genome.fa.s8082.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008082.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110584_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6025995

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
688217--688270	25	2.1	26	83	10	67	42	1	0	55	1.10
689034--689067	18	1.9	18	88	5	52	26	29	26	17	1.98
689188--689258	29	2.4	29	100	0	142	39	26	9	23	1.86
694723--694797	29	2.5	30	82	4	107	21	36	28	14	1.93
694787--694821	17	2.1	17	100	0	70	22	34	20	22	1.97
700198--700369	76	2.3	74	82	4	202	36	19	7	36	1.81
708413--708465	22	2.4	23	84	9	74	26	22	28	22	1.99
711797--711843	19	2.5	19	85	0	58	63	0	8	27	1.23
716127--716241	61	1.9	60	96	1	212	36	6	5	51	1.51
716208--716261	24	2.4	22	80	14	65	33	0	0	66	0.92
716216--716266	18	3.1	16	81	15	52	31	0	0	68	0.90
716207--716262	22	2.6	22	83	13	73	33	0	0	66	0.92
716312--716397	33	2.6	32	83	10	102	39	17	13	29	1.88
716682--716751	26	2.7	25	75	16	70	21	7	0	71	1.09
720512--721480	110	8.8	110	90	2	1506	34	22	17	25	1.96
721603--722125	84	6.3	83	77	4	496	31	23	19	24	1.98
721604--722105	165	3.0	163	83	3	502	31	23	19	25	1.98
721603--722358	249	3.1	247	83	7	913	31	23	19	25	1.98
721890--722340	235	1.9	235	85	1	627	32	23	19	24	1.98
722699--722741	5	8.6	5	90	10	54	34	0	0	65	0.93
722700--722752	8	6.1	9	79	18	51	30	0	0	69	0.88
722699--722755	3	20.0	3	76	20	52	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
722703--722755	25	2.2	24	90	10	81	30	0	0	69	0.88
722805--722891	33	2.6	33	92	5	140	40	20	11	27	1.87
723173--723241	26	2.6	26	76	14	70	21	7	0	71	1.10
723264--723308	14	3.0	15	83	9	56	35	2	0	62	1.08
732985--733464	163	2.9	166	90	2	743	28	27	15	27	1.96
732985--733464	55	8.7	55	89	2	714	28	27	15	27	1.96
734450--734494	21	2.1	21	84	8	56	8	13	0	77	0.98
742635--742670	14	2.6	14	100	0	72	5	36	8	50	1.56
748531--748591	19	3.3	19	88	2	79	21	27	29	21	1.98
748543--748607	18	3.6	18	89	2	85	26	29	27	16	1.97
749043--749120	39	2.0	39	94	0	138	46	17	2	33	1.62
749558--749601	19	2.2	19	84	8	52	20	22	22	34	1.97
753341--753376	17	2.0	19	89	10	58	52	16	2	27	1.57
755363--755601	60	4.0	59	80	4	230	19	23	21	35	1.96
755364--755596	120	1.9	120	81	6	276	18	23	22	35	1.96
756140--756206	35	1.9	35	96	0	125	23	5	23	46	1.74
756150--756222	35	2.1	35	87	5	103	23	6	24	45	1.77
761759--761836	37	2.1	37	83	7	95	47	1	3	47	1.28
771969--771994	13	2.0	13	100	0	52	46	30	0	23	1.53
771971--772012	22	2.0	21	90	4	66	50	28	0	21	1.49
772007--772041	17	2.1	17	94	0	61	62	22	0	14	1.31
772833--772934	51	2.0	51	100	0	204	23	15	11	49	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
773974--774054	23	3.6	23	88	3	121	23	19	34	22	1.96
777595--777634	20	2.0	21	85	5	55	25	17	10	47	1.78
782703--782802	32	3.0	34	89	8	152	44	20	5	31	1.73
787026--787105	36	2.3	35	87	6	117	45	20	5	30	1.72
794986--795025	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
796586--796632	22	2.2	22	92	3	78	14	31	38	14	1.87
800868--801039	42	4.1	42	79	10	127	22	22	13	41	1.88
800916--801113	85	2.3	84	84	4	247	22	20	15	41	1.89
800889--801109	42	5.2	41	78	6	201	21	19	15	42	1.89
802463--802787	83	3.9	82	77	7	284	33	19	15	31	1.93
803367--803393	10	2.7	10	100	0	54	51	0	0	48	1.00
805419--805494	32	2.4	32	82	4	91	17	13	31	38	1.88
805487--805559	36	2.0	36	86	5	103	15	13	28	42	1.85
812438--812478	14	2.9	14	88	0	64	12	14	14	58	1.63
812743--812787	23	2.0	23	91	8	74	8	4	22	64	1.40
