genome.fa.s8527.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008527.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111402_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9057482

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7544757--7544800	16	2.8	16	89	0	70	27	6	36	29	1.83
7546746--7546792	11	4.1	11	83	8	58	82	6	8	2	0.90
7546754--7546790	12	3.2	12	96	3	67	83	8	8	0	0.80
7547547--7548833	642	2.0	643	93	0	2191	34	16	17	32	1.92
7548792--7549121	110	3.0	108	86	3	450	34	23	18	23	1.96
7549121--7549345	125	1.8	124	89	0	351	32	23	19	25	1.97
7549448--7549741	36	8.4	36	74	10	259	28	20	12	38	1.89
7549535--7549591	15	3.5	15	69	17	51	24	26	12	36	1.91
7549448--7549741	70	4.2	70	76	10	260	28	20	12	38	1.89
7549896--7550064	84	2.0	84	87	0	239	31	26	20	22	1.98
7550306--7550346	18	2.2	19	86	4	57	24	0	0	75	0.80
7552348--7552404	26	2.2	26	78	6	62	29	3	12	54	1.54
7558227--7558306	25	3.3	24	71	13	65	31	2	2	63	1.20
7561524--7561605	37	2.2	37	84	2	112	34	3	18	43	1.67
7562013--7562044	16	1.9	17	93	6	57	37	6	21	34	1.79
7566106--7566179	37	2.0	38	89	5	116	31	5	18	44	1.73
7566112--7566190	37	2.2	36	84	6	106	34	5	20	40	1.74
7566481--7566571	45	2.0	45	93	4	157	28	14	17	39	1.89
7577269--7577306	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
7577576--7577671	15	6.5	15	96	1	176	45	0	0	54	0.99
7577674--7577716	22	2.0	22	95	0	77	34	0	11	53	1.37
7577651--7577940	32	9.4	32	70	22	228	34	0	12	53	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7577651--7578257	54	11.1	54	76	12	507	33	0	12	53	1.43
7577804--7577871	26	2.6	26	100	0	136	27	0	17	54	1.43
7577879--7577935	18	3.4	18	69	18	59	33	0	12	54	1.38
7577967--7578074	32	3.7	32	72	23	128	33	0	13	52	1.41
7578000--7578042	22	2.0	22	90	0	68	32	0	13	53	1.41
7577700--7578208	134	3.8	134	87	6	774	33	0	12	52	1.43
7577678--7578338	80	8.1	81	78	12	617	33	0	13	53	1.44
7578101--7578240	32	4.7	32	79	16	174	34	0	11	53	1.42
7577700--7578352	166	4.0	166	79	12	610	33	0	12	52	1.44
7577892--7578352	54	8.5	54	74	12	264	33	0	12	53	1.44
7578367--7578425	31	1.9	31	92	0	100	42	10	6	40	1.65
7579095--7579141	20	2.3	21	88	3	69	29	4	0	65	1.11
7580853--7580911	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
7585535--7585593	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
7589886--7589921	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
7597266--7597323	28	2.1	28	90	0	89	43	25	0	31	1.55
7601102--7601573	237	2.0	237	99	0	935	36	24	13	24	1.92
7602796--7602834	15	2.5	16	83	8	53	51	0	0	48	1.00
7603495--7603554	23	2.6	24	84	7	70	18	13	10	58	1.62
7617724--7617753	11	2.8	11	95	5	53	63	0	0	36	0.95
7618633--7618677	22	2.0	22	100	0	90	53	8	20	17	1.70
7618812--7618908	49	2.0	49	91	4	160	32	17	17	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7627084--7627115	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
7635845--7635892	25	1.9	25	91	0	78	35	10	16	37	1.83
7636290--7636348	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
7640970--7641036	29	2.4	28	87	7	82	28	11	13	46	1.79
7653355--7653381	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
7656128--7656258	64	2.0	64	100	0	262	32	16	22	29	1.95
7658638--7658678	18	2.3	18	87	4	57	29	7	2	60	1.36
7659477--7659515	18	2.2	18	95	0	69	17	30	23	28	1.97
7660008--7660079	26	3.0	24	68	27	62	26	6	4	62	1.39
7660108--7660192	35	2.5	33	78	14	91	25	8	10	55	1.62
7663382--7663410	15	1.9	15	100	0	58	20	6	20	51	1.70
7667039--7667093	28	2.0	28	82	7	67	30	21	7	40	1.81
7668343--7668390	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
7676119--7676181	12	5.1	12	75	11	56	50	1	0	47	1.10
7676333--7676383	24	2.1	25	82	13	63	50	3	3	41	1.39
7676405--7676459	16	3.1	16	72	22	56	38	0	1	60	1.08
