genome.fa.s7999.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007999.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110450_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11700749

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   

This is table  36  of  50  ( 5918 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8712217--8712531	123	2.6	123	92	0	524	38	14	20	26	1.91
8712891--8712968	3	26.0	3	82	7	88	33	0	1	65	1.01
8712889--8712968	22	3.5	23	81	11	92	32	0	1	66	1.00
8714422--8714452	16	1.9	16	93	0	53	38	3	3	54	1.32
8714832--8714871	11	3.3	13	80	13	50	50	2	0	47	1.14
8716081--8716208	65	2.0	65	86	6	179	53	3	9	33	1.49
8723016--8723085	32	2.2	32	92	0	113	38	0	32	28	1.57
8724629--8724676	21	2.3	21	85	0	60	22	39	29	8	1.83
8728952--8729016	31	2.1	31	83	11	80	44	12	7	35	1.71
8737749--8737797	17	2.8	20	82	17	56	59	0	0	40	0.98
8737749--8737808	19	3.3	19	82	17	58	60	0	0	40	0.97
8737773--8737814	19	2.4	17	88	8	57	61	2	0	35	1.09
8738513--8738550	16	2.4	16	95	0	67	15	28	15	39	1.89
8738914--8739018	21	4.8	22	72	16	69	72	0	8	18	1.15
8738951--8739009	4	14.8	4	78	7	66	72	0	6	20	1.06
8739107--8739143	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
8739178--8739239	22	2.8	22	80	4	72	70	3	3	22	1.16
8739216--8739259	16	2.9	16	83	6	56	77	2	6	13	1.07
8740296--8740381	24	3.6	23	84	6	73	50	0	2	47	1.14
8740313--8740386	12	6.5	12	77	22	88	52	0	0	47	1.00
8740316--8740386	5	13.0	5	74	21	54	52	0	0	47	1.00
8740649--8740786	36	3.8	37	84	11	189	31	10	18	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8740649--8740786	73	1.9	72	85	11	194	31	10	18	40	1.83
8740756--8740895	67	2.1	66	84	7	178	37	12	21	28	1.90
8740851--8740929	38	2.1	37	86	4	106	37	12	20	29	1.89
8740936--8740999	30	2.2	30	83	8	78	37	10	15	35	1.83
8740943--8741001	30	2.0	30	90	6	93	32	10	18	38	1.84
8740984--8741171	36	5.4	36	71	14	151	39	13	19	27	1.89
8740821--8741102	131	2.1	134	80	3	313	38	11	19	30	1.87
8741085--8741267	37	5.1	37	69	16	134	35	14	19	30	1.91
8740956--8741260	102	3.0	102	93	1	495	37	13	19	29	1.90
8741273--8741462	36	5.3	36	65	14	131	39	13	17	29	1.88
8741243--8741475	72	3.2	72	91	0	367	39	13	17	29	1.88
8742618--8742845	95	2.6	87	77	15	243	30	19	19	30	1.96
8742677--8742856	95	1.9	95	88	2	272	28	18	19	33	1.96
8746877--8746947	36	1.9	38	88	5	110	71	0	11	16	1.13
8747032--8747058	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8747073--8747126	22	2.5	21	82	8	63	68	3	5	22	1.26
8748095--8748148	7	8.0	7	76	14	51	51	0	1	46	1.11
8749671--8749891	110	2.0	110	99	0	433	53	11	6	28	1.61
8750455--8750539	17	5.1	17	81	8	102	31	11	15	41	1.83
8750455--8750539	33	2.5	34	84	5	102	31	11	15	41	1.83
8750580--8750632	17	3.1	17	83	0	70	37	15	7	39	1.75
8750636--8750695	31	1.9	32	96	3	113	23	13	8	55	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8754516--8754650	35	3.8	35	84	5	182	38	17	22	20	1.93
8754507--8754650	71	2.0	71	93	0	243	40	16	22	20	1.91
8762373--8762485	30	3.8	29	74	12	88	45	7	15	30	1.75
8763181--8763232	18	2.8	18	94	2	86	28	0	25	46	1.53
8763646--8763697	20	2.6	20	84	6	70	34	0	26	38	1.57
8765418--8765558	65	2.2	65	86	7	191	26	19	23	30	1.98
8765443--8765605	65	2.5	63	83	11	197	25	18	24	31	1.98
8768234--8768313	22	3.6	22	79	5	99	23	25	26	25	2.00
8768212--8768332	43	2.8	42	76	14	131	22	23	28	26	1.99
8768234--8768313	21	3.7	21	81	5	88	23	25	26	25	2.00
8768238--8768332	21	4.4	21	78	6	75	24	23	26	26	2.00
8771948--8772139	64	3.0	64	79	8	212	28	26	17	28	1.97
8777952--8778032	24	3.6	22	77	14	85	23	25	22	28	1.99
8780687--8780869	64	2.9	65	82	6	232	28	26	18	26	1.98
8780817--8780865	19	2.6	19	84	9	57	24	30	18	26	1.98
