genome.fa.s7999.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007999.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110450_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11700749

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   

This is table  35  of  50  ( 5918 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8537335--8537379	21	2.1	21	91	0	72	31	24	26	17	1.97
8537376--8537435	5	11.8	5	75	10	50	5	20	50	25	1.68
8537369--8537423	27	2.0	27	85	0	74	10	18	49	21	1.78
8537391--8537439	19	2.7	18	75	9	55	8	20	46	24	1.77
8544368--8544412	22	2.0	22	91	0	72	11	22	46	20	1.81
8547702--8547734	7	4.7	7	100	0	66	42	0	42	15	1.46
8556458--8556500	3	14.7	3	90	4	70	32	2	0	65	1.06
8557268--8557337	34	2.1	32	84	5	86	21	30	17	31	1.96
8557684--8557744	20	3.0	20	92	0	104	13	29	37	19	1.90
8558083--8558144	20	3.3	20	70	25	71	17	46	0	35	1.49
8558090--8558150	16	3.6	16	75	16	68	21	44	0	34	1.53
8558080--8558151	36	2.0	36	100	0	144	19	47	0	33	1.50
8559529--8559572	3	15.0	3	83	4	54	0	27	2	70	0.99
8560980--8561040	20	3.0	20	83	9	88	13	27	39	19	1.89
8562081--8562145	33	2.0	33	81	3	78	58	4	3	33	1.34
8562801--8562832	2	16.5	2	93	6	57	0	53	0	46	1.00
8563779--8563856	3	26.3	3	83	7	88	57	0	2	39	1.12
8563793--8563869	39	2.1	39	85	7	106	57	0	2	40	1.13
8564048--8564685	55	11.7	55	88	4	875	29	24	15	30	1.95
8565732--8565791	12	4.5	13	77	18	61	5	16	0	78	0.92
8565769--8565825	9	6.1	9	78	8	60	3	14	0	82	0.80
8565769--8565825	19	3.0	19	94	0	96	3	14	0	82	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8565743--8565819	29	2.6	29	80	12	86	5	15	0	79	0.91
8569965--8570256	96	3.0	96	93	0	485	19	23	19	37	1.94
8572225--8572289	33	2.0	33	81	3	78	58	4	3	33	1.34
8572829--8572870	9	4.7	9	82	8	50	78	4	4	11	1.06
8572818--8572871	26	2.0	27	89	3	83	75	5	5	12	1.15
8573366--8573397	5	6.4	5	92	0	55	78	0	3	18	0.89
8574558--8574613	2	29.0	2	82	13	73	48	0	3	48	1.19
8575230--8575964	94	7.4	94	86	9	912	23	18	24	33	1.97
8575270--8575964	200	3.5	199	85	10	973	23	18	24	33	1.97
8575357--8575964	106	5.9	105	89	5	894	23	18	24	33	1.97
8576759--8576878	48	2.5	48	94	1	206	16	24	13	45	1.83
8587126--8587167	9	4.7	9	82	8	50	78	4	4	11	1.06
8587115--8587168	26	2.0	27	89	3	83	75	5	5	12	1.15
8587675--8587706	5	6.4	5	92	0	55	78	0	3	18	0.89
8590377--8590451	3	25.3	3	81	8	73	56	0	4	40	1.18
8591534--8592133	298	2.0	303	95	3	1088	35	5	5	53	1.46
8593056--8593094	18	2.2	18	86	9	53	48	2	2	46	1.29
8593587--8593638	21	2.5	21	80	0	68	25	13	21	40	1.89
8593647--8593693	23	2.0	24	83	4	60	23	8	23	44	1.80
8593706--8593783	23	3.4	23	89	3	104	15	20	23	41	1.90
8596080--8596269	41	4.6	40	78	7	184	36	17	18	26	1.94
8596069--8596242	84	2.1	84	82	4	208	35	18	18	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8597716--8597770	3	18.3	3	96	0	101	30	0	1	67	1.01
8598015--8598047	15	2.1	16	88	5	50	63	0	0	36	0.95
8598427--8598481	3	19.0	3	81	7	69	30	1	1	65	1.13
8598988--8599030	13	3.3	13	83	0	50	83	2	11	2	0.83
8598995--8599035	13	3.2	13	82	0	55	78	4	14	2	1.03
8601019--8601062	22	2.0	22	81	0	52	27	4	15	52	1.63
8602576--8602637	32	2.0	32	96	3	117	14	14	9	61	1.57
8603611--8603655	22	2.0	23	83	12	58	37	28	13	20	1.90
8604654--8604721	25	2.7	25	80	11	68	72	11	11	4	1.27
8604667--8604734	18	3.7	18	79	15	68	75	10	11	2	1.16
8606289--8606426	36	3.9	35	79	7	152	31	18	12	36	1.88
8606393--8606638	105	2.4	105	82	4	304	29	20	11	38	1.88
8606606--8606703	36	2.8	34	78	6	99	35	18	12	33	1.88
8606941--8607207	27	9.8	27	91	4	396	27	10	14	47	1.76
8606941--8607207	53	4.9	54	89	4	396	27	10	14	47	1.76