7679844--7679878	15	2.3	16	90	9	56	28	40	0	31	1.57
7681972--7682414	229	1.9	227	94	1	780	45	7	7	39	1.60
7682480--7682525	20	2.3	19	89	10	74	54	10	17	17	1.70
7682647--7682693	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
7682651--7682698	20	2.6	18	84	15	62	56	10	14	18	1.66
7684925--7684989	21	3.1	21	80	6	69	40	15	29	15	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7685023--7685088	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
7686883--7686928	19	2.4	19	92	0	74	28	2	10	58	1.43
7687047--7688616	199	7.9	199	99	0	3063	36	16	15	30	1.91
7690090--7690164	3	25.0	3	76	0	69	36	5	33	25	1.79
7691364--7692241	183	4.8	183	97	0	1580	35	14	16	33	1.89
7692237--7692279	22	1.9	23	85	4	61	30	13	11	44	1.80
7695148--7695211	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
7695148--7695220	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
7695579--7695642	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
7695579--7695651	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
7695049--7697609	431	5.9	431	98	0	4930	39	8	13	39	1.74
7696010--7696073	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
7696010--7696082	23	3.2	23	82	7	85	35	5	19	39	1.75
7696441--7696504	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
7696441--7696513	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
7696869--7696932	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
7696869--7696941	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
7697300--7697363	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
7697300--7697372	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
7697641--7697691	25	2.0	25	92	0	84	33	7	19	39	1.81
7697940--7697976	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
7697932--7697978	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7698236--7698361	39	3.2	39	96	0	225	49	20	12	17	1.79
7698765--7698828	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
7698765--7698837	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
7700487--7700629	74	1.9	74	92	2	243	32	11	13	42	1.80
7700609--7700674	23	2.9	23	81	0	87	36	7	16	39	1.77
7700677--7700866	71	2.6	73	84	3	240	33	14	10	41	1.79
7700748--7700889	75	1.9	75	86	5	207	33	11	11	42	1.79
7700828--7700954	66	1.9	66	86	0	182	37	11	9	40	1.74
7701436--7701487	2	26.0	2	96	0	95	48	0	1	50	1.12
7724031--7724083	15	3.2	16	79	15	56	58	0	1	39	1.09
7724340--7724441	49	2.1	48	87	1	141	34	11	23	30	1.91
7724380--7724630	113	2.2	114	91	2	400	31	15	24	28	1.95
7724629--7724738	37	3.0	37	91	0	166	22	15	20	41	1.89
7732377--7732405	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
7734048--7734114	28	2.4	27	82	7	80	47	2	0	49	1.16
7739633--7739709	33	2.3	33	97	0	145	40	20	15	23	1.91
7740348--7740382	17	2.1	17	100	0	70	45	31	0	22	1.53
7740669--7740712	12	3.6	12	85	11	54	11	4	0	84	0.77
7740669--7740718	21	2.4	21	80	9	59	12	4	0	84	0.76
7740683--7740715	17	1.9	17	88	11	50	9	6	0	84	0.76
7740733--7740773	14	3.1	14	82	10	50	41	0	0	58	0.98
7741116--7741160	20	2.3	19	85	11	56	13	8	2	75	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7741151--7741183	14	2.3	15	89	5	50	18	6	0	75	1.00
7745845--7745883	19	2.1	19	86	13	55	30	5	5	58	1.41
7753649--7753684	15	2.4	15	90	0	54	77	2	19	0	0.88
7754434--7754502	21	3.3	21	95	0	120	31	30	18	18	1.96
7754497--7754551	21	2.7	20	81	10	67	25	20	20	34	1.96
7754516--7754671	21	7.6	19	69	17	84	21	19	24	35	1.96
7754522--7754696	40	4.3	42	91	5	279	21	18	23	36	1.95
7754522--7754696	82	2.1	81	94	2	305	21	18	23	36	1.95
7755408--7755580	42	4.2	42	92	1	287	35	23	19	21	1.96
7755405--7755611	21	10.0	21	72	13	151	35	22	19	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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