genome.fa.s8082.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008082.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110584_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6025995

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2733236--2733268	7	4.9	7	85	7	50	30	30	24	15	1.95
2733293--2733361	19	3.7	18	79	9	75	28	27	27	15	1.96
2733293--2733381	9	9.3	9	72	11	70	30	25	26	16	1.97
2733344--2733382	21	1.9	21	89	5	62	33	23	25	17	1.96
2734251--2734295	22	2.1	21	88	12	65	71	4	13	11	1.29
2735006--2735331	163	2.0	162	95	3	593	20	15	18	44	1.87
2738144--2738185	19	2.2	19	87	8	59	4	7	7	80	1.00
2739531--2739582	26	2.0	26	85	7	70	32	15	23	28	1.95
2742004--2742054	4	12.8	4	76	15	52	76	0	1	21	0.88
2741991--2742117	17	7.2	16	72	17	67	74	3	7	14	1.19
2742004--2742059	13	4.2	13	81	9	60	76	1	1	19	0.96
2743447--2743520	19	3.7	20	74	15	64	52	0	5	41	1.24
2748867--2748921	22	2.4	23	87	6	76	16	12	50	20	1.77
2755558--2755591	13	2.6	13	90	0	50	11	11	0	76	1.02
2756151--2756211	9	6.7	9	72	23	56	21	3	1	73	1.06
2756152--2756208	13	4.6	11	76	20	51	21	3	1	73	1.07
2757970--2758026	28	2.0	28	83	10	71	54	0	1	43	1.10
2758658--2758687	15	2.0	15	93	0	51	20	3	0	76	0.92
2759228--2759300	28	2.6	28	80	10	78	52	2	12	32	1.53
2762040--2762097	30	2.0	29	83	10	73	27	0	1	70	0.97
2762094--2762155	26	2.3	27	83	8	72	27	11	6	54	1.60
2762347--2762418	32	2.2	32	97	0	135	37	20	8	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2763082--2763169	31	2.9	31	87	1	124	48	10	2	38	1.50
2763998--2764056	11	4.8	13	75	14	54	57	1	0	40	1.09
2763998--2764027	13	2.2	14	94	5	53	60	0	0	40	0.97
2765474--2765553	3	26.7	3	94	0	142	63	0	0	36	0.94
2765800--2766320	114	4.5	114	97	1	961	28	20	14	37	1.91
2767006--2767146	50	2.8	50	98	0	273	39	21	14	25	1.91
2767189--2767329	50	2.8	50	98	0	273	39	21	14	25	1.91
2767006--2767462	183	2.5	183	98	0	887	37	20	14	27	1.92
2768588--2768659	1	72.0	1	83	0	90	0	8	0	91	0.41
2768586--2768659	26	2.6	30	85	14	113	0	9	0	90	0.45
2768588--2768659	23	3.2	23	92	3	121	0	8	0	91	0.41
2768586--2768662	28	2.8	28	90	4	120	0	10	0	89	0.48
2779929--2780027	13	7.9	13	67	14	57	59	4	0	36	1.16
2781413--2781498	3	28.7	3	95	0	154	63	0	0	36	0.94
2795792--2795827	17	2.1	17	89	0	54	22	19	33	25	1.97
2795798--2795841	17	2.6	17	85	0	52	29	18	27	25	1.98
2800790--2800819	9	3.3	9	95	0	51	43	10	6	40	1.64
2805697--2805745	3	16.3	3	91	0	80	61	0	4	34	1.15
2814199--2814223	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
2814345--2815232	134	6.7	134	82	3	916	29	15	22	32	1.95
2824179--2824247	28	2.5	28	75	13	70	60	7	10	21	1.52
2826738--2826777	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2829660--2829741	40	2.0	40	95	0	146	58	0	9	31	1.31
2829669--2829734	19	3.4	19	69	8	60	57	0	10	31	1.33
2829673--2829739	21	3.3	21	74	16	77	56	0	10	32	1.33
2835695--2835733	20	2.0	20	100	0	78	25	20	15	38	1.92
2837560--2837688	60	2.1	61	81	1	152	34	17	18	30	1.94
2838565--2838626	24	2.7	23	82	9	72	53	4	1	40	1.32
2840833--2840886	16	3.4	17	78	14	53	14	5	7	72	1.26
2840862--2840895	15	2.2	16	94	5	61	14	5	5	73	1.21
2843441--2843482	20	2.1	20	86	0	57	14	21	14	50	1.78
2845612--2845735	36	3.3	36	78	11	117	29	20	15	34	1.93
2845741--2846219	37	13.6	36	76	11	393	28	20	12	38	1.89
2845817--2845879	21	3.2	20	68	27	55	28	20	12	38	1.89
2845887--2845953	22	3.4	21	73	26	74	26	25	11	35	1.91
2846429--2846738	91	3.4	91	90	1	491	37	15	22	24	1.93
2846667--2846790	52	2.4	52	90	0	194	33	17	21	27	1.96
2846571--2846881	143	2.2	143	88	0	460	36	15	21	26	1.94
