genome.fa.s8323.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008323.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111027_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5101972

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
766746--766803	20	2.9	20	89	0	80	43	25	17	13	1.86
766772--767004	94	2.5	94	80	3	265	26	17	23	33	1.96
766862--767046	74	2.5	74	89	0	280	25	16	23	35	1.95
766842--767046	20	10.9	20	75	12	182	25	16	23	35	1.95
769282--769318	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
769520--769566	24	2.0	24	95	0	85	34	17	21	27	1.95
770386--770515	20	6.4	20	76	5	100	27	19	23	29	1.98
771504--771542	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
771542--771566	3	8.3	3	100	0	50	68	32	0	0	0.90
773530--773582	23	2.3	23	80	0	61	39	1	1	56	1.21
773554--773601	22	2.1	23	84	3	62	37	4	0	58	1.18
774002--774048	21	2.2	21	88	0	76	19	25	17	38	1.92
774044--774116	20	3.7	20	92	0	110	42	21	19	16	1.89
774103--774229	20	6.3	20	93	0	200	29	26	19	23	1.98
774083--774214	40	3.3	41	84	8	137	32	25	20	21	1.97
774083--774214	60	2.2	61	81	8	153	32	25	20	21	1.97
775071--775124	24	2.2	24	96	0	99	20	16	20	42	1.89
776001--776028	13	2.2	13	100	0	56	42	14	17	25	1.87
786792--786845	24	2.2	24	96	0	99	27	40	22	9	1.84
790596--790649	26	2.1	26	96	3	101	31	3	7	57	1.44
792482--792563	42	2.0	42	100	0	164	45	20	4	29	1.72
798948--799125	88	2.0	90	91	2	288	34	22	7	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806141--806180	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
815925--816144	69	3.2	69	85	6	293	22	29	16	31	1.96
819459--819505	21	2.2	21	84	0	58	46	12	10	29	1.76
820275--820316	9	4.9	9	80	11	52	28	26	0	45	1.54
820273--820330	25	2.3	25	100	0	116	29	25	0	44	1.54
822334--822372	17	2.4	17	87	12	55	43	2	0	53	1.14
823237--823392	69	2.3	69	89	0	249	20	31	13	34	1.91
829560--829585	10	2.6	10	100	0	52	50	11	19	19	1.77
835686--835735	24	2.1	24	85	7	66	26	2	12	60	1.43
837669--837718	24	2.1	24	85	7	66	26	2	12	60	1.43
838191--838228	20	1.9	19	89	5	58	18	7	0	73	1.06
847923--847972	24	2.1	24	85	7	66	26	2	12	60	1.43
854660--854761	34	2.9	36	89	5	163	44	12	15	27	1.83
855115--855210	34	2.9	33	78	7	97	31	4	5	59	1.38
855195--855227	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
855332--855366	16	2.1	18	89	10	56	25	8	0	65	1.21
858564--858650	22	3.8	21	73	18	68	77	6	14	1	1.04
858556--858636	16	4.6	17	73	11	56	76	7	16	0	1.00
859276--859324	22	2.2	22	92	0	80	32	24	14	28	1.94
859735--859770	18	2.0	18	88	0	54	19	8	30	41	1.81
860299--860421	36	3.4	36	83	7	151	24	21	14	39	1.91
860380--860537	67	2.4	67	82	5	187	32	21	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
861197--862133	105	9.0	105	92	1	1479	33	26	17	22	1.96
863031--863069	20	2.0	19	85	14	53	58	0	2	38	1.12
863953--863988	15	2.4	15	85	0	54	0	13	11	75	1.06
864483--864601	3	39.7	3	93	0	202	63	0	2	34	1.08
864922--865442	225	2.3	222	90	5	841	28	18	12	39	1.88
864921--865480	113	5.0	112	84	7	733	29	18	12	38	1.88
866085--866563	83	5.9	83	90	6	784	37	22	12	27	1.90
866085--866563	154	3.0	162	88	7	740	37	22	12	27	1.90
866091--866563	237	2.0	241	96	3	873	37	22	12	27	1.90
867690--867762	7	10.1	7	71	11	58	4	15	0	80	0.85
878252--878337	27	3.2	26	71	19	68	67	3	3	25	1.22
879838--879872	14	2.6	14	90	4	54	0	8	11	80	0.92
880354--880460	3	36.7	3	83	9	141	60	0	3	35	1.14
880354--880460	20	5.6	20	86	6	150	60	0	3	35	1.14
880685--880782	34	2.9	34	87	9	146	42	13	15	28	1.84
