genome.fa.s8082.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008082.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110584_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6025995

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2956--2999	16	2.6	17	78	10	54	47	2	18	31	1.61
3004--3713	74	9.6	73	85	4	901	41	12	12	32	1.81
3004--3713	293	2.4	292	87	3	976	41	12	12	32	1.81
3804--4044	113	2.1	112	93	0	401	46	13	13	26	1.80
4399--4447	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
10336--10438	40	2.6	40	92	0	179	44	10	14	30	1.79
10707--10775	23	3.0	23	75	8	68	10	13	17	59	1.60
12831--12932	53	1.9	53	91	0	168	20	11	15	51	1.74
12831--12945	53	2.2	53	87	3	160	20	10	16	53	1.72
17067--17281	45	4.7	45	68	14	127	20	20	36	22	1.95
17067--17414	46	7.6	44	66	18	122	21	20	35	21	1.96
16884--17854	137	6.9	138	84	7	994	22	21	34	21	1.97
17288--17861	149	3.9	149	81	10	684	24	21	34	20	1.97
16884--17855	286	3.4	279	85	5	1133	22	21	34	21	1.97
21430--21495	18	3.7	18	83	0	78	30	19	28	21	1.98
21504--21927	72	5.9	72	91	2	674	46	16	21	15	1.84
21507--21924	216	1.9	216	95	0	748	46	15	22	15	1.83
42223--42519	147	2.0	147	91	1	479	39	22	22	16	1.92
42242--42511	51	5.4	51	82	7	338	40	22	22	15	1.91
44851--49121	4	1098.2	4	87	7	6228	49	27	0	22	1.51
49599--49639	2	21.5	2	90	9	68	48	0	0	51	1.00
49599--49637	17	2.3	17	95	0	69	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52065--52105	20	2.1	19	86	4	55	58	0	2	39	1.11
53077--53114	16	2.2	19	86	13	55	55	0	0	44	0.99
53320--53361	20	2.1	20	90	0	66	33	16	23	26	1.96
53441--53936	202	2.4	206	95	3	878	22	19	25	32	1.98
53441--53936	104	4.8	105	94	4	886	22	19	25	32	1.98
54127--54152	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
54672--54772	52	1.9	52	85	0	139	8	19	12	58	1.61
60001--60296	150	2.0	147	96	3	549	26	23	17	32	1.97
67018--67058	16	2.6	16	82	17	50	56	0	0	43	0.99
71029--71061	13	2.4	14	90	5	50	3	63	15	18	1.43
73820--73877	31	1.9	30	89	3	89	25	17	20	36	1.94
74656--74684	10	2.9	10	100	0	58	20	31	27	20	1.98
74889--74935	22	2.1	22	84	4	58	55	12	0	31	1.38
74875--75058	54	3.4	54	94	4	327	52	10	0	36	1.36
74907--75058	32	5.4	31	71	28	151	53	9	0	36	1.34
74939--74981	22	2.0	22	95	0	77	53	11	0	34	1.37
74941--74989	22	2.2	22	85	3	62	57	12	0	30	1.36
74993--75035	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
74995--75043	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
75038--75122	15	5.3	15	75	19	82	54	3	0	42	1.17
77902--77956	24	2.3	23	77	20	60	18	5	5	70	1.26
77991--78145	4	39.8	4	73	14	76	25	1	1	70	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78027--78131	28	3.6	29	80	13	101	23	1	1	72	1.05
77998--78145	51	2.9	49	79	11	131	25	2	1	70	1.05
81401--81535	69	2.0	69	90	0	216	37	22	14	25	1.92
82461--82548	32	2.8	32	92	0	149	29	12	19	38	1.88
82926--83145	120	1.8	119	81	10	270	33	27	17	21	1.96
83144--83465	106	3.0	106	89	0	475	33	24	19	22	1.97
83723--83901	87	2.1	87	90	2	279	31	18	12	36	1.88
83834--84022	37	5.4	37	68	16	132	28	19	13	39	1.89
83810--84049	102	2.4	102	89	0	372	31	18	12	37	1.88
84096--84286	102	1.9	103	85	7	273	27	19	13	39	1.89
84087--84320	36	6.6	36	75	17	186	26	20	14	38	1.90
84407--84564	84	1.9	85	86	1	228	31	24	18	24	1.98
85597--85621	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
85607--85692	41	2.1	42	85	10	115	27	3	0	68	1.06
85586--85746	46	3.6	44	79	12	132	25	3	0	70	1.08
