genome.fa.s8426.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008426.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111210_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4445546

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2208354--2208459	29	3.7	29	98	0	203	23	27	34	14	1.93
2212416--2212505	25	3.6	25	74	3	90	46	16	20	16	1.84
2213760--2213858	44	2.2	44	82	3	119	34	19	22	24	1.96
2213760--2213883	44	2.9	42	80	8	108	30	18	22	28	1.97
2215961--2215999	20	2.0	20	85	10	53	15	12	5	66	1.41
2222309--2222370	32	2.0	31	81	9	72	17	12	6	62	1.50
2222515--2222548	18	1.9	18	94	5	61	47	5	5	41	1.52
2229632--2229721	25	3.6	25	82	7	103	46	21	17	14	1.83
2231580--2231625	21	2.2	21	96	0	83	52	10	15	21	1.73
2236089--2236247	65	2.5	65	87	8	220	28	17	23	30	1.97
2245907--2245978	36	2.0	36	91	0	117	15	31	19	33	1.93
2247596--2247648	27	2.0	27	82	14	65	37	3	5	52	1.43
2247805--2247860	20	2.8	20	83	5	69	37	32	10	19	1.86
2247889--2247939	20	2.6	20	90	3	77	23	17	11	47	1.81
2247941--2247981	22	1.9	21	90	5	64	29	29	9	31	1.89
2248623--2248660	20	1.9	20	94	0	67	36	15	21	26	1.93
2256568--2256900	46	7.3	46	88	0	434	25	19	11	44	1.83
2256568--2256900	138	2.4	137	89	1	504	25	19	11	44	1.83
2263467--2263669	46	4.4	46	95	0	352	21	24	13	40	1.89
2271213--2271287	38	2.0	38	97	2	143	57	13	2	26	1.50
2273048--2273086	19	2.1	19	85	4	53	38	0	2	58	1.12
2273287--2273336	18	2.7	19	81	6	57	58	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2273618--2273694	39	2.1	38	92	7	131	63	2	5	28	1.29
2290901--2290930	15	2.0	15	100	0	60	26	20	13	40	1.89
2296923--2296963	15	2.7	15	92	0	64	29	17	31	21	1.96
2306675--2306839	90	1.8	89	94	1	294	38	9	7	44	1.65
2311781--2311920	65	2.2	66	83	5	169	31	19	20	29	1.97
2311890--2311928	20	2.0	20	100	0	78	20	15	33	30	1.94
2311891--2311940	20	2.5	20	90	0	73	24	14	32	30	1.94
2313561--2313769	75	2.8	76	94	2	368	26	1	11	60	1.40
2314365--2314398	17	2.0	17	88	0	50	26	0	2	70	1.01
2314678--2314842	83	2.0	82	84	7	217	32	18	17	30	1.94
2323835--2323968	59	2.3	59	82	3	171	27	17	26	29	1.97
2335530--2335564	17	2.1	17	94	0	61	48	0	11	40	1.39
2335807--2335897	36	2.6	36	77	8	114	24	9	13	52	1.70
2338837--2338881	23	2.0	22	86	4	63	44	11	4	40	1.60
2339025--2339181	64	2.5	64	89	6	232	56	2	1	40	1.21
2339046--2339130	40	2.2	37	79	12	91	56	1	1	41	1.14
2339090--2339155	24	2.5	27	80	11	84	53	1	0	45	1.09
2339140--2339193	12	4.6	12	72	19	51	62	1	1	33	1.16
2342348--2342440	44	2.1	44	85	0	123	34	7	19	38	1.80
2342542--2342616	23	3.3	23	86	0	114	13	26	24	36	1.92
2347077--2347116	12	3.3	12	82	10	55	20	2	5	72	1.15
2353405--2353444	12	3.3	12	82	10	55	20	2	5	72	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2357100--2357239	44	3.2	44	84	2	181	32	5	20	42	1.74
2357179--2357239	14	4.2	14	71	8	50	29	6	21	42	1.78
2357316--2357413	23	4.3	23	86	0	133	17	22	22	37	1.94
2366713--2366775	17	3.7	17	77	8	65	39	6	15	38	1.73
2366750--2366793	17	2.6	18	89	7	65	43	9	11	36	1.72
2366712--2366792	34	2.4	34	81	4	92	40	7	13	38	1.73
2367439--2367472	17	2.0	17	88	0	50	73	2	0	23	0.97
2368149--2368262	25	4.5	24	66	17	70	58	14	0	26	1.42
2368063--2368278	76	2.9	76	90	2	319	56	13	2	27	1.49
2368149--2368275	44	3.2	44	65	28	127	59	12	2	25	1.45
2408259--2408314	21	2.6	21	94	2	94	19	19	35	25	1.95
2408842--2409107	45	5.9	45	83	4	259	39	8	18	33	1.81
2408842--2409097	135	1.9	133	80	8	295	39	8	18	33	1.82
2415222--2415279	23	2.6	23	94	2	100	18	18	36	25	1.95
2415347--2415380	17	2.1	16	88	5	50	35	14	20	29	1.93
2415820--2416115	45	6.6	45	88	1	362	40	8	18	32	1.81
