genome.fa.s8527.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008527.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111402_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9057482

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2337933--2337987	17	3.0	18	79	15	60	58	12	10	18	1.63
2341754--2341811	25	2.2	27	87	6	84	46	25	0	27	1.53
2347969--2348065	37	2.6	37	78	3	106	43	15	8	32	1.76
2348430--2348473	18	2.5	18	82	10	56	25	4	2	68	1.20
2348727--2348794	18	3.7	18	77	18	61	26	4	0	69	1.07
2353047--2353579	183	2.9	183	94	1	908	27	20	21	30	1.98
2355179--2355303	31	4.0	31	91	2	198	36	21	20	21	1.95
2355481--2355527	23	2.0	24	91	4	78	34	21	0	44	1.52
2356040--2356083	21	2.1	21	86	0	61	15	25	27	31	1.96
2357098--2357214	36	3.1	36	72	4	108	27	17	15	40	1.89
2357057--2357231	72	2.4	75	84	8	218	26	16	13	44	1.84
2357057--2357268	72	2.9	71	82	10	216	26	16	14	43	1.85
2357302--2357622	108	3.1	105	86	7	449	30	19	11	38	1.88
2357522--2357597	36	2.1	36	90	0	116	22	21	15	40	1.90
2357797--2358217	105	4.0	104	84	6	530	33	25	18	22	1.97
2358761--2358864	37	2.8	37	86	0	136	42	13	14	29	1.84
2359220--2359258	15	2.5	17	84	16	57	28	5	2	64	1.28
2359496--2359551	14	3.9	14	76	11	51	26	1	1	69	1.08
2360777--2360817	19	2.1	19	86	9	55	41	0	2	56	1.13
2369429--2369469	20	2.0	20	85	0	55	63	4	4	26	1.35
2383958--2384031	31	2.4	31	83	0	94	41	21	20	16	1.90
2387188--2387246	23	2.5	22	76	13	57	30	5	3	61	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2389913--2389938	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2389826--2390280	166	2.6	172	89	9	674	56	5	6	31	1.47
2390256--2390307	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
2391790--2392550	105	7.4	105	92	4	1228	23	18	25	32	1.97
2402797--2402830	10	3.4	10	87	0	50	73	0	5	20	1.04
2403974--2404016	10	4.3	10	90	0	59	48	6	0	44	1.29
2403974--2404007	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
2404002--2404458	174	2.6	175	93	3	783	57	5	6	30	1.47
2404001--2404455	85	5.2	84	68	18	311	57	5	6	30	1.47
2404440--2404482	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2407066--2407137	30	2.5	28	82	11	74	41	4	0	54	1.20
2409043--2409076	16	2.1	16	100	0	68	55	26	11	5	1.58
2409147--2409207	16	3.8	16	86	0	95	55	19	13	11	1.67
2410406--2410685	30	9.3	30	99	0	551	30	23	23	23	1.99
2411103--2411133	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
2415055--2415394	30	11.3	30	99	0	662	29	22	23	23	1.99
2417663--2417718	14	4.3	14	73	17	66	50	25	14	10	1.75
2417656--2417717	24	2.6	24	92	0	97	51	24	12	11	1.72
2424988--2427012	675	3.0	676	99	0	4025	35	17	18	28	1.94
2442986--2443044	2	29.5	2	100	0	118	49	0	0	50	1.00
2451428--2451457	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2451993--2452037	21	2.1	21	100	0	90	15	20	31	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2456468--2456547	17	4.7	16	74	11	70	51	0	0	48	1.00
2456477--2456563	25	3.4	26	76	14	74	54	1	0	44	1.07
2458287--2458311	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2459528--2459607	23	3.4	23	87	3	115	57	18	12	11	1.64
2459788--2459938	14	11.9	14	68	20	73	56	14	12	15	1.67
2459791--2459937	24	6.0	24	93	3	231	57	13	12	16	1.66
2465133--2465174	21	2.0	22	90	4	68	50	11	0	38	1.40
2476856--2476973	60	2.0	60	81	5	139	41	13	9	35	1.77
2477687--2477712	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2485549--2485634	33	2.6	34	80	12	90	26	20	31	20	1.98
2488106--2488131	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
2488379--2488418	20	2.0	20	85	0	53	47	2	0	50	1.14
2488773--2488814	22	2.0	20	86	9	57	45	0	2	52	1.13
2490358--2490487	60	2.2	60	81	2	154	30	22	6	41	1.78