8782020--8782059	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
8783695--8783735	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
8783999--8784056	29	2.0	30	86	3	82	46	1	0	51	1.11
8792799--8792857	22	2.7	22	89	0	91	35	8	11	44	1.72
8793537--8793778	73	3.3	73	91	1	396	27	21	21	30	1.98
8794154--8794356	113	1.8	112	89	4	322	37	15	19	28	1.92
8794425--8794782	139	2.6	138	86	4	488	38	14	18	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8794425--8794815	137	2.8	135	80	7	437	38	14	18	28	1.90
8795185--8795293	44	2.5	44	92	0	182	22	37	15	24	1.93
8796776--8796817	20	2.2	19	86	4	57	33	0	2	64	1.07
8796672--8796908	120	2.0	117	83	4	298	37	8	8	45	1.65
8796873--8796929	29	2.0	29	86	6	80	47	1	0	50	1.11
8799022--8799073	19	2.7	19	90	0	86	19	19	32	28	1.96
8798977--8799157	84	2.2	83	84	6	224	25	17	24	32	1.97
8799106--8799196	19	4.8	19	97	0	173	20	16	30	31	1.95
8799022--8799260	122	2.0	121	82	8	297	23	16	26	33	1.95
8799963--8800094	61	2.2	61	87	0	192	31	20	21	25	1.98
8811133--8811205	37	2.0	37	94	0	128	23	15	23	38	1.92
8812024--8812093	22	3.2	22	83	0	95	18	11	21	48	1.79
8816544--8816589	21	2.2	20	85	14	58	30	6	26	36	1.82
8817485--8817553	28	2.5	28	90	0	111	17	11	28	42	1.84
8819129--8819257	53	2.4	53	96	0	231	25	17	19	37	1.94
8820794--8820826	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
8822018--8822055	13	2.8	13	84	15	51	50	0	0	50	1.00
8828819--8829938	561	2.0	561	99	0	2204	28	27	15	28	1.96
8834493--8834540	21	2.3	21	96	3	89	41	4	4	50	1.41
8834512--8834646	68	2.0	67	85	4	182	40	2	6	51	1.41
8837852--8837887	17	2.1	17	90	10	56	61	0	16	22	1.35
8839072--8839101	15	2.0	15	93	0	51	46	0	23	30	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8839643--8839864	62	3.6	62	73	5	191	34	21	15	28	1.94
8842570--8842608	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
8853776--8853818	22	2.0	22	90	0	68	11	16	4	67	1.38
8860652--8860694	18	2.4	18	80	0	50	69	0	2	27	1.00
8860684--8860723	15	2.7	14	81	11	53	60	0	0	40	0.97
8866221--8866618	200	2.0	199	83	5	500	31	21	11	35	1.89
8867288--8867320	10	3.2	10	91	8	57	54	0	0	45	0.99
8867285--8867323	11	3.6	11	93	6	71	56	0	0	43	0.99
8867296--8867334	11	3.1	14	82	17	50	56	0	0	43	0.99
8867487--8867545	14	4.2	14	82	8	66	54	0	1	44	1.10
8867491--8867533	2	23.0	2	81	13	56	53	0	0	46	1.00
8868064--8868118	29	2.0	27	85	7	74	61	7	0	30	1.23
8872321--8872368	26	2.0	23	84	12	60	68	4	12	14	1.34
8889772--8889816	22	2.0	22	95	0	81	48	15	0	35	1.45
8892206--8892263	30	1.9	30	82	6	73	36	18	8	36	1.82
8898997--8899403	202	2.0	202	99	0	805	31	19	16	31	1.94
8900513--8900559	23	2.0	23	95	0	85	38	21	21	19	1.94
8900764--8900797	12	2.8	12	81	0	50	32	14	20	32	1.93
8903058--8903083	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
8903069--8903115	21	2.2	21	85	7	60	78	2	6	12	1.02
8907490--8907515	12	2.2	12	100	0	52	46	23	7	23	1.78
8909095--8909133	17	2.3	17	86	0	51	79	2	5	12	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8909107--8909132	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
8912835--8912868	12	2.8	12	90	0	59	32	17	17	32	1.94
8915575--8915735	64	2.5	63	80	5	171	31	19	24	23	1.98
8916809--8916904	31	3.1	30	71	12	79	27	19	20	32	1.97
8916887--8917018	30	4.4	30	98	0	246	24	20	23	31	1.98
8917838--8917876	21	1.9	20	89	5	60	30	12	20	35	1.90
8921418--8921469	23	2.3	23	87	9	72	71	3	9	15	1.27
8922698--8922804	40	2.7	40	76	7	110	29	14	15	40	1.87
8925517--8925566	21	2.4	21	89	0	82	24	6	18	52	1.67
8927075--8927116	8	5.1	8	94	5	75	38	0	14	47	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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