8607218--8607322	53	2.0	53	98	0	201	33	14	16	36	1.89
8607309--8607371	30	2.1	30	94	2	110	34	11	14	39	1.81
8607355--8607425	37	2.0	36	86	5	99	30	15	8	45	1.76
8607338--8607569	100	2.3	100	79	10	251	32	12	12	42	1.80
8607660--8607724	30	2.3	29	76	7	71	26	13	9	50	1.71
8607704--8607927	120	1.9	120	79	9	260	31	13	11	43	1.80
8607932--8608010	40	2.0	40	95	2	142	30	21	11	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8608281--8608306	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
8608451--8608589	66	2.1	65	81	5	163	27	22	13	36	1.92
8608866--8608977	40	2.8	40	95	2	199	22	33	18	25	1.96
8609303--8609354	3	18.0	3	80	7	63	30	1	1	65	1.14
8609861--8609904	13	3.3	13	81	6	52	84	2	11	2	0.81
8613069--8613234	20	8.2	20	66	13	72	30	19	15	34	1.93
8613134--8613229	40	2.4	40	82	6	124	25	21	14	38	1.91
8613112--8613261	20	7.4	20	69	8	81	26	22	13	37	1.91
8613072--8613263	40	4.8	40	73	10	122	29	21	14	34	1.93
8613347--8613401	22	2.5	22	93	0	101	12	47	20	20	1.82
8616506--8616559	24	2.2	24	83	0	63	42	18	14	24	1.88
8617351--8617398	22	2.2	22	88	7	71	29	10	41	18	1.84
8617351--8617410	22	2.7	22	84	5	59	30	8	43	18	1.79
8617542--8617617	40	1.9	40	89	5	118	38	13	23	25	1.91
8617546--8617699	20	7.6	20	71	11	98	32	16	22	29	1.95
8617602--8617699	40	2.4	40	80	8	117	30	17	20	31	1.95
8617623--8617702	20	4.0	20	80	4	99	28	20	18	32	1.96
8617648--8617762	60	1.9	59	82	5	142	26	16	23	33	1.95
8618957--8618997	18	2.3	18	87	4	57	29	7	2	60	1.36
8624441--8624469	12	2.3	13	94	5	51	62	6	3	27	1.37
8630105--8630160	29	1.9	29	92	0	94	44	12	0	42	1.42
8633018--8633086	30	2.3	30	82	7	77	31	26	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8633030--8633103	30	2.4	30	82	6	87	28	29	9	32	1.88
8635020--8635085	31	2.1	31	88	0	96	37	13	24	24	1.91
8635696--8635762	22	3.0	23	84	4	82	17	17	10	53	1.71
8637015--8637077	23	2.8	23	78	7	67	34	25	23	15	1.95
8639397--8639448	17	3.2	17	75	10	54	51	13	1	32	1.52
8643371--8643427	19	3.0	18	75	10	60	52	1	3	42	1.28
8644565--8644597	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
8645224--8645265	16	2.5	18	81	14	54	38	2	4	54	1.34
8645719--8645789	33	2.2	33	87	9	103	50	1	1	46	1.18
8646573--8646675	50	2.0	51	83	1	127	36	17	13	32	1.89
8653377--8653403	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8659161--8659193	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
8659358--8659447	24	3.8	24	76	2	74	51	13	14	21	1.76
8667067--8667104	20	1.9	20	88	0	58	13	26	36	23	1.91
8670919--8670959	21	2.0	21	85	9	57	34	12	2	51	1.52
8673992--8674063	24	3.0	24	76	8	83	51	16	13	18	1.77
8673992--8674098	48	2.2	48	83	3	126	50	14	14	20	1.77
8674027--8674100	24	3.1	24	71	7	69	50	13	16	20	1.78
8677084--8677114	16	1.9	16	93	0	53	54	16	9	19	1.68
8679456--8679499	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
8691065--8691146	23	3.6	23	100	0	164	45	7	20	26	1.77
8693308--8693377	29	2.3	29	87	4	95	34	10	15	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8693452--8693553	28	3.5	27	77	13	96	38	9	10	41	1.73
8694695--8694739	18	2.6	18	85	3	56	44	8	17	28	1.79
8695099--8695712	254	2.4	252	83	9	773	41	18	12	27	1.87
8698949--8699017	3	23.0	3	82	5	86	34	0	1	63	1.03
8698937--8698994	27	2.1	27	81	6	64	27	3	1	67	1.17
8698946--8699016	22	3.1	24	82	12	94	32	0	1	66	1.01
8700511--8700541	16	1.9	16	93	0	53	38	3	3	54	1.32
8703114--8703144	16	1.9	16	93	0	53	45	19	3	32	1.66
8706443--8706488	20	2.3	20	92	0	74	78	0	19	2	0.86
8711846--8712531	113	6.0	111	80	8	544	39	14	18	28	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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