genome.fa.s8426.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008426.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111210_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4445546

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3193--3233	14	2.8	14	92	7	64	0	9	9	80	0.91
4072--4126	20	2.6	21	77	8	58	50	12	3	32	1.58
5346--5394	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
5279--5400	65	1.9	65	83	6	158	29	22	21	27	1.99
7145--7286	46	3.2	44	84	8	157	34	20	6	38	1.78
7378--7458	40	2.1	39	90	2	126	37	23	16	23	1.94
12202--12471	89	3.1	88	88	5	370	28	25	23	22	1.99
15159--15192	15	2.1	17	89	10	54	29	26	32	11	1.92
22016--22061	15	2.9	15	81	18	58	8	30	0	60	1.26
22261--22302	12	3.5	11	84	15	57	76	4	19	0	0.96
23477--23505	15	1.9	15	100	0	58	48	0	31	20	1.50
25922--25967	15	2.9	15	81	18	58	8	30	0	60	1.26
25963--26009	7	6.7	7	78	9	51	23	14	0	61	1.33
25963--25995	14	2.4	14	100	0	66	21	15	0	63	1.30
27941--28117	70	2.5	70	87	0	273	35	17	10	36	1.85
34540--34576	19	1.9	19	88	0	56	45	5	16	32	1.70
36655--36695	21	1.9	22	85	5	57	2	65	4	26	1.25
42881--42916	2	18.5	2	94	5	65	52	0	0	47	1.00
45517--45558	14	2.6	16	82	17	52	69	0	2	28	1.01
47534--47587	21	2.6	21	80	11	65	31	18	9	40	1.82
47602--47684	21	3.8	21	70	14	69	43	9	13	33	1.76
50046--50125	26	3.1	26	85	0	106	25	15	25	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51527--51563	15	2.5	15	86	0	56	40	16	5	37	1.71
58696--58768	23	3.2	23	65	27	64	26	19	5	49	1.69
58678--58770	46	2.0	47	97	2	179	25	20	4	49	1.67
58684--58757	24	3.2	24	61	7	62	22	18	5	52	1.66
66312--66349	17	2.2	17	100	0	76	42	23	10	23	1.85
74398--74443	18	2.7	18	80	6	51	47	6	10	34	1.64
83235--83267	17	1.9	17	93	0	57	30	18	6	45	1.73
88117--88246	64	2.0	64	100	0	260	46	4	9	40	1.57
88292--88345	21	2.6	21	96	0	99	31	18	9	40	1.82
93900--93931	16	2.0	16	100	0	64	50	0	25	25	1.50
95073--95191	39	3.1	38	83	12	154	48	0	16	33	1.52
96523--96614	25	3.7	26	72	20	81	61	0	1	36	1.03
96523--96651	13	9.4	15	71	19	79	60	0	1	37	1.06
96523--96622	48	2.1	47	82	14	116	62	0	1	37	1.02
101056--101300	55	4.5	54	82	9	275	27	18	17	36	1.94
101080--101300	108	2.0	110	85	6	299	26	18	17	37	1.93
113811--113850	19	2.2	19	86	4	55	30	15	15	40	1.87
113874--113926	20	2.7	19	91	5	79	18	26	16	37	1.93
120948--120984	17	2.1	17	85	5	56	62	2	8	27	1.37
121016--121040	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
121305--121331	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
128394--128555	80	2.0	80	87	2	236	38	11	14	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129222--129278	27	2.1	27	96	0	105	40	17	3	38	1.67
130560--130623	33	1.9	33	87	6	94	57	3	3	35	1.30
130608--130665	24	2.8	19	76	19	55	56	5	1	36	1.32
134929--135145	108	2.0	109	98	0	418	23	16	18	41	1.90
139739--139779	21	2.0	21	90	0	64	17	21	17	43	1.87
139740--139786	21	2.2	21	84	0	58	21	21	19	38	1.94
139776--139868	20	4.7	20	97	0	168	39	24	19	16	1.91
139855--139901	20	2.3	20	92	0	76	31	27	19	21	1.97
140739--140792	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
143220--143296	40	1.9	41	91	2	129	37	22	20	19	1.94
143210--143298	20	4.4	20	88	2	117	37	24	20	17	1.94
143270--143365	33	2.8	33	85	3	120	43	18	21	15	1.87
143380--143475	33	2.9	34	88	3	140	13	23	19	42	1.87
143581--143617	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
145574--145659	20	4.3	20	92	0	127	38	23	19	18	1.93
