genome.fa.s7999.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007999.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110450_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11700749

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2384661--2384834	90	2.0	88	94	2	303	37	11	5	44	1.64
2386223--2386313	37	2.5	37	71	8	87	46	1	1	51	1.15
2391926--2392099	89	2.0	89	95	2	314	35	12	6	45	1.68
2395355--2395509	65	2.4	65	90	2	231	30	17	21	30	1.96
2396247--2396423	90	2.0	89	95	1	318	37	11	6	44	1.67
2400397--2400430	14	2.4	14	90	0	50	41	5	8	44	1.60
2400703--2400766	18	3.7	18	77	10	62	48	1	1	48	1.20
2400736--2400763	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2405676--2405705	3	10.0	3	92	0	51	63	0	36	0	0.95
2420313--2420350	3	12.7	3	88	0	58	34	0	2	63	1.09
2422614--2422684	37	1.9	37	94	0	124	15	12	11	60	1.59
2422898--2422968	37	1.9	37	94	0	124	15	12	11	60	1.59
2435444--2435585	11	12.8	10	68	19	52	78	0	12	7	0.98
2435470--2435604	8	18.0	8	69	24	50	77	0	13	8	0.98
2435492--2435613	16	8.1	14	75	15	86	78	0	14	6	0.94
2435461--2435601	47	3.1	43	76	16	126	78	0	12	7	0.99
2435492--2435598	25	4.4	25	76	13	107	79	0	14	5	0.91
2435538--2435613	14	5.3	14	79	19	68	77	0	13	9	0.99
2436920--2437453	55	9.9	55	86	5	618	29	15	25	30	1.96
2437941--2438028	45	2.0	45	95	0	158	18	11	9	61	1.55
2440603--2440673	35	2.0	35	89	5	108	53	1	21	23	1.54
2441798--2441845	22	2.2	21	85	10	62	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2441804--2441846	17	2.7	15	83	16	52	48	0	0	51	1.00
2442369--2442548	66	2.7	67	81	8	195	37	10	21	31	1.87
2442505--2442618	34	3.4	34	83	6	135	32	8	18	40	1.81
2442671--2442845	36	4.8	36	93	3	298	37	15	20	26	1.93
2442727--2442827	21	5.4	21	66	26	82	37	13	20	27	1.91
2443185--2443256	36	2.0	36	100	0	144	38	13	19	27	1.90
2443625--2443937	110	2.8	110	87	0	448	25	16	24	32	1.96
2447871--2447916	24	1.9	24	81	0	56	56	0	19	23	1.42
2447875--2447945	35	2.0	35	91	0	115	53	1	22	22	1.54
2450177--2450228	22	2.2	25	86	10	74	51	0	0	48	1.00
2450176--2450228	25	2.1	25	86	6	72	52	0	0	47	1.00
2450183--2450223	13	2.9	15	79	17	52	48	0	0	51	1.00
2454175--2454242	15	4.2	17	74	10	72	76	5	16	1	1.05
2455344--2455382	20	2.0	20	89	0	60	28	23	35	12	1.91
2458130--2459459	53	24.9	54	87	1	1680	23	25	19	32	1.97
2458130--2459459	321	4.1	322	86	2	1755	23	25	19	32	1.97
2459460--2459564	37	2.8	36	81	5	138	22	20	15	41	1.89
2460784--2460844	19	3.3	18	75	8	61	4	14	0	80	0.87
2460822--2460899	9	8.6	9	77	14	72	7	17	0	74	1.05
2460810--2460901	10	9.7	10	75	11	70	6	18	0	75	1.02
2460841--2460879	8	4.6	8	81	12	51	10	17	0	71	1.12
2460803--2460906	18	5.6	19	72	19	69	5	18	0	75	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2473653--2473725	33	2.2	33	95	0	128	27	17	8	46	1.76
2474749--2474783	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
2475347--2475378	16	1.9	17	93	6	57	31	6	6	56	1.49
2479673--2479785	57	2.0	58	92	1	192	27	11	26	34	1.91
2483873--2483944	24	2.6	30	68	27	75	55	20	5	18	1.62
2484024--2484087	33	1.9	34	96	3	121	39	23	25	12	1.90
2484007--2484144	52	2.6	53	84	3	179	43	21	22	13	1.86
2483999--2484144	19	8.1	19	69	17	87	45	19	21	13	1.84
2484690--2484906	20	10.6	20	71	11	127	27	19	18	34	1.96
2484690--2484906	41	5.3	40	75	8	143	27	19	18	34	1.96
2484692--2484906	61	3.5	60	72	9	175	26	20	19	33	1.96
2484773--2484845	21	3.5	21	79	3	76	36	17	21	23	1.94
2484896--2484948	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
2492899--2492937	21	1.9	20	84	5	51	10	0	20	69	1.17
2504825--2504896	21	3.2	21	90	7	99	22	41	0	36	1.54
