genome.fa.s8082.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008082.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110584_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6025995

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   

This is table  13  of  28  ( 3312 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2335189--2335238	19	2.6	18	84	15	57	52	2	4	42	1.31
2335353--2335406	22	2.5	20	80	16	56	57	5	0	37	1.22
2335770--2335861	41	2.5	33	69	24	76	23	17	22	35	1.95
2335782--2335882	41	2.5	41	88	0	139	21	17	22	37	1.94
2336000--2336028	6	4.8	6	100	0	58	34	51	13	0	1.42
2336509--2336540	5	6.6	5	96	3	57	0	40	21	37	1.54
2336552--2336576	6	4.2	6	100	0	50	32	0	32	36	1.58
2336687--2336739	22	2.4	22	93	0	97	37	28	16	16	1.91
2336728--2336933	40	5.0	41	81	5	184	38	22	21	16	1.93
2336706--2336899	104	1.9	103	87	1	289	37	23	20	18	1.94
2336835--2336930	20	4.8	20	97	0	183	42	21	25	10	1.84
2337177--2337265	44	2.0	44	84	0	115	29	16	17	35	1.93
2338593--2339310	215	3.4	210	84	8	937	51	7	11	29	1.65
2339351--2339487	2	68.5	2	66	18	54	44	3	4	47	1.40
2339344--2339457	11	10.5	11	69	13	58	45	3	3	47	1.37
2339356--2339614	20	12.8	20	68	16	74	45	5	5	44	1.49
2339341--2339468	22	6.0	21	72	12	91	45	3	3	46	1.40
2339392--2339446	30	1.9	27	85	10	74	38	3	3	54	1.36
2339451--2339476	11	2.4	11	100	0	52	38	0	7	53	1.30
2339425--2339486	29	2.2	28	91	2	97	43	4	3	48	1.40
2339536--2339721	22	9.1	20	70	14	87	46	2	5	45	1.40
2339557--2339694	11	12.7	11	66	20	60	48	2	2	46	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2339611--2339678	23	2.6	27	69	21	65	44	1	2	51	1.25
2339796--2339858	9	6.2	11	75	18	57	50	11	1	36	1.47
2339849--2339925	33	2.3	33	84	10	104	41	9	9	40	1.68
2339853--2339934	33	2.6	30	83	10	103	40	8	9	41	1.69
2339889--2340056	18	8.7	20	68	21	92	41	7	8	42	1.64
2339855--2340054	18	10.8	18	67	21	85	40	8	9	42	1.67
2339889--2340046	38	4.1	36	76	21	128	41	7	8	43	1.63
2340033--2340082	24	2.1	24	85	7	66	38	6	10	46	1.62
2340046--2340089	22	1.9	24	81	9	56	36	6	9	47	1.62
2340128--2340447	2	164.0	2	63	21	74	47	2	4	45	1.37
2340132--2340214	18	4.8	17	85	11	98	45	3	2	48	1.33
2340132--2340226	35	2.8	35	75	20	94	43	3	3	50	1.34
2340231--2340366	13	10.5	13	66	17	68	52	2	3	41	1.34
2340201--2340354	28	5.6	28	71	16	90	48	2	4	44	1.37
2340250--2340380	40	3.3	40	77	14	153	51	2	3	41	1.32
2340296--2340447	11	13.3	11	66	24	66	48	1	4	45	1.34
2340519--2340570	21	2.5	21	75	12	61	46	28	0	25	1.53
2340528--2340567	14	2.9	14	88	0	53	47	25	0	27	1.52
2340590--2340650	16	3.5	16	71	26	52	39	8	11	40	1.71
2340589--2340662	37	2.1	36	87	5	105	40	8	10	40	1.70
2340620--2340757	57	2.4	57	81	9	174	42	8	7	41	1.63
2340670--2340704	15	2.4	15	90	4	54	51	8	0	40	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2340684--2340742	22	2.7	22	78	17	68	44	8	3	44	1.51
2341596--2341656	13	4.3	13	75	18	59	16	45	21	16	1.85
2341574--2341650	18	4.6	18	78	15	101	16	49	20	12	1.79
2341578--2341656	31	2.5	31	93	0	140	16	46	21	15	1.83
2341632--2341678	8	6.5	8	72	22	50	17	38	23	21	1.93
2341645--2341678	15	2.3	15	94	0	59	17	35	23	23	1.95
2342976--2343011	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
2344109--2344210	24	4.2	24	82	9	111	21	15	18	44	1.87
2345076--2345143	21	3.2	21	75	10	59	45	4	4	45	1.43
2345117--2345186	31	2.3	31	88	9	101	42	2	2	51	1.31
2345139--2345278	28	4.9	29	70	20	91	46	2	2	48	1.29
2348676--2348746	10	7.1	10	67	0	52	40	0	5	53	1.24
2348677--2348761	15	5.5	15	85	2	116	41	0	7	51	1.29
2348673--2348770	30	3.2	30	94	5	162	35	0	9	55	1.32
