	25	83	4	62	46	4	0	48	1.20
715952--716306	174	2.0	172	86	7	495	41	3	9	45	1.55
717945--718121	88	2.0	88	96	0	327	35	24	18	21	1.95
722861--722895	2	18.0	2	88	5	54	48	0	0	51	1.00
724774--724798	11	2.3	11	100	0	50	8	28	8	56	1.57
726647--726721	16	4.7	16	80	6	73	5	14	1	78	0.99
726675--726720	14	3.3	13	80	16	56	2	15	0	82	0.76
726631--726694	28	2.3	28	83	5	76	7	10	3	78	1.07
745139--745181	18	2.4	18	100	0	86	16	44	18	20	1.87
745343--745392	13	3.8	13	81	2	55	26	2	2	70	1.09
745442--745496	30	1.9	30	85	7	78	30	9	1	58	1.40
756137--756234	49	1.9	52	85	6	139	45	14	23	16	1.83
756984--757396	105	4.0	105	80	6	484	33	25	20	19	1.97
757047--757351	98	3.0	98	80	5	378	33	25	21	20	1.97
756981--757351	203	1.8	203	94	0	661	33	25	20	19	1.97
758862--758911	13	3.8	13	81	2	55	26	2	2	70	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764851--764953	42	2.5	41	84	3	134	23	24	23	29	1.99
764851--764974	41	3.0	40	77	9	126	25	23	22	28	1.99
765040--765124	14	5.7	14	75	18	66	78	1	7	12	1.00
768101--768132	16	2.0	16	100	0	64	18	12	6	62	1.50
768635--768662	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
769233--769284	17	3.2	17	75	10	54	32	3	13	50	1.60
769950--769974	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
774015--774101	35	2.5	34	80	12	97	55	10	8	26	1.61
783889--784164	92	3.0	90	79	3	293	30	27	19	22	1.98
787415--787456	18	2.2	20	83	8	52	21	2	14	61	1.43
790683--790721	19	2.1	19	85	9	53	56	0	2	41	1.13
790844--790882	18	2.2	18	86	9	53	64	0	0	35	0.94
792502--792593	30	3.1	30	82	4	107	42	8	9	39	1.69
793203--793237	18	1.9	18	100	0	70	57	5	5	31	1.46
793735--793773	13	2.9	14	84	7	53	48	0	7	43	1.31
795311--795340	16	1.9	16	93	6	53	33	13	26	26	1.93
797200--797277	23	3.3	23	83	1	93	33	21	19	25	1.97
797284--797496	103	2.1	103	93	1	365	36	24	14	25	1.93
798310--798350	20	2.0	20	95	0	73	24	26	0	48	1.51
802272--802349	23	3.3	23	85	1	102	33	23	19	24	1.97
802355--802567	103	2.1	103	96	0	390	35	24	13	26	1.92
806499--806671	90	1.9	90	92	1	294	40	10	5	43	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806633--806718	22	4.0	21	74	14	77	48	3	2	45	1.32
815034--815102	19	3.5	20	77	15	63	31	2	2	62	1.25
815030--815072	9	4.9	9	78	16	54	30	2	2	65	1.18
816773--817191	208	2.0	206	97	0	784	25	23	19	31	1.98
817497--817537	22	1.9	21	90	5	64	70	7	0	21	1.11
820680--821427	259	2.9	257	83	2	865	36	15	15	32	1.89
821008--821453	137	3.5	122	71	16	300	36	16	15	31	1.90
821498--821567	32	2.1	33	84	10	90	34	27	11	27	1.91
824205--824231	13	2.1	13	100	0	54	40	14	0	44	1.46
830487--830539	24	2.3	24	87	6	74	43	7	18	30	1.78
838338--838383	17	2.8	16	80	9	56	32	2	0	65	1.05
845442--845528	39	2.2	39	100	0	174	34	25	14	25	1.94
845512--845668	82	1.9	81	85	3	217	31	14	21	33	1.93
845512--845714	82	2.5	81	83	4	212	32	13	21	32	1.93
846268--846313	22	2.1	22	88	8	67	47	4	15	32	1.65
856422--856490	21	3.3	21	71	6	68	44	13	37	4	1.63
857021--857303	43	6.6	44	78	5	260	31	22	19	26	1.98
857021--857303	86	3.3	84	83	4	302	31	22	19	26	1.98
866194--866311	2	66.0	2	70	24	77	40	0	3	55	1.16
866194--866311	9	13.2	10	72	20	77	40	0	3	55	1.16
866252--866868	5	124.2	5	90	6	495	38	9	0	51	1.41
