genome.fa.s8323.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008323.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111027_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5101972

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

This is table  14  of  26  ( 3017 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2646757--2646849	36	2.6	36	92	0	150	50	8	20	20	1.74
2647103--2647177	3	25.0	3	88	0	105	40	0	0	60	0.97
2647202--2647231	13	2.3	13	100	0	60	76	0	0	23	0.78
2661486--2661573	41	2.1	41	93	0	149	53	4	3	38	1.38
2661543--2661588	18	2.5	19	82	7	67	52	0	8	39	1.33
2665271--2665350	31	2.6	30	80	7	88	41	1	5	52	1.31
2665295--2665357	19	3.2	20	72	16	53	44	1	1	52	1.20
2665304--2665353	20	2.5	20	78	12	59	40	2	2	56	1.22
2677210--2677309	51	2.0	51	89	0	155	36	11	19	34	1.87
2678890--2678918	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2689169--2689240	35	2.1	35	94	0	126	37	13	26	22	1.92
2692364--2692402	17	2.2	18	86	4	53	71	12	0	15	1.14
2700331--2700466	71	1.9	70	96	1	254	36	14	5	42	1.70
2701462--2701507	21	2.1	22	84	4	58	52	0	4	43	1.21
2702242--2702279	19	2.0	19	89	0	58	44	0	2	52	1.14
2706608--2706639	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2708847--2708884	20	1.9	20	88	0	58	42	0	2	55	1.14
2709045--2709116	27	2.7	26	77	10	65	52	2	4	40	1.35
2709163--2709190	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2720448--2720481	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
2720854--2720899	19	2.4	19	96	0	83	23	28	21	26	1.99
2726204--2726256	23	2.4	22	84	6	63	26	24	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2730923--2730956	17	2.0	17	88	0	50	11	32	0	55	1.36
2732487--2732525	19	2.1	19	90	0	60	48	15	0	35	1.45
2734529--2734581	26	2.0	26	82	7	63	58	5	3	32	1.39
2738045--2738104	22	2.7	22	89	0	84	25	25	20	30	1.99
2744182--2744627	183	2.4	183	89	0	694	29	13	12	44	1.81
2744624--2745082	73	6.3	74	84	3	617	34	13	13	38	1.84
2748439--2748567	64	2.0	64	100	0	258	34	10	20	34	1.87
2750419--2750483	20	3.2	20	91	0	103	49	12	12	26	1.75
2750397--2750509	20	5.7	20	82	2	102	42	19	12	25	1.86
2750481--2750519	20	2.0	20	89	0	60	35	25	15	23	1.94
2750573--2750608	16	2.2	16	90	0	54	66	13	0	19	1.24
2750777--2750812	18	2.0	18	100	0	72	27	55	5	11	1.57
2751823--2751864	21	2.0	21	95	0	75	21	14	45	19	1.85
2751861--2751902	21	2.0	21	100	0	84	23	19	38	19	1.93
2751910--2751954	21	2.1	21	87	0	63	33	15	31	20	1.93
2752233--2752278	21	2.2	21	92	0	74	41	30	13	15	1.85
2752238--2752334	42	2.3	43	75	8	110	37	35	8	19	1.82
2752240--2752400	21	7.7	21	68	4	83	34	34	9	20	1.86
2752276--2752396	63	1.9	63	83	3	154	32	36	9	21	1.86
2752484--2752607	42	3.0	42	84	4	169	20	16	39	24	1.91
2753822--2753858	18	2.1	18	94	0	65	32	16	5	45	1.70
2754111--2754163	20	2.6	20	84	3	70	52	16	13	16	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2754099--2754166	20	3.4	19	76	9	64	51	19	13	16	1.76
2754178--2754211	14	2.3	15	85	10	52	11	17	23	47	1.81
2754737--2754787	19	2.6	19	87	3	66	19	11	33	35	1.88
2755903--2756371	182	2.6	182	89	2	701	43	12	17	27	1.84
2756362--2757305	201	4.7	201	80	5	1081	37	15	14	31	1.88
2757065--2757110	21	2.1	21	84	4	56	30	15	10	43	1.81
2760473--2760945	197	2.4	198	82	4	569	38	13	15	31	1.87
2760948--2761107	87	1.8	87	93	0	275	30	16	11	40	1.85
2761029--2761073	23	2.0	23	90	0	72	35	22	8	33	1.85
2762351--2762392	15	2.6	16	77	7	50	33	0	2	64	1.07
2771463--2771601	70	2.0	70	100	0	278	43	11	15	28	1.82
2771893--2771918	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2773530--2773751	116	1.9	114	82	4	277	38	8	8	45	1.65
2773716--2773772	29	2.0	29	86	6	80	47	1	0	50	1.11
