genome.fa.s7999.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007999.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110450_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11700749

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1916612--1916976	4	85.0	4	68	23	99	75	1	7	15	1.08
1916629--1916975	100	3.5	101	78	11	308	76	1	7	14	1.07
1919563--1919626	7	9.7	7	80	10	73	0	17	1	81	0.77
1919558--1919624	12	5.3	12	80	16	82	0	16	1	82	0.75
1923536--1923754	108	2.0	109	94	0	386	28	16	17	36	1.92
1926766--1926800	13	2.7	13	95	0	61	65	5	11	17	1.43
1926762--1926800	13	2.9	13	88	3	51	64	7	10	17	1.48
1929401--1929430	13	2.3	13	100	0	60	6	6	50	36	1.55
1930168--1930230	17	3.6	17	82	6	72	73	6	3	17	1.18
1930283--1930673	5	80.4	5	67	17	141	75	1	7	15	1.09
1930283--1930673	9	40.2	10	68	17	141	75	1	7	15	1.09
1930287--1930661	172	2.2	164	82	9	447	76	1	7	14	1.09
1930305--1930645	39	8.7	39	73	15	188	76	1	6	14	1.07
1930313--1930661	9	42.4	9	68	24	145	76	1	6	14	1.07
1940424--1940477	20	2.7	20	94	0	90	29	27	12	29	1.94
1945524--1945624	50	2.1	48	92	7	168	32	12	15	38	1.86
1950893--1951049	39	4.0	39	86	0	215	16	24	25	33	1.96
1953248--1953341	39	2.4	39	85	3	118	40	26	20	12	1.88
1955510--1958351	134	21.3	131	79	7	2409	29	17	22	30	1.96
1955455--1958337	268	10.8	266	79	5	2704	29	16	22	31	1.96
1955510--1958351	402	7.1	401	80	6	2788	29	17	22	30	1.96
1959401--1959441	2	20.5	2	94	0	73	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1964840--1964923	29	2.9	29	75	8	73	59	4	8	27	1.47
1966215--1966288	3	23.3	3	81	10	76	59	1	1	37	1.14
1966233--1966294	30	2.1	30	87	6	90	56	1	1	40	1.19
1968302--1968353	23	2.3	23	89	0	86	38	7	17	36	1.78
1968302--1968360	23	2.6	23	81	10	84	38	6	18	35	1.78
1968274--1968436	87	1.9	87	96	0	299	39	11	15	33	1.83
1968734--1968786	21	2.5	21	96	0	97	32	13	9	45	1.75
1968755--1969180	200	2.1	198	84	8	542	28	15	15	40	1.88
1968755--1969180	199	2.1	199	84	7	535	28	15	15	40	1.88
1971488--1971956	200	2.3	198	87	3	654	33	15	13	37	1.87
1971777--1972131	177	2.0	176	87	3	518	31	16	14	37	1.89
1972160--1972310	80	1.9	81	85	1	214	29	12	17	41	1.86
1971961--1972510	280	2.0	280	85	4	743	32	14	14	38	1.88
1972241--1976299	200	20.3	200	90	1	6429	31	16	15	37	1.90
1972241--1976299	599	6.8	600	91	1	6422	31	16	15	37	1.90
1972241--1976299	799	5.1	799	94	0	6817	31	16	15	37	1.90
1976541--1976589	19	2.6	19	93	0	80	53	12	2	32	1.50
1976897--1976940	19	2.3	19	96	0	79	54	11	2	31	1.48
1976442--1977156	356	2.0	356	97	0	1340	32	20	10	36	1.86
1978509--1978549	21	2.0	21	95	0	73	2	39	0	58	1.11
1978799--1978840	21	2.0	21	90	0	66	16	30	11	40	1.85
1990737--1990778	22	1.9	22	85	0	57	40	0	2	57	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1993132--1993237	17	6.5	17	68	14	71	59	6	13	20	1.56
1999825--1999849	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
1999862--1999927	26	2.5	26	74	16	64	51	0	9	39	1.34
2000426--2000458	17	2.0	17	88	5	50	51	18	3	27	1.60
2002235--2002318	3	28.7	3	90	9	138	34	0	0	65	0.93
2002397--2002430	17	1.9	18	94	5	61	50	2	0	47	1.16
2006770--2006816	25	1.9	25	86	4	69	17	6	31	44	1.73
2007876--2008035	65	2.5	65	85	1	223	28	16	26	29	1.97
2008528--2008570	2	22.0	2	95	4	79	48	0	0	51	1.00
2015364--2015527	65	2.5	64	85	1	229	27	15	26	30	1.96
2015478--2015524	19	2.5	19	83	10	62	25	17	31	25	1.97
2015368--2015574	65	3.2	62	80	12	204	27	16	24	30	1.97
2015744--2015783	20	2.0	21	85	14	57	45	7	5	42	1.54
2018098--2018198	3	34.3	3	96	4	188	33	0	0	66	0.92
2019917--2019963	23	2.0	23	87	0	67	42	6	0	51	1.27
