genome.fa.s8323.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008323.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111027_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5101972

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2485991--2486045	29	1.9	28	85	3	74	29	23	12	34	1.92
2487514--2487600	35	2.5	34	80	12	97	55	10	8	26	1.61
2489741--2490073	111	3.0	111	94	0	585	45	11	6	36	1.67
2490188--2490228	10	4.1	10	84	12	57	36	0	31	31	1.58
2490350--2490474	49	2.5	50	74	10	130	20	25	35	19	1.95
2494868--2494913	23	2.0	23	87	8	67	13	17	50	19	1.78
2501802--2501841	7	5.3	7	83	16	53	25	30	32	12	1.92
2501808--2501851	17	2.6	17	92	0	79	27	29	31	11	1.91
2501784--2501851	10	6.7	10	75	21	61	26	29	32	11	1.92
2506909--2506934	11	2.4	11	100	0	52	53	0	0	46	1.00
2510430--2511400	483	2.0	484	97	0	1818	41	15	18	24	1.89
2514311--2514335	6	4.2	6	100	0	50	16	32	0	52	1.44
2519235--2519272	6	6.2	6	82	17	51	34	18	0	47	1.49
2520008--2520033	13	2.0	13	100	0	52	38	7	0	53	1.30
2523494--2523530	2	19.0	2	94	5	67	0	48	0	51	1.00
2524566--2525268	80	8.7	80	89	2	987	28	22	12	35	1.91
2524572--2525268	161	4.3	160	90	0	1016	28	22	12	35	1.91
2525199--2525340	68	2.1	68	87	0	203	31	26	13	28	1.94
2525557--2525774	59	3.8	57	87	6	271	35	18	10	35	1.85
2526419--2526603	31	6.0	31	89	0	271	37	21	18	22	1.94
2526753--2526819	22	3.0	22	77	10	64	40	16	5	37	1.73
2527253--2527328	20	3.7	20	72	17	57	23	21	19	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2530773--2530942	31	5.5	31	88	0	259	39	18	18	23	1.92
2530773--2530942	62	2.7	62	93	0	286	39	18	18	23	1.92
2530761--2530942	93	2.0	93	91	0	292	38	18	17	25	1.92
2535035--2535130	21	4.6	21	73	10	88	38	19	15	26	1.92
2535030--2535130	42	2.4	42	78	6	114	36	20	14	27	1.92
2540421--2540467	18	2.5	20	76	10	55	53	0	0	46	1.00
2540429--2540472	22	2.0	22	86	4	61	45	0	2	52	1.13
2541996--2542042	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
2546236--2546274	20	1.9	21	85	15	55	43	7	2	46	1.46
2548907--2548952	3	15.0	3	86	13	67	65	0	2	32	1.05
2550095--2550152	26	2.2	26	100	0	116	15	17	0	67	1.24
2550161--2550203	22	1.9	23	90	4	70	18	23	6	51	1.70
2552741--2552904	60	2.8	60	79	0	159	32	21	6	39	1.78
2553029--2553141	60	1.9	60	90	3	183	34	3	27	34	1.74
2553029--2553182	60	2.6	60	83	4	177	35	3	24	37	1.74
2560383--2560519	71	1.9	72	91	4	224	45	3	5	44	1.45
2566956--2566988	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
2567787--2567859	31	2.4	31	85	0	92	47	1	4	46	1.30
2567892--2567965	32	2.4	31	79	2	85	52	0	4	43	1.20
2571515--2571546	16	1.9	17	93	6	57	56	15	9	18	1.66
2584988--2585020	15	2.1	16	94	5	59	48	9	0	42	1.35
2591047--2591071	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2593223--2593261	9	4.1	10	83	9	55	43	0	2	53	1.14
2593325--2593445	55	2.3	52	85	8	156	35	5	11	47	1.64
2593343--2593449	55	1.9	55	96	0	196	36	5	12	45	1.65
2594424--2594457	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
2594425--2594454	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
2594424--2594456	17	1.9	17	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2601159--2601219	23	2.5	24	76	10	70	26	6	0	67	1.15
2601159--2601240	23	3.3	23	77	14	67	28	7	0	64	1.20
2601140--2601227	18	4.4	20	70	27	64	29	5	0	64	1.16
2601169--2601250	23	3.6	24	77	12	68	29	7	0	63	1.21
2601304--2601369	21	3.4	20	69	26	61	28	4	4	62	1.35
2601287--2601369	37	2.3	37	95	2	150	30	4	3	61	1.34
2601383--2601470	10	9.0	10	69	15	51	17	4	4	73	1.16
2601420--2601472	26	2.0	27	82	10	65	15	7	5	71	1.27
2602194--2602275	23	3.3	23	77	8	65	28	7	0	64	1.20