86432--86456	12	2.1	12	100	0	50	0	16	32	52	1.44
86595--86655	19	3.3	18	69	26	56	50	29	14	4	1.64
89589--89680	46	2.1	42	82	11	105	34	1	5	58	1.28
90045--90089	22	2.0	22	91	0	72	35	8	8	46	1.66
92228--92274	18	2.7	18	96	3	87	40	6	25	27	1.80
92453--92477	10	2.5	10	100	0	50	80	0	0	20	0.72
92854--92931	34	2.4	33	84	4	104	43	35	7	12	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94450--94583	67	2.0	67	100	0	268	32	25	17	23	1.97
95523--95573	26	2.0	26	84	0	66	56	7	11	23	1.61
97766--97796	3	10.3	3	100	0	62	0	0	32	67	0.91
104424--104462	18	2.2	18	95	0	69	23	17	0	58	1.38
111231--111280	25	2.0	25	100	0	100	48	8	4	40	1.51
111892--112004	59	1.9	59	83	0	145	44	5	18	31	1.72
132720--132832	55	2.1	55	89	0	172	42	13	23	21	1.87
132728--132850	55	2.2	55	85	0	156	44	16	21	17	1.86
135643--135695	2	27.0	2	92	3	90	52	0	0	47	1.00
138324--138447	37	3.4	37	84	2	160	33	20	18	26	1.96
138332--138463	37	3.6	36	81	7	142	34	20	20	25	1.97
138824--139282	54	8.5	54	92	0	756	35	18	26	19	1.95
139270--139458	51	3.7	51	85	4	254	31	17	24	25	1.97
139270--139458	103	1.8	103	89	2	299	31	17	24	25	1.97
143009--143107	23	4.2	23	80	3	99	55	19	11	14	1.68
143012--143102	47	1.9	47	86	0	128	53	20	12	13	1.71
143321--143367	14	3.7	14	68	26	50	57	21	10	10	1.62
143294--143370	24	3.2	24	79	3	84	57	15	12	14	1.66
147465--153024	371	15.0	370	93	1	9259	32	20	20	26	1.97
147465--153024	738	7.5	742	93	1	9460	32	20	20	26	1.97
155425--155479	10	5.7	10	75	16	62	18	12	10	58	1.63
155428--155503	24	2.8	26	82	15	93	15	13	14	56	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155425--155503	38	2.1	38	92	0	131	16	12	13	56	1.66
155428--155503	14	5.7	14	80	12	97	15	13	14	56	1.67
156188--156247	2	31.0	2	80	6	70	48	0	0	51	1.00
168628--168778	16	9.4	16	67	7	74	46	29	10	13	1.77
168629--168816	32	5.8	32	73	6	128	48	26	10	14	1.77
168631--168776	65	2.3	64	82	10	165	47	27	10	14	1.76
170664--170724	29	2.1	29	90	0	95	32	6	21	39	1.79
181874--181907	6	5.8	6	89	3	52	50	0	0	50	1.00
188443--188480	15	2.6	14	84	8	58	55	13	7	23	1.64
192555--192594	18	2.2	18	86	0	53	22	0	17	60	1.37
198748--198828	40	2.0	40	97	0	153	33	17	19	29	1.95
199593--199728	60	2.3	60	87	5	177	37	13	13	35	1.84
199742--199781	14	2.8	14	80	3	53	30	5	22	42	1.75
200025--200085	22	2.9	21	85	7	79	27	18	26	27	1.98
205422--205459	14	2.7	14	95	0	67	21	34	34	10	1.87
208822--208874	25	2.1	25	82	6	63	26	15	1	56	1.49
211320--211751	39	10.9	39	90	2	594	22	17	37	22	1.94
214209--214262	27	2.0	27	96	0	99	31	22	20	25	1.98
214646--214671	9	2.9	9	100	0	52	46	23	7	23	1.78
214775--214813	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
215438--215503	20	3.2	20	80	4	78	6	46	30	16	1.71
215824--216057	119	2.0	119	93	0	396	29	5	18	46	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217092--217165	20	3.7	20	96	0	130	32	24	17	25	1.97
217176--217226	20	2.5	20	93	0	84	25	27	21	25	1.99
217781--217825	19	2.4	19	92	0	72	48	26	15	8	1.74
217826--217980	20	8.9	18	65	23	64	12	22	20	45	1.84
217844--217931	14	5.6	14	69	23	59	10	22	23	43	1.84
217826--217955	33	3.9	33	92	1	188	11	23	21	43	1.85
217854--217980	20	7.1	19	67	22	69	12	23	19	44	1.85
219648--219832	94	2.0	90	90	6	291	21	12	18	47	1.82
220105--220170	21	3.2	21	66	10	55	24	36	19	19	1.95
221341--221376	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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