145704--145880	20	9.5	20	75	16	148	19	18	20	41	1.90
147759--147859	20	5.5	19	69	15	68	45	21	17	14	1.85
147800--147872	33	2.2	34	82	7	87	39	24	20	15	1.91
148197--148258	22	2.8	22	87	0	88	24	12	35	27	1.92
148459--148531	20	3.7	20	94	0	119	17	20	21	39	1.92
148521--148573	21	2.5	21	84	0	70	35	16	24	22	1.95
149809--149856	10	4.8	10	78	0	60	54	20	16	8	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149793--149864	24	3.2	23	78	15	78	56	19	13	9	1.64
149809--149856	20	2.4	20	92	0	78	54	20	16	8	1.68
150042--150120	14	5.9	14	71	11	67	55	13	15	15	1.69
151276--151305	16	1.9	16	93	6	53	53	0	0	46	1.00
151439--151562	2	64.0	2	69	17	57	46	2	7	43	1.44
151437--151517	16	5.0	16	75	8	74	49	1	3	45	1.27
153189--153233	22	2.0	22	91	8	74	8	22	48	20	1.76
157684--157727	20	2.2	20	95	0	79	27	40	13	18	1.88
160372--160427	17	3.3	17	94	0	94	14	25	42	17	1.87
160438--160563	19	6.5	19	91	2	175	28	30	25	15	1.96
160436--160563	10	13.3	9	80	8	130	28	29	26	15	1.96
162704--162822	21	5.7	21	80	7	136	30	22	22	24	1.99
162707--162822	41	2.8	42	82	8	139	30	22	23	24	1.99
163065--163132	21	3.2	21	87	0	91	26	19	23	30	1.98
163151--163277	21	6.1	21	75	12	111	26	20	21	31	1.98
163162--163277	41	2.8	43	84	6	141	25	21	20	32	1.97
165085--165232	46	3.3	45	88	6	228	38	12	10	38	1.78
165747--165793	21	2.3	20	82	7	60	29	25	0	44	1.54
165746--165793	19	2.5	20	83	12	64	29	27	0	43	1.55
167581--167622	22	1.9	22	90	0	66	26	0	2	71	0.98
170636--170758	54	2.3	54	85	7	160	22	28	17	30	1.97
173447--173587	56	2.6	56	89	2	205	30	16	29	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173453--173625	54	3.1	55	85	4	206	31	17	28	22	1.96
175044--175100	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
176940--178413	134	11.1	133	87	2	1880	30	19	19	30	1.97
176967--178016	44	23.7	44	67	9	315	29	20	19	30	1.97
177148--177842	89	7.8	88	69	8	278	29	20	20	29	1.98
176940--178413	401	3.7	398	86	2	1937	30	19	19	30	1.97
177996--178181	44	4.2	44	65	8	108	30	22	17	30	1.96
179067--179532	90	5.2	90	92	0	761	34	21	17	26	1.95
190012--190093	21	3.9	21	78	9	78	42	19	36	1	1.59
190066--190114	21	2.3	21	89	0	71	51	22	26	0	1.49
190528--190865	43	7.9	43	80	3	342	34	24	14	26	1.94
192004--192122	60	2.0	60	96	0	220	31	12	11	43	1.79
194485--194561	29	2.7	29	89	0	109	16	40	27	15	1.89
194969--195004	17	2.1	17	100	0	72	16	0	41	41	1.48
195137--195242	30	3.5	30	84	5	133	38	0	14	46	1.51
195184--195238	15	3.6	16	70	20	55	41	0	14	43	1.45
195295--195328	15	2.2	16	94	5	61	38	0	5	55	1.24
197500--197559	26	2.4	26	71	15	63	43	10	6	40	1.64
197761--197801	14	2.9	14	85	0	55	48	4	0	46	1.23
197825--197902	9	8.4	9	78	9	70	37	7	0	55	1.29
197833--197915	3	27.3	3	72	13	55	38	6	0	55	1.25
197825--197871	17	2.6	17	83	6	58	38	8	0	53	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197759--197922	11	13.3	11	69	21	76	43	7	0	49	1.30
197820--197902	26	3.1	26	91	6	123	37	8	0	54	1.31
197825--197922	35	2.7	38	83	11	111	38	7	0	54	1.28
197848--197922	23	3.1	24	76	19	52	40	6	0	53	1.27
198097--198131	17	2.0	18	94	5	63	37	5	0	57	1.23
198112--198156	23	1.9	24	86	4	65	37	11	0	51	1.38
198137--198463	49	6.7	49	99	0	636	45	11	0	42	1.40
200757--200825	18	3.8	18	73	16	61	53	10	0	36	1.35
200886--200910	13	1.9	13	100	0	50	16	16	12	56	1.68
201689--201745	21	2.7	21	97	0	105	28	24	28	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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