2602227--2602262	20	1.9	20	88	11	58	30	2	0	66	1.06
2602204--2602283	23	3.5	23	77	13	69	28	7	0	63	1.21
2602347--2602412	21	3.4	20	69	26	61	28	4	4	62	1.35
2602335--2602412	37	2.1	37	97	0	147	28	5	3	62	1.34
2602425--2602512	19	4.5	19	71	17	65	18	4	4	72	1.19
2602425--2602467	9	4.6	9	83	16	52	20	2	2	74	1.04
2603207--2603292	40	2.2	39	78	15	97	29	4	0	66	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2603208--2603292	18	4.5	17	78	16	64	28	4	0	67	1.11
2603235--2603291	23	2.5	22	83	13	62	26	7	0	66	1.17
2603373--2603450	37	2.1	37	95	0	138	28	6	3	61	1.38
2603443--2603502	26	2.3	24	78	15	66	20	3	3	73	1.12
2603483--2603539	25	2.3	25	81	0	69	15	5	5	73	1.19
2606878--2606962	31	2.7	32	81	5	109	34	10	16	38	1.83
2608247--2608405	36	4.6	36	77	13	181	28	18	13	39	1.89
2608377--2608435	21	2.9	21	89	2	84	28	22	10	38	1.86
2608344--2608458	57	2.0	58	84	5	153	26	18	12	42	1.85
2608455--2608675	65	3.4	64	78	9	234	31	18	12	38	1.87
2608624--2608706	36	2.3	36	87	0	112	24	20	14	40	1.89
2608692--2608750	30	2.0	30	83	12	77	37	16	11	33	1.86
2608805--2608863	20	3.2	20	68	26	65	18	18	15	47	1.83
2608762--2608873	36	3.2	36	78	8	122	22	19	15	42	1.88
2608877--2608971	33	2.9	33	91	0	154	40	16	8	34	1.79
2609011--2609217	84	2.5	84	81	1	245	30	23	18	26	1.98
2610304--2610343	14	2.7	14	92	7	62	35	2	0	62	1.09
2610400--2610501	37	2.7	38	87	6	152	30	3	1	63	1.23
2610420--2610483	21	3.3	21	70	20	75	31	3	3	62	1.26
2610444--2610501	26	2.3	26	77	14	68	31	3	1	63	1.21
2610470--2610531	19	3.5	17	75	12	61	22	3	1	72	1.08
2610513--2610538	11	2.4	11	100	0	52	15	0	0	84	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2611036--2611085	26	1.9	26	100	0	100	56	4	4	36	1.37
2611417--2611474	27	2.2	26	81	9	64	48	1	1	48	1.22
2612196--2612239	21	2.0	22	91	4	72	25	29	25	20	1.99
2613008--2613070	31	2.0	31	84	0	81	33	22	19	25	1.97
2613969--2614008	21	1.9	21	90	10	64	20	30	32	17	1.95
2614039--2614078	21	1.9	21	85	10	55	42	22	7	27	1.80
2616990--2617041	20	2.5	21	87	3	70	40	17	21	21	1.91
2616987--2617123	41	3.3	41	74	11	102	31	19	18	30	1.96
2616948--2617123	21	8.5	21	69	9	76	27	21	18	32	1.96
2617113--2617166	20	2.6	21	82	5	74	38	20	22	18	1.93
2617704--2617770	19	3.5	19	85	2	89	47	25	16	10	1.78
2617766--2617850	20	4.6	19	72	21	74	15	23	22	38	1.92
2617802--2617859	20	2.9	20	80	14	66	15	22	18	43	1.88
2619950--2620038	42	2.1	42	78	0	97	21	38	15	24	1.92
2621424--2621459	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
2621566--2621612	19	2.5	19	96	0	85	44	21	21	12	1.85
2621637--2621787	19	8.7	19	63	21	71	14	23	20	41	1.89
2621641--2621767	33	3.8	33	88	4	202	14	23	19	42	1.88
2621634--2621766	66	2.0	66	95	0	239	15	23	19	41	1.90
2621988--2622012	12	2.1	12	100	0	50	8	16	16	60	1.58
2624251--2624304	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
2626739--2627026	143	2.0	143	99	0	567	33	15	9	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2628013--2628051	17	2.3	17	86	8	53	58	2	0	38	1.12
2630861--2630932	3	24.0	3	91	0	117	37	0	0	62	0.95
2632934--2632978	24	1.9	23	86	4	63	37	2	2	57	1.23
2632912--2632993	35	2.4	35	78	17	91	37	2	1	58	1.19
2643629--2643691	21	2.9	22	83	4	92	80	0	17	1	0.78
2643632--2643691	10	5.7	10	80	9	66	81	0	16	1	0.77
2643629--2643696	11	6.2	12	77	16	58	79	0	19	1	0.81
2643632--2643699	29	2.3	30	84	5	84	80	0	17	1	0.78
2645060--2645365	83	3.7	83	92	2	490	27	12	21	38	1.89
2646311--2646816	113	4.6	112	92	2	758	36	15	19	27	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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