genome.fa.s7999.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007999.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110450_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11700749

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   

This is table  37  of  50  ( 5918 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8933670--8933779	56	2.0	56	98	0	211	36	20	30	12	1.90
8933971--8933995	13	1.9	13	100	0	50	40	12	0	48	1.40
8934003--8934037	12	3.1	12	88	12	56	42	0	0	57	0.99
8934008--8934098	38	2.4	39	78	17	102	57	1	2	39	1.18
8934059--8934162	44	2.4	45	82	7	110	46	1	8	43	1.45
8934084--8934177	44	2.2	43	90	1	143	43	1	8	46	1.41
8934159--8934295	13	11.5	13	67	20	77	53	1	8	37	1.40
8934159--8934305	24	6.3	24	67	17	78	53	1	8	37	1.40
8934241--8934287	22	2.1	23	84	4	60	46	2	10	40	1.50
8934160--8934305	35	4.2	35	75	14	122	52	1	8	37	1.40
8935217--8935281	31	2.2	29	79	12	71	53	4	10	30	1.56
8942844--8942876	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
8943871--8943973	4	25.8	4	95	0	170	46	0	0	52	1.07
8943871--8943973	6	17.2	6	92	0	170	46	0	0	52	1.07
8944550--8944593	17	2.5	18	85	7	63	54	0	0	45	0.99
8947650--8947701	22	2.4	22	100	0	104	32	17	13	36	1.89
8953072--8953176	27	4.1	25	78	11	106	76	5	13	4	1.13
8953084--8953142	19	3.1	20	77	22	65	74	3	16	5	1.13
8953093--8953178	11	7.5	11	71	18	52	77	3	15	3	1.03
8953093--8953190	13	7.7	12	75	20	76	77	4	15	3	1.04
8953093--8953190	6	15.3	6	74	21	76	77	4	15	3	1.04
8953087--8953190	52	2.0	51	87	5	147	75	4	16	2	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8954369--8954408	16	2.5	16	87	0	62	47	27	2	22	1.64
8954955--8955193	106	2.3	105	81	7	268	33	15	10	39	1.83
8955159--8955271	37	3.1	36	81	8	140	31	15	10	42	1.81
8955338--8955593	132	1.9	133	82	7	315	28	14	14	42	1.85
8955580--8955653	30	2.5	30	81	0	76	27	20	10	41	1.85
8955675--8955749	31	2.4	30	86	8	98	29	16	13	41	1.86
8955694--8955819	32	3.9	32	71	10	103	27	16	14	41	1.87
8956273--8956341	28	2.4	28	83	13	86	27	13	13	46	1.79
8956416--8956734	135	2.4	133	86	1	415	25	31	17	24	1.97
8956941--8956980	18	2.2	18	86	0	53	42	0	0	57	0.98
8961552--8961586	2	18.5	2	88	11	56	51	0	0	48	1.00
8962436--8962488	3	19.0	3	78	21	53	30	1	1	66	1.13
8962433--8962488	19	3.0	18	75	17	60	30	1	1	66	1.12
8963795--8963838	2	22.0	2	95	0	79	52	0	0	47	1.00
8964005--8964235	127	1.8	129	83	7	310	37	10	8	44	1.69
8973221--8973275	22	2.5	22	84	0	74	38	12	10	38	1.79
8973517--8974080	112	4.9	110	82	8	580	39	14	18	27	1.90
8974312--8974364	3	19.0	3	81	14	60	30	0	1	67	1.01
8974311--8974364	19	2.8	19	88	0	81	29	0	1	68	1.00
8974301--8974364	22	2.8	23	83	9	87	28	0	3	68	1.04
8975701--8975757	29	1.9	30	82	10	73	28	8	3	59	1.44
8975846--8975905	2	30.0	2	96	0	111	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8976257--8976323	25	2.7	24	80	11	64	46	2	1	49	1.26
8981159--8981213	3	18.3	3	100	0	110	34	0	0	65	0.93
8983509--8983538	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
8983652--8983684	17	2.0	17	94	5	59	24	0	0	75	0.80
8983782--8983842	31	2.0	31	87	6	88	59	19	9	11	1.60
8989317--8989367	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
8989730--8989835	31	3.4	31	78	1	104	35	21	15	27	1.93
8989755--8989854	31	3.2	31	78	13	123	35	18	17	30	1.93
8990591--8990747	63	2.5	63	82	7	185	22	21	22	33	1.97
8992747--8992851	18	5.8	18	90	0	156	26	22	20	30	1.98
8992853--8992943	30	3.0	30	80	9	112	38	18	14	28	1.90
8994377--8994408	11	2.9	11	95	0	55	62	12	9	15	1.54
8997040--8997076	18	2.1	18	100	0	74	27	32	16	24	1.96
8997076--8997163	31	2.9	31	82	1	106	35	19	19	26	1.95
