genome.fa.s8426.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008426.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111210_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4445546

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827935--828027	35	2.5	37	83	13	104	44	6	6	43	1.55
827910--828027	39	3.2	35	79	15	105	44	5	7	42	1.55
827938--828140	109	1.9	111	83	11	276	46	4	6	41	1.51
828072--828191	33	3.6	34	73	19	92	44	3	8	44	1.50
828205--828250	15	2.8	16	87	9	58	36	2	4	56	1.31
828225--828255	3	10.3	3	92	0	53	32	0	3	64	1.09
828239--828298	18	3.3	18	80	15	63	21	8	0	70	1.14
828259--828294	9	3.8	10	85	14	58	19	8	0	72	1.10
829843--829878	14	2.5	15	86	4	56	16	2	5	75	1.12
833488--834897	106	13.3	106	94	0	2394	33	25	18	23	1.97
835605--835722	39	3.2	35	79	15	105	44	5	7	42	1.55
835633--835833	108	1.9	109	83	11	270	46	4	6	42	1.51
835573--835883	35	8.6	35	72	18	162	45	5	8	41	1.56
835767--835834	32	2.1	32	84	10	86	44	4	5	45	1.48
835918--835948	3	10.3	3	92	0	53	32	0	3	64	1.09
835932--835991	18	3.3	18	80	15	63	21	8	0	70	1.14
835952--835987	9	3.8	10	85	14	58	19	8	0	72	1.10
837533--837567	14	2.5	14	86	13	54	17	2	5	74	1.14
841052--841108	24	2.4	24	84	0	78	59	19	14	7	1.57
841192--841235	23	1.9	23	81	9	54	43	2	11	43	1.53
846539--846663	50	2.5	50	89	0	178	28	8	32	30	1.87
849955--850052	50	2.0	50	89	0	151	28	11	32	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
849955--850073	50	2.4	50	83	5	143	29	10	32	26	1.91
852918--852973	29	1.9	29	96	0	103	39	14	16	30	1.88
853899--854012	60	1.9	60	82	7	142	35	11	15	37	1.84
854711--855398	43	16.2	43	75	9	502	26	19	6	48	1.72
854730--855342	42	14.5	42	71	13	289	26	18	6	48	1.71
854730--855377	85	7.7	84	76	9	477	26	18	6	48	1.71
854687--855398	170	4.2	168	78	10	635	26	18	6	48	1.71
856187--856363	38	4.6	38	75	12	164	36	11	19	33	1.87
862815--862882	27	2.5	27	87	0	100	66	1	20	11	1.32
865117--865227	55	2.0	55	98	0	213	36	21	9	32	1.85
865126--865215	30	3.2	30	64	20	84	37	23	8	30	1.85
874663--874710	22	2.2	22	88	0	69	83	10	6	0	0.81
874676--874726	20	2.5	20	81	15	68	84	1	13	0	0.71
874676--874714	8	5.1	8	84	9	55	87	2	10	0	0.65
881502--881565	2	32.5	2	93	3	112	50	0	1	48	1.10
886090--886140	26	2.0	26	85	7	70	52	7	3	35	1.49
887476--887514	18	2.2	18	95	4	71	20	23	41	15	1.90
895675--895732	1	58.0	1	75	0	53	87	1	10	0	0.60
895677--895754	4	21.8	4	77	17	59	83	1	15	0	0.72
895675--895746	10	7.2	10	88	4	101	84	1	13	0	0.68
895675--895755	29	2.6	30	88	9	119	83	1	14	0	0.70
897600--898576	233	4.2	233	91	0	1517	31	17	17	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
898214--898321	42	2.6	42	80	4	139	25	22	21	30	1.98
897600--898576	465	2.1	466	90	0	1544	31	17	17	33	1.93
898447--898548	42	2.5	41	85	1	141	23	23	22	30	1.99
898753--898784	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
900250--900529	150	1.9	150	86	1	400	28	25	13	32	1.94
904058--904145	44	2.0	44	97	0	167	22	11	19	46	1.81
909190--909239	20	2.6	18	84	12	55	32	12	4	52	1.57
912338--912386	19	2.6	18	83	9	53	32	10	4	53	1.54
917304--917344	22	1.9	21	85	5	55	21	9	36	31	1.86
917457--917508	20	2.6	21	90	6	81	30	15	19	34	1.93
917954--918205	77	3.3	76	82	5	276	36	19	8	36	1.82
922516--922768	101	2.5	100	84	3	321	52	17	10	19	1.73
924021--924057	18	2.0	19	89	5	58	67	0	16	16	1.23
925692--925736	22	2.0	23	86	4	65	20	4	8	66	1.36
927776--927966	76	2.5	76	89	1	287	20	23	26	29	1.99
928512--928713	76	2.7	75	88	3	282	20	23	26	29	1.99