2019977--2020031	19	2.8	19	79	17	60	40	3	3	52	1.36
2020157--2020216	31	1.9	31	93	0	102	50	11	10	28	1.71
2023805--2023839	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2027515--2027568	25	2.2	25	83	6	65	74	3	7	14	1.18
2028345--2028380	16	2.2	16	90	0	54	36	5	25	33	1.79
2028813--2029261	139	3.3	138	83	2	519	23	16	27	32	1.96
2029533--2029601	36	1.9	36	84	0	93	36	8	20	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2029484--2029669	101	1.8	100	86	4	266	36	9	18	35	1.84
2029637--2029815	67	2.7	65	81	5	209	41	15	15	28	1.87
2030072--2030135	33	1.9	33	87	6	94	40	14	15	29	1.86
2033193--2033227	10	3.5	10	85	14	54	0	8	8	82	0.83
2033192--2033249	13	5.0	12	80	18	54	1	10	8	79	1.01
2035616--2035689	24	3.1	24	98	0	139	29	22	16	31	1.96
2037642--2037676	4	8.8	4	100	0	70	77	0	0	22	0.78
2038987--2039222	120	2.0	121	92	0	393	27	1	23	47	1.61
2039654--2039687	7	4.7	7	92	3	50	70	11	14	2	1.27
2051483--2051564	35	2.5	34	82	11	91	51	1	0	47	1.08
2052389--2052431	22	1.9	23	85	4	61	48	2	2	46	1.27
2052397--2052429	16	2.0	17	88	5	50	48	0	3	48	1.17
2056513--2056537	12	2.1	12	100	0	50	24	32	0	44	1.54
2063783--2063811	12	2.3	13	94	5	51	31	0	0	68	0.89
2067790--2067844	21	2.6	21	97	0	101	32	20	21	25	1.97
2073823--2074336	243	2.1	245	85	4	678	25	10	24	39	1.87
2076193--2076355	44	3.7	44	86	4	204	30	14	24	31	1.94
2076193--2076355	87	1.9	88	85	3	231	30	14	24	31	1.94
2076501--2076568	24	2.9	24	93	2	111	45	1	13	39	1.52
2079609--2079657	18	2.6	19	81	12	57	26	20	20	32	1.97
2085658--2085714	19	3.1	19	76	19	59	71	5	3	19	1.19
2087738--2087805	33	2.2	32	81	7	77	42	0	1	55	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2089575--2089644	21	3.3	21	72	7	79	25	28	14	31	1.95
2089555--2089648	42	2.2	42	94	0	161	21	30	15	31	1.95
2089555--2089670	42	2.8	42	85	7	148	20	31	17	31	1.96
2089650--2089720	21	3.4	21	76	7	81	18	32	23	25	1.97
2090228--2090300	34	2.1	34	92	0	119	49	6	6	36	1.56
2090408--2090438	14	2.2	14	100	0	62	58	16	0	25	1.38
2090507--2090631	63	2.0	63	87	3	180	37	20	1	40	1.62
2090887--2091237	117	3.0	117	91	0	522	30	23	24	21	1.99
2097878--2097958	20	4.2	20	67	20	64	27	18	13	40	1.88
2097707--2097907	75	2.6	75	80	3	222	29	17	10	42	1.83
2097847--2097958	57	2.0	57	92	3	190	27	20	14	37	1.91
2097904--2098079	37	4.9	36	70	14	112	32	19	11	35	1.88
2098150--2098253	35	2.9	35	75	15	97	28	26	5	38	1.79
2097904--2098271	71	5.1	71	77	5	303	30	23	9	37	1.86
2099129--2099161	17	1.9	17	93	0	57	45	3	6	45	1.43
2099163--2099209	22	2.3	21	82	13	62	44	2	6	46	1.40
2102191--2102648	238	1.9	236	82	3	562	35	19	15	29	1.93
2102662--2103489	225	3.7	224	78	5	764	30	20	18	30	1.97
2103984--2104020	12	3.2	12	81	11	51	43	0	0	56	0.99
2103984--2104043	23	2.7	23	80	17	56	45	0	1	53	1.10
2105470--2105513	22	2.0	22	100	0	88	36	4	18	40	1.71
2111407--2111436	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2111959--2111989	14	2.3	14	94	5	55	35	0	0	64	0.94
2115451--2115486	17	2.1	17	89	0	54	8	13	11	66	1.44
2133833--2133867	16	2.1	17	89	10	54	22	11	0	65	1.24
2138939--2138975	18	2.1	18	90	10	58	56	10	21	10	1.64
2140106--2140148	22	2.0	22	86	9	61	30	20	20	27	1.98
2143239--2143284	19	2.6	16	78	21	56	43	10	21	23	1.84
2143245--2143293	19	2.5	20	96	3	91	40	10	22	26	1.86
2144751--2144810	22	2.9	21	87	9	79	31	18	23	26	1.97
2148940--2148997	24	2.4	25	82	8	75	63	5	10	20	1.44
2148959--2149021	24	2.7	22	82	9	63	65	9	7	17	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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