genome.fa.s7999.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007999.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110450_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11700749

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   

This is table  6  of  50  ( 5918 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1423460--1423506	18	2.5	19	93	6	78	14	21	27	36	1.93
1423460--1423516	20	3.0	20	84	5	55	15	19	24	40	1.90
1425419--1425452	14	2.4	14	85	0	50	32	0	20	47	1.51
1425580--1425633	14	3.5	14	73	22	54	44	20	24	11	1.83
1425560--1425655	33	2.8	33	92	3	147	42	20	23	12	1.86
1425593--1425660	20	3.8	19	72	21	74	47	19	22	11	1.81
1425702--1425790	20	4.4	20	91	2	144	16	22	25	34	1.95
1428033--1428086	25	2.2	24	87	6	74	40	20	20	18	1.91
1428886--1428932	20	2.3	20	89	7	69	21	17	27	34	1.95
1428926--1429091	20	8.3	20	92	0	269	21	19	18	41	1.90
1428906--1429091	60	3.1	58	85	6	246	20	18	19	40	1.91
1429088--1429133	21	2.2	21	92	0	74	39	17	26	17	1.91
1436803--1436867	24	2.6	25	74	13	64	43	3	33	20	1.67
1438372--1438428	19	3.0	19	89	0	87	17	24	28	29	1.97
1447750--1447886	60	2.3	60	82	5	170	34	20	15	29	1.93
1462765--1462806	16	2.6	16	96	0	75	69	0	0	30	0.89
1462743--1462799	21	2.6	21	86	8	69	64	3	0	31	1.10
1462765--1462818	16	3.2	16	89	5	63	66	3	0	29	1.09
1463384--1463426	17	2.4	17	84	7	50	32	0	4	62	1.15
1463397--1463455	21	2.7	23	77	20	79	27	0	3	69	1.04
1463397--1463456	22	2.7	22	75	17	70	28	0	3	68	1.05
1463397--1463483	14	5.7	15	74	17	56	33	0	3	63	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1466762--1466802	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
1469013--1469329	156	2.0	157	95	0	564	36	13	21	28	1.91
1471777--1471801	5	5.0	5	100	0	50	60	20	0	20	1.37
1476010--1476054	16	2.8	16	83	16	65	11	22	6	60	1.54
1478895--1478963	6	11.7	6	96	3	131	84	0	0	15	0.63
1481879--1481912	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
1492064--1492097	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
1497130--1497179	26	1.9	26	95	0	91	28	24	20	28	1.99
1510181--1510308	47	2.7	47	81	0	139	31	21	13	33	1.92
1520501--1520560	23	2.6	23	97	2	111	36	25	15	23	1.93
1520602--1520664	23	2.7	23	82	0	72	36	9	20	33	1.85
1522551--1522586	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
1524455--1524559	32	3.3	32	85	1	140	31	24	12	31	1.92
1531049--1531098	21	2.4	21	93	0	82	28	20	14	38	1.91
1531151--1531190	21	1.9	21	94	0	71	30	20	15	35	1.93
1531199--1531252	20	2.8	20	91	2	92	37	16	9	37	1.81
1531516--1531559	23	1.9	23	90	0	70	47	29	0	22	1.51
1536691--1536739	23	2.1	22	85	7	62	38	18	10	32	1.84
1536674--1536723	23	2.2	23	85	7	66	46	20	12	22	1.83
1544433--1544468	18	2.0	18	89	10	56	83	2	13	0	0.76
1558543--1558568	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1568851--1569241	54	7.4	54	81	3	443	28	17	18	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1568851--1569241	104	3.7	104	80	4	433	28	17	18	35	1.94
1568851--1569241	160	2.5	157	84	3	471	28	17	18	35	1.94
1571879--1571933	15	3.7	15	82	2	58	32	18	21	27	1.96
1583616--1583645	15	1.9	16	93	6	53	40	13	20	26	1.89
1592809--1592886	13	5.9	13	72	12	61	56	1	16	25	1.48
1593355--1593394	21	1.9	21	84	0	53	50	0	7	42	1.30
1599091--1599171	39	2.0	40	88	6	121	24	16	25	33	1.96
1599275--1599533	45	5.8	45	92	0	412	40	5	22	31	1.78
1602331--1602435	5	20.4	5	71	24	69	79	3	17	0	0.88
1602331--1602437	22	5.1	21	81	15	107	79	3	16	0	0.87
1602340--1602434	33	3.0	32	74	21	92	77	4	17	0	0.92
1602331--1602438	49	2.2	49	84	14	143	79	3	16	0	0.87
1602337--1602438	21	4.9	21	80	14	106	79	3	16	0	0.88
1605468--1605503	14	2.6	14	86	0	54	41	22	8	27	1.82