2358315--2358349	11	3.1	11	87	4	52	25	2	0	71	1.00
2358314--2358373	20	3.1	19	77	15	61	25	6	0	68	1.14
2358726--2358785	12	5.0	12	89	0	93	38	15	3	43	1.63
2358898--2358973	29	2.6	29	83	12	100	26	6	2	64	1.31
2361512--2361596	40	2.1	40	97	0	161	34	4	16	44	1.68
2367193--2367250	21	2.8	20	78	14	64	31	31	13	24	1.94
2368880--2368911	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
2381341--2381399	23	2.5	22	74	15	57	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2383174--2383267	21	4.5	21	92	5	154	18	34	26	21	1.96
2387616--2387702	35	2.5	34	80	12	97	55	10	8	26	1.61
2387912--2387960	21	2.3	21	82	0	62	18	32	14	34	1.91
2387935--2387969	15	2.3	15	90	0	52	14	37	17	31	1.89
2387942--2387975	15	2.3	15	100	0	68	14	35	17	32	1.91
2389817--2390030	111	1.9	111	96	0	392	43	11	8	36	1.71
2390314--2390439	51	2.5	50	83	2	153	19	27	36	15	1.93
2391001--2391033	15	2.2	15	94	0	57	36	3	0	60	1.12
2392076--2392112	17	2.1	18	90	5	58	62	0	18	18	1.34
2393111--2393151	22	2.0	22	85	9	59	21	14	12	51	1.75
2396128--2396157	15	1.9	16	93	6	53	3	23	6	66	1.30
2407144--2407201	31	1.9	31	96	3	109	15	13	56	13	1.67
2407185--2407268	19	4.3	20	88	10	129	20	14	46	19	1.84
2407185--2407268	39	2.2	39	93	4	143	20	14	46	19	1.84
2407357--2407390	17	2.0	17	100	0	68	23	47	0	29	1.52
2407480--2407524	21	2.2	20	88	4	63	24	26	20	28	1.99
2407879--2407922	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
2407942--2407966	8	3.1	8	100	0	50	28	0	12	60	1.32
2407898--2408005	50	2.2	50	80	9	114	39	0	9	50	1.34
2408332--2408358	14	1.9	14	100	0	54	7	3	14	74	1.18
2408329--2408361	17	1.9	17	88	11	50	9	3	15	72	1.21
2408455--2408498	23	2.0	23	81	4	54	40	0	9	50	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2412201--2412285	3	27.7	3	83	4	107	60	0	0	40	0.97
2412516--2413414	113	8.0	112	85	3	1123	29	17	15	37	1.91
2412516--2413413	226	4.0	226	90	2	1312	29	17	15	37	1.91
2412516--2413406	339	2.6	336	86	2	1250	29	17	15	37	1.91
2414103--2414738	92	6.9	92	93	1	1060	36	21	13	28	1.91
2414103--2414744	276	2.3	276	96	1	1180	36	21	13	28	1.91
2415742--2415779	16	2.4	16	82	8	51	57	7	5	28	1.49
2416099--2416181	6	13.0	6	79	16	87	0	19	0	80	0.71
2416099--2416186	20	4.3	20	81	14	92	0	19	0	80	0.71
2416119--2416187	9	8.0	9	77	18	58	0	18	0	81	0.70
2416099--2416179	37	2.1	40	77	11	80	0	19	0	80	0.72
2416100--2416178	15	5.6	14	70	25	51	0	18	0	81	0.70
2428894--2428925	17	1.9	16	93	6	55	59	0	0	40	0.97
2428892--2428952	3	19.7	3	80	6	50	55	1	0	42	1.09
2430511--2430545	17	2.0	18	94	5	63	57	0	5	37	1.23
2430741--2431047	14	24.6	11	71	19	98	44	2	10	43	1.50
2430788--2431026	26	9.3	26	82	8	258	44	2	8	43	1.50
2430715--2431004	124	2.4	124	91	2	480	45	2	8	43	1.48
2430788--2431032	14	18.1	13	75	16	173	44	2	8	43	1.50
2431042--2431087	22	2.1	22	84	8	58	41	0	6	52	1.27
2431135--2431219	10	8.7	10	72	27	58	41	0	14	44	1.45
2431004--2431390	58	6.5	59	91	2	591	41	0	11	46	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2431004--2431390	118	3.3	118	91	3	627	41	0	11	46	1.45
2431004--2431581	176	3.1	178	84	9	673	41	0	12	46	1.44
2431311--2431337	10	2.7	10	100	0	54	40	0	18	40	1.51
2431358--2431405	14	3.6	14	75	16	57	33	0	18	47	1.49
2431358--2431415	25	2.3	25	90	0	98	34	0	18	46	1.50
2431372--2431421	11	4.4	11	79	16	57	36	0	20	44	1.52
2431240--2431534	143	2.1	144	93	1	513	41	0	13	45	1.46
2431386--2431570	60	3.1	60	96	1	336	42	0	12	45	1.42
2431472--2431559	18	4.6	18	65	20	52	45	0	10	44	1.37
2432459--2432503	23	2.0	23	86	0	63	55	2	2	40	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28