genome.fa.s8527.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008527.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111402_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9057482

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8756038--8756305	14	21.1	13	74	19	198	45	1	8	45	1.41
8756060--8756318	26	10.3	25	78	13	214	45	1	8	44	1.42
8756413--8756493	42	1.9	42	92	0	135	38	6	9	45	1.62
8756419--8756486	18	3.2	21	72	18	61	38	7	7	47	1.60
8756419--8756486	11	6.5	11	71	20	56	38	7	7	47	1.60
8756422--8756493	24	3.3	23	70	22	64	38	5	9	45	1.60
8759099--8759255	64	2.5	65	81	10	173	26	19	20	33	1.97
8762783--8762939	64	2.5	64	74	12	144	26	17	19	35	1.95
8764452--8764520	29	2.4	29	85	0	102	20	31	31	15	1.94
8765380--8765427	22	2.2	21	85	3	60	50	6	2	41	1.39
8767771--8767804	17	2.0	17	94	0	59	73	5	2	17	1.16
8768532--8768673	39	3.7	38	83	9	180	20	21	10	47	1.79
8768854--8769513	123	5.5	122	85	6	715	27	19	14	39	1.90
8768854--8769417	247	2.3	236	81	10	662	27	19	13	39	1.89
8769221--8769513	112	2.6	113	92	0	471	26	19	14	38	1.91
8771232--8771270	7	5.3	7	88	11	60	12	17	12	56	1.67
8771232--8771270	15	2.6	15	100	0	78	12	17	12	56	1.67
8771330--8771399	27	2.6	27	81	6	88	22	12	7	57	1.60
8771329--8771356	12	2.3	12	100	0	56	25	14	7	53	1.66
8772880--8772908	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8773214--8773266	9	5.9	9	82	12	65	79	0	20	0	0.74
8778073--8778195	22	5.6	22	92	0	192	32	13	13	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8778592--8779294	123	6.0	113	82	9	641	38	14	19	27	1.90
8779475--8779616	39	3.6	39	87	3	198	49	9	21	19	1.77
8780342--8780374	17	2.0	17	94	5	59	18	3	6	72	1.18
8781604--8781645	11	3.3	13	80	12	52	50	2	0	47	1.14
8798429--8798479	19	2.7	19	81	6	59	52	1	3	41	1.31
8805995--8806037	21	2.2	20	87	8	61	27	0	0	72	0.85
8808222--8808272	22	2.4	21	84	15	61	41	11	7	39	1.71
8820449--8820518	15	4.9	14	84	11	81	38	0	5	55	1.24
8820479--8820557	2	40.5	2	71	14	58	41	0	3	54	1.18
8820479--8820563	13	6.9	13	71	20	51	41	0	3	55	1.17
8820443--8820580	59	2.2	63	79	13	144	36	0	5	57	1.26
8820442--8820604	40	4.0	40	74	13	127	36	1	6	55	1.33
8820672--8820713	22	1.9	22	100	0	84	38	11	23	26	1.90
8820674--8820725	22	2.4	22	90	0	77	40	17	21	21	1.91
8825357--8825391	18	1.9	18	94	0	61	28	34	20	17	1.95
8825639--8825664	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8832456--8832493	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
8835399--8835470	21	3.4	21	72	14	76	20	19	26	33	1.97
8835396--8835498	42	2.5	42	93	0	179	23	19	21	35	1.96
8835390--8835491	21	4.9	20	67	16	64	21	19	21	37	1.95
8836228--8836257	5	6.0	5	100	0	60	0	40	20	40	1.52
8838969--8838993	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8840149--8840257	30	3.8	30	78	16	99	49	0	0	49	1.07
8840156--8840265	53	2.1	52	83	9	136	50	0	0	49	1.07
8840216--8840267	21	2.5	22	79	17	58	51	0	1	46	1.12
8840365--8840451	21	4.1	20	71	20	68	50	4	0	44	1.22
8844685--8844840	29	5.3	29	80	6	161	37	6	19	36	1.78
8844704--8844848	30	5.0	29	81	3	166	40	5	18	35	1.74
8844685--8844847	59	2.8	59	83	2	202	38	6	19	36	1.77
8855304--8855337	13	2.6	13	80	0	50	50	2	0	47	1.16
8855367--8855422	23	2.3	23	84	6	67	48	0	1	50	1.11
8862250--8862338	32	2.8	32	94	0	151	23	6	29	40	1.80
8862410--8862455	20	2.3	20	84	0	65	30	21	8	39	1.84
8862790--8862831	3	13.7	3	95	5	75	66	0	0	33	0.92
8864388--8864423	15	2.4	15	85	0	54	47	2	2	47	1.31
8868921--8868951	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
8872357--8872388	15	2.1	15	100	0	64	40	12	18	28	1.87