2846719--2846932	91	2.4	91	84	3	279	34	16	22	26	1.95
2846485--2846932	234	1.9	234	88	0	673	35	15	22	26	1.94
2847170--2847374	88	2.3	89	87	1	297	29	17	20	33	1.95
2847170--2847423	44	5.8	45	71	4	149	29	18	19	31	1.96
2848174--2848246	19	3.8	19	90	0	110	26	17	27	28	1.98
2848739--2848772	13	2.6	13	100	0	68	11	52	0	35	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2851021--2851087	23	3.0	22	75	16	75	29	20	23	25	1.99
2850993--2851076	21	4.0	21	75	13	82	28	17	22	30	1.97
2851010--2851113	44	2.4	44	90	1	156	28	19	22	29	1.98
2852628--2852676	23	2.1	23	85	7	64	28	2	12	57	1.46
2862828--2862876	23	2.1	23	85	7	64	26	2	14	57	1.48
2867712--2868081	131	2.8	130	87	2	483	33	12	15	38	1.84
2873737--2873818	29	2.8	29	92	1	128	32	14	10	41	1.81
2878505--2878586	29	2.8	29	92	1	128	32	14	10	41	1.81
2881156--2881410	40	6.3	39	72	7	163	29	19	16	34	1.93
2885444--2885500	26	2.3	24	80	14	62	43	0	0	56	0.99
2886667--2886757	46	1.9	49	84	10	127	37	14	19	28	1.91
2894407--2894578	74	2.3	75	83	3	213	30	16	22	30	1.95
2895926--2895983	22	2.6	22	91	0	89	34	17	10	37	1.84
2896811--2896976	73	2.3	73	92	0	269	31	16	18	33	1.94
2896959--2897055	39	2.5	39	89	1	149	49	10	18	21	1.77
2896957--2897055	40	2.5	40	88	1	155	49	10	19	21	1.77
2897154--2897195	17	2.5	17	96	0	75	59	4	16	19	1.54
2897029--2897324	146	2.1	141	84	7	382	41	14	19	23	1.88
2899373--2899416	23	1.9	23	86	9	63	52	2	2	43	1.26
2917743--2917864	57	2.1	57	93	0	208	30	16	21	31	1.95
2917855--2917902	13	3.7	13	94	0	78	35	20	16	27	1.94
2917848--2917902	26	2.1	26	82	0	65	38	18	16	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2920751--2920825	35	2.1	35	82	4	89	50	21	0	28	1.49
2923889--2923977	43	2.1	43	97	0	169	24	17	25	31	1.97
2925244--2925293	25	2.0	25	96	0	91	36	0	34	30	1.58
2926686--2926710	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2927921--2928031	3	37.0	3	87	7	163	63	2	0	33	1.08
2934308--2934355	3	15.7	3	79	12	53	60	2	0	37	1.09
2934436--2934492	3	18.7	3	75	10	53	36	0	1	61	1.07
2935124--2935153	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
2935195--2935543	177	2.0	178	80	2	398	32	13	18	34	1.90
2939721--2939754	16	2.1	16	100	0	68	44	11	5	38	1.65
2942510--2942558	21	2.3	21	100	0	98	34	10	14	40	1.79
2944539--2944828	83	3.5	81	84	5	361	33	9	7	49	1.64
2944539--2944828	81	3.5	82	84	5	388	33	9	7	49	1.64
2945017--2945865	187	4.6	186	79	5	829	33	17	10	39	1.83
2945006--2945799	373	2.1	372	82	3	954	33	16	9	40	1.81
2945861--2946018	77	2.1	77	88	0	235	37	15	5	41	1.71
2948392--2948449	24	2.4	24	78	16	66	41	1	0	56	1.09
2949929--2949985	29	2.0	29	89	3	89	22	21	5	50	1.68
2950127--2950182	29	2.0	29	85	3	78	23	21	5	50	1.69
2949820--2950215	197	2.0	196	95	1	704	26	20	11	41	1.86
2950242--2950282	12	3.4	12	86	0	55	31	12	14	41	1.83
2952612--2952660	21	2.3	21	79	10	55	28	4	12	55	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2953055--2953082	14	2.0	14	100	0	56	28	14	14	42	1.84
2953685--2953757	20	3.7	19	78	7	74	32	20	9	36	1.85
2954179--2954233	19	2.9	19	83	0	65	34	10	18	36	1.86
2955079--2955125	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
2955300--2955328	12	2.3	13	94	5	51	58	0	0	41	0.98
2958730--2958786	26	2.2	26	93	0	96	29	12	19	38	1.88
2959195--2959248	20	2.5	22	73	11	58	42	14	24	18	1.88
2959233--2959318	34	2.5	34	94	0	154	38	13	22	25	1.91
2962047--2962547	54	9.3	54	89	3	679	33	21	18	26	1.97
2973285--2973371	32	2.7	32	78	8	88	37	0	2	59	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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