genome.fa.s8527.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008527.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111402_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9057482

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1977038--1977117	23	3.5	23	85	0	106	42	3	12	41	1.60
1976993--1977195	110	1.8	110	85	4	284	44	6	11	37	1.66
1977219--1977712	200	2.5	197	82	5	573	31	13	13	40	1.84
1978077--1978403	125	2.6	125	84	0	449	41	14	12	31	1.83
1979561--1979763	100	2.0	100	83	1	255	37	19	5	37	1.75
1983580--1983721	49	2.9	49	97	0	266	32	10	23	33	1.89
1985747--1985822	15	5.1	15	93	0	134	23	26	2	47	1.65
1985747--1985822	30	2.5	30	100	0	152	23	26	2	47	1.65
1993145--1993245	53	1.9	53	89	0	157	29	20	10	38	1.87
2000227--2000288	31	2.0	31	84	6	81	32	11	8	48	1.68
2003984--2004456	74	6.5	73	86	3	630	40	13	13	32	1.84
2004538--2005107	112	5.1	112	92	0	901	47	12	12	27	1.78
2010590--2010628	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2010617--2010696	40	2.0	40	88	4	119	56	8	3	31	1.48
2011551--2011650	34	2.9	36	86	13	163	28	15	14	43	1.85
2012185--2012943	105	7.3	105	87	4	1015	22	16	26	34	1.95
2013691--2013868	65	2.7	65	92	0	284	37	11	19	30	1.88
2013820--2014126	37	8.8	37	68	19	212	37	13	21	28	1.90
2013874--2014033	50	3.2	50	62	10	126	36	12	20	31	1.89
2013753--2014108	102	3.5	102	92	0	595	37	12	20	29	1.89
2014022--2014126	36	2.9	36	92	1	165	38	13	23	24	1.91
2014987--2015035	22	2.2	22	96	0	89	26	12	24	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2015679--2015730	21	2.6	18	77	16	50	1	11	9	76	1.09
2015730--2015763	16	2.1	16	89	10	52	0	14	8	76	1.01
2016862--2016900	8	5.0	8	84	6	53	58	12	17	10	1.61
2016862--2016900	15	2.5	15	87	4	51	58	12	17	10	1.61
2019444--2019480	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2019889--2019923	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2019981--2020023	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
2020415--2020516	34	2.9	36	89	7	172	27	14	13	44	1.83
2029042--2029080	20	2.0	20	94	0	69	35	5	17	41	1.72
2029041--2029190	53	2.9	52	93	3	257	32	6	13	48	1.66
2029147--2029186	20	2.0	20	90	0	62	37	5	10	47	1.59
2035989--2036187	109	1.8	110	87	7	298	43	18	14	23	1.86
2041487--2041521	9	3.9	9	85	14	54	34	0	0	65	0.93
2041489--2041527	18	2.2	17	95	4	69	33	0	0	66	0.92
2048148--2048303	60	2.6	59	83	6	172	40	4	20	34	1.73
2048192--2048334	60	2.4	60	82	6	166	40	5	19	34	1.75
2048364--2048413	2	24.5	2	95	4	91	50	0	2	48	1.12
2060611--2060656	19	2.4	20	82	7	60	52	2	0	45	1.13
2068551--2068588	20	2.0	20	85	15	53	71	2	2	23	1.12
2073945--2073988	22	2.0	22	86	0	61	43	9	6	40	1.63
2073952--2073994	22	2.0	22	90	0	68	39	9	9	41	1.69
2075747--2075788	18	2.3	18	100	0	84	9	16	0	73	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2075749--2075798	25	2.0	25	84	4	64	8	20	0	72	1.10
2080158--2081274	30	37.0	32	71	11	252	20	9	41	28	1.83
2080194--2081256	60	17.7	60	86	1	1232	20	9	41	28	1.83
2081871--2081908	15	2.4	16	86	4	51	36	2	5	55	1.37
2083932--2084161	76	3.0	76	96	0	415	35	5	39	20	1.75
2085561--2085585	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2085738--2085784	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
2086649--2086699	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
2109881--2109925	3	15.3	3	95	4	83	66	0	0	33	0.92
2114634--2114685	21	2.5	21	81	9	63	42	19	21	17	1.89
2114653--2114748	41	2.3	41	83	3	122	39	21	18	19	1.92
2114674--2114788	20	5.7	20	82	6	115	32	25	19	23	1.97
2114976--2115019	22	2.0	22	86	8	63	20	43	15	20	1.88
2117193--2117250	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
2117188--2117266	32	2.4	33	95	2	142	11	18	22	46	1.81