866792--866828	12	3.2	12	85	14	60	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868018--868068	22	2.3	22	82	0	66	41	41	11	5	1.66
877681--878047	58	6.4	56	78	9	289	30	8	19	41	1.81
877718--878047	58	5.8	58	80	7	325	30	8	19	40	1.82
877718--878047	172	1.9	171	82	7	409	30	8	19	40	1.82
877717--878104	172	2.3	170	79	10	396	31	9	19	39	1.83
878167--878240	21	3.6	21	70	17	73	29	16	18	35	1.93
878167--878253	41	2.1	41	91	0	138	28	17	20	33	1.95
878204--878986	235	3.3	241	81	5	948	31	16	17	34	1.92
885716--886436	360	2.0	360	98	0	1397	25	20	26	28	1.99
893003--896805	654	5.9	657	88	4	5453	32	15	16	35	1.90
896806--898326	638	2.4	639	86	6	2136	31	16	15	36	1.90
899747--941731	658	64.3	658	81	8	45102	32	15	16	35	1.90
918855--919138	141	2.0	141	90	2	453	35	14	13	37	1.84
941731--946721	649	7.9	644	85	7	6380	31	15	16	35	1.90
946735--954864	660	12.4	659	88	3	11799	31	15	16	36	1.90
951094--954864	658	5.7	659	90	1	5724	31	15	16	36	1.90
954860--971043	658	24.8	659	89	2	24147	31	15	16	36	1.91
976955--976998	22	2.0	22	90	4	70	27	2	4	65	1.23
978794--978955	29	5.6	28	80	7	166	41	21	6	30	1.78
978794--978959	57	2.9	56	83	8	208	41	21	6	31	1.77
978814--978961	29	5.2	28	84	4	188	39	22	6	31	1.78
978983--979043	5	11.8	5	78	13	61	9	19	50	19	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
986010--986141	59	2.2	58	81	9	151	40	21	4	33	1.73
986010--986152	29	4.9	28	81	8	142	40	20	4	33	1.74
986215--986246	11	3.1	11	91	8	50	34	25	18	21	1.96
987636--987687	24	2.2	24	82	0	59	50	17	11	21	1.77
987652--987773	24	5.1	25	84	8	139	43	18	15	22	1.88
987692--987797	48	2.2	48	83	5	126	45	18	13	22	1.84
991902--991933	13	2.5	13	94	0	55	25	21	25	28	1.99
991912--992230	85	3.6	85	88	4	404	30	19	16	33	1.94
992278--992312	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
994372--994463	26	3.6	26	67	11	73	1	36	8	53	1.39
995312--995353	21	2.0	21	95	0	75	21	19	16	42	1.89
997949--998004	15	3.7	15	85	2	67	7	21	12	58	1.57
1004602--1004706	49	2.1	49	89	0	156	51	5	14	28	1.65
1009006--1009073	29	2.4	28	82	4	82	44	23	5	26	1.76
1009026--1009101	29	2.6	29	87	4	100	43	25	7	23	1.80
1009111--1009160	18	2.8	18	100	0	100	12	22	48	18	1.80
1009138--1009167	13	2.3	13	94	0	51	16	20	50	13	1.78
1016320--1016350	13	2.4	13	94	0	53	16	19	48	16	1.81
1016363--1016417	9	5.6	10	79	10	60	36	27	20	16	1.93
1017362--1017432	26	2.6	28	76	12	76	35	14	30	19	1.91
1018776--1018881	23	4.8	21	76	9	88	33	25	23	17	1.97
1018787--1018882	46	2.2	44	83	9	124	34	23	22	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1018940--1018976	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
1019595--1019766	45	3.8	45	81	3	186	34	19	8	36	1.83
1023982--1024037	23	2.5	22	77	5	60	37	26	21	14	1.92
1043402--1043448	17	2.7	18	83	6	69	76	6	14	2	1.08
1048259--1048316	30	1.9	30	86	6	82	34	3	13	48	1.60
1048389--1048494	21	5.1	20	75	11	97	21	34	18	24	1.96
1048516--1048589	20	3.7	20	81	13	89	18	27	25	28	1.98
1048955--1049024	34	2.1	32	86	5	95	30	15	31	22	1.95
1049883--1049930	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
1051191--1051248	30	1.9	30	86	6	82	36	0	15	48	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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