8873662--8873731	20	3.5	20	84	1	88	50	20	15	14	1.78
8873677--8873748	19	3.7	19	83	1	81	48	22	16	12	1.79
8873744--8873803	19	3.1	19	83	4	84	15	23	18	43	1.87
8873749--8873803	20	2.8	20	86	2	85	14	21	18	45	1.85
8875552--8875853	94	3.2	93	95	0	532	20	11	19	48	1.80
8875944--8876005	19	3.3	19	93	0	106	48	22	20	8	1.76
8875950--8876014	19	3.4	19	87	8	96	46	24	18	10	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8876011--8876080	19	3.6	19	88	3	104	11	21	20	47	1.81
8879190--8879243	24	2.2	24	90	0	81	42	18	18	20	1.89
8880106--8880316	20	10.4	19	79	11	197	37	16	20	24	1.93
8880106--8880350	41	6.0	41	89	3	327	37	16	20	24	1.93
8880106--8880350	61	4.0	60	85	5	305	37	16	20	24	1.93
8880117--8880396	82	3.4	81	79	10	239	37	17	22	23	1.94
8882598--8882651	16	3.6	16	71	19	53	42	0	5	51	1.25
8883371--8883409	20	1.9	21	85	15	55	46	7	2	43	1.46
8886286--8886387	50	2.0	50	98	0	195	38	18	11	31	1.87
8889870--8889905	2	17.5	2	94	5	63	50	0	2	47	1.15
8890074--8890142	29	2.4	28	76	11	68	39	7	17	36	1.77
8890365--8890461	31	3.1	31	77	4	106	24	17	23	34	1.96
8891312--8891348	11	3.0	13	80	15	51	29	5	24	40	1.77
8893435--8893501	23	2.9	23	79	2	80	25	20	26	26	1.99
8893576--8893606	14	2.1	15	94	5	55	41	0	6	51	1.27
8899688--8899884	15	13.1	15	71	21	80	72	3	2	21	1.10
8899788--8899880	3	32.7	3	80	8	97	72	0	1	26	0.92
8906872--8906896	13	1.9	13	100	0	50	72	20	0	8	1.10
8911496--8911551	28	2.0	28	86	6	78	46	19	5	28	1.72
8929309--8929333	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
8929333--8929362	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8932692--8933145	220	2.1	220	98	0	872	38	17	16	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8941307--8941348	21	2.0	21	100	0	84	42	4	38	14	1.66
8948600--8948668	26	2.7	26	97	0	129	39	8	0	52	1.33
8950857--8950916	29	2.0	30	83	3	77	38	25	8	28	1.84
8955240--8955698	41	11.2	41	82	6	459	17	20	23	37	1.94
8955265--8955337	20	3.6	20	75	3	83	10	21	27	39	1.87
8955244--8955349	20	5.2	21	68	7	67	17	19	26	35	1.95
8955419--8955698	20	13.8	20	71	6	177	16	20	23	39	1.91
8955211--8955479	142	1.9	142	84	6	366	18	22	23	35	1.96
8955694--8955923	20	11.3	19	65	20	81	36	24	23	14	1.93
8955702--8955989	41	7.0	41	94	2	456	37	24	21	16	1.94
8955702--8955989	123	2.3	123	96	1	524	37	24	21	16	1.94
8969219--8969279	29	2.1	28	84	6	77	40	8	3	47	1.49
8969861--8970681	6	140.2	6	87	10	1208	66	0	0	33	0.92
8973301--8973363	23	2.8	22	71	4	63	53	0	3	42	1.16
8984867--8985023	64	2.5	64	77	10	169	35	19	19	26	1.95
8985397--8985477	29	2.8	29	86	3	119	43	13	23	19	1.87
8993967--8994122	78	2.0	78	98	0	303	24	23	16	36	1.94
8996356--8996395	18	2.2	18	86	0	53	62	5	0	32	1.17
8996646--8996736	38	2.4	39	87	5	141	32	20	17	28	1.96
8997632--8997678	23	2.0	23	83	0	58	40	0	4	55	1.19
8997787--8997846	32	1.9	32	96	3	113	41	3	3	51	1.35
9008191--9008918	102	6.7	106	71	14	447	54	11	3	30	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9008203--9008888	319	2.1	318	85	6	911	53	11	3	30	1.53
9018383--9018733	175	2.0	175	95	0	630	27	25	21	25	1.99
9021595--9021742	40	3.7	40	76	8	115	35	25	12	27	1.92
9021650--9021741	19	4.7	19	84	8	105	34	23	10	30	1.89
9021611--9021742	20	6.7	20	79	8	137	37	23	12	26	1.91
9022677--9022728	24	2.2	24	92	0	86	21	17	23	38	1.93
9024521--9024624	21	4.9	21	76	6	102	23	19	33	24	1.97
9024501--9024624	42	2.9	42	79	2	131	21	20	35	22	1.96
9024521--9024620	43	2.4	42	79	1	110	23	20	33	24	1.97
9025036--9025089	21	2.6	21	81	0	63	33	35	14	16	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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