9002191--9002280	8	10.6	8	79	11	63	74	2	2	21	1.03
9003786--9003863	3	26.3	3	75	17	56	73	1	2	23	1.03
9003780--9003855	27	2.6	30	78	20	88	76	0	2	21	0.91
9003786--9003850	28	2.3	29	86	10	98	73	0	3	23	0.97
9003798--9003863	23	3.0	23	74	17	68	72	1	1	24	1.01
9003871--9004320	35	12.6	33	71	21	231	45	6	2	45	1.41
9003917--9003981	29	2.3	28	86	2	85	44	4	4	46	1.44
9003945--9004022	34	2.2	36	84	6	106	44	7	5	42	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9004057--9004322	36	7.3	35	84	7	307	46	5	1	46	1.32
9004057--9004322	73	3.6	72	84	7	338	46	5	1	46	1.32
9004185--9004246	20	3.3	20	65	21	62	43	4	0	51	1.23
9004057--9004322	109	2.4	110	86	6	376	46	5	1	46	1.32
9004649--9004678	11	2.7	11	100	0	60	0	26	10	63	1.26
9004800--9004843	5	8.0	5	81	18	52	0	36	0	63	0.95
9004800--9004843	17	2.6	17	100	0	88	0	36	0	63	0.95
9004800--9004843	12	3.9	11	82	11	54	0	36	0	63	0.95
9020787--9020816	12	2.6	11	90	10	51	70	0	26	3	1.03
9020775--9020813	21	1.9	21	84	5	53	69	0	25	5	1.09
9025139--9025177	20	2.0	20	84	0	51	28	15	12	43	1.83
9032667--9033086	44	9.7	43	77	7	319	33	21	23	21	1.97
9038487--9038558	23	3.3	22	86	5	92	34	27	16	20	1.95
9038487--9038664	21	8.3	21	72	6	99	37	23	14	24	1.92
9041176--9041595	44	9.6	44	81	1	391	31	20	25	22	1.98
9043914--9043973	7	7.7	7	76	20	57	33	28	25	13	1.93
9043913--9043973	24	2.5	24	91	0	104	34	27	24	13	1.93
9047108--9047253	21	7.0	21	70	9	73	36	22	15	25	1.93
9050141--9050234	31	2.9	32	77	14	93	41	31	12	13	1.83
9049941--9050449	267	1.9	260	86	6	729	40	20	11	27	1.87
9049925--9050514	262	2.2	266	84	6	786	41	19	11	27	1.86
9053211--9053281	25	2.8	25	95	2	124	33	12	14	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9053218--9053297	25	3.2	25	89	1	88	35	8	12	43	1.73
9055137--9055179	21	2.0	21	100	0	86	13	27	44	13	1.83
9055214--9055276	18	3.5	18	70	18	51	17	23	34	23	1.96
9055361--9055420	29	2.0	31	93	6	106	43	16	6	33	1.74
9059213--9059300	30	2.9	30	86	3	124	21	21	18	38	1.93
9062031--9062057	10	2.7	10	100	0	54	11	37	0	51	1.37
9062829--9062860	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
9063015--9063797	273	2.9	273	86	1	1111	22	16	26	34	1.95
9063015--9063803	137	5.8	137	88	1	1055	22	16	26	34	1.96
9063931--9064031	36	2.8	36	80	3	123	20	21	14	42	1.88
9064009--9064163	47	3.4	47	72	16	162	30	23	16	29	1.96
9064053--9064394	43	7.7	42	69	16	190	28	23	16	31	1.96
9064002--9064397	90	4.4	90	90	0	580	29	22	16	31	1.96
9064490--9064648	61	2.6	61	80	8	178	39	11	18	29	1.87
9065167--9065484	171	1.9	171	83	1	413	32	18	16	31	1.94
9082478--9082524	22	2.1	23	88	4	69	23	40	12	23	1.89
9088290--9088341	26	2.0	26	84	0	68	30	17	9	42	1.81
9088561--9088644	23	3.7	23	90	0	132	41	16	14	27	1.87
9088624--9088713	47	2.0	44	82	6	108	53	14	8	23	1.69
9088709--9088733	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
9104042--9104081	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
9120619--9120774	85	1.8	85	87	2	233	33	15	25	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9121014--9121086	22	3.4	21	67	16	60	34	21	15	28	1.94
9121123--9121376	52	4.7	53	82	5	253	40	18	11	29	1.85
9121373--9121461	39	2.3	39	84	7	110	34	17	15	31	1.92
9121393--9121479	39	2.2	39	83	4	104	40	16	13	29	1.87
9122377--9122479	45	2.2	47	82	6	129	43	17	10	28	1.82
9126847--9126877	8	4.0	8	95	4	55	77	0	0	22	0.77
9130603--9130641	2	20.5	2	89	10	64	51	0	0	48	1.00
9130795--9130849	8	6.2	9	75	12	60	49	1	0	49	1.11
9130779--9130844	27	2.4	26	85	7	87	54	3	0	42	1.15
9131295--9131351	27	2.1	27	90	0	87	35	10	8	45	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50