genome.fa.s8323.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008323.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111027_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5101972

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2346659--2347129	106	4.4	106	89	1	674	35	24	18	21	1.95
2348437--2348589	60	2.6	58	75	14	152	32	3	3	60	1.31
2348482--2348600	55	2.2	54	82	10	145	32	3	2	61	1.26
2350243--2350361	21	5.7	21	77	7	107	21	36	21	21	1.96
2350243--2350361	42	2.8	42	79	5	132	21	36	21	21	1.96
2351919--2352003	20	4.2	20	81	0	116	35	22	18	23	1.96
2354598--2354651	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
2354598--2354665	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
2354842--2354879	18	2.1	18	95	0	67	36	7	21	34	1.82
2355604--2355733	19	6.6	20	74	14	85	30	10	20	37	1.87
2355605--2355712	38	2.8	39	81	7	121	32	10	21	36	1.87
2355682--2355741	20	3.0	20	82	2	66	26	13	20	40	1.89
2356995--2357091	27	3.6	27	91	0	140	23	22	17	36	1.95
2364299--2364400	30	3.4	30	77	11	109	41	12	8	37	1.75
2364309--2364394	30	2.8	31	82	5	122	43	12	9	34	1.75
2364614--2364693	38	2.1	38	100	0	160	53	13	0	32	1.40
2370298--2370336	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2374200--2374238	20	2.0	20	85	10	53	61	23	0	15	1.33
2379459--2379543	2	42.5	2	100	0	170	50	0	0	49	1.00
2379849--2379876	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2384391--2384611	43	5.2	43	76	5	180	32	19	22	25	1.97
2385153--2385207	20	2.8	20	94	0	83	54	5	7	32	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2389039--2389078	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2390003--2390059	12	4.8	12	82	0	78	14	19	15	50	1.77
2389979--2390056	36	2.2	36	88	0	111	16	12	15	55	1.70
2389991--2390059	36	1.9	36	93	0	120	15	15	15	52	1.76
2391422--2391545	60	2.1	59	92	1	203	40	19	8	32	1.81
2391432--2391562	59	2.2	60	87	1	192	41	19	9	30	1.82
2392016--2392043	6	4.7	6	100	0	56	67	14	0	17	1.22
2392310--2392567	41	6.3	41	84	1	293	37	18	17	26	1.93
2392297--2392531	123	1.9	124	86	3	339	39	18	16	25	1.91
2396674--2396733	14	4.1	16	68	22	51	45	6	0	48	1.29
2406638--2406698	23	2.9	21	82	7	70	21	32	26	19	1.97
2406681--2406720	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
2410239--2410298	23	2.8	21	85	10	68	21	38	20	20	1.94
2410726--2410795	34	2.1	32	86	5	95	32	15	28	22	1.95
2413388--2413433	18	2.4	19	92	7	76	50	6	6	36	1.54
2413476--2413530	21	2.8	19	89	10	92	29	10	7	52	1.63
2413753--2413831	21	3.7	21	74	15	72	25	35	16	22	1.95
2414353--2414446	46	2.0	46	100	0	188	30	6	32	29	1.83
2414606--2414670	22	3.0	22	78	8	62	40	23	6	30	1.79
2414768--2414882	57	2.0	57	91	0	185	46	9	18	25	1.79
2415483--2415524	22	1.9	22	85	9	59	64	4	4	26	1.33
2415667--2415697	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2416672--2416698	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2417159--2417208	25	2.0	25	88	0	73	68	6	6	20	1.33
2418500--2418562	3	21.0	3	80	0	63	58	0	0	41	0.98
2418500--2418555	21	2.7	21	91	0	85	57	0	0	42	0.99
2418713--2419641	45	20.6	45	97	0	1750	31	19	24	24	1.98
2419444--2419515	20	3.3	20	66	23	56	30	18	27	23	1.97
2420301--2420443	22	6.5	22	92	0	232	37	11	15	34	1.84
2424968--2425016	12	4.2	11	82	10	53	0	22	0	77	0.77
2428933--2428982	25	2.0	25	88	0	73	68	6	2	24	1.23
2430296--2430350	3	18.3	3	88	0	83	65	0	0	34	0.93
2430279--2430350	30	2.4	30	92	0	117	59	0	1	38	1.06
2430298--2430359	27	2.3	27	83	5	81	67	0	1	30	1.00
2431581--2431631	27	2.0	25	88	7	75	76	7	3	11	1.13
2431581--2431666	27	3.0	27	72	21	66	76	6	4	11	1.13
