genome.fa.s8527.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008527.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111402_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9057482

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2692827--2692918	32	2.9	31	80	3	103	39	2	9	48	1.48
2702164--2702214	27	1.9	26	88	4	75	25	7	13	52	1.67
2710297--2710334	15	2.5	15	91	0	58	0	44	15	39	1.47
2715688--2715732	23	1.9	24	82	13	58	15	17	26	40	1.90
2731732--2731776	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
2733646--2733681	14	2.5	15	86	13	58	38	2	0	58	1.13
2733937--2733978	21	2.0	20	86	4	57	40	2	2	54	1.26
2737387--2737420	14	2.3	15	90	5	52	17	47	20	14	1.83
2739163--2739202	19	2.1	19	90	0	62	32	40	10	17	1.83
2739460--2739529	34	2.1	34	82	10	83	24	24	15	35	1.94
2739814--2739855	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
2739974--2740005	16	2.0	16	93	0	55	34	12	31	21	1.91
2740022--2740095	29	2.5	29	88	2	112	20	33	12	33	1.89
2740522--2740865	190	1.8	187	91	1	562	34	13	12	39	1.83
2742247--2742615	20	18.5	20	85	4	458	34	26	18	20	1.96
2743289--2743335	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
2743510--2743534	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2745835--2746140	19	17.4	19	79	16	356	47	18	19	14	1.82
2745835--2746162	33	9.5	34	76	16	198	46	18	20	14	1.83
2745835--2746088	52	4.8	52	87	6	255	47	18	19	14	1.83
2745901--2746140	71	3.4	71	83	11	355	47	17	20	15	1.83
2745901--2746162	52	4.9	53	82	14	287	46	17	20	15	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2746169--2746270	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
2746377--2746413	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2748367--2748423	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
2748348--2748439	33	2.8	33	94	0	166	46	21	20	10	1.81
2748311--2748439	19	7.3	19	76	17	125	46	24	18	10	1.81
2748440--2748532	33	2.8	33	90	3	152	8	19	25	46	1.78
2748435--2748569	19	7.6	19	72	20	105	9	18	26	45	1.80
2748613--2748992	93	4.1	93	98	0	744	46	19	12	22	1.83
2748613--2748992	185	2.0	186	98	0	744	46	19	12	22	1.83
2750698--2750786	14	5.7	14	76	21	88	41	23	25	8	1.83
2750692--2750803	33	3.4	32	93	3	197	44	21	24	9	1.82
2750820--2750874	14	3.6	14	73	21	56	9	27	23	40	1.85
2750995--2751065	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
2751247--2751301	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
2751447--2751640	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
2751447--2751640	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
2751633--2751709	21	3.7	20	70	13	57	27	16	23	32	1.96
2751695--2751746	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
2752191--2752229	20	2.0	20	85	10	53	51	2	12	33	1.54
2757414--2757444	15	2.1	15	93	0	53	54	0	0	45	0.99
2758734--2758962	118	1.9	119	79	4	257	45	11	20	22	1.83
2761034--2761092	31	1.9	31	92	0	100	40	20	30	8	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2762586--2762615	13	2.3	13	100	0	60	16	46	23	13	1.82
2765162--2765276	24	4.8	24	84	8	153	26	14	20	39	1.91
2765392--2765486	43	2.2	43	92	0	154	18	10	33	36	1.86
2777231--2777274	21	2.2	20	84	11	56	40	2	4	52	1.34
2779303--2779569	74	3.6	73	84	6	331	42	10	11	35	1.76
2779586--2780016	183	2.4	183	86	0	592	46	12	10	30	1.75
2780600--2780637	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
2791875--2791918	20	2.2	20	100	0	88	63	13	13	9	1.51
2791869--2791919	20	2.5	21	90	6	86	62	11	13	11	1.54
2795245--2795286	22	2.0	21	86	13	59	64	7	0	28	1.20
2795714--2795764	16	3.1	16	70	25	52	21	7	3	66	1.34
2795700--2795764	33	2.0	33	93	3	114	23	9	3	64	1.37
2795706--2795764	18	3.4	18	73	21	72	20	8	3	67	1.31
2796687--2797055	20	18.5	20	85	4	458	34	26	18	20	1.96
