genome.fa.s8323.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008323.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111027_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5101972

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2057060--2057104	20	2.2	20	96	0	81	35	13	24	26	1.92
2061193--2061244	26	2.1	24	86	10	70	48	1	0	50	1.12
2063318--2063373	24	2.5	24	86	11	75	32	21	21	25	1.98
2063893--2063917	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2064259--2064326	31	2.2	31	86	0	91	26	19	22	32	1.97
2064285--2064351	30	2.2	31	86	2	91	17	20	29	31	1.96
2071150--2071213	30	2.1	31	85	2	85	21	20	26	31	1.98
2073114--2073407	147	2.0	147	100	0	588	29	19	16	35	1.93
2073661--2073796	29	4.8	29	76	11	129	33	21	5	39	1.75
2073662--2073821	29	5.6	27	72	12	99	35	21	5	38	1.75
2080204--2080366	29	5.7	29	77	9	120	34	23	4	38	1.74
2080204--2080366	58	2.8	57	81	2	173	34	23	4	38	1.74
2080313--2080385	29	2.5	28	80	8	76	43	26	1	28	1.63
2080729--2081110	190	2.0	191	98	1	748	24	16	30	28	1.96
2083788--2083909	59	2.0	60	81	4	140	31	22	6	38	1.80
2097528--2097777	124	2.0	124	99	0	491	30	13	18	38	1.89
2101639--2101982	168	2.0	168	97	0	643	38	15	13	33	1.86
2103345--2103381	18	2.1	18	100	0	74	29	54	10	5	1.57
2106556--2106586	11	2.8	11	95	0	53	0	16	0	83	0.64
2107886--2107935	11	4.3	12	77	7	50	58	0	2	40	1.10
2107886--2107935	23	2.2	23	81	0	55	58	0	2	40	1.10
2111208--2111238	3	10.3	3	92	0	53	32	3	0	64	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2117324--2117373	14	3.5	14	86	2	64	26	22	24	28	1.99
2119081--2119110	10	3.0	10	95	0	51	53	0	0	46	1.00
2119268--2119320	22	2.4	22	78	9	54	33	0	1	64	1.05
2128197--2128259	24	2.7	24	80	7	67	52	15	9	22	1.72
2129938--2130480	270	2.0	270	97	0	1023	32	16	9	40	1.81
2133404--2133446	22	2.0	22	95	0	77	9	55	23	11	1.64
2133563--2133638	30	2.6	30	82	2	100	28	6	19	44	1.76
2140992--2141064	28	2.5	30	91	4	114	30	2	20	46	1.65
2142985--2143039	24	2.3	24	77	0	65	52	14	9	23	1.70
2151434--2151863	213	2.0	216	98	1	830	33	19	19	28	1.96
2159779--2159840	30	2.0	31	81	3	72	35	24	19	20	1.96
2159787--2159881	31	3.1	31	86	3	111	31	24	20	24	1.98
2159799--2159893	31	3.0	31	87	1	118	33	22	20	24	1.97
2160206--2160259	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
2161380--2161408	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2164922--2164988	30	2.2	31	81	2	73	32	26	20	19	1.97
2164947--2165041	31	3.0	30	84	7	109	34	22	18	24	1.96
2165354--2165387	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2165431--2165469	19	2.1	19	90	4	62	48	25	0	25	1.51
2166464--2166496	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
2166568--2166625	16	3.6	16	85	0	89	62	22	6	8	1.48
2168160--2168222	24	2.6	24	84	0	81	55	22	11	11	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2169442--2169467	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2172758--2172835	3	25.7	3	82	7	95	37	1	0	61	1.04
2174524--2174575	23	2.3	22	78	15	61	46	0	1	51	1.12
2176641--2176691	19	2.6	19	87	3	66	33	33	13	19	1.91
2176639--2176774	20	6.8	20	77	9	125	33	29	12	24	1.92
2176763--2176810	18	2.5	19	80	19	64	31	20	10	37	1.87
2176947--2176983	16	2.4	16	86	8	51	29	5	0	64	1.15
2177577--2177610	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
2180050--2180085	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
2181836--2181952	21	5.6	21	80	6	130	23	19	33	23	1.97
2182098--2182139	4	10.5	4	84	0	57	69	2	2	26	1.13
2182362--2182411	21	2.4	21	75	0	55	36	32	12	20	1.89
2183901--2183954	20	2.7	19	83	8	72	46	22	16	14	1.84
2184318--2184379	22	2.8	22	83	9	81	27	17	35	19	1.94
2184322--2184390	22	3.1	22	74	15	63	28	14	36	20	1.92