2431763--2431880	16	7.3	15	71	20	62	74	5	5	15	1.17
2431761--2431921	22	7.2	20	68	20	63	75	5	4	14	1.13
2431775--2431919	50	2.9	49	76	11	136	75	5	4	15	1.14
2431860--2431935	18	4.1	18	77	13	64	76	7	1	14	1.07
2431860--2431928	19	3.7	18	79	14	68	76	7	1	14	1.06
2432113--2432156	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2432773--2432858	25	3.6	23	77	14	77	75	8	5	10	1.18
2432773--2432858	11	7.2	11	73	20	66	75	8	5	10	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2432842--2432877	18	2.0	18	89	10	56	77	2	2	16	1.00
2433278--2433309	17	1.9	17	93	6	57	37	6	34	21	1.79
2434140--2434298	65	2.5	64	83	4	178	31	23	17	27	1.97
2434271--2434318	19	2.6	19	83	9	55	25	27	20	27	1.99
2453465--2453494	15	2.0	15	93	0	51	36	6	0	56	1.26
2453478--2453584	56	1.9	56	83	7	137	43	2	4	48	1.38
2453514--2453602	27	3.4	27	81	7	96	42	1	6	49	1.36
2453590--2453636	20	2.3	20	85	0	58	36	4	10	48	1.57
2453381--2453597	2	108.0	2	69	19	123	41	3	4	50	1.37
2453559--2453751	11	18.2	11	70	15	97	41	4	6	47	1.49
2453620--2453738	59	2.0	61	83	6	154	43	5	5	45	1.50
2453623--2453757	20	6.6	20	73	13	96	42	5	5	46	1.48
2453510--2453836	22	15.9	20	65	22	117	40	3	7	48	1.50
2454480--2454714	2	117.0	2	65	20	73	45	3	4	46	1.39
2454534--2454613	11	7.6	10	76	16	56	42	2	2	52	1.28
2454480--2454657	85	2.1	87	84	6	229	46	2	3	47	1.35
2454534--2454738	65	3.1	65	74	15	170	44	3	3	48	1.38
2454650--2454678	11	2.5	12	94	5	51	51	6	3	37	1.46
2454643--2454783	36	3.9	37	76	15	145	42	7	4	45	1.53
2454634--2454783	69	2.2	69	87	9	218	43	6	4	45	1.51
2454757--2454803	20	2.3	21	88	3	69	44	6	4	44	1.49
2454757--2454814	20	2.8	20	84	7	55	41	6	5	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2454796--2454851	23	2.3	26	87	9	82	37	1	3	57	1.27
2459146--2459184	20	2.0	21	90	10	64	35	2	20	41	1.66
2459239--2459306	23	3.0	23	86	0	91	35	5	20	38	1.77
2461975--2462018	22	2.2	19	84	12	52	63	2	0	34	1.07
2464305--2464560	38	6.8	37	77	10	200	44	2	7	44	1.46
2464316--2464621	73	4.1	74	77	11	232	46	2	6	44	1.43
2464386--2464644	36	7.0	35	74	15	141	44	2	7	45	1.44
2465657--2465712	19	3.1	18	78	14	53	26	1	3	67	1.16
2465800--2465859	23	2.6	22	79	10	66	16	6	0	76	0.99
2465803--2465863	19	3.3	20	82	13	78	18	6	0	75	1.01
2465783--2465863	5	17.2	5	71	19	59	17	4	1	76	1.03
2469912--2470564	84	7.8	83	85	2	763	32	25	19	23	1.98
2469907--2470547	168	3.8	167	86	3	869	32	25	19	22	1.97
2471169--2471473	39	8.1	37	78	9	264	45	2	6	45	1.43
2471169--2471420	75	3.3	76	80	9	266	46	3	6	43	1.46
2471180--2471508	76	4.3	75	80	9	287	46	2	6	44	1.42
2471370--2471518	39	3.8	39	77	16	139	44	1	4	50	1.29
2471517--2471566	4	13.5	4	83	12	63	22	0	0	78	0.76
2471517--2471574	14	4.2	14	89	6	84	22	1	0	75	0.89
2471517--2471566	18	2.9	18	88	11	70	22	0	0	78	0.76
2472583--2472638	19	3.1	18	78	14	53	26	0	3	69	1.04
2472681--2472739	31	1.9	31	86	13	86	15	1	8	74	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2472698--2472741	17	2.6	17	82	7	54	15	0	6	77	0.97
2472697--2472798	20	5.1	19	76	19	84	15	3	2	77	1.04
2472697--2472790	41	2.3	42	82	10	106	14	4	3	77	1.04
2472719--2472798	5	16.2	5	72	14	60	15	5	1	78	0.98
2472587--2472799	108	2.0	108	80	12	244	17	5	3	72	1.19
2472601--2472815	107	2.0	110	79	10	237	16	6	4	72	1.22
2477341--2477468	64	2.0	64	98	0	247	42	13	12	32	1.81
2478759--2478800	17	2.4	17	88	4	57	54	0	0	45	0.99
2480417--2480477	31	2.0	31	96	0	113	42	6	9	40	1.64
2484412--2484470	2	29.5	2	100	0	118	49	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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