2117251--2117306	20	2.8	19	84	7	76	17	25	21	35	1.95
2119175--2119210	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2119350--2119395	19	2.4	19	100	0	92	47	17	19	15	1.82
2119410--2119478	20	3.5	20	97	0	129	17	23	24	34	1.96
2119814--2119979	20	8.3	20	93	0	260	26	21	26	25	1.99
2119976--2120027	20	2.5	20	81	3	59	19	21	19	40	1.92
2120058--2120098	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2133396--2133504	36	3.0	36	94	0	182	33	11	10	44	1.75
2135964--2135999	19	1.9	19	88	5	56	38	5	2	52	1.39
2135965--2136006	18	2.3	19	79	4	50	45	4	2	47	1.36
2162383--2162447	28	2.3	29	89	2	96	30	6	26	36	1.81
2167248--2167283	17	2.1	17	89	0	54	63	5	5	25	1.38
2168355--2168452	31	3.2	30	78	4	97	38	6	2	53	1.38
2168379--2168453	31	2.4	31	86	6	98	44	8	0	48	1.32
2168462--2168620	29	5.1	28	74	16	111	52	1	5	40	1.33
2168496--2168720	65	3.5	63	72	14	178	51	1	5	40	1.36
2168677--2168772	30	3.2	30	83	5	113	63	3	2	31	1.21
2175214--2175490	128	2.1	130	91	5	450	19	20	24	35	1.96
2180852--2180889	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
2185993--2186026	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2189367--2189643	128	2.1	130	91	5	450	19	20	24	35	1.96
2194998--2195029	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
2200107--2200203	2	51.0	2	90	10	159	50	0	0	49	1.00
2203837--2204013	64	2.8	64	83	6	225	35	20	19	25	1.96
2204407--2205866	734	2.0	727	98	1	2825	34	10	21	33	1.88
2208812--2209032	64	3.5	64	82	8	238	33	20	18	27	1.96
2209734--2209798	31	2.1	31	85	5	87	21	20	23	35	1.96
2209784--2209882	30	3.3	30	92	1	155	21	22	26	30	1.99
2210154--2210228	2	37.5	2	91	0	123	45	1	2	50	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2214200--2214808	306	2.0	306	100	0	1218	28	21	16	32	1.95
2215357--2215440	37	2.3	38	87	6	120	33	4	19	42	1.72
2215849--2215882	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
2219762--2219874	36	3.2	35	82	7	120	33	6	19	40	1.76
2219790--2219873	37	2.3	37	86	8	118	33	3	19	44	1.68
2233857--2233897	18	2.3	18	86	0	55	34	0	2	63	1.08
2235754--2235783	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2268537--2268609	36	2.1	36	92	5	123	9	19	15	56	1.66
2268536--2268611	34	2.2	33	86	11	109	9	18	14	57	1.63
2271082--2271118	15	2.4	15	90	4	56	32	0	10	56	1.34
2277134--2277194	28	2.3	26	84	13	72	47	9	6	36	1.63
2277146--2277202	28	2.0	28	93	0	96	43	10	8	36	1.70
2277730--2277757	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2282960--2282984	12	2.1	12	100	0	50	20	16	24	40	1.91
2294874--2294911	10	3.8	10	86	10	51	76	0	15	7	1.01
2294875--2294911	19	1.9	19	89	10	58	75	0	16	8	1.02
2294897--2294935	18	2.3	18	91	8	64	76	5	10	7	1.13
2294880--2294935	19	3.1	19	84	5	62	76	3	12	7	1.11
2294897--2294945	18	2.8	18	82	11	59	77	4	12	6	1.09
2294931--2294990	26	2.3	26	77	5	68	73	0	21	5	1.02
2294931--2295002	25	2.8	25	76	14	67	73	0	20	5	1.03
2294922--2295004	44	1.9	43	81	13	100	72	1	21	4	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2296130--2296596	51	9.0	51	89	3	639	28	16	26	28	1.97
2296130--2296714	51	11.1	51	87	4	618	28	16	26	28	1.97
2296401--2296763	55	6.7	54	78	11	221	27	18	25	28	1.98
2306754--2306831	36	2.2	36	83	2	104	51	3	1	43	1.28
2308031--2308099	29	2.3	29	87	7	95	7	30	2	59	1.39
2319053--2319127	38	2.0	36	82	10	89	46	2	2	48	1.30
2320903--2320934	11	2.9	11	100	0	64	9	46	18	25	1.79
2335631--2335661	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2336154--2336232	39	2.0	39	97	0	149	27	25	17	29	1.98
2337644--2337825	92	2.0	91	94	2	321	41	8	25	24	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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