2491183--2491212	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2491199--2491271	34	2.2	33	95	2	128	38	0	1	60	1.06
2491191--2491270	42	1.9	42	82	10	101	38	0	1	60	1.05
2496804--2496860	26	2.2	26	84	6	71	42	0	1	56	1.10
2497142--2497216	38	2.0	37	82	10	91	49	4	1	45	1.29
2498137--2498186	26	1.9	26	88	8	75	50	2	2	46	1.24
2498143--2498202	26	2.4	25	80	5	68	60	0	1	38	1.07
2502338--2502373	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2503641--2503742	53	1.9	53	89	0	159	54	13	10	20	1.68
2520557--2520626	31	2.2	31	80	12	81	28	10	14	47	1.76
2540786--2540908	34	3.7	33	87	3	174	32	16	23	27	1.96
2543059--2543084	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
2543839--2543873	9	3.5	10	88	11	54	71	0	0	28	0.86
2546298--2546377	32	2.5	31	80	4	88	48	10	3	37	1.55
2546319--2546398	31	2.5	32	85	2	99	48	5	5	41	1.46
2563741--2563805	33	2.0	33	100	0	130	29	21	18	30	1.97
2571011--2571046	16	2.3	16	85	4	56	16	11	16	55	1.68
2574016--2574244	57	4.0	57	90	0	350	14	18	31	35	1.91
2575926--2576103	86	2.1	86	88	6	263	47	6	15	30	1.70
2579100--2579243	36	4.0	36	95	0	252	26	13	22	37	1.92
2579131--2579191	19	3.3	19	65	17	56	27	9	22	39	1.86
2584354--2584459	50	2.1	51	85	3	142	28	14	17	39	1.89
2585040--2585134	42	2.3	42	86	0	127	24	21	31	23	1.98
2585129--2585247	21	5.7	21	65	7	71	27	21	21	29	1.98
2585124--2585341	42	5.2	42	93	0	346	29	20	24	25	1.99
2585192--2585258	21	3.2	21	62	8	55	31	14	25	28	1.95
2585115--2585399	84	3.4	84	84	1	250	27	21	25	25	2.00
2585115--2585399	126	2.3	124	81	3	311	27	21	25	25	2.00
2591589--2591623	18	1.9	18	88	0	52	28	2	20	48	1.63
2597249--2597289	20	2.0	21	90	4	66	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2598948--2598987	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
2608024--2608142	55	2.2	56	89	3	179	22	9	21	46	1.80
2608817--2608841	6	4.2	6	100	0	50	48	0	52	0	1.00
2611236--2611466	116	2.0	117	87	2	331	42	14	16	25	1.87
2612776--2613343	190	3.0	190	97	0	1052	29	18	20	31	1.96
2617506--2617589	36	2.3	37	89	6	127	34	3	17	44	1.67
2622084--2622170	37	2.4	37	88	5	124	33	4	19	42	1.72
2648896--2648937	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2649148--2649180	17	2.0	17	88	5	50	60	9	0	30	1.27
2652292--2652335	23	1.9	23	81	9	54	59	4	2	34	1.30
2652396--2652434	16	2.3	18	82	13	55	43	20	2	33	1.65
2653469--2653507	20	1.9	21	89	5	62	53	5	2	38	1.37
2653468--2653514	20	2.3	20	81	3	58	57	4	2	36	1.30
2653709--2653767	31	1.9	31	82	0	73	44	5	8	42	1.57
2658543--2658589	17	2.7	18	80	6	60	55	4	0	40	1.19
2676157--2676211	28	2.0	28	85	0	74	27	7	23	41	1.80
2677702--2677760	29	2.0	29	90	0	91	30	16	13	38	1.88
2681098--2681138	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
2684280--2684372	20	4.6	20	68	4	60	37	19	15	27	1.91
2684366--2684573	20	10.4	20	71	13	126	42	22	13	21	1.87
2684348--2684573	80	2.8	78	74	14	217	42	22	13	21	1.87
2684321--2684514	100	1.9	100	86	0	271	42	21	14	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2684713--2684763	22	2.3	22	86	0	66	19	39	15	25	1.91
2686900--2687012	20	5.7	20	85	5	131	26	7	24	40	1.83
2686900--2687012	61	1.9	59	83	7	147	26	7	24	40	1.83
2686900--2687012	41	2.8	40	85	5	131	26	7	24	40	1.83
2686918--2687027	20	5.4	20	84	6	91	22	9	27	40	1.84
2687021--2687070	20	2.5	20	86	0	64	28	18	18	36	1.94
2687389--2687448	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
2687448--2687499	2	26.0	2	100	0	104	50	0	50	0	1.00
2687507--2687553	21	2.2	23	85	11	64	40	2	0	57	1.11
2687512--2687563	21	2.5	22	79	14	58	36	3	0	59	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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