2507045--2507084	19	2.2	18	86	4	53	15	32	32	20	1.93
2507068--2507129	23	2.7	23	90	2	90	20	24	32	22	1.98
2511339--2511403	31	2.1	31	82	5	78	32	24	16	26	1.96
2511689--2511731	18	2.4	19	84	11	63	53	16	0	30	1.43
2513887--2514026	32	4.3	32	80	10	151	50	5	15	27	1.67
2517959--2517986	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
2520173--2520205	14	2.4	14	94	0	57	33	6	30	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2536116--2536246	54	2.4	54	87	1	172	29	17	24	28	1.97
2536230--2536284	22	2.5	22	96	0	101	23	20	29	27	1.99
2536233--2536296	22	3.0	21	90	4	76	26	17	28	28	1.97
2536655--2536705	21	2.4	21	93	0	84	37	9	23	29	1.87
2536719--2536753	16	2.2	16	89	0	52	48	8	17	25	1.75
2536838--2536918	21	3.8	21	83	3	99	17	19	30	32	1.95
2542314--2542360	21	2.2	21	92	0	76	36	10	23	29	1.89
2549971--2550012	22	2.0	21	85	4	57	16	14	0	69	1.20
2554496--2554537	21	2.0	21	90	0	66	21	16	26	35	1.94
2555752--2555982	45	5.1	45	88	0	336	43	11	22	21	1.85
2558703--2558753	12	4.1	12	74	18	50	66	9	9	13	1.44
2561636--2561671	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
2590873--2590915	18	2.4	18	84	0	59	37	9	9	44	1.69
2591457--2591517	24	2.5	25	97	2	115	26	9	26	37	1.87
2591457--2591517	25	2.5	24	94	2	104	26	9	26	37	1.87
2592429--2592535	20	5.3	20	78	8	119	37	22	17	22	1.94
2592424--2592675	60	4.2	60	83	7	232	40	22	15	21	1.90
2592529--2592675	20	7.3	20	78	9	131	42	23	13	20	1.88
2592529--2592675	40	3.7	40	77	7	154	42	23	13	20	1.88
2592483--2592675	20	9.6	20	77	10	123	40	23	14	21	1.90
2594917--2594993	21	3.7	21	67	0	64	19	11	37	31	1.88
2595044--2595092	21	2.3	21	85	0	62	22	18	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2595373--2595491	42	2.8	42	86	5	143	20	34	20	25	1.96
2595373--2595467	21	4.5	21	79	11	106	20	33	20	26	1.96
2596850--2596994	65	2.2	65	90	3	222	30	2	16	51	1.56
2597048--2597096	20	2.5	20	90	6	73	38	20	20	20	1.93
2599609--2599679	24	3.0	24	97	0	133	35	21	22	21	1.96
2600626--2600964	20	17.0	20	76	13	161	23	14	23	38	1.92
2600634--2600725	19	4.7	19	90	4	130	31	10	22	34	1.89
2600615--2600745	39	3.3	39	81	6	140	30	12	22	35	1.90
2600632--2600879	40	6.2	40	77	14	183	23	14	23	38	1.91
2600713--2600924	100	2.1	100	89	1	318	20	15	23	41	1.90
2600729--2600899	80	2.1	78	83	8	202	19	15	23	40	1.90
2600713--2600964	100	2.5	99	84	5	310	20	15	25	39	1.91
2602833--2602890	26	2.2	26	100	0	116	34	29	12	24	1.91
2604813--2604855	20	2.3	19	92	8	70	23	27	9	39	1.85
2610686--2610716	13	2.4	13	100	0	62	41	19	0	38	1.51
2610763--2610821	31	1.9	31	89	3	93	44	10	0	45	1.37
2610745--2610896	66	2.3	63	82	10	166	40	9	3	46	1.54
2616300--2616360	23	2.7	23	92	5	88	19	24	26	29	1.99
2618070--2618147	4	20.5	4	75	12	51	70	1	1	26	1.03
2618118--2618142	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
2618111--2618152	19	2.1	21	86	8	61	76	0	4	19	0.96
2618241--2618349	34	3.1	35	86	2	148	40	7	4	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2634470--2634500	4	7.8	4	100	0	62	25	0	0	74	0.82
2635860--2635912	19	2.8	20	91	8	92	22	16	33	26	1.96
2636284--2636315	17	1.9	16	93	6	55	31	15	12	40	1.85
2636582--2636691	31	3.5	31	92	1	175	20	16	21	41	1.90
2636584--2636706	31	3.9	31	87	3	122	21	15	21	41	1.90
2636582--2636706	62	2.0	63	85	4	173	20	15	22	41	1.89
2642900--2642939	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
2648071--2648130	1	60.0	1	83	0	57	0	5	6	88	0.63
2648052--2648130	38	2.1	38	83	2	97	0	7	10	82	0.85
2648059--2648129	13	5.6	13	85	8	85	0	7	8	84	0.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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