812816--812841	10	2.6	10	100	0	52	50	19	19	11	1.77
816459--816509	12	4.4	12	73	9	52	27	1	1	68	1.11
816457--816508	22	2.4	22	80	3	61	28	1	1	67	1.12
816463--816542	30	2.7	30	83	11	94	27	3	3	65	1.27
816467--816542	28	2.6	29	83	10	93	27	3	3	64	1.29
819987--820035	23	2.1	23	96	0	89	34	16	18	30	1.93
820754--820993	95	2.7	95	82	10	290	30	19	18	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
822097--822308	72	2.9	72	92	0	343	27	16	13	41	1.86
822181--822314	36	3.7	36	73	7	137	29	14	13	41	1.85
822304--822472	82	2.1	82	91	0	275	31	20	13	34	1.91
822304--822472	39	4.1	42	75	8	152	31	20	13	34	1.91
822482--822568	37	2.4	37	88	1	122	25	20	13	40	1.89
822393--822697	102	3.0	102	95	1	531	30	20	12	36	1.90
822584--822669	36	2.4	36	90	0	127	24	20	13	40	1.89
822652--822832	29	5.7	30	71	19	111	35	19	11	33	1.88
822652--822731	30	2.7	29	86	5	108	38	18	10	32	1.84
822405--822832	102	4.3	97	87	8	331	32	20	12	35	1.90
822764--822881	37	3.3	37	89	6	165	41	16	11	30	1.83
822764--822900	36	3.8	36	86	7	174	39	17	10	32	1.85
824313--824355	22	2.0	22	90	0	68	27	0	2	69	1.00
824310--824395	3	28.7	3	69	21	56	26	1	4	67	1.17
824310--824389	28	2.7	29	83	11	92	27	1	3	67	1.15
829704--829746	20	2.2	19	91	4	68	6	20	48	23	1.73
830954--830980	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
832187--832329	70	2.0	70	98	0	277	42	11	12	33	1.78
838340--838372	17	2.0	17	88	5	50	72	0	6	21	1.05
838351--838398	17	2.7	18	81	9	55	72	2	4	20	1.11
838348--838415	28	2.4	29	79	13	79	73	1	5	19	1.11
838633--838668	8	4.4	8	96	3	63	77	0	0	22	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
838814--838854	17	2.5	16	92	7	73	70	7	7	14	1.31
840037--840085	2	25.5	2	79	8	57	51	2	2	44	1.24
840027--840087	30	2.0	30	87	6	88	49	3	3	44	1.35
840647--840781	33	4.0	34	81	13	156	28	9	18	43	1.81
840677--840801	33	4.0	32	80	9	125	28	11	19	41	1.85
840677--840801	61	2.0	61	83	14	157	28	11	19	41	1.85
840647--840800	33	4.8	32	79	11	115	29	11	18	40	1.85
840780--840854	36	2.1	36	94	0	132	40	13	18	28	1.88
840848--840880	17	1.9	17	100	0	66	36	0	18	45	1.49
842170--842349	95	1.9	95	90	2	290	29	18	18	33	1.95
845413--845446	13	2.6	13	100	0	68	11	0	41	47	1.40
846277--846416	71	2.0	71	100	0	280	61	1	16	20	1.42
846406--846438	17	2.0	17	88	5	50	72	0	6	21	1.05
846563--846626	33	2.0	32	85	14	87	75	0	6	18	1.01
846659--846684	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
846661--846692	16	2.0	16	93	0	55	71	0	0	28	0.86
846825--846857	17	1.9	17	100	0	66	66	6	9	18	1.40
847917--847945	14	2.0	15	93	6	51	6	20	37	34	1.80
848052--848098	2	24.5	2	78	8	53	51	2	2	44	1.25
848052--848098	11	4.5	11	81	5	53	51	2	2	44	1.25
850960--851029	34	2.1	34	94	0	122	31	7	18	42	1.77
858652--859317	60	10.9	59	85	6	812	38	18	16	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
858651--859317	121	5.4	121	87	3	908	38	18	16	26	1.92
858650--859316	244	2.7	240	89	4	944	38	18	16	26	1.92
860835--861142	128	2.4	127	81	3	350	28	17	27	26	1.98
863224--863281	25	2.3	25	93	0	98	29	37	12	20	1.89
867089--867138	2	25.0	2	76	15	50	46	4	4	46	1.40
868646--868683	14	2.6	14	88	12	51	65	2	5	26	1.27
869980--870043	3	21.7	3	87	3	94	62	1	3	32	1.20
873489--873582	47	2.0	47	93	0	161	28	27	30	12	1.93
876439--876591	29	5.1	29	62	14	69	43	6	18	31	1.76
876420--876609	60	3.2	59	77	7	195	41	6	21	30	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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