genome.fa.s8082.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008082.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110584_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6025995

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2101086--2101117	15	2.1	15	94	0	55	37	0	0	62	0.95
2101428--2101475	23	2.1	23	84	0	60	35	10	18	35	1.85
2101942--2102014	23	3.2	23	84	0	92	38	19	5	36	1.75
2101549--2102836	482	2.7	483	93	4	2185	40	10	7	41	1.68
2102424--2102496	23	3.2	23	92	0	110	38	21	4	35	1.73
2102433--2102497	23	2.8	23	95	0	112	35	23	3	38	1.70
2105043--2105611	183	3.1	183	95	0	1005	33	16	14	35	1.89
2106822--2106910	18	4.9	18	84	0	115	23	33	6	35	1.81
2106850--2106922	12	6.6	11	79	9	55	20	34	9	35	1.85
2106826--2106927	18	5.7	18	83	2	98	22	33	7	36	1.83
2106822--2106910	6	14.8	6	84	0	97	23	33	6	35	1.81
2108374--2109546	200	5.9	200	96	1	2099	31	17	14	36	1.90
2108374--2109546	596	2.0	600	95	1	2117	31	17	14	36	1.90
2111486--2111551	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
2111586--2111649	21	3.0	21	93	0	101	17	29	10	42	1.83
2112248--2112512	129	2.1	129	99	0	521	29	22	17	30	1.97
2114601--2114697	39	2.6	38	87	7	121	40	32	10	16	1.82
2126803--2126857	26	2.1	26	86	0	74	40	27	9	23	1.85
2129717--2130875	576	2.0	574	86	3	1614	37	12	17	32	1.87
2131628--2131837	113	1.9	112	87	7	311	32	17	14	34	1.91
2135819--2135901	3	27.3	3	95	2	148	36	0	0	63	0.94
2135937--2135975	20	2.0	20	85	9	55	43	35	7	12	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2137156--2137264	30	3.6	30	87	0	137	16	13	10	59	1.60
2137148--2137276	60	2.2	59	80	4	152	17	12	11	58	1.63
2138017--2138049	15	2.3	15	89	5	50	42	3	3	51	1.32
2142536--2142612	31	2.5	32	85	10	99	31	19	12	36	1.90
2142684--2143059	131	2.8	132	83	3	409	26	31	17	24	1.97
2143223--2143278	3	17.7	3	89	7	60	33	0	0	66	0.92
2144685--2144754	30	2.3	30	90	0	104	12	14	10	62	1.53
2144685--2144766	30	2.8	30	84	1	94	12	15	10	60	1.58
2145840--2145924	41	2.0	42	86	2	118	44	1	2	51	1.21
2149102--2149170	36	1.9	36	93	0	120	44	24	7	23	1.78
2157925--2157980	20	2.8	19	76	10	67	44	10	10	33	1.74
2179975--2180014	19	2.0	20	90	4	64	20	15	0	65	1.28
2180298--2180342	13	3.4	13	78	6	54	77	2	15	4	1.02
2184581--2184620	19	2.0	20	90	4	64	20	15	0	65	1.28
2189421--2189759	110	3.1	111	90	1	511	31	12	11	44	1.77
2190310--2190362	28	2.0	27	88	7	81	58	11	3	26	1.49
2190390--2190787	111	3.6	111	89	2	577	32	11	10	44	1.75
2191091--2191359	133	2.0	133	89	2	407	35	14	10	40	1.80
2191176--2191263	46	1.9	46	95	0	158	37	20	7	34	1.82
2191176--2191263	23	3.8	23	93	3	142	37	20	7	34	1.82
2191300--2191343	23	1.9	23	90	0	70	38	13	9	38	1.77
2191308--2191359	23	2.3	23	82	0	68	38	13	9	38	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2194616--2194650	13	2.6	14	86	9	54	25	31	28	14	1.95
2194641--2194673	17	1.9	17	93	0	57	12	21	45	21	1.84
2194616--2194650	7	5.1	7	86	6	54	25	31	28	14	1.95
2194707--2194759	10	5.3	10	80	6	54	35	22	22	18	1.95
2200219--2200252	18	1.9	18	88	5	52	44	5	23	26	1.76
2204025--2204066	17	2.4	18	88	7	61	50	0	0	50	1.00
2208038--2208489	173	2.6	167	83	9	506	42	13	15	27	1.85
2210578--2210629	21	2.6	20	91	8	88	44	9	30	15	1.78
2210579--2210641	19	3.2	19	90	4	90	41	11	30	17	1.84
2210671--2210739	33	2.1	33	91	0	111	28	0	47	23	1.52
2214916--2215022	45	2.3	46	88	4	155	30	20	17	30	1.96
2215027--2215141	53	2.2	53	95	0	203	33	20	17	28	1.96
2220857--2220939	28	3.1	27	70	22	77	45	3	2	48	1.33
2220824--2220939	52	2.2	51	84	9	153	41	4	2	51	1.35
2220944--2221014	31	2.3	31	80	4	81	46	11	4	38	1.59