1606391--1606509	40	3.0	40	91	0	175	26	15	26	31	1.96
1606611--1606824	91	2.4	89	89	5	317	40	6	22	30	1.80
1606611--1606824	45	4.8	45	88	4	292	40	6	22	30	1.80
1613405--1613498	39	2.4	39	96	0	170	27	6	14	51	1.67
1618182--1618232	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
1619140--1619199	30	2.0	31	86	3	86	53	10	8	28	1.63
1621601--1621670	5	14.0	5	72	24	51	1	20	1	77	0.93
1621609--1621670	8	7.9	8	75	8	56	1	19	1	77	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1621601--1621670	13	5.4	13	73	16	56	1	20	1	77	0.93
1621604--1621670	24	3.0	22	77	12	73	1	19	1	77	0.92
1621697--1621721	11	2.3	11	100	0	50	0	16	8	76	1.02
1622362--1622412	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
1623311--1623370	30	2.0	31	83	3	77	55	10	6	28	1.58
1626854--1627123	138	2.0	137	86	2	382	27	15	15	41	1.87
1628176--1628241	28	2.4	28	100	0	132	18	16	16	48	1.82
1635129--1635154	13	2.0	13	100	0	52	69	7	0	23	1.14
1639734--1639921	97	1.9	98	85	2	261	26	18	18	37	1.93
1640193--1640254	31	2.0	31	96	0	115	32	24	22	20	1.98
1642849--1642873	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
1642961--1643017	30	1.9	30	96	0	105	52	10	7	29	1.62
1643667--1643707	21	2.0	21	90	0	64	51	7	2	39	1.43
1644821--1644881	30	2.0	30	93	6	106	27	32	9	29	1.89
1651508--1651701	99	2.0	98	93	1	334	30	19	17	33	1.94
1653179--1653209	15	2.1	15	100	0	62	25	19	6	48	1.72
1657380--1657421	18	2.3	18	100	0	84	30	14	30	23	1.94
1660561--1660598	20	1.9	20	89	10	60	21	21	42	15	1.89
1661608--1661956	131	2.7	131	82	4	382	39	15	10	34	1.82
1672467--1672520	20	2.7	20	91	0	81	35	18	1	44	1.61
1681751--1682094	32	10.4	31	73	17	148	46	3	6	43	1.45
1681747--1681873	63	2.1	62	84	10	163	40	3	8	47	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1681784--1681837	27	2.0	27	88	0	81	40	3	7	48	1.49
1681797--1682100	37	8.7	36	76	15	223	46	3	5	44	1.44
1681784--1682094	76	4.6	67	72	18	177	46	3	5	43	1.44
1681835--1682037	108	1.9	106	81	9	243	46	4	4	44	1.45
1681810--1682100	68	4.2	71	73	17	229	47	3	5	43	1.43
1682120--1682170	9	5.8	9	82	8	61	19	3	0	76	0.94
1683452--1683516	6	10.5	6	83	6	58	23	3	0	73	0.97
1683462--1683508	3	15.7	3	84	0	58	25	2	0	72	0.96
1690187--1690875	73	9.4	73	92	1	1110	32	21	19	26	1.97
1691953--1692072	52	2.3	53	86	2	161	29	23	11	35	1.90
1700616--1700640	5	5.0	5	100	0	50	20	0	20	60	1.37
1703746--1704925	164	7.1	163	83	5	1208	30	25	19	24	1.98
1703748--1704860	84	13.4	83	80	5	1178	30	25	19	24	1.98
1703748--1704922	580	2.0	579	85	3	1596	30	25	20	24	1.98
1705641--1705665	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
1705552--1705944	73	5.5	69	77	14	240	45	4	6	43	1.49
1705585--1705976	106	3.7	104	77	12	316	46	3	6	43	1.46
1705628--1705991	67	5.2	71	73	13	249	46	3	5	43	1.45
1705594--1705991	36	11.4	35	74	15	197	46	3	5	44	1.44
1707353--1707418	6	10.5	6	84	9	60	22	3	0	74	0.96
1707363--1707413	3	17.0	3	85	0	66	25	1	0	72	0.95
1707487--1707566	24	3.2	26	73	19	73	20	7	0	72	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1707506--1707569	23	2.7	23	78	17	69	21	6	0	71	1.07
1711851--1711921	32	2.2	31	85	9	90	22	8	2	66	1.32
1711873--1711917	22	2.0	22	83	8	56	17	11	2	68	1.29
1711959--1712012	10	5.6	10	77	16	60	70	5	3	20	1.23
1711959--1712013	27	2.0	27	89	3	83	70	5	3	20	1.22
1711967--1712001	18	2.0	18	94	5	63	74	2	5	17	1.14
1718933--1718993	16	3.8	15	79	12	59	78	0	6	14	0.94
1718946--1719002	10	5.7	10	76	15	64	77	0	5	17	0.95
1718932--1719010	22	3.2	25	75	15	74	77	0	5	17	0.95
1719307--1719374	2	35.0	2	86	5	86	51	1	1	45	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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