927572--929045	736	2.0	736	99	0	2885	30	15	19	35	1.92
931380--931457	20	3.6	23	77	13	76	21	21	34	21	1.97
935155--935194	21	1.9	21	90	10	64	32	7	5	55	1.50
938067--938116	25	1.9	26	84	8	66	52	4	0	44	1.20
938082--938275	37	5.5	37	75	15	194	44	6	1	47	1.39
938156--938211	26	2.2	26	93	0	94	39	7	0	53	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
938119--938447	63	5.1	63	78	13	332	46	6	1	45	1.38
938182--938309	38	3.6	37	82	15	155	45	7	1	46	1.40
938240--938339	30	3.4	30	85	2	148	47	7	2	44	1.41
938121--938447	65	5.1	64	76	11	253	46	6	1	45	1.39
938241--938408	59	2.8	59	80	17	156	48	6	1	43	1.36
938299--938384	34	2.5	35	83	10	99	50	6	1	41	1.37
938356--938411	25	2.3	23	88	11	85	50	3	0	46	1.19
938359--938437	36	2.2	36	84	6	97	49	3	0	46	1.19
938315--938430	57	2.0	57	82	9	139	50	6	0	43	1.33
939081--939314	123	1.9	122	90	2	371	24	15	20	38	1.92
939695--939779	3	28.7	3	79	13	79	38	3	0	57	1.16
939695--939777	18	4.4	19	80	17	93	38	3	0	57	1.16
939695--939779	26	3.3	24	84	14	100	38	3	0	57	1.16
939694--939789	23	4.0	23	72	17	79	41	4	0	54	1.20
940629--940681	23	2.3	23	96	0	97	20	26	26	26	1.99
940911--940951	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
941606--941897	91	3.2	92	75	4	268	26	17	31	23	1.97
942637--942705	3	23.0	3	88	5	104	36	0	0	63	0.94
947062--947355	41	7.2	42	72	13	159	35	18	19	26	1.95
947062--947248	82	2.3	81	87	5	261	34	19	21	23	1.96
947079--947235	41	3.8	41	79	13	180	34	21	21	22	1.97
947115--947417	82	3.7	81	80	10	235	35	18	16	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
947124--947413	41	7.1	41	72	11	188	35	18	17	28	1.94
947136--947413	123	2.3	123	78	12	279	36	18	16	28	1.93
947485--947828	41	8.3	41	80	4	359	27	18	19	34	1.95
947485--947830	166	2.1	166	82	4	414	26	18	19	34	1.95
950564--950767	43	4.7	43	85	3	237	30	21	22	25	1.98
950516--950792	43	6.4	43	80	5	234	28	20	21	29	1.98
951028--951090	33	1.9	33	83	6	83	31	11	23	33	1.90
951545--951570	11	2.4	11	100	0	52	46	0	15	38	1.46
951949--952030	33	2.5	33	93	0	137	32	9	20	36	1.86
951945--952067	33	3.7	32	79	16	133	34	8	21	34	1.85
953677--953708	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
955964--956013	23	2.2	23	88	0	73	38	8	20	34	1.82
955927--956176	87	2.9	87	96	0	473	40	12	15	32	1.84
956051--956100	23	2.2	23	88	0	73	40	8	20	32	1.81
956177--956835	199	3.3	197	79	6	606	32	16	14	37	1.88
956282--956835	201	2.8	196	79	7	564	32	16	14	36	1.89
959358--959406	19	2.6	19	83	0	71	53	8	4	34	1.50
960880--962045	200	5.9	197	85	3	1340	33	16	12	37	1.86
966252--967075	200	4.1	197	83	5	980	33	17	13	35	1.88
968327--968687	55	6.6	55	80	7	360	31	22	16	28	1.96
968330--968687	110	3.3	109	81	9	415	32	22	16	28	1.96
968327--968687	165	2.2	165	84	4	453	31	22	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
968698--968773	37	2.1	37	90	5	118	23	18	19	38	1.93
970059--970250	9	21.6	8	68	20	73	8	14	0	76	1.01
970159--970252	34	2.8	36	78	13	69	9	12	0	77	0.99
970109--970190	30	2.7	30	83	12	96	9	14	0	75	1.04
970060--970214	71	2.2	70	81	12	183	9	14	0	75	1.04
970060--970242	7	23.9	7	71	22	63	9	14	0	75	1.03
979891--979984	44	2.1	46	88	6	138	41	18	10	29	1.84
981736--981763	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
983490--983849	200	1.8	200	93	0	621	33	13	13	39	1.84
984201--984250	19	2.6	19	90	0	82	58	10	2	30	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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