2224829--2224878	24	2.1	22	82	17	57	50	0	10	40	1.36
2225186--2225223	20	1.9	20	94	0	67	36	10	26	26	1.89
2226569--2226616	23	2.1	23	84	0	60	18	18	22	39	1.92
2234987--2235068	43	1.9	43	92	0	137	30	12	19	37	1.88
2235143--2235185	15	3.0	14	90	6	61	16	18	9	55	1.67
2235143--2235185	7	6.0	7	82	15	52	16	18	9	55	1.67
2235250--2235319	35	2.0	34	86	2	95	17	12	8	61	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2238057--2238111	10	5.7	10	89	8	78	85	0	14	0	0.60
2238057--2238118	18	3.3	18	86	8	88	85	0	14	0	0.60
2242941--2243085	22	6.6	22	94	0	245	34	16	12	36	1.86
2243744--2244183	45	9.8	45	92	0	718	24	23	17	34	1.96
2243744--2244183	181	2.4	180	91	0	700	24	23	17	34	1.96
2243765--2244183	226	1.9	226	93	2	725	24	23	17	34	1.96
2244310--2244372	3	20.7	3	80	9	74	38	1	0	60	1.07
2244330--2244383	28	1.9	28	81	7	65	42	1	0	55	1.10
2245877--2245950	22	3.4	22	80	10	98	40	2	0	56	1.13
2246452--2246526	21	3.5	22	80	12	102	44	2	0	53	1.14
2246452--2246542	22	4.2	22	79	10	98	41	2	0	56	1.12
2246452--2246541	43	2.1	43	100	0	180	42	2	0	55	1.12
2246448--2246541	21	4.5	20	77	12	91	42	2	0	55	1.12
2246545--2246578	18	1.9	18	94	5	61	32	0	0	67	0.91
2246660--2246701	11	3.3	13	80	12	52	50	0	0	50	1.00
2245637--2246811	588	2.0	588	94	2	2043	37	6	6	48	1.56
2247512--2247801	145	2.0	144	89	3	449	31	13	11	44	1.79
2248288--2248325	20	1.9	20	88	0	58	39	26	7	26	1.83
2251630--2251671	21	2.0	21	85	0	57	35	16	14	33	1.89
2251785--2251822	15	2.5	15	82	0	58	28	31	5	34	1.80
2254778--2254852	35	2.1	35	85	0	96	34	28	25	12	1.91
2254930--2255020	24	3.8	24	85	2	130	37	19	16	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2254930--2255020	47	1.9	48	90	2	148	37	19	16	26	1.93
2264642--2264693	22	2.5	22	84	12	65	40	13	13	32	1.83
2269625--2269675	25	2.0	25	84	0	66	54	1	0	43	1.11
2273551--2273700	49	3.1	49	86	4	189	41	9	15	34	1.79
2276259--2276431	91	1.9	88	95	3	310	24	9	8	57	1.58
2284857--2285002	43	3.2	43	66	12	121	34	26	17	21	1.95
2284539--2285703	106	11.6	104	80	11	1176	34	24	17	23	1.96
2284741--2285703	200	4.8	194	87	7	1242	34	24	17	23	1.96
2284741--2285706	393	2.4	387	88	5	1376	34	24	17	23	1.96
2287093--2287127	2	18.5	2	88	11	56	45	0	0	54	0.99
2295847--2295919	37	2.0	37	100	0	146	41	8	38	12	1.73
2300182--2300286	28	3.5	28	70	20	86	40	4	6	48	1.50
2300163--2300290	63	2.0	63	98	0	247	39	3	6	50	1.46
2305927--2305968	20	2.1	20	82	8	50	40	4	11	42	1.63
2305971--2306010	19	2.1	19	86	9	55	57	7	2	32	1.40
2306413--2306460	16	2.9	17	78	12	55	60	27	0	12	1.32
2306408--2306461	16	3.3	17	77	12	51	59	27	0	12	1.34
2308494--2308530	19	1.9	19	88	0	56	37	27	2	32	1.71
2308983--2309037	22	2.5	22	100	0	110	25	29	0	45	1.54
2311009--2311075	21	3.2	21	76	16	75	37	19	17	25	1.94
2316602--2316658	22	2.6	22	97	0	105	22	17	24	35	1.95
2317081--2317119	19	2.1	19	90	4	62	58	5	2	33	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2317883--2317951	27	2.5	28	72	13	72	53	0	2	43	1.15
2318021--2318082	31	2.0	31	93	0	106	41	3	14	40	1.62
2319305--2319346	20	2.1	20	90	0	66	11	40	30	16	1.85
2320074--2320109	13	2.8	13	86	0	54	47	0	8	44	1.33
2321678--2321719	7	5.7	7	82	17	50	0	19	0	80	0.70
2321687--2321719	17	1.9	17	100	0	66	0	21	0	78	0.75
2329470--2329504	14	2.5	14	85	0	52	14	28	11	45	1.79
2332215--2332989	381	2.0	381	99	0	1532	23	21	17	38	1.93
2334061--2334112	13	4.2	13	74	16	56	80	1	1	15	0.88
2334061--2334112	11	4.4	11	77	15	50	80	1	1	15	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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