2798535--2798860	19	18.4	19	80	15	405	47	17	20	14	1.82
2798535--2798860	33	9.2	34	82	13	321	47	17	20	14	1.82
2798563--2798882	161	2.0	157	93	3	552	46	16	21	14	1.83
2798563--2798882	52	6.0	52	93	4	550	46	16	21	14	1.83
2798889--2798989	19	5.6	19	85	12	142	14	23	17	43	1.87
2798889--2798989	33	2.8	37	78	18	140	14	23	17	43	1.87
2799096--2799132	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2799127--2799199	12	6.0	12	67	20	53	57	16	1	24	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2799113--2799185	38	1.9	38	97	0	137	53	16	1	28	1.51
2799703--2799896	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
2799703--2799896	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
2799889--2799961	21	3.5	20	72	12	58	24	17	21	35	1.95
2799951--2800002	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
2802306--2803883	790	2.0	790	99	0	3129	23	19	20	36	1.95
2809580--2809611	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
2811381--2811435	23	2.4	23	96	0	101	49	0	30	20	1.49
2813489--2813567	29	2.7	29	92	2	122	41	11	13	32	1.81
2818097--2818179	29	2.8	29	90	1	130	39	12	14	33	1.83
2823971--2824033	26	2.4	26	97	0	117	55	11	11	22	1.66
2824363--2824401	15	2.6	15	91	0	60	7	15	64	12	1.49
2825226--2825264	7	5.4	7	87	6	60	43	2	0	53	1.14
2832048--2832094	14	3.7	14	73	26	50	46	0	4	48	1.21
2832047--2832096	23	2.1	24	92	3	84	50	0	4	46	1.20
2832260--2832304	21	2.1	21	83	0	54	24	0	20	55	1.43
2832264--2832297	14	2.4	14	90	0	59	26	0	20	52	1.46
2832272--2832331	21	2.8	21	83	14	70	21	0	25	53	1.46
2832407--2832454	15	3.2	15	81	0	60	43	4	6	45	1.48
2832482--2832524	13	3.1	14	86	6	52	58	2	0	39	1.11
2832844--2832869	7	3.7	7	100	0	52	30	0	11	57	1.34
2832817--2832876	14	4.3	14	74	16	52	28	0	15	56	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2833290--2833353	22	2.7	24	80	11	71	56	0	3	40	1.15
2833811--2833943	13	9.1	14	69	22	71	44	3	4	47	1.41
2833897--2833932	18	1.9	19	94	5	65	47	0	5	47	1.25
2836588--2836679	47	2.0	47	91	0	148	43	9	17	29	1.81
2845589--2845631	23	1.9	23	90	4	70	48	16	18	16	1.81
2858252--2858290	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
2872907--2872932	13	2.0	13	100	0	52	15	30	23	30	1.95
2875059--2875087	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2875606--2875644	20	1.9	21	89	5	62	30	5	5	58	1.41
2876964--2877015	16	3.2	16	73	13	52	55	7	1	34	1.39
2882903--2882965	31	2.0	31	100	0	126	52	6	12	28	1.64
2896717--2896800	38	2.2	38	95	2	150	40	10	4	44	1.60
2897476--2897579	55	1.9	54	82	2	127	35	22	11	30	1.89
2907096--2907134	2	19.5	2	94	0	69	51	0	48	0	1.00
2910089--2910148	22	2.7	22	97	0	111	23	20	30	26	1.98
2910391--2910496	2	56.0	2	85	10	152	50	0	0	50	1.00
2910657--2911475	75	11.0	76	92	4	1322	34	21	21	22	1.97
2912514--2912722	54	3.9	54	89	0	321	24	23	13	37	1.92
2913922--2914222	114	2.6	115	92	3	509	33	21	14	30	1.93
2914124--2914315	93	2.1	93	91	0	321	36	21	13	29	1.91
2923072--2923113	3	13.7	3	90	5	66	66	0	0	33	0.92
2927131--2927212	21	3.9	22	84	7	116	19	8	9	62	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2927126--2927215	42	2.1	42	100	0	180	18	10	8	62	1.52
2939160--2939195	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2939489--2939609	60	2.0	61	91	4	201	31	13	14	41	1.84
2941376--2941414	20	2.0	20	100	0	78	53	10	10	25	1.66
2948511--2948558	25	1.9	26	91	8	82	39	0	0	60	0.97
2950236--2950294	20	2.8	21	89	7	93	30	23	27	18	1.98
2950328--2950372	22	2.0	22	86	4	63	28	31	26	13	1.94
2951280--2951434	31	5.0	31	92	3	242	20	18	21	38	1.93
2954118--2954160	17	2.6	16	78	7	50	32	0	27	39	1.57
2961402--2961562	64	2.5	65	86	7	204	33	18	21	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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