2184479--2184516	20	2.0	20	84	5	51	44	13	15	26	1.83
2185000--2185060	31	2.0	31	93	0	104	27	8	8	55	1.58
2185001--2185069	31	2.2	31	87	5	95	27	10	10	52	1.67
2189045--2189073	14	2.1	14	93	6	51	55	6	13	24	1.63
2189264--2189370	52	2.0	53	89	3	162	42	15	21	19	1.88
2193822--2193927	51	2.0	52	87	5	151	41	16	20	21	1.90
2195088--2195173	33	2.7	31	83	8	111	25	13	24	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2205353--2205386	4	8.5	4	100	0	68	26	23	0	50	1.50
2205786--2205822	14	2.4	16	91	8	60	27	2	2	67	1.17
2215873--2215956	42	2.0	42	97	0	159	27	26	13	33	1.93
2216654--2216714	23	2.6	24	84	7	81	29	26	24	19	1.99
2216732--2216947	103	2.1	103	99	0	423	36	23	13	26	1.92
2229167--2229239	28	2.6	28	91	0	119	17	10	30	41	1.84
2231781--2231816	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2231958--2231998	16	2.6	16	85	14	66	46	0	2	51	1.14
2233954--2234028	37	2.0	37	97	0	141	40	12	24	24	1.88
2238266--2238297	13	2.5	13	94	0	55	28	31	18	21	1.97
2241851--2241903	21	2.5	22	78	12	65	26	11	11	50	1.71
2242154--2242356	69	3.0	69	93	5	335	33	10	5	49	1.62
2252860--2252904	17	2.6	17	92	0	72	68	20	6	4	1.29
2254605--2254644	21	1.9	21	90	10	64	57	7	5	30	1.48
2256706--2256751	18	2.5	18	89	10	67	0	32	23	43	1.54
2256716--2256766	18	2.8	19	85	5	52	1	27	25	45	1.64
2258325--2258451	22	5.8	22	90	2	184	19	26	29	24	1.99
2262265--2262304	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2268813--2268961	65	2.3	64	81	3	165	27	16	24	31	1.96
2269347--2269396	23	2.2	23	100	0	100	24	36	0	40	1.55
2271560--2271613	27	2.0	27	100	0	108	33	14	18	33	1.92
2275415--2275455	21	2.0	21	90	9	66	36	7	4	51	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2277372--2277513	64	2.2	64	81	5	153	29	19	21	28	1.98
2283430--2283476	20	2.3	20	88	0	67	25	17	27	29	1.97
2283439--2283479	20	2.0	20	95	0	73	21	14	31	31	1.94
2283473--2283611	65	2.2	64	83	8	167	29	18	23	28	1.98
2283581--2283631	18	2.8	18	96	0	93	21	17	29	31	1.96
2288290--2288347	21	2.8	21	81	0	62	43	15	34	6	1.74
2288798--2288977	43	4.2	43	88	4	240	32	24	19	23	1.97
2301090--2301149	30	2.0	30	96	0	111	50	15	6	28	1.69
2306511--2306596	29	3.0	29	86	5	120	44	6	3	45	1.47
2307991--2308015	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2308237--2308269	12	2.8	12	100	0	66	6	24	9	60	1.49
2312251--2312337	35	2.5	34	80	12	97	55	10	8	26	1.61
2312546--2312591	21	2.2	21	88	0	65	19	32	13	34	1.90
2312966--2313019	18	3.0	18	88	0	81	24	16	25	33	1.96
2314519--2314738	111	2.0	111	96	0	404	45	10	8	35	1.70
2315027--2315142	61	1.9	61	85	1	162	22	30	31	15	1.95
2316078--2316115	17	2.3	17	86	4	51	57	13	2	26	1.49
2318943--2319053	20	5.6	20	89	6	154	43	24	15	17	1.87
2319218--2319263	22	2.1	22	87	0	65	17	43	17	21	1.88
2320909--2320967	3	19.7	3	96	0	100	33	3	0	62	1.12
2322376--2322406	14	2.2	14	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2326122--2326153	15	2.1	15	94	0	55	28	18	6	46	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2326329--2326638	153	2.0	155	98	1	606	45	11	22	20	1.83
2334653--2335041	83	4.7	83	95	0	699	28	14	21	35	1.92
2334653--2335041	165	2.3	166	96	0	717	28	14	21	35	1.92
2335732--2336123	113	3.5	113	93	0	642	36	13	18	30	1.90
2336030--2336195	73	2.3	72	94	2	296	34	15	15	34	1.90
2336570--2336649	3	26.7	3	97	0	151	33	1	0	65	1.01
2338079--2338109	14	2.2	14	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2340652--2340690	10	4.2	9	84	15	53	20	2	0	76	0.90
2345232--2345267	18	2.0	18	94	0	63	16	8	33	41	1.78
2346003--2346074	37	1.9	37	85	0	99	26	20	12	40	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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