2417003--2417037	13	2.6	14	86	9	54	57	0	0	42	0.99
2418662--2418686	7	3.6	7	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2420758--2420847	37	2.5	37	83	7	112	46	6	5	41	1.53
2421439--2421479	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2421764--2421809	23	2.0	24	86	4	67	52	4	2	41	1.33
2422384--2422486	37	2.7	38	77	5	111	48	6	2	41	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2425196--2425289	29	3.2	29	81	0	89	26	8	22	42	1.82
2425223--2425290	29	2.4	28	87	5	91	27	7	23	41	1.81
2426219--2426453	42	5.7	41	79	11	252	18	24	24	32	1.97
2426332--2426398	34	2.0	34	93	0	116	16	25	26	31	1.96
2432418--2432458	17	2.3	18	91	4	66	19	51	19	9	1.74
2432418--2432469	17	3.0	18	88	5	63	21	48	19	11	1.80
2432499--2432567	29	2.3	29	81	13	79	30	7	24	37	1.83
2433493--2433739	42	5.8	41	89	5	334	18	24	24	32	1.97
2433493--2433739	84	2.9	84	90	4	374	18	24	24	32	1.97
2435490--2435533	22	2.0	23	81	4	54	50	4	0	45	1.22
2435392--2435597	37	5.5	36	80	6	189	44	7	4	43	1.53
2438358--2438392	16	2.4	14	90	9	52	62	14	8	14	1.53
2439478--2439514	10	3.7	10	88	0	56	56	21	10	10	1.64
2442432--2442462	16	1.9	16	93	0	53	25	19	6	48	1.72
2449957--2450428	81	5.8	81	91	0	746	34	9	24	31	1.88
2450372--2450484	56	2.0	57	89	1	174	32	11	27	28	1.91
2450429--2450808	81	4.7	81	89	0	564	33	11	23	31	1.90
2450291--2450549	137	1.9	138	93	0	448	33	11	24	30	1.90
2450210--2450646	218	2.0	219	91	0	705	35	9	24	30	1.88
2450129--2450727	299	2.0	300	91	0	959	34	10	24	30	1.88
2451991--2452042	25	2.1	25	82	7	61	25	9	25	40	1.85
2459428--2459531	43	2.4	44	80	4	131	31	25	22	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2466621--2466793	90	1.9	89	91	1	283	37	10	6	45	1.66
2468251--2468355	2	54.0	2	77	12	76	48	0	2	48	1.16
2468265--2468399	70	1.9	70	86	10	195	45	1	4	48	1.31
2468319--2468377	30	2.0	30	83	12	77	45	3	3	47	1.36
2468511--2468558	16	3.0	15	82	11	51	43	2	10	43	1.50
2474118--2474155	20	1.9	20	94	0	67	42	13	21	23	1.88
2498791--2498825	16	2.2	16	89	0	52	51	25	0	22	1.48
2499208--2499312	37	2.9	36	86	6	135	36	20	9	34	1.85
2499420--2499578	64	2.4	66	80	7	164	28	19	10	40	1.85
2499597--2499921	131	2.4	133	81	5	361	28	31	17	23	1.97
2503549--2503607	24	2.5	24	100	0	118	54	0	0	45	0.99
2510005--2510201	39	5.1	38	81	3	180	31	21	26	19	1.98
2510005--2510201	78	2.5	78	85	1	252	31	21	26	19	1.98
2512060--2512095	14	2.4	16	82	17	51	58	2	5	33	1.36
2512344--2512433	37	2.4	38	82	10	98	51	2	3	43	1.30
2512401--2512444	13	3.4	13	80	0	52	54	0	2	43	1.12
2512945--2513008	16	4.0	16	72	23	55	32	0	4	62	1.16
2515176--2515226	25	2.0	25	96	0	93	43	3	29	23	1.72
2522676--2522732	22	2.6	22	97	0	105	22	8	17	50	1.73
2529377--2529426	21	2.4	21	93	0	91	46	10	18	26	1.80
2533122--2533161	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
2552529--2552587	24	2.5	24	85	0	82	38	10	20	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2566396--2566445	2	24.5	2	89	4	73	46	2	2	50	1.24
2567174--2567231	20	2.9	20	97	0	107	17	25	36	20	1.94
2569447--2569485	13	2.9	13	92	3	60	43	7	12	35	1.72
2573801--2573840	21	1.9	21	89	0	62	27	7	10	55	1.60
2575737--2575775	20	2.0	20	85	10	53	23	25	28	23	1.99
2579740--2579768	4	7.5	4	92	7	51	24	0	0	75	0.80
2579785--2579873	23	3.9	23	83	0	106	30	14	15	39	1.88
2579794--2579883	46	2.0	46	84	0	117	30	13	14	42	1.84
2580084--2580152	12	5.8	12	71	6	50	46	7	15	30	1.73
2581177--2581243	32	2.1	32	82	0	80	46	13	8	31	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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