genome.fa.s8426.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008426.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111210_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4445546

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1837368--1837865	197	2.5	198	81	6	571	47	10	4	37	1.58
1839533--1839578	20	2.3	20	85	3	58	34	0	26	39	1.57
1841026--1841130	30	3.5	30	80	3	122	29	15	25	29	1.96
1841614--1841660	18	2.5	21	80	19	59	55	2	4	38	1.31
1844868--1844906	19	2.1	19	95	0	69	30	15	17	35	1.91
1851734--1851803	29	2.4	29	100	0	140	52	24	8	14	1.69
1855350--1855410	25	2.4	25	88	0	86	27	8	13	50	1.69
1855367--1855420	25	2.2	25	82	0	63	38	3	14	42	1.64
1859252--1859313	31	2.0	31	90	3	99	24	14	14	46	1.82
1866553--1866603	26	2.0	26	88	7	77	52	23	9	13	1.70
1867632--1867784	60	2.6	60	76	7	161	19	21	22	35	1.96
1875684--1875734	26	2.0	26	88	7	77	52	19	9	17	1.72
1878503--1878552	26	1.9	26	88	8	75	54	22	10	14	1.69
1879578--1879758	60	3.0	59	74	11	161	18	21	24	35	1.95
1897039--1897096	30	1.9	30	89	0	89	39	18	24	17	1.92
1897038--1897103	30	2.2	30	83	0	87	42	18	22	16	1.89
1903356--1903380	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1903600--1903715	30	3.9	30	78	4	117	39	18	26	15	1.90
1905879--1905925	17	2.7	17	83	3	58	31	23	14	29	1.95
1909890--1910012	35	3.5	35	91	6	196	20	24	18	36	1.95
1911567--1911603	19	1.9	19	88	0	56	29	21	16	32	1.95
1911668--1911762	5	18.2	5	91	8	154	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1911672--1911760	22	4.1	22	94	5	164	40	0	0	59	0.97
1911763--1911815	18	2.9	18	85	0	61	18	22	28	30	1.98
1913982--1914021	18	2.2	18	100	0	80	40	15	15	30	1.87
1914494--1914546	2	27.0	2	96	3	99	50	0	0	49	1.00
1915140--1915180	22	2.0	21	90	9	66	21	21	24	31	1.98
1916410--1916488	29	2.7	29	72	14	72	50	2	16	30	1.58
1919276--1919345	29	2.4	29	86	6	90	60	4	7	28	1.43
1925341--1925388	18	2.6	20	71	18	50	27	27	18	27	1.98
1934428--1934490	26	2.4	27	76	7	67	41	3	1	53	1.26
1935190--1935263	6	10.9	7	82	17	86	86	0	13	0	0.57
1935190--1935261	24	3.0	24	84	8	101	87	0	12	0	0.54
1935190--1935261	1	72.0	1	74	0	63	87	0	12	0	0.54
1935336--1935374	18	2.1	19	90	4	62	30	0	2	66	1.05
1936432--1936483	26	2.0	26	100	0	104	26	23	34	15	1.94
1939334--1939366	16	1.9	17	88	11	50	36	0	3	60	1.12
1939329--1939368	17	2.3	19	79	16	50	32	0	2	65	1.06
1941645--1941718	34	2.2	34	81	11	82	21	2	13	62	1.44
1941656--1941732	34	2.2	34	84	11	95	20	1	16	61	1.42
1941727--1941807	35	2.3	32	77	20	83	25	8	9	55	1.61
1951913--1951956	18	2.2	21	73	23	58	22	22	22	31	1.98
1951918--1951963	18	2.6	18	96	0	83	21	28	21	28	1.99
1952956--1953007	19	2.7	19	96	0	95	34	25	21	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1961705--1961734	10	3.0	10	95	0	51	70	13	16	0	1.18
1965708--1966197	54	9.3	54	83	7	600	36	17	13	32	1.89
1972697--1973227	54	9.9	53	91	3	723	35	16	13	33	1.89
1976291--1976320	14	2.1	14	93	0	51	26	0	30	43	1.55
1979381--1979433	25	2.1	26	82	10	65	54	0	1	43	1.11
1988257--1988309	12	4.5	12	86	11	65	32	37	0	30	1.58
1991871--1991935	31	2.1	31	97	0	121	26	24	10	38	1.88
1992869--1992923	12	4.7	12	86	2	76	27	36	0	36	1.57
1995946--1996154	65	3.2	64	76	13	203	31	22	18	27	1.97
2001561--2001641	23	3.6	22	78	8	92	23	25	23	27	2.00
2018626--2018666	21	1.9	22	90	5	66	29	21	12	36	1.90
2034711--2034766	27	2.0	28	82	3	69	30	1	5	62	1.28
2041297--2041373	36	2.1	36	82	4	91	28	19	9	42	1.81
2041319--2041373	18	3.1	18	68	19	51	27	18	7	47	1.74
2041492--2041530	17	2.3	17	100	0	78	43	10	0	46	1.37