881066--881135	31	2.3	29	80	4	77	34	1	4	60	1.25
886362--886413	24	2.2	24	86	3	70	32	11	5	50	1.62
886927--886974	16	2.9	17	75	9	55	39	0	6	54	1.26
898407--898500	2	47.5	2	86	2	127	57	42	0	0	0.98
899343--899374	12	2.6	13	85	14	50	25	28	0	46	1.53
912475--912543	23	3.0	23	89	0	102	26	26	27	20	1.99
912559--912772	103	2.1	103	93	0	374	36	23	13	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
913947--914006	20	2.9	21	90	7	95	18	25	25	31	1.97
914896--914938	17	2.6	16	78	7	50	39	25	0	34	1.56
917667--917734	23	3.0	23	88	0	91	25	25	27	22	1.99
917743--917968	103	2.2	103	93	1	382	37	23	12	26	1.91
921127--921165	16	2.5	15	91	4	60	66	2	5	25	1.25
921823--921995	37	4.6	38	77	11	162	41	6	5	46	1.53
922823--924595	891	2.0	881	98	1	3447	35	18	18	27	1.95
926189--926250	12	5.5	12	74	12	60	58	0	0	41	0.98
926189--926253	23	3.0	22	84	6	71	56	0	0	43	0.99
926527--926552	6	4.3	6	100	0	52	34	0	50	15	1.45
927863--927944	32	2.6	33	83	11	100	48	1	1	48	1.17
928080--928165	37	2.4	36	85	11	108	39	1	1	58	1.13
932281--932344	26	2.4	27	89	2	94	37	17	3	42	1.65
935616--935663	26	1.9	24	91	8	78	45	0	0	54	0.99
941112--941143	12	2.7	12	100	0	64	18	0	28	53	1.45
941262--941300	20	2.0	20	84	0	51	20	23	20	35	1.96
943171--943223	26	2.0	26	100	0	106	39	7	11	41	1.69
947012--947050	20	2.0	20	84	0	51	33	20	23	23	1.97
948040--948073	14	2.2	16	90	10	54	44	0	2	52	1.16
948424--948501	38	2.1	38	97	0	147	14	10	11	64	1.51
954996--955063	33	2.1	33	100	0	136	32	8	19	39	1.82
958885--958939	22	2.3	25	82	17	73	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
960406--960535	60	2.2	61	81	6	167	41	12	11	34	1.79
963536--963715	74	2.4	74	88	3	256	21	23	30	23	1.99
966270--966309	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
971997--972196	72	2.8	74	81	8	241	22	25	29	23	1.99
973041--973131	45	2.0	46	93	2	157	26	19	26	27	1.99
974505--974568	28	2.3	28	100	0	128	43	18	10	26	1.83
978718--978743	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
980848--980895	19	2.6	19	90	3	71	39	0	6	54	1.26
981921--981966	21	2.3	20	75	13	51	50	2	0	47	1.13
985456--985498	20	2.2	20	86	0	59	23	23	20	32	1.98
986089--986166	20	4.0	20	86	3	104	11	16	20	51	1.75
986097--986166	20	3.5	20	88	1	106	11	15	22	50	1.76
987743--987799	21	2.7	21	78	5	62	22	17	35	24	1.95
988067--988228	20	8.4	20	73	14	126	37	25	19	17	1.93
988040--988268	93	2.4	93	87	1	314	41	22	18	17	1.90
988220--988294	33	2.2	34	90	2	116	48	20	17	14	1.82
988358--988423	20	3.3	20	87	8	98	16	21	27	34	1.95
988941--989012	21	3.4	21	74	0	63	22	34	20	22	1.97
988939--989032	42	2.2	42	81	3	109	23	36	18	22	1.95
990410--990435	13	2.0	13	100	0	52	23	0	15	61	1.33
990606--990643	14	2.7	14	95	0	67	10	23	23	42	1.85
990693--990841	20	7.8	20	78	8	157	28	18	19	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
990637--990841	94	2.2	94	82	5	245	28	19	18	33	1.95
990812--991358	140	3.9	140	94	0	965	43	14	12	29	1.83
991425--991458	6	5.7	6	85	0	50	17	2	20	58	1.51
991418--991460	18	2.4	18	96	0	77	16	4	25	53	1.62
993493--993529	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
993719--993772	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
993719--993786	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
994426--994463	17	2.2	17	100	0	76	26	5	36	31	1.79
994425--994473	17	2.5	20	81	18	59	26	8	36	28	1.85
994694--994759	20	3.3	19	79	12	78	25	16	25	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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