2779578--2779611	8	4.1	8	85	7	50	85	2	11	0	0.71
2779571--2779618	17	2.7	18	83	9	62	79	2	16	2	0.93
2779579--2779629	17	3.0	16	83	13	59	82	1	11	3	0.89
2783429--2783505	22	3.5	22	94	0	136	33	12	14	38	1.84
2784178--2785114	76	12.3	76	96	0	1723	24	19	21	34	1.96
2785280--2785305	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2785304--2785328	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2786940--2787161	116	1.9	113	82	8	270	39	8	8	44	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2787126--2787182	29	2.0	29	86	6	80	47	1	0	50	1.11
2788394--2788565	60	2.8	60	85	6	215	30	24	5	40	1.77
2791744--2791809	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
2793569--2793605	13	2.8	13	100	0	74	16	24	5	54	1.63
2795125--2795149	12	2.1	12	100	0	50	0	24	0	76	0.80
2797228--2797269	15	2.8	16	78	10	52	78	0	7	14	0.95
2797537--2797596	31	1.9	32	86	10	88	61	5	1	31	1.27
2799525--2799842	36	9.3	35	71	18	199	41	11	18	28	1.85
2799438--2799703	136	2.0	134	86	8	369	42	12	18	27	1.86
2799481--2799778	66	4.5	65	76	13	252	41	12	18	27	1.86
2799752--2799811	19	3.3	19	65	25	56	45	6	20	28	1.76
2801138--2801343	95	2.3	89	81	12	246	32	19	18	29	1.96
2801179--2801360	95	1.9	95	92	2	303	30	20	19	29	1.97
2805313--2805353	19	2.2	19	91	4	66	75	0	7	17	1.02
2805472--2805526	24	2.3	22	77	17	56	70	3	9	16	1.27
2805594--2805684	35	2.6	35	83	8	89	61	2	4	31	1.28
2805758--2805823	19	3.5	19	93	0	114	33	1	25	39	1.65
2808945--2809020	31	2.5	31	80	8	91	46	7	6	39	1.59
2812559--2812619	31	2.0	31	96	0	113	49	21	11	18	1.78
2813286--2813392	24	4.5	24	76	6	101	22	14	15	46	1.83
2813321--2813392	12	6.0	12	72	6	56	19	13	16	50	1.79
2821054--2821125	24	3.0	24	76	15	76	18	13	15	52	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2823997--2824068	24	3.0	24	76	15	76	18	13	15	52	1.74
2826937--2827008	24	3.0	24	76	15	76	18	13	15	52	1.74
2829890--2829951	24	2.6	24	82	10	81	17	14	12	54	1.70
2832825--2832897	24	3.0	24	79	15	87	19	10	16	53	1.72
2837615--2837723	48	2.3	49	85	3	141	22	13	14	48	1.79
2837629--2837708	24	3.3	24	75	0	88	25	12	15	47	1.80
2840027--2840139	60	1.9	59	81	5	138	30	15	14	39	1.87
2853018--2853069	16	3.2	16	83	0	59	51	28	5	13	1.64
2853028--2853125	32	3.1	32	78	14	105	54	32	4	9	1.51
2853028--2853125	16	6.1	16	76	7	83	54	32	4	9	1.51
2854683--2854742	22	2.7	22	100	0	120	55	13	0	31	1.39
2860158--2860232	3	24.7	3	87	12	109	32	0	0	68	0.90
2862406--2862439	11	2.9	12	86	8	52	26	0	0	73	0.83
2865726--2865757	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
2873086--2873149	25	2.6	23	79	13	74	79	1	17	1	0.89
2873086--2873151	8	8.1	8	73	15	55	80	1	16	1	0.87
2873102--2873151	24	2.2	23	86	13	77	82	2	16	0	0.77
2873830--2874054	115	2.0	115	88	1	337	33	15	20	30	1.94
2874747--2875299	112	4.9	112	82	7	658	36	13	18	30	1.90
2874742--2875299	226	2.5	223	89	4	870	37	13	18	30	1.90
2875523--2875600	3	25.7	3	87	12	115	32	0	0	67	0.90
2875523--2875600	24	3.2	24	94	1	138	32	0	0	67	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2877240--2877293	27	2.0	27	85	3	74	48	1	0	50	1.11
2877866--2877918	22	2.4	22	87	3	70	41	18	18	20	1.91
2877984--2878021	16	2.4	16	83	16	53	73	7	0	18	1.06
2878704--2878808	37	2.8	37	88	0	156	40	15	15	29	1.88
2879397--2879474	2	39.0	2	100	0	156	50	0	0	50	1.00
2879717--2879743	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
2884237--2884314	27	2.9	26	84	5	93	79	6	12	1	0.98
2884919--2884988	22	3.2	22	95	0	131	37	25	14	22	1.92
2885813--2887293	106	14.0	106	90	1	2215	33	24	18	23	1.96
2887966--2888070	37	2.8	37	88	0	156	40	15	15	29	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26