2041509--2041687	37	5.2	37	70	11	139	28	13	9	48	1.73
2041404--2041633	120	1.9	120	89	3	356	32	14	7	45	1.73
2041628--2041720	34	2.7	35	76	5	98	24	19	12	43	1.86
2041830--2041938	36	3.0	36	87	1	155	25	22	14	36	1.93
2041909--2042064	74	2.1	74	83	7	192	33	19	7	39	1.79
2042155--2042346	52	3.7	52	79	4	208	31	10	19	38	1.86
2042447--2042576	42	3.1	41	69	10	111	27	18	20	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2043042--2043090	22	2.2	22	82	7	64	14	16	4	65	1.42
2043696--2043748	9	5.8	9	80	10	63	28	1	0	69	0.99
2043696--2043750	18	3.0	18	84	12	76	29	1	0	69	0.99
2050613--2051007	105	3.7	105	88	1	574	38	16	20	24	1.93
2050947--2051008	20	3.3	19	72	21	58	41	11	20	25	1.86
2050944--2051292	137	2.5	136	91	2	565	35	17	21	25	1.95
2054092--2054481	105	3.7	105	86	3	538	37	16	20	24	1.93
2054420--2054751	127	2.5	129	84	9	426	35	18	21	24	1.95
2056995--2057022	6	4.7	6	100	0	56	67	0	14	17	1.22
2059188--2059279	40	2.3	41	79	7	98	38	25	14	22	1.92
2059205--2059297	40	2.3	42	87	7	138	32	23	17	26	1.96
2061046--2061204	41	3.9	41	88	2	214	32	20	13	33	1.92
2061046--2061204	82	2.0	82	89	3	250	32	20	13	33	1.92
2061302--2061393	41	2.2	42	76	5	98	28	23	14	33	1.94
2063265--2063326	29	2.1	30	81	3	72	33	6	24	35	1.81
2070896--2070957	29	2.1	30	84	3	81	37	4	22	35	1.76
2077074--2077250	90	2.0	89	92	1	291	44	7	10	37	1.66
2078033--2078062	2	14.5	2	93	6	51	46	0	3	50	1.18
2082542--2082579	18	2.1	18	100	0	76	47	21	21	10	1.80
2083967--2084132	90	1.9	89	93	1	287	46	5	12	35	1.64
2097497--2097661	83	2.0	83	90	0	258	22	13	16	47	1.81
2105321--2105359	18	2.3	18	86	8	55	76	2	2	17	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2107046--2107451	203	2.0	204	95	0	733	29	21	18	31	1.97
2118629--2118669	14	3.0	14	80	16	50	2	17	2	78	0.98
2118658--2118708	24	2.1	24	92	3	84	11	13	13	60	1.59
2119630--2119776	2	75.5	2	74	12	83	46	2	4	47	1.33
2119814--2119895	9	8.1	11	70	22	56	41	1	2	54	1.21
2119862--2119917	3	18.7	3	78	7	60	33	0	1	64	1.04
2119865--2119900	17	2.1	17	94	0	63	38	0	0	61	0.96
2119810--2119910	14	7.1	14	71	14	57	40	0	2	55	1.22
2120700--2120756	24	2.4	24	96	0	105	42	15	22	19	1.89
2120995--2121085	32	2.8	32	86	3	121	15	7	30	46	1.74
2120992--2121102	32	3.4	31	80	12	116	12	10	32	44	1.77
2126432--2126457	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
2130973--2130997	4	6.2	4	100	0	50	72	28	0	0	0.86
2139094--2139132	16	2.4	16	95	0	69	25	28	10	35	1.89
2143701--2143755	21	2.6	21	100	0	110	32	14	18	34	1.91
2143721--2143791	36	2.0	36	88	0	106	32	12	19	35	1.90
2149909--2149939	6	5.0	6	92	7	53	80	0	0	19	0.71
2150006--2150048	18	2.4	18	92	7	70	74	0	4	20	1.00
2152766--2152797	11	2.9	11	95	0	55	75	3	9	12	1.16
2155724--2155820	37	2.5	39	81	6	99	71	1	3	24	1.07
2159416--2159455	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
2159438--2159497	19	2.9	20	85	9	68	16	26	35	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2168254--2168304	25	2.0	25	100	0	102	15	23	7	52	1.68
2168344--2168384	15	2.7	15	84	3	55	9	17	2	70	1.25
2171686--2171727	18	2.3	18	87	0	57	30	11	9	47	1.72
2179005--2179037	14	2.4	14	90	5	50	12	18	0	69	1.18
2179601--2179634	16	2.1	16	88	0	50	17	23	0	58	1.38
2181313--2183046	867	2.0	867	97	0	3306	32	16	18	33	1.93
2183876--2183917	22	1.9	22	90	0	66	52	4	9	33	1.55
2193501--2193656	44	3.6	43	80	5	161	32	21	15	30	1.94
2202276--2202316	13	3.2	13	85	0	55	29	17	19	34	1.94
2208052--2208134	29	2.9	29	